1558年，玛丽再一次以为自己怀孕了，当最后的希望破灭后，她已几乎成为了疯子。而此刻他唯一的依赖，菲利普亦不在英国，在丈夫眼里，玛丽早已不正常了。任何一个感受过家庭温暖，度过无忧童年的人，恐难理解这位女王此时的心境，她在喃喃自语什么？无人清楚，她在为何而哭泣，也没有人知道。人们只知道，她的时日不多了。
但是，令人更不能理解的是，她已怎样的心态，将王位传给了伊丽莎白呢？这个曾一度险遭其砍了脑袋的妹妹，将要接替玛丽，成为下一任英国女王。
这一年的9月，表兄查理五世死在了西班牙，玛丽也感到死期临近。11月的一天，女王说自己梦见一群可爱的孩子围绕着自己，一定是那些她幻想过在自己体内，而根本就不曾存在过的生命。没过几日，她死了，终42岁。
身为一国之尊的骨肉，但在自己不到三岁时，父亲以法律之名杀死母亲，而后又有赖于法律的保护，才与断头台擦肩而过，伊丽莎白的坎坷经历，应该无人可以复制。非凡的经历给了她磨难，也给了她处世的禀赋，在她6岁的时候，一位大臣以这样的口吻形容她“谈吐之缜密，犹如40岁之人。”
1559年1月12日，25岁的伊丽莎白登基为女王，新教徒们欢呼雀跃。此时的英国刚经历过一段恐怖的岁月，信仰坚定之人纷纷作古，伊丽莎白将以其长达44年的统治，为国家疗伤，使之强大。
16世纪刚过一半，英格兰已更换了四位统治者，他们分别所持的信仰，代表着同一时代的欧洲。亨利八世是王权的信徒，爱德华六世被新教所架空，玛丽是坚定的天主教徒。而到了伊丽莎白这里，三岁即失去自由的她已没有什么信仰归属了， 她唯一能做的就是察言观色，保全自己。
13岁之前，她懵懂着跟随大人参加弥撒，因为父亲要求所有臣民行天主教之礼，但却与罗马决裂。之后的6年，她只得告别这些繁琐的礼仪，向新教靠拢，因为她的弟弟扶植新教。最近这5年，姐姐当政，她必须再度遵行天主教之礼，如不这样则性命难保。伊丽莎白女王意识到，在地理大发现的时代，再拘泥于信仰的偏激狭隘，对王权没什么实际价值。谁的船只行驶的更远，谁能占有更多的土地和财富，谁就更具发言权，商人如此，国王亦如此。
英国需要宽容的政治氛围，否则自己的臣民永远是循规蹈矩，没有活力，只知祷告的信徒。当政10年后，新教徒占多数的国会批准了《三十九条信纲》，此信条只是对克拉默的“四十二条款”稍作修改。这些信条具有伊丽莎白的宽容风格，“安利甘宗”成为了与路德宗和加尔文宗有所区别的新教体系。这种信仰同样将《圣经》尊为教义的最高权威，但在礼仪和体制上保留了一些天主教传统，坎特伯雷大主教依然是教会首领，只不过要由英王任命，与罗马毫无关系。
没有路德与加尔文，英国也建立了属于自己的新教。这种折中的方式意味着，它既可以团结天主教和新教中的温和派，也难免要得罪他们中的极端分子。很多天主教徒选择皈依国家教会，或者低调信奉罗马教会，这样不至于引来杀身之祸。但是那些顽梗人士，以及由罗马教廷派来的传教士却不会有什么好果子吃，伊丽莎白女王清楚这些人是少数派，于国家无益，必镇压之。
还有一部分人也不认可英国的新教会，这就是加尔文的信徒。他们希望整个世界都应该实行日内瓦那种神权统治，教会领导国家，这种理论怎能为世俗君主所接受呢？何况这些新教徒不是很尊重女性，更令女王对他们感到厌恶。这些人在英国有了一个新的称谓——“清教徒”， 伊丽莎白依然严厉的镇压其中的强硬派，不少人又选择跑回了大陆，在荷兰扎根。
清教徒们勤勉工作，生活节俭，信仰虔诚，对权威教会和政府的反抗，最终演变成一场政治革命，这是伊丽莎白之后的事情了。