胡斯殉道的消息传到了故乡，激发了波希米亚人的国仇家恨。作为一个弱小的民族，他们感觉到自己的英雄是被教会和德意志贵族联手陷害的，这是民族的耻辱。胡斯派的信徒们逐渐控制了波希米亚大部分地区，1419年，西吉斯孟皇帝和新上任的马丁五世教皇，敦促波希米亚国王采取强制措施遏制这一势头。
这年7月的一天，愤怒的胡斯派信徒冲进布拉格市议会，将7名议员从市政厅的窗户扔了出去。文策劳斯国王在惊惧中死于中风，他的弟弟就是德意志皇帝西吉斯孟，成为了其继承人，并在一年后兼职波希米亚国王。胡斯派信徒不承认这位不守信用，出卖胡斯的人，皇帝和教皇认为教会的分裂得到解决后，应全力遏制波希米亚的分裂，于是不惜决定发动圣战，镇压叛乱。一场持续近20年的战争就这样爆发了，史称“胡斯战争”。
天主教会的分裂创伤刚刚抚平，却又要不得不马上处理波希米亚的分裂趋势。
在战争面前，胡斯的追随者们因地域、民族、职业、社会地位等差异，而寻求不同的政治诉求，因此他们分化成了多个阵营，最主要的是保守派和激进派。保守派以布拉格大学为中心，主张温和的推进教会改革，多为布拉格贵族和学者，也被称为“圣杯派”。而激进派则以广大农民为主，他们放弃一切《圣经》中没有依据的教会传统和节日，试图消灭任何阶级的差别，在全社会施行以耶稣和使徒的集体生活为标本的模式。这些激进的人士围聚在南部小城塔波尔，彼此之间以兄弟姐妹相称，财产共有，于是被称作“塔波尔派”。
1420年，西吉斯孟皇帝大军压境，波希米亚人迅速组建了一支民族武装，由已经60岁的武士捷士卡统领。这位行伍出身的老者曾担任过王室卫队的军官，在早年的戎马生涯中失去了一只眼睛，他还曾亲耳聆听过胡斯的布道，为其激昂的热情所感染。胡斯战争爆发后，捷士卡加入塔波尔派，面对以农民为主的军队，捷士卡创造性的进行了几项军事改革，发明出多种步兵战术，并因地制宜的将农具改造为杀人利器。这支以塔波尔派为主的新军焕发出惊人的战斗力，屡屡战胜强大的德意志入侵者。随后这支令人生畏的军队席卷波希米亚全境，捣毁教堂和修道院，剥夺贵族的财产，驱逐日耳曼人。
罗马教皇多次在波希米亚周围国家组建十字军，以圣战为名围剿胡斯的追随者，不过好几次在战场上，十字军一听到捷士卡的威名，便慌不择路的溃散而逃。在一次战斗中，捷士卡那只健全的眼睛不幸被利箭射中，从此双目失明，不得不在将士的搀扶下指挥战斗。
胡斯生前的理论建树更多是反击天主教会的腐败，而并没有提供太多可供参考的信仰规则，所以因他的殉道所引发的宗教狂热注定不是千篇一律。在天主教这个强大的社会约束力失去效能之后，产生出各种奇形怪状的信仰团体。甚至有一些人否认原罪，整日赤身裸体的生活在一起，他们认为性冲动是神圣意志的体现，应不加约束的放纵，甚至兄妹乱伦也不被认为是一种罪恶。这些人整日纵酒狂欢，物质匮乏后就去抢劫临近的村庄，人人欲讨伐他们。捷士卡率领军队铲除了这一败坏的毒瘤，将其幸存者统统烧死。
1422年，因不满塔波尔派神父过多的干预军事指挥，捷士卡愤而离开，选择了一个相对温和的小派别。两年后，捷士卡被瘟疫夺走了生命，享年64岁，他在遗言中表示要捐出自己的皮，以制作一面军鼓，激励他的将士们继续奋勇拼杀。这个小派别为了纪念这位勇敢的老人，杰出的将领，将自己更名为“孤儿派”。
捷士卡的继任者普罗科普，来自塔波尔派，他率领这支军队杀出波希米亚，侵犯周边的匈牙利、奥地利、西里西亚、巴伐利亚、萨克森等地，甚至一度扬鞭于波罗的海岸边。他们仇恨日耳曼人和忠于罗马的教士，到处烧杀劫掠，大量无辜人士死于战火之中。
西吉斯孟皇帝和罗马教皇意识到在战场上已很难解决波希米亚问题，于是开始宗教谈判，对胡斯派的信仰采取了一些让步。西班牙主教帕斯玛成为教廷的谈判代表，他很清楚波希米亚人的性格，对自己的同僚说道：“他们就像未经驯服的种马，必须先小心翼翼的靠近，许之以甜蜜的承诺，最后给它套上缰绳时，就驯服了。”
圣杯派接受了教廷的招安，而塔波尔派却拒绝妥协，波希米亚再度被分化，圣杯派转而加入到天主教阵营，联手进攻塔波尔城。1434年，在布拉格东部的一场遭遇战中，塔波尔派和孤儿派的数万名联军主力被歼灭，普罗科普阵亡，1000多名战俘被锁在茅舍中活活烧死。可怕的“胡斯战争”结束了，结局是两败俱伤。
西吉斯孟踏上浸满鲜血的波希米亚土地，如愿的成为这里的国王，功德圆满后，第二年就去世了。那些激进的塔波尔派逐渐分裂，迁徙甚至消失，少数幸存者以各种姿态或面貌继续繁衍生息，依然在追慕着约翰.胡斯的英名。
在人类追求信仰自由的道路上，到处见证着鲜血的洗礼。无计其数的人因各种所谓的罪名而被烧死在火刑柱上，他们中的绝大多数除了令历史徒生恐惧外，没有任何影响，甚至没有留下名字。
而威克利夫和胡斯，却以死亡换取了不同凡响的意义。他们的抗争，代表着人们自由意志的觉醒，虽然得到了所在国家有限度的支持，但是这种扶植在依然强大的教廷法权面前显得脆弱不堪，以至于他们的遗骨和躯体被无情的焚毁。作为宗教改革的先驱，他们的思想和意志影响着后世。
康斯坦茨的烈火熄灭一个世纪后，轰轰烈烈的宗教改革之火再度燃起，马丁.路德和约翰.加尔文们，继承了他们的事业，注定使欧洲面临改天换日的崭新局面。