在长达7个月的监禁期间，胡斯多次被转移关押地点，他的健康每况愈下。1415年的夏天到了，这座美丽的湖畔小城绿意盎然，枷锁缠身的胡斯被带到会场。
这里云集了欧洲各地的神职人员，他们谴责胡斯继承了威克利夫的异端邪说，并通过自己的宣讲致波希米亚陷入混乱，勒令其放弃那些理论，否则将面临最严厉的惩罚，他的朋友们也劝解他不要固执的坚持。胡斯回到道：“我将收回《圣经》中可以反驳的任何意见，在座的各位哪怕是职位最低微的，能够让我相信我确实错了，我也会以一颗谦卑的心，甘心去做宗教会议要求我的任何一件事。”
西吉斯孟皇帝也惊诧于胡斯的顽固，甚至后悔将这个爆炸力十足的人物邀请到德国来，他对胡斯说道：“顺从宗教会议的权威，即可平安回家，如若一意孤行，势必将受到严惩，朕将亲手点燃火堆，将你烧死！”庭审持续了数日，各方主教轮番上阵，软硬兼施，力图使胡斯在威慑面前认罪，但是这位坚定的波希米亚人履行了自己的临行承诺：坚持自己的信念，绝不向任何强大势力低头。
7月6日，康斯坦茨的教堂里，宣判的日子到了。胡斯再次被带进这座庄严的建筑，他双膝跪地，虔诚祷告。之后，审判官宣读最后判决：
约翰.胡斯系威克利夫的门徒，他教导、传讲和肯定被神圣教会所定罪的威克利夫言论……约翰.胡斯的所有著作均要受到定罪和谴责，并予以当众烧毁。最圣洁、神圣的康斯坦茨宗教会议发布如下决定、宣告和命令：约翰.胡斯过去是，现在仍旧是一个地地道道、罪恶昭彰的异端分子，他公开传讲谬误和异端，藐视教会的禁令，还要向至高的审判者主耶稣基督发出申诉，此冥顽不化之举令忠实的基督徒尤为愤怒……最神圣的宗教会议下令，废黜约翰.胡斯原有的教士尊严和职位。
胡斯再度双膝跪地，喃喃自语的祷告：“主耶稣基督，赦免我的敌人，你知道我是被敌人诬告的，他们用虚假的证据来诬陷我。主啊，求你凭极大的怜悯，赦免他们。”在场多数教士对此嗤之以鼻，也有人神情木然，若有所思。
7名主教走上前来，为胡斯穿上崭新的教士服装，这是一种惩罚形式，先要为被定罪的教士穿上服装，然后再粗暴的扒下来，以表明正式剥夺其神职身份。教服都穿好之后，主教再次劝告胡斯回心转意，以获宽恕，已经泪流满面的胡斯拒绝了。于是7名主教一拥而上，一件一件的将教服扒了下来，并恶语诅咒之。最后还用一把大剪刀将胡斯头顶的一块头皮剪了下来，所有教会赐予他的地位和权利已被剥夺，可以交由世俗权威处置了。
一顶纸冠戴在胡斯的头上，上面画着魔鬼的头像，还写着几个大字：“头号异端分子”。然后在众人的簇拥下，走向行刑地点。
刽子手剥去他的外衣，用铁链紧紧绑缚在火刑柱上，夹杂着稻草的干柴从脚下一直堆到他的下巴。巴伐利亚公爵走上前来，请求其再次考虑一下是否放弃错误的思想。胡斯说道：“我没有什么错误可放弃的，我所传讲的教义只有一个目的，即按基督福音的真理教导所有的人。为此我满心欢喜去迎接死亡。”公爵无奈的与其握手言别。
烈火被点燃，约翰.胡斯一遍遍的高声喊到：“耶稣基督！施恩怜悯我吧！”至死方休，终年46岁，他的骨灰最后被撒到莱茵河里。
同一天，康斯坦茨会议还颁布命令，惩处已故的英国异端分子威克利夫。在安眠了半个世纪后，其尸骨被掘出并焚烧，最后将骨灰扔到河里。