（一）模拟和比喻
中医对于人体的认识和解说虽然与解剖相关，但不是严格基于解剖的认识与阐发。这是中医和西医之间关键的区别。中医的人体观毋宁说是一种糅合“人体功能”与“解剖机体”的宏观模拟。正是因此，中医特有的概念在诊疗中发挥着极其重要的作用，但却始终无法与现代医学接轨，因为这些概念是一些模拟或比喻，不是科学所认可的能够在实验室分离出来的客观物质。例如“阴阳”“气”“经络”“火”等。将一具尸体放在实验室里进行解剖，能够解剖出“火”吗？
中医理论中类似“火”的概念还有很多，比如“水”“气”等。我们仍以火为例。中医有命门之火、心火、肝火等很多说法，究其根本，是对于肾、心、肝等人体系统的功能比喻。所谓肝火，意味着“肝脏”（中医的肝脏系统）发生了某些变化，而这种变化体现在临床症状上，具有类似火的特征，比如燥热、口渴、上腾（倾向于影响人体上部的器官，如头、口、舌）等。中医的这些概念自成体系，如阴阳五行、脏腑、经络等。著名医家任应秋曾在论述中医阴阳学说时称其为“天才的想象”。这些概念及其理论应当说是解释意义的，而非实证意义的。中医临床在几千年中累计下来错综复杂而数量庞大的临床经验，所谓解释意义的，也就是通过这种模拟与比喻，将庞杂的临床经验整理归纳，成为一套关联有序的理论体系。因此，衡量这种理论体系是否合理的标准，是检验此后的临床治疗中，这套理论体系能否恰当地指导具体疾病的治疗，收到与以往相当的临床疗效。如果生搬硬套地用实验室科学的方法原则来比较这种解释意义的理论体系，然后判定中医是伪科学，应当说这是个误区。
中医以外，如心理学、经济学等，也都包含大量的解释意义的理论体系；另外在许多自然科学领域，如医学科学、物理学、化学等，科学研究的众多课题也是从理论假说发端，这些理论假说同样是解释意义的，缘自朴素经验与天才的想象。解释意义的理论体系在人类文明中一直普遍大量存在，并且必不可少，发挥着极其重要的作用。用科学原则与方法对这些理论体系进行考量，目的在于揭示其合理的价值所在，而不是满怀敌意的审判。消除这个误区，然后了解中医理论作为解释意义的一个医学体系的价值所在，这才有利于我们在现实生活中选择、应用中医。
模拟和比喻，这是中医理论的一个根本性质，不同于西医的实证性质。除了阴阳五行之外，中医理论中普遍存在类似的解释意义的概念与理论，如经络、脏腑、脉象、表里、气血、虚实、六淫等，还有中药学的性味归经、方剂学的君臣佐使、针灸学的补泻手法等。
（二）围绕临床构建理论
一个基于普遍经验，并且以经验为主要内容的医学体系，临床实践自然是它的核心。中医的理论虽然充满抽象概念，但其形成过程则主要是围绕临床经验的架构过程，而不是天马行空的无端想象。联系临床治疗技术和患者临床症状，基本上能够明了全部抽象概念的朴素含义。中医的“火”虽然抽象，但不是佛教的三昧真火，而是具有类似火的特性的一组症状，如燥热、口渴、上腾等；在治疗方面则意味着通过治疗手段使患者出现类似变化，如感到暖意、不再发冷、身体拘急转为舒缓等。中药的性味归经、方剂的配伍特性和针灸手法等，也是通过这一过程归纳得出的。
中医与西医不同，后者的很多理论可以脱离临床，根据实验室检查的结果做出解释。而中医理论，几乎全部与临床紧密对应，一旦脱离临床孤立地审视中医理论，难免如坠雾中，满目荒唐。认识中医的这个特征，无论对患者还是医疗工作者而言，都是十分必要的。唯其如此，患者和医生之间才能建立起基于客观的信任。进而，双方才可能进行有效沟通。简单讲，比如医生对患者说“胆经有火”，意味着患者出现了一组足少阳胆经的热性症状。其中足少阳胆经并不特指胆囊，也不特指身体中存在一条看得见摸得着的“经过胆囊循行体侧的脉管”，而是指沿着中医所归纳的这条被称为胆经的身体路线，出现了一系列症状；“有火”则意味着症状性质是偏热的。
如果患者质问医生身体内没有胆经，或者怀疑医生所说的“有火”太江湖气，那么后面的治疗就不容易配合了。类似的还有“肝木克脾土”等，对术语的误解容易导致隔阂。而对于医生来讲，当今临床工作的中医医生，几乎都是建国后在小学、中学阶段接受科学教育，大学则接受中西医两方面教育，然后进入医生职业的。成为医生后，由于遵循西医的医院制度，往往导致门诊经验积累缓慢。如果不能恰当地运用科学语言和临床经验向患者解释中医术语，也就难免造成误会，甚至影响自己对中医的信任。这种情况尤其多见于临床经验较少，却常年在实验室里做科研的医生。总而言之，临床是中医的核心。