《中日联合宣言》作为中日关系的第三个基本文件，既坚持了《中日联合声明》、《中日和平友好条约》这两个文件的原则精神，同时也在新的历史条件下进一步深化和拓宽了两国关系发展的领域和视野，这一文件以新的方式重申了有关历史问题和台湾问题的基本原则。在历史问题上，日方首次把“对中国的侵略”的表述写入双方共同文件，并由小渊首相在首脑会谈中就侵华历史表示了“道歉”，中方首次在双方共同文件中提出希望日本“坚持和平发展道路”；在台湾问题上，日方重申继续遵守《中日联合声明》的立场，重申中国只有一个，日本只同台湾维持民间和地区性往来。日本的这种表态，在因日美强化安全同盟而使中日间互不信任空前增大的情况下，是十分必要的，也是非常及时的。
从《中日联合宣言》和《中日联合新闻公报》看，两国间合作领域有了较大扩展，两国关系的视野从双边领域扩展到多边领域，两国一致强调了对国际社会的共同责任，决定在国际政治与经济、全球性问题等领域加强协调和合作，为世界的和平与发展及人类的进步做出积极贡献。这些内容，无疑比《中日联合声明》和《中日和平友好条约》前进了一大步，体现了面向新特点及其发展方向。
中日关于建立“伙伴关系”的共识，是由三个层次的架构和细节构成的。第一层次为其总体架构，即表述为“致力于和平与发展的友好合作伙伴关系”的两国未来关系的定位；第二层次为《中日联合宣言》中关于双边及国际事务的一系列双方均接受的观点；第三层次为近期内能够实施的具体合作项目，即卩《中日联合新闻公报》中公布的33项合作事项。
从这些内容可以看出，其中有些内容、表述或观点和立场是中方一贯主张、提倡或首倡的，有些则显然属于日方主张或首倡的内容；有些原则性表述，虽然是双方都一贯能够接受的立场，但在具体内涵的理解、解释和主张方面却存在着一定的差距。尽管如此，既然经过一番外交谈判，终于写入了共同文件之中，那就说明双方至少一致赞同这些原则性表述，这就有了一个双方进行合作的共同方向和基础。从双方外交效果的角度说，其中一些内容可以解释为双方各自“得分”的结果，但决不是单方面的“占便宜”或“吃亏”，而是在坚持原则的基础上，互相理解和体谅对方立场，尽可能地进行让步和妥协的“双赢”的产物。
中日就建设伙伴关系达成一致，这是世纪之交两国关系重新定位过程中的重大突破。然而，中日伙伴关系还只是具有实现可能性的宣言和目标，其本身还没有成为现实。《中日联合宣言》对此做出了清醒而又积极的阐述：这不仅需要两国政府，而且需要两国人民的广泛参与和不懈努力。双方坚信，两国人民携起手来，共同贯彻和发扬本宣言的精神，不仅有助于两国人民实现世代友好，而且关于中日“伙伴关系”问题的分析，参见金熙德：《“中日伙伴关系”的背景、实质及趋势》，载《日本学刊》2000年第5期。
将对亚太地区和世界和平与发展做出重要贡献。”
日本《读卖新闻》于1999年7-9月在中日两国进行的问卷调查结果表明，中国人中认为当前中日关系良好的只有17%，比1988年下降了34%；日本人中的同样回答则只有33%，下降了32%。中国人中回答对日本无好感者达50%，比1995年增加了12%；日本人中回答对中国无好感者为46%，增加了lOG/oi。这种情况不能不给中日伙伴关系的发展前景蒙上一层灰暗的色调。具体而言，如下三个问题在20世纪90年代后期已逐步上升为中日关系面临的焦点：（1)中日如何对待对方的崛起？（2)中日如何处理围绕历史、台湾、领土等问题而发生的政治摩擦？（3)中日如何推动在地区及世界事务中的合作？
二、近年来的一波三折
(一)2000年止跌回升
世纪之交的2000年，中日关系呈现出改善、回升的趋势，特别是经贸往来、文化交流以及民间交往出现了健康发展势头。
2000年4月4日，中共中央政治局候补委员、中央书记处书记兼中组部部长曾庆红率中国共产党代表团对日本进行了友好访问；5月10日，唐家璇外长正式访日。
2000年5月20日，江泽民主席在人民大会堂会见了由5000多名日本各界人士组成的日中文化观光交流使节团，并就发展民间友好发表重要讲话江主席说从地理上说，中日两国是一衣带水的近邻。从历史上看，两国人民有着两千多年的友好交往。从文化传统上说，两国文化源远流长。尽管两国关系也经历了一段不幸时期，但是两国人民之间的睦邻友好是主流。在当前的国际形势下，增进两国人民的相互理解，推动两国友好合作不断发展，不仅符合两国人民及子孙后代的根本利益，也有利于地区和世界的和平与发展。在中日两国政府和人民的共同努力下，一定会发展得更好。”这番讲话在日本各界得到了广泛好评，产生了良好影响。
