为了防止漏网的恐怖分子化装成学生家长逃窜，当晚，俄联邦警方在别斯兰市所有出入口都设置了武装哨卡，封锁了北奥塞梯边境，军警仔细搜查了所有居民楼和其他建筑，相篦头发一样，每一个房间都不放过。
别斯兰市的局势逐渐平稳下来，下半夜在街上巡查的警察已明显减少，街口的大检查站已经撤去。3日晚上八九点钟时，曾有3名儿童被几名恐怖分子劫持，藏进民房。但在俄联邦特种部队的严密搜寻下，恐怖分子被击毙。3名儿童2人死亡，1人受伤。
与此同时，在车臣几个地区持续约两周的战斗后，俄军成功俘虏了约50名准备在达吉斯坦共和国境内发动恐怖袭击的武装分子。
俄国防部“东方”特种山地作战营指挥官苏里姆·亚玛达耶夫表示，在战斗中他们缴获了大量武器，包括30支冲锋枪、3个火箭筒、一个自动式火箭筒、防空装备、20公斤爆炸装置、录像机、16枚地雷、大量子弹和两艘充气橡皮艇。他透露，有情报显示这些武装分子得到了50万美元，并准备在达吉斯坦境内发动袭击。
9月6日这天，莫斯科和千里之外的别斯兰市同时下起了蒙蒙细雨，举国悲恸，苍天垂泪，整个俄罗斯都在为300多名和平居民的不幸去世而哭泣，为俄罗斯的苦难和不幸而哭泣。从清晨起，俄罗斯全境及驻各国使、领馆一律下半旗志哀。在首都莫斯科，克里姆林宫也降半旗为别斯兰人质事件中的遇难者致哀。文化部门和广播、电视系统停止了所有娱乐活动。普京与政府成员在克里姆林宫举行会议前，全体起立，为别斯兰事件的罹难者肃立默哀。
一名俄罗斯妇女在位于首都莫斯科的北奥塞梯共和国代表处门前，用鲜花和泪水哀悼在别斯兰人质事件中的遇难者。
此时，别斯兰凭吊和安葬死难者的工作已进入第二天，这一天，有200多具死者遗体被安葬。这座北高加索小城，整天都笼罩在悲风秋雨之间。由于死亡人数太多，当地政府只好在郊区临时辟出新的墓地。这一天，别斯兰市几乎所有的交通工具都在朝一个方向行驶，所有的男人肩上都抬着大大小小的棺木，所有人的眼里都噙满泪水。潮湿阴暗的墓地，鲜花噙泪，堆满坟头。死者亲人悲怆的哭声上冲九霄，下临地狱，鬼神闻之，无不垂泪。
新开辟的穆斯林与基督教徒的墓地相距不远。基督徒坟头插上十字架，而穆斯林教徒的坟头插上木桩，上面都镌刻着罹难者的姓名、出生日期和遇难时间。不少家属还在十字架上镶嵌了孩子的照片，让人看到的是一张张活泼可爱的笑脸。
13岁的小姑娘塔马耶娃是第一个入土的罹难者，她身旁安葬着年仅40岁的母亲，母女俩都是别斯兰事件中的不幸罹难者。
北奥塞梯总统扎索霍夫在悼念会上呼吁共和国居民团结起来。俄联邦委员会（议会上院）主席米罗诺夫、俄总统驻南部联邦区全权代表雅科夫列夫等人也出席了悼念会。
9月7日，俄罗斯13万民众冒雨在首都莫斯科举行主题为“俄罗斯反对恐怖”的集会，悼念在别斯兰人质事件中遇难的同胞，用鲜花和泪水表达了整个俄罗斯与别斯兰人民同呼吸、共命运的心声。来自莫斯科市政府的代表以及俄文化界、艺术界的许多著名人士来到位于市中心克里姆林宫旁的瓦西里斜坡参加集会。
集会在一分钟默哀仪式中开始。
莫斯科市长卢日科夫在集会上发表讲话说，莫斯科的天空在为遇难的人质哭泣，同样经历恐怖袭击的莫斯科人能够比其他人更加深刻地感受恐怖主义的危害。他说：“面对毫无人性的恐怖分子，我们不能软弱，大家团结起来就能够战胜并且一定要战胜恐怖主义。”
