登基后，亨利马上宣布实行大赦，过去的宗教仇杀所积累的恩怨，一概不予追究，甚至那些扬言要刺杀他的狂热分子，国王也不去理睬。至此，法国宗教战争结束，举国上下生灵涂炭，千里饥贫，持续32年之久的战火已经使昔日的欧洲霸主，沦为一个贫穷的国家。
亨利四世清楚，新王朝和人民都需要休养生息，百废待兴，否则即使是天主教信仰也拯救不了这个国家。亨利将大部分精力投入到国家的复兴中，增强国力，关心百姓疾苦，他说：“我希望每个法国老百姓家中的锅里，都炖着一只鸡。”这样朴实而真诚的话语，出自一位16世纪的君主口中，令人感动之余，也觉得有些不可思议。这一点，亨利的骨子里，可能遗传了她外祖母的爱和仁慈，他经常微服私访，体察民情。同时，亨利认为法国再纠缠于信仰的斗争，已毫无益处。
1598年4月13日，亨利四世颁布了《南特诏书》。
“无论何时何地，严禁再提往事。不能因过去的恩怨而互相攻击、试探、谩骂或挑衅；不论以什么理由，不得以言辞或行动互相对抗、争吵、冲撞。要克己自制，像兄弟、朋友、同胞一样和平共处……”。“从现在开始，这就是法国的法律。”随即亨利四世庄严的在文件上签字。
《南特诏书》规定除天主教徒占绝大多数的城镇外，法国全境宗教信仰自由，不会再有人因信仰而被有组织的剥夺性命，天主教徒和胡格诺教徒享有完全平等的政治地位。在西方历史中，这是一份具有里程碑意义的文件。
亨利的列祖列宗，与宗教信仰皆有不解之缘。难道他忘记了查理曼大帝开创了“持剑传教”的先河吗？他也一定铭记万世敬仰的圣路易以天主教为精神的家园，而菲利普四世就在200多年前，使罗马教皇成为其囚犯。但亨利站在16世纪行将结束的时间点上，回首往昔，坚定他自己的选择。
在这个十字军的策源地，并为东征贡献最多生命的国度，在这个为铲除异端而战火屠城的地区，基督教信仰经过1500年的发展，终于以法律的形式呼吁信仰宽容。单凭这一点，亨利四世已经走在这个世纪里，所有风云人物的前列。自1517年以来，宗教改革所带来的仇恨与杀戮已填满了整个世纪，除了彻底打破天主教的一统局面，释放了商业活力外，《南特诏书》的颁布是其最重要的成就。
亨利四世的成功表明，未必只有虔诚基督徒，才能成为好国王。古今中外所有帝王将相的经历验证，必要的勇气和适时的忍耐，终成大事。
不过，《南特诏书》遇到了很大的阻力，罗马教皇克莱芒八世指责其为“最最不幸的事件”。教皇特使严正的对亨利说道：“信仰自由是永远不存在的！”并开始筹划法国国王的婚姻，督促他迎娶意大利美蒂奇家族的玛丽为妻。但亨利并不为之所动，为了不彻底激怒教会，他前往修道院去斋戒祈祷，哪怕这仅仅是政治作秀。为了牢牢的控制住这位该宗的国王，天主教会和贵族势力毒死了已有孕在身的加布里埃尔，这令亨利悲痛欲绝。
信仰宽容了，但是仇杀一刻也没有停止。无论是天主教徒还是新教徒，在短时间内还难以与昔日的仇人融洽相处，这还需要漫长的磨合。但是起码现在的法国，已经没有战争。亨利四世的宽容和远见，为法国赢得了至少50年的和平局面。在之后的两百年中，宗教问题时而仍会在法国激荡起波澜，但是在大的趋势上，已被亨利定下了基调。尽管亨利的私生活混乱，情人无数，并最终导致与玛格丽特的离婚，但是天性浪漫的法国人容忍他的这些缺点，并感激他对国家的作为。亨利四世坐拥着巴黎的繁华，接受天主教的盛礼并不困难，没有哪位君王不喜欢炫彩铺陈。
1606年，他任命了一个叫做黎塞留的贵族青年为主教，但是他还只有21岁，与主教制度规定的年纪尚差两岁。于是黎塞留匆忙跑到罗马，谎报年龄后，以拉丁语向保罗五世教皇发表了一份热情洋溢的演说，教皇满心喜悦，赐予其职位。黎塞留随即表示，自己的年龄是假的，请求赦免自己的谎言，保罗五世感觉被此后生耍弄，但又不便收回任命，只得恩准，郁闷的说道：“你这个年轻人，日后必将成为一个大无赖。”亨利不会想到，日后继承其王冠的是儿子路易十三，但是统领这个国家的却是黎塞留。
1610年，已经57岁的亨利四世，被一名呼喊着“铲除胡格诺派”的狂热天主教徒刺杀于巴黎的街头。
三个亨利的结局竟如此雷同。