奥托依然心系南方，为此足足等待了十年，意大利那边传来了好消息，“阿尔贝利克终于死了”。那个被他临终前扶上教皇宝座的儿子——约翰十二世，此时已经是一个25岁的浪荡青年了。这是一个精力旺盛的教皇，不仅对尘俗间的声色犬马出奇的热衷，在神权统治上也依然野心勃勃。
约翰十二世打算扩展教皇国的领土，在贝伦格尔手中抢占一些地盘。怎料意大利王也早就将教皇国视作为一块嘴里的肥肉，两人一对峙，约翰十二世自感形势不妙，诵经的教士哪里是持剑的武士对手呢。于是他不得不求助德意志的奥托，请求其出兵保护教皇国的安危，并许诺将授予其皇帝之冠。于是，奥托携妻子阿德莱德得以重返意大利。
公元962年2月2日，奥托和妻子一起被加冕为皇帝，为了这一天，奥托大帝自执掌德意志以来，足足等待了27年。
这个帝国包括德意志和意大利的中北部地区，自800年查理曼帝国的建立和瓦解之后，一个崭新的帝国再度崛起于西欧，因为在疆域上少了法兰西，所以这个帝国还是有别于查理曼帝国的。13世纪以后，人们称奥托创建的帝国为“神圣罗马帝国”，皇帝的身份也一直与德意志国王紧密联系在一起，并一直延续到19世纪初，终被拿破仑的一纸法令所废止。不过在大多数的时间里，这个帝国徒有一副躯壳，身体里是永无休止的分裂和纷争。“神圣罗马帝国”在800多年的历史中既没有统一的法律，也没有行政机构和国家税收，甚至连一只军队都没有。
18世纪法国启蒙思想家伏尔泰对其评价道：“这个所谓的神圣罗马帝国，既不神圣，亦非罗马，更不是帝国。”
奥托大帝在政治上的行为和举措，对德意志历史的影响，远比父亲“捕鸟者”亨利要深远的多。因为奥托更加深刻的与罗马天主教会牵扯上干系，而造就了德意志历史浓烈的宗教色彩。当其第二次南下意大利时，为了免除国内的后顾之忧，有效牵制其它不安分的诸侯，特地从罗马教皇那里获得了一项特权——既可以由自己来任命德意志的地区主教，这就是所谓的“奥托特权”。
他任命了自己的兄弟为科隆大主教，儿子为美因茨大主教，还任命一个王族为特里尔大主教。这还不是最主要的，奥托大帝将大片的土地，连同其范围内的行政司法大权赐给以上三位大主教，这样，主教辖区俨然成为了一方诸侯国。这在当时是一个颇具想象力的政治布局，利用宗教的力量，稳定了德意志内的权利制衡。
但是另一方面，奥托的这一招对德意志的历史也是贻害无穷，天主教会自此成为这一地区长时间无法摆脱的羁绊，在整个中世纪的历史中，德意志在各种政治、宗教力量的纠缠中，始终难以摆脱分崩离析的状态。
此外，自诩为查理曼继承者的奥托大帝，也一样奉行保护基督教信仰的光荣使命。奥托承认自丕平和查理曼时代起，历代帝王们所给予天主教会的各种赠予，同时也要求杜绝教皇选举中的混乱无序，强调必须根据教规合法选举，而且教皇要向皇帝宣誓效忠。如此重要并影响历史进程的承诺和文件，居然是与一个最离谱的教皇，约翰十二世签署的，这多少有些令人匪夷所思。不过这位年轻教皇倒懂得察言观色，对面前这位北方壮汉的一切要求，满口答应。似乎一切都安排的妥当无虞了，奥托离开了罗马。
不过他很快就回来了，可能根本就没想走远，因为他知道，这个约翰十二世根本就是一个靠不住的家伙。奥托刚一离开，他就开始与昔日的敌人贝伦格尔接触上了，还有其他一些敌视德意志人的意大利贵族。963年11月，奥托一回来，便要求罗马人发誓将来不能推举没有得到德意志皇帝首肯的教皇。紧接着是对约翰十二世的审判，罪名几乎快要罄竹难书了：杀人、发伪誓、亵渎圣灵、买卖圣职、****民女……。不出一个月，这位私生活极其丰富的人，在一个完全不属于他的位置上稳坐九年后，终于被赶了下来。
谁来接任呢？自然是唯德意志马首是瞻的人，一个教廷的文献管理员，不知何故获得了奥托大帝的青睐，竟然在一天之内连升****，完成了所有教级的祝圣礼。从普通信徒，跳过执事、司铎和主教，跃升为天主教的最高首领——罗马教皇，新教皇名叫利奥八世。刚刚由皇帝亲自确立的教皇选举原则，奥托自己先将其打破了。
但是很快，奥托一走，利奥八世就被赶了下来，奥托旋即又返回罗马，流放篡位教皇，扶正利奥八世。事实证明，教皇的宝座是足以令人折寿的，两度上任，在位时间加一起才一年多点的利奥，这番折腾之后，死在了还没坐热的教皇之位上。真是太不给“慧眼识珠”的皇帝争气了，早知如此，那份文献管理员的工作，起码可以让自己多享受几年尘世时光吧。
此时奥托还龙体健安，虽已远在德意志，但是仍具有慑人的威严。罗马人没敢妄动，在得到皇帝的认可后推选了约翰十三世做教皇，他是当年“****时期”里，那位妹妹的儿子。但是不久，罗马的反对派贵族就把他赶了下来，并将其关进了监狱。所幸的是，约翰十三世很快就越狱了，而且没有去找奥托，仅仅在自己家族势力的帮助下就再次恢复了教皇的职位。
奥托大帝得知此事，感到局势不妙，于是在965年，第三次率军南下。很快，不同政见者遭到了德意志军队的镇压，罗马城的局势稳定了，约翰十三世只得服帖的对德皇言听计从。两年后，皇帝的儿子，奥托二世在父亲的注视下，于罗马接受了加冕礼，奥托大帝在意大利居住了整整八年，每天都盯着罗马教会的一举一动。
972年，倍感英雄迟暮的奥托大帝回到德意志，一年后就撒手而去了，儿子奥托二世继位。同年，在皇帝眼皮底下苦挨了七载之久，刚刚摆脱束缚仅一年的教皇约翰十三世，也随奥托一命归西。