著名滑冰运动员伊戈尔·博布林在一个广告中说：“最近几天发生的事件只能称之为战争，”“我们必须感觉到，我们正肩并肩站在一起。”电视台还播出了6日俄罗斯其他城市举行的类似集会，其中包括第二大城市圣彼得堡的1.5万人集会。除了俄罗斯，独联体国家与世界许多国家的民众也纷纷举行自发的悼念活动。
乌克兰总统库奇马6日颁布命令，要求全国上下在7日中午12时整默哀1分钟，以悼念俄罗斯北奥塞梯共和国别斯兰市劫持人质事件中的遇难者。此外，库奇马已责成乌政府在一周内将乌方捐赠的人道主义救援物资转交给俄罗斯方面。
哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、土库曼斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦五国总统纷纷致电或前往俄罗斯驻当地大使馆，就俄罗斯北奥塞梯别斯兰市发生的劫持人质事件向俄罗斯人民表示慰问，并对死难者表示哀悼。
哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫6日赴俄驻阿斯塔纳大使馆并在留言簿上写道：“哈萨克斯坦过去、现在和将来都坚定不移地支持俄罗斯反对恐怖主义的正义斗争，哈准备为在这次毫无人性、残暴血腥的恐怖袭击中受害的无辜者及其家属提供一切所需要的帮助。”
乌兹别克斯坦总统卡里莫夫6日在俄驻塔什干大使馆对新闻界表示：“别斯兰市的恐怖事件绝不是偶然的，它完全可能再次发生在任何国家、任何城市和街道，恐怖主义这一毒瘤正在向整个人类社会发起挑战，国际社会应该采取切实可行的措施，团结一致消除这一祸害。”他在使馆留言簿上写道：“我们同俄罗斯人民的心永远紧密地联系在一起，不管是在快乐的时候，还是在面对考验的时候。”
土库曼斯坦总统尼亚佐夫4日在致俄总统普京的电报中说，土库曼斯坦政府和人民严厉谴责别斯兰人质事件，支持国际社会的反恐行动，并对死难者表示沉痛哀悼。他指出，这一恐怖事件“再次提醒我们，必须刻不容缓地团结一切爱好和平的力量，联手打击恐怖主义”。
吉尔吉斯斯坦总统阿卡耶夫4日在致普京总统的电报中指出，最近一段时间发生在俄的一系列恐怖事件都是属于同样的性质，它们应该被看做是对整个人类社会的恶毒进攻，吉政府和人民坚决支持俄领导人采取的打击恐怖主义的行动。他呼吁国际社会声援俄罗斯的反恐斗争。
塔吉克斯坦总统拉赫莫诺夫5日致电俄总统普京，严厉谴责发生在别斯兰市的人质事件，对在恐怖袭击中丧生的无辜者，特别是大批被害的妇女和儿童表示深深的哀悼。
9月6日，大批民众聚集在意大利罗马举行烛光集会，悼念俄罗斯别斯兰劫持人质事件的遇难者。其他国家如波兰、保加利亚、乌克兰、印尼等国也有民众前往俄罗斯驻当地大使馆门前献花悼念遇难人质。
早在9月1日，联合国安理会就应俄罗斯的要求举行了紧急会议，对俄罗斯境内最近发生的恐怖袭击事件表示最强烈的谴责。联合国秘书长安南再次重申，他谴责一切形式的恐怖活动。
正在荷兰举行的欧盟外长会议称此次绑架事件是一次“人类悲剧”，表示欧盟与普京站在一起。
