不过，就在俄罗斯朝野欢欣鼓舞之时，也传来了不和谐的担忧音符。3月8日，马斯哈多夫的死讯刚刚得到证实，其支持者就表示，马斯哈多夫的死将引发更多的报复性袭击。他们将立即选出一位新领导人，同俄罗斯战斗到底。马斯哈多夫在伦敦的代表艾哈迈德·扎卡耶夫在接受路透社记者采访时承认，马斯哈多夫的死，对他们来说是一个“非常重大”的损失，但却不是“致命”的打击。扎卡耶夫还说：“死后的马斯哈多夫对俄罗斯领导层所构成的危险要远远大于活着的他。”扎卡耶夫称俄军消灭马斯哈多夫将会导致车臣局势更加复杂化，因为马斯哈多夫一直是阻止车臣冲突扩大的遏制因素，他多次试图与俄罗斯当局谈判，结束北高加索地区的流血冲突。现在，随着马斯哈多夫的死亡，俄当局的立场将更加强硬，根本无法再进行对话和谈判，而强硬的车臣非法武装战地指挥官巴萨诺夫将再次发动大规模袭击，更多的伤亡将不可避免。
此种论调在国际上也引起反响。3月8日晚上，美国白宫发言人鲍彻在被问及美国政府对此事的态度时还宣称：“我无法证实这一消息，我们的政策与先前一样，我们认为，解决车臣问题时，必须考虑政治因素。”而他所谓的“政治因素”，是指马斯哈多夫是车臣“合法”的“民选总统”，从政治上解决车臣问题离不开他。
马斯哈多夫的死还引起世界其他一些国家的关注，很多政治家表明对此事将引发消极后果的担忧。波兰外交部长罗特菲尔德在一次演讲中明确表示，消灭马斯哈多夫是个政治错误。他认为，马斯哈多夫是车臣非法武装中唯一能够与莫斯科对话的温和派，他的死亡将关闭和平解决车臣问题的大门。
对于俄罗斯来说，马斯哈多夫死后，其权力真空到底由谁来填补，这是至关重要的。是温和派，还是极端恐怖分子？
车臣非法武装驻伦敦代表扎卡耶夫声明，马斯哈多夫的死亡，不会对车臣非法武装建立的所谓“伊奇克里亚共和国”的领导体制造成太大的破坏，车臣非法武装由所谓的车臣“国防委员会”领导，此前，马斯哈多夫是委员会主席，但在他生病或死亡时，“国防委员会”将选举新主席。第一次车臣战争时，当车臣非法武装头目杜达耶夫被俄军炸死后，“国防委员会”就是按照这一模式“选举”扬达尔比耶夫继任新“总统”的。
扎卡耶夫否认巴萨耶夫会接替马斯哈多夫的位置。他说：“这几乎是不可能的。巴萨耶夫根本没有进入国防委员会，也未能领导任何一个机构，尽管他有相当高的威信。”
3月9日，车臣非法武装的发言人宣称，根据马斯哈多夫在2002年与其他领导人达成的协议，车臣伊斯兰法院院长阿卜杜尔·哈利姆·萨杜拉耶夫已经成为所谓“伊奇克里亚共和国”领导人。
3月10日，被俄罗斯重金通缉的车臣非法武装三大首领之一的巴萨耶夫，通过车臣武装分子的网站对这一决定表示支持，号召车臣人民服从萨杜拉耶夫的领导。巴萨耶夫指出，在马斯哈多夫的死讯被确认之后，车臣各派武装决定推选萨杜拉耶夫为新的领导人，他本人和其他车臣武装组织都将效忠萨杜拉耶夫。同时，他还称赞马斯哈多夫是所有车臣武装人员的“榜样”，呼吁支持者们要像马斯哈多夫一样有足够的“勇气、耐心和坚定信念”，与俄罗斯联邦军队长期周旋，直至实现车臣的最后独立。
与此同时，流亡在阿塞拜疆首都巴库的马斯哈多夫的儿子安佐尔也站出来表态——他曾一度宣称要子承父业，安佐尔证实，萨杜拉耶夫的继任，几年前，就由他父亲与其他武装首领共同商定好了，没什么可争议的。这样，在马斯哈多夫死后48小时内，车臣非法武装就顺利地完成了权力过渡。
但是，萨杜拉耶夫——这位马斯哈多夫的继承人、车臣流亡政府的首脑，究竟是何许人，人们却是一团迷雾，就连俄罗斯情报部门也不甚清楚，他们一会儿说他是沙特阿拉伯人，一会儿又说他是土生土长的车臣人。有人说他没有任何战斗经验，也有人说他久经沙场，曾参与制造几起重大的恐怖事件。萨杜拉耶夫情况不明，今后，在相当长的一段时间里，车臣非法武装将执行什么路线，就很难揣摸、确定。不少人认为，这个名不见经传的萨杜拉耶夫很可能只是巴萨耶夫的傀儡，是他操纵的前台木偶。车臣武装反叛第一代首领，巴萨耶夫是唯一还活着的人，也是车臣武装集团中声望最高、实力最强的人。如果真是这样，车臣非法武装中，强硬派和激进势力将成为主宰，俄罗斯反恐将面临长期的考验。
马斯哈多夫之死还给俄罗斯反恐行动带来一些小小的麻烦。当初，俄官方曾信誓旦旦立下高额悬赏——1000万美金抓获马斯哈多夫，并许诺将为提供线索的有功人员进行整容，改变其身分，通过合法途径将其送到安全的国度，如今，这笔重赏是否能够兑现？如何兑现？
