伊丽莎白的统治并非一帆风顺，他的身世也遭人非议，全欧洲的天主教徒都希望她倒台，而支持另一个血统更纯正的女人，亨利七世的曾孙女——苏格兰的玛丽女王。
这个著名的女人降生仅一周，便因父亲的死去而成为苏格兰女王。亨利八世希望玛丽做自己的儿媳，甚至不惜以战争促成婚姻，但是苏格兰对这门婚事天生抵触，便把年幼的玛丽送到了法国。后来她嫁给法国王子弗朗西斯二世，在巴黎的宫廷长大，成为了天主教徒，后做了不到两年的法国王后，因丈夫早亡，玛丽只得回到苏格兰。深深迷恋上法国宫廷生活的玛丽依依不舍，她的诗抒发了离别之情：“别了，法兰西！别了，那令人欢喜的海岸！一切都留在你那里，我将铭记这一切，我爱你，法兰西！”这时已是1561年。而此时玛丽的祖国已经在加尔文的追随者诺克斯影响下，皈依了新教，玛丽别扭的领导着这个国家。
天生娇媚的玛丽不懂权术，只想再婚，但是政治婚姻处处受到苏格兰新教徒的摆布，女王索性嫁给了一位贵族，并生下了一个男孩。没过几年，丈夫遭人谋杀，玛丽却被陷害，无奈逃亡到英格兰避难。论辈分，伊丽莎白是她的姑母。
玛丽因其血统而成为了一个烫手的山芋，如何处置让伊丽莎白在反复犹豫中度过了19年，玛丽也以囚犯的身份度过了19年。其实这很符合伊丽莎白的性格，不到万不得已，她不会下任何决定，对菲利普的求婚，她还不置可否，只等对方先发疯。欧洲的天主教势力一致认定玛丽更具纯正血统，应取代伊丽莎白的王位，否则将以武力完成这次换位。
1587年，伊丽莎白终于下定决心，将玛丽斩首，但将其遗体安葬在了威斯敏斯特教堂里的王室墓地。面对天主教报复的怒火，伊丽莎白想，如果我能抵挡住敌人的入侵，英国便永远不会再有天主教国王。
1588年，西班牙人菲利普二世痴情等待30年后，终于醒悟，此时他已年过六旬，伊丽莎白也已年逾半百，婚姻对谁来说都不那么重要了。失去耐心的菲利普对伊丽莎白已经由爱生恨，再加上英国的日渐强大，在海洋上的无耻行为，他发誓要踏平这个国家。不过他为自己30年的姑息付出了代价，英国已今非昔比，以抢劫起家的英国战船令那个时代的“航母编队”——西班牙无敌舰队，在英吉利海峡里全军覆没。西班牙自1492年开始的黄金时代，就这样敲响了尾章。
1603年，终身未嫁的伊莉莎白在临终前宣布：玛丽之子，苏格兰国王詹姆士六世将继任她，英格兰和苏格兰将组成一个国家，她知道，自己的继任者是新教徒。
随后女王拒绝一切治疗，直至在昏迷中安然离去，辉煌的伊莉莎白时代落下帷幕。都铎王朝1/3多的时间在这位女王的统治之下，她的作为打下了大英帝国的牢固根基。因伊丽莎白女王没有后代，都铎王朝终结，斯图亚特王朝开始。