加拿大总理保罗·马丁表示：加拿大对发生在北奥塞梯的血腥恐怖事件感到愤慨，对于绑匪向逃跑的儿童开火的惊人举动感到愤慨。马丁指出：在俄罗斯人和世界各国都为这一事件震惊的时候，我也想表达加拿大人对于全球反恐事业团结一致、继续合作的坚定决心。
美国总统布什发表讲话说：“（此次别斯兰中学人质劫持事件）再次提醒世人，恐怖分子对文明世界的攻击可以达到何种程度。”美国认为恐怖分子应当为此次人质事件负责。
英国首相布莱尔也致函俄总统普京，谴责恐怖分子“丧失人性”。
在相当长一段时间里，别斯兰人质事件成为世界反恐怖主义舆论的中心话题，有人将它称为俄罗斯的“9·11”。它的伤痛，它的影响，由此而引发的教训，将长久地回荡在世人的心底。
别斯兰事件引起俄联邦政府高度的重视。事发后，俄当局采取紧急措施，力争妥善处理善后工作，将损失和影响降到最低。俄罗斯情报部门和检察机关立即成立了专门机构，负责调查此案，着眼于缉拿元凶。国家杜马也成立了相应的委员会，从另一角度介入此项工作。
俄联邦采取的主要措施包括：
（1）彻底搜捕“漏网之鱼”。
9月4日，普京总统在别斯兰市召开由各强力部门领导人参加的会议，下令封锁别斯兰市，关闭北奥塞梯共和国边界，全面缉捕所有参与恐怖活动的人。
9月中旬，俄罗斯联邦副总检察长科列斯尼科夫就在电视节目中明确宣布：已经有足够的证据证明，发生在别斯兰的人质事件是马斯哈多夫和巴萨耶夫策划的。
9月17日，巴萨耶夫在一个车臣分裂主义网站上发表声明，宣称对俄罗斯最近发生的一系列恐怖袭击事件负责。巴萨耶夫说，他的团伙对莫斯科汽车站爆炸案、俄罗斯两架飞机坠毁、莫斯科地铁爆炸案和别斯兰学校人质事件负责。这些恐怖袭击共造成430多人丧生。在承认制造了袭击的同时，巴萨耶夫还惊人地表示，他写信给俄罗斯总统普京，建议以“独立换安全”。他说，如果俄罗斯军队撤离车臣，他们就不会再支持和资助袭击行动。
9月24日，马斯哈多夫以个人名义在网上发表声明，除了再次否认他与别斯兰事件有关外，还对巴萨耶夫进行谴责。马斯哈多夫宣布，将来一定会把巴萨耶夫这样的恐怖分子送上法庭。他在声明中解释道：“很不幸，在战争状况下，将犯有这种罪行的人绳之以法几乎不可能。尽管如此，我宣布，有违法行为的个人，将在战争结束后被送上法庭，其中包括沙米尔·巴萨耶夫。”
马斯哈多夫的儿子安佐尔亦向媒体表示，在别斯兰事件发生后，他父亲曾经通过中间人与俄有关方面联系，希望允许他前往别斯兰说服武装分子释放人质。对他的说法，人们半信半疑。
10月29日，俄罗斯联邦安全局局长帕特鲁舍夫在俄国家杜马会议上指出，巴萨耶夫、马斯哈多夫，以及“基地”组织成员，都是俄北高加索地区一系列恐怖事件的鼓动者，而巴萨耶夫是别斯兰恐怖活动的策划和组织者。这起袭击事件是车臣非法武装和“基地”组织相互勾结所为。车臣非法武装头目沙米尔·巴萨耶夫是事件主谋，而“基地”组织在车臣的代表阿布·奥马尔·赛义夫则提供了资金援助。
至此，这起恐怖事件的罪魁祸首已经认定，与此同时，俄联邦当局对参与别斯兰中学恐怖袭击的个人身份的确认也取得了进展。
恐怖分子的4个头目来自该地区不同的4个民族：一个车臣人，一个俄罗斯人，一个印古什人，一个奥塞梯人，其中3人都已被击毙，罪有应得。