3月8日晚，媒体就此询问俄联邦北高加索地区反恐行动指挥部发言人沙巴尔金少将，这位发言人面有难色，吞吞吐吐：“我不负责钱的事情，这不属于我的职责范围，因此，我无法对此事发表评论。”
同日，普京在接见俄罗斯内务部长尼古拉·帕特鲁舍夫时，明确表示要对此次反恐行动的有功人员予以奖励。车臣副总理小卡德罗夫在车臣也表示，应当兑现当初悬赏的金额，但他们均未明确奖励的具体对象。或许，这也是为受奖人的安全着想。
如何处置马斯哈多夫的尸体，也是一个麻烦。根据俄联邦刑法第205条（反恐条款）的规定，像马斯哈多夫这样的恐怖分子，尸体是不能交给家属的，就连掩埋的地方都属于机密。所以，3月8日，俄联邦北高加索地区反恐行动指挥部发言人沙巴尔金少将发表马斯哈多夫被击毙的消息时，就明确宣布，马斯哈多夫的尸体不会移交其亲属。当时，车臣副总理小卡德罗夫则表示，“如果有人提出要求”，政府将会同意把马斯哈多夫的尸体交给其亲属安葬，但前提是必须完成“所有的法律程序”。小卡德罗夫认为应当按照伊斯兰的传统，由家属安葬马斯哈多夫。3月11日，马斯哈多夫的第一个妻子库萨玛在互联网上发表了她致俄罗斯政府的公开信，要求莫斯科归还她丈夫的尸体。如此，如何处置马斯哈多夫的尸体，或许会引发出一场法律的和宗教的问题，这对俄罗斯反恐必将造成重要影响。
马斯哈多夫被击毙后，俄罗斯并未停止斩首行动。
2005年3月13日，车臣共和国内务部新闻局局长阿察耶夫向媒体宣布，车臣护法机关于当天在首府格罗兹尼的特别行动中，击毙了当地非法武装的新头目曼萨罗夫。阿察耶夫说，3日上午10时左右，曼萨罗夫在格罗兹尼的五一街抗拒警方抓捕时被击毙。护法机关人员在行动中有一人负伤。他还说，刚刚担任格罗兹尼非法武装头目的曼萨罗夫涉嫌组织炸军车、杀害警察和平民以及抢劫等恐怖犯罪活动。曼萨罗夫的前任图尔恰耶夫是2005年2月18日被车臣警方在格罗兹尼击毙的。图尔恰耶夫一直负责协调非法武装在格罗兹尼以及车臣中部地区的行动。2004年8月21日夜，他组织非法武装分子在格罗兹尼发动袭击，导致数十名车臣警察和平民死亡。
2001年10月30日，应俄罗斯政府要求，丹麦警方在首都哥本哈根逮捕了车臣“副总理”艾哈迈德·扎卡耶夫。扎卡耶夫是车臣“总统”马斯哈多夫派驻丹麦的特使，出席哥本哈根召开的“车臣国际会议”，俄罗斯政府怀疑他卷入了莫斯科文化宫人质绑架案。据丹麦警方披露，扎卡耶夫是在一家酒店被捕的。当时，该酒店举行的“车臣国际会议”刚刚结束，扎卡耶夫是会议主倡者之一。他将在丹麦出庭接受讯问。
“车臣国际会议”于10月底在丹麦哥本哈根落幕，与会者均是一些车臣分离主义运动的支持者，扎卡耶夫是该次会议的主要倡导人。俄罗斯政府一直反对召开此次会议，并要求丹麦制止会议召开，由于遭丹麦拒绝，俄方极为不快。莫斯科方面指出，有多名恐怖分子参加了这次会议，丹麦允许该会议召开，显示哥本哈根政府未能履行其国际反恐职责。
俄罗斯政府要求丹麦政府立即引渡扎卡耶夫回俄罗斯受审。俄罗斯国家杜马主席根纳季·谢列兹尼奥夫在杜马发表的讲话说，这是“一个好消息”，“有必要尽快把扎卡耶夫引渡回国”。除了被怀疑卷入莫斯科绑架人质事件外，扎卡耶夫还涉嫌与一系列武力袭击案有关。根据俄罗斯警方公布的一份声明，扎卡耶夫有可能在1996年至1999年间参与了车臣叛匪发动的一系列武装袭击行动。
然而，筹备“车臣国际会议”的丹麦组织者对扎卡耶夫的被捕表示愤怒。在获悉扎卡耶夫被捕的消息后，“车臣国际会议”组织者之一——汤姆斯·拉尔森表示愤慨，他指出，俄对扎卡耶夫的指控毫无根据，逮捕行动是俄罗斯的计谋。他称莫斯科方面把所有车臣人都说成是恐怖分子。
丹麦是在巨大压力下对俄罗斯的拘捕要求作出回应的。普京和欧盟各国领导人预定于11月11日在哥本哈根会晤，由于丹麦允许分离主义分子在哥本哈根集会，俄罗斯对此表示抗议，普京也取消了对丹麦的访问，俄罗斯与欧盟的峰会也改址布鲁塞尔举行。
然而，丹麦驻莫斯科大使维辛表示，丹麦法律“不允许”把扎卡耶夫引渡到俄罗斯，俄罗斯虽然已经暂停执行死刑，但死刑判决依然有效。按照程序，扎卡耶夫将被扣留13天，从10月30日到11月12日，到时，扎卡耶夫将被遣送出境——去第三国（英国）政治避难。