接下来，在希特勒的阴谋筹划下，德、意、英、法四个国家重新划定了中欧的边境线，纳粹德国不费一枪一弹兼并了奥地利和捷克苏台德地区。墨索里尼成为其坚定的帮凶，而惧怕战争的英、法两国则采取了消极的绥靖政策。
如果放在几百年前，这些举动自然都缺少不了罗马教廷的参与，但是此刻蜷缩在梵蒂冈城墙内的天主教信仰中枢，已经是个人微言轻的角色。面对那么多笃信天主教的信徒失去家园或不情愿的改变国籍，教皇也是无能为力。庇护十一世将《慕尼黑协定》形容为“民主制度向黑暗势力有条件的投降！”但是这样铿锵有力的话语已影响不到政治巨头们的决策了。
1939年，被墨索里尼和希特勒玩弄的精疲力竭的庇护十一世，在悲愤中离世。十年来，他亲眼见证了两位法西斯狂人一步步强大，一点点将欧洲拉入战争的深渊，而他自己已无力去改变什么，梵蒂冈也将势必背上助纣为虐的恶名。教皇闭上眼睛后没几天，便是《拉特兰条约》签署十周年纪念日。
半年后，德国坦克飞速碾过波兰边界，世界大战再度爆发。
二战行将结束之际，罗斯福、丘吉尔和斯大林设计出一套崭新的世界体系。在这个体系里，欧洲从德国中部到亚德里亚海滨，亚洲从三八线到台湾海峡，一道无形的铁幕构筑起新的意识形态对抗，即基督教信仰对唯物论。
100之间，时代和环境，都已发生了翻天覆地的变化。梵蒂冈教廷意识到，无论是从政治还是普通民众的角度，基督教信仰已不是那么重要，但仍然不可缺少。因此，以罗马教廷为代表的天主教会，处境尴尬，不得不进行自我调整以适应时代。
1962年10月11日，梵蒂冈第二届大公会议在罗马的圣彼得大教堂举行，世界各地设有天主教分支机构的教会组织，均派代表从四面八方来到罗马。这次会议的一个最明显的特征就是：放下姿态，学会低调。在几百年前，那些足以致人于死地的教条和规则，统统被抛弃了。天主教的繁复礼仪得到简化，可使用所在地的语言进行弥撒等圣礼，也没有人再刻意强调“教皇永无谬误”这样的腔调……。
这次大公会议后，梵蒂冈教廷开始尝试与其它教派修好。路德宗，这个当年被天主教会痛恨的咬牙切齿的宗派，与梵蒂冈达成了和解。而对于犹太人和穆斯林，教会适当的反思了历史中的敌视姿态，承认他们的信仰，主动伸出示好和解的手。教皇保罗六世还与君士坦丁堡牧首阿德那哥拉一世发表联合声明，宣布撤销双方在1054年的绝罚令。
在1975年举行的和解10周年庆典上，保罗六世在西斯廷礼拜堂里，于众目睽睽之下跪在君士坦丁堡牧首代表面，亲吻了对方的脚。这一幕令人大呼意外，教皇却心安理得的解释道：“当年耶稣不也是为使徒洗脚吗？”貌似屈尊的行为，内心的潜台词依然是显示尊严，但是不管怎么说，梵蒂冈教廷的思维已经灵活了许多。