这次恐怖行动的总头目是“上校”，其真名是多库·乌马罗夫。他来自印古什南部，据说是恐怖集团的高层人物之一。此人在马斯哈多夫政府中曾任车臣共和国安全部长。2002年8月，他出任“西南方面军”司令，曾率领1000多名非法武装分子在山区与俄军进行游击战。
另一名恐怖分子头目是“凡托马斯”，其真名是叶夫洛耶夫，可能是巴萨耶夫的一名前保镖，是俄罗斯人。“凡托马斯”曾与巴萨耶夫一起策划了6月22日对印古什的袭击。
第三名是弗拉迪米尔·科多夫。一年前，他离开自己居住的北奥塞梯的村庄时，还是一个害羞、笨拙、缺乏自信的年轻人。他长着胡子，戴着一个穆斯林祈祷帽，对男性喜欢的排球和饮酒毫无兴趣。他父亲曾是一名前苏联军官。父亲也许做梦也没想到，自己的儿子竟会沦落为一名恐怖分子，一个制造惊天大案的冷血杀手。但是，他最终未能逃脱恢恢法网，他是俄警方唯一逮住的两名活着的恐怖分子之一。
1995年，科多夫的弟弟鲍里斯在一次争吵斗殴中刺死了一个人，被判8年监禁。科多夫常去探监，一次，他在探监途中涉嫌强奸一名年轻女孩，自己也成了警方通缉的对象，只得四处逃窜。鲍里斯出狱后，绑架了一名年轻女孩，想要霸占她。女孩的哥哥为了“家庭荣誉”，于2003年7月一枪打死了鲍里斯。鲍里斯下葬那天，失踪多日的科多夫回到了村庄，遭警方逮捕。但不知什么原因，第二天，他就自由了，警察甚至用车将他送回家。当地人怀疑警方可能收受了他的贿赂。3天后，科多夫又消失了，据说藏身车臣，改名“阿卜杜拉”，成为车臣叛军头目巴萨耶夫的部属。在别斯兰人质事件中，他是恐怖分子中最残忍的一个。
侥幸生还的女人质扎利娜·爱尔比戈娃从电视画面上一眼就认出了科多夫，她对记者说：“他是恐怖分子4个头目中的一个。他称自己是阿卜杜拉，他是他们中最残忍的人之一，比其他绑匪更冷酷，他拒绝给孩子们水喝，甚至大声呵斥和阻止另外两名给人质喝水的同伙。他说一口流利的俄语，但我们没人知道他竟是北奥塞梯本地人。”
俄罗斯特种部队发起进攻后，科多夫和几名恐怖分子命令60名人质来到体育馆边的学校小卖部，试图让他们成为“人盾”，阻挡住通往体育馆的入口通道。
据称科多夫被逮捕之后，在监狱中曾经试图自杀。另一种说法是科多夫已被现场击毙。
“马加斯”是第四名恐怖分子头目，其真名叫阿里·塔兹耶夫，现年30岁，是一名前俄罗斯官方警察。他是警方在确定恐怖分子身分的过程中的一笔意外收获。6年前，即1998年10月10日晚，塔兹耶夫与其搭挡在纳兹兰市护送印古什总统顾问的妻子。突然，两辆汽车把他们三人夹在中间。恐怖分子将他们3人押上汽车，朝车臣方向疾驰而去。几个月后，总统顾问的妻子被释放，随后，人们又发现了另一名警官的尸体，但阿里·塔兹耶夫警官却活不见人、死不见尸，生死不明。他的家人一直认为他也被车臣武装分子给杀死了，直到2001年，家人才放弃继续寻找他的尸体。几个月前，恐怖分子袭击印古什的时候，有人似乎看见过他的身影，没想到，这一次，他竟然以恐怖分子头目的面目出现在别斯兰，而且被当场击毙。印古什内务部副部长穆萨·阿皮耶夫向英国《星期日电讯报》记者指证道，尽管塔兹耶夫身份证上的名字已经改为“马古梅特·耶夫罗耶夫”，而且在作案时又改称为“马加斯”，但警方还是认出了自己昔日的同行。他是警察中的败类。