不过刚刚翻身解放的基督教，却在内部产生了激烈的争吵。这一点其实并不奇怪，耶稣在世时，第一代使徒们也是心志各异，基督过早的登天而去，留下了信仰细节上的大片空白，彼得和保罗就曾为此而激烈的辩论过、争吵过。
在绵延300年之久的传道过程中，使徒们走向四面八方，在各地形成了不同的信仰模式，他们都坚信自己的思想才是真正秉承着基督的遗志。甚至对于耶稣的身份判定，各地各派别的标准也有很大不同，至于教义、礼仪和道德教规更是千差万别，难以统一。
传统的耶路撒冷派认为耶稣是上帝之子，是被派到人间的救世主，保罗则将耶稣提升到了神的高度，地位等同于上帝。于是，分歧便出现了，究竟是一个神还是两个神呢？这个问题还在争辩之中时，又衍生出“圣灵”这个概念，也被很多基督徒尊为神。现在就是圣父、圣子、圣灵三个概念了，如果承认三个概念都是神，那么基督教信仰中最核心的独尊一神岂不成了谎言。对此疑问，正统派给了一个令人费解的答案：
神，还是只有一位，它具有圣父、圣子、圣灵三重人格，而这三者又存在于同一神的实体中。那么在这个信仰体系中，耶稣究竟是神还是人呢？如果耶稣是人，那么救赎也就失去了意义，一个凡人哪有资格替全人类赎罪呢？如果耶稣是神，那么他的受难就容易被理解为是走走形式而已，神怎么会像凡人一样惧怕肉体的痛苦呢？因此，正统派认为，耶稣具有完全的神性和完全的人性，他即是人，也是神。
这就是所谓的“三位一体”理论，成为了日后基督教发展中的重要思想核心，但是这个抽象的理念很令人费解。教会认为这是“神的启示”：不能靠理性来领悟，只能靠信仰来接受。历史中无数人对它产生过怀疑甚至否定，很多人因此而丧命。“三位一体”之所以能够被尊为教会信仰的正统理念，也是源自君士坦丁大帝的一念之差。
否认“三位一体”的声音，比“三位一体”的产生时间还早，并同样具有广泛的影响。与君士坦丁同时代的埃及亚历山大神学家阿里乌斯，其观点与正统基督教信仰存在分歧，他认为耶稣虽然可以在宗教仪式上被称作上帝，但并不是上帝，仅仅是一个超越时间的上帝所造，一个获得神启的先知而已。阿里乌斯派的影响范围非常广泛，信徒的传教愿望也很强烈，罗马帝国东部地区几乎都被这种信仰所控制。基督教的这种分裂局面是君士坦丁所没有预料也无法接受的，他不希望一个分裂状态的强大信仰继续割裂来之不易的帝国统一。
325年，君士坦丁大帝召集各地的主要宗教领袖，在小亚西北部的尼西亚召开了一次宗教会议，要求务必统一基督教信仰。大会开幕式由皇帝亲自主持，激烈的教义辩论和争吵令君士坦丁昏昏欲睡，因为他对教义本身没有丝毫的兴趣，他现在的身份也不属于基督徒。辩论结果不分高下，谁也说服不了对方放弃立场，君士坦丁一开始是倾向于阿里乌斯派的观点，但最后可能是受到了身边亲属的影响，君士坦丁大帝作出了一个历史性的决定：“三位一体”为正统！随即将阿里乌斯派斥为异端，这次会议的最重要结果就是《尼西亚信经》的确定，皇帝需要的仅仅是信仰统一，停止无益于帝国大局的争吵。
会后，阿里乌斯遭到放逐，但是他的教派没有瞬间绝迹，而是苦苦挣扎了多年。
五年后，君士坦丁大帝决定将帝国首都东迁至亚欧大陆交界处的西岸，紧扼黑海、地中海交通要冲的拜占庭，并将其命名为“君士坦丁堡”。这个完全按其个人意志建造起来的“新都城”，明显有别于“旧都”罗马，其在建筑和外观上已呈现出很多基督教的特征。
据说，君士坦丁大帝直到生命行将结束之际，才受洗成为一名基督徒。当圣水流经身体时，他说道：“这是一个我期待已久的时刻，我渴望它的来临，我期待上帝的拯救。”耐人寻味的是，他接受的竟然是一位阿里乌斯派传教者的洗礼，这是公元337年，尼西亚会议12年后的事情了。