2000年5月29日，日本执政三党（自民党、公明党、保守党)干事长访华；6月7曰钱其琛副总理作为中国政府特使赴日本出席日本政府为5月14日病逝的小渊惠三前首相举行的葬礼；8月28日，日本外务大臣河野洋平应邀对中国进行正式访问。
2000年10月8日，中国政府在人民大会堂隆重举行了中日经济合作20周年纪念大会，就日本对华ODA项目执行20年来取得的成果进行了充分肯定和全面总结
2000年10月12-17日，朱镕基总理对日本进行了一次旨在“增信释疑”的正式访问，这是在中日两国就建立“伙伴关系”达成协议后的一次重要的高层访问。
总之，20世纪最后一年，中日政治关系出现了良好的发展势头。特别是中国的对日政策经过20世纪90年代后期的思索和探讨进入了更加稳定、积极的运行轨道。相比之下，日本在中国的积极姿态面前显得手足无措，反应迟缓。随着中日经济发展出现“中盛日衰”势头，日本一些右翼反华强硬势力的“中国威胁论”大有流行之势，使得面向21世纪的日本对华战略仍在战略论争和“战略贫困”阶段犹豫徘徊。
(二)2001年摩擦频起
笔者应邀在大会上做了正式发言，提出“这段经济合作已成为中日关系史的一部分，应很好地加以总结”。
驾参见金熙德：《中日关系进入友好合作新阶段》，载《北京青年报》2000年10月14日。
2001年是21世纪的第一年。新年伊始，日本在台湾问题、历史问题、经贸往来上接连挑起事端，做出了一系列损害中日关系的举动，把2000年出现的止跌回升势头重新推往政治、经济双重摩擦的低谷。直至2001年10月，两国关系才开始回归正常轨道。这一年政治摩擦的高频率发生’预示着新世纪中日关系的前景绝不会是一条笔直通畅的坦途。
1.历史教科书风波
2001年4月初，日本右翼文人团体“新历史教科书编撰会”编写的大肆歪曲日本侵略历史史实的中学历史教科书，在内外舆论和中韩等曾受日本侵略之害各国的强烈反对和一再交涉中，堂而皇之地通过了日本文部科学省的审定。一时间，日本“历史教科书问题”在其国内和国际社会激起了继1982年、1986年之后的又一次千层波澜，中国、朝鲜、韩国等国家表示了强烈抗议，国际舆论纷纷予以谴责。这一事态和下文将提及的2001年8月小泉首相执意参拜靖国神社事件都表明，日本终于未能实现其一再表明的“20世纪的问题在20世纪内解决”的夙愿，已由其自身把“历史问题”这一沉重包袱背进了21世纪。
日本各和平团体向家长们喊出了“你能把这样的教科书交给孩子吗”的口号，并为阻止这个右翼版本历史教科书进入课堂而展开了大量抵制活动。2001年8月中旬，日本各地方教委对2002年以后新中学教科书的采用做决定的过程已结束，备受国际社会关注的右翼版本历史教科书的采用率仅为0.038%。这是日本和平主义势力奋起反对、奔走阻止的结果，是日本民众的正义与良知战胜日本政府的错误政策的结局。这一结局给担心日本军国主义怀旧势力重新占据决策中枢的亚洲各国人民带来了几分欣慰。
2.李登辉访日闹剧
2001年4月20日，日本首相森喜朗不顾中国政府的一再交涉和反对，在其下台的前几天，匆匆给企图以看病为名去日本扩大政治影响的“台独”势力总后台李登辉发放了赴日签证。
关于李登辉的政治身份及其访日的政治动机，台湾媒体事先早已有大量揭露，李登辉本人对此也供认不讳。更有甚者，作为仅有民间交往资格的台湾当局竟然正式出面向日本施加压力，日本各派报纸也都普遍认为李登辉的访日目的决非在于单纯看病，日本政要也纷纷出面反对给李登辉放行，日本外务省内主张慎重行事者也大有人在。就在如此一种十分清楚的事实与是非结构中，森喜朗却做出了1972年以来历届内阁都不可能做出的决定，给中日关系的政治氛围平添了又一层浓重的阴影。
3.小泉参拜靖国神社
2001年上半年，日本政坛刮起了一股“小泉旋风”，新任首相小泉纯一郎得到的支持率一度竟升至80%-90%。小泉在竞选自民党总裁和内阁首相时，把在“8·15”那一天参拜靖国神社作为“执政公约”，对亚洲邻国频频发出强硬言论，在李登辉访日问题上表态支持森喜朗的决定，引起了周边国家的疑虑和反感。
2001年8月13日，小泉首相不顾中、韩等国的强烈反对，执意参拜了靖国神社。尽管他实际上避开了“8·15”这一天，但其参拜行为使本已陷于低潮的中日关系雪上加霜。
在内外舆论批判的强大压力下，基于摆脱对亚洲邻国外交困境的考虑，也因担心在同年10月下旬出席上海APEC领导人非正式会议时受到冷遇，同时也为在“9·11”恐怖袭击事件后向美军提供支援问题上制造舆论，小泉指示外务省向中方表示，愿以实际行动恢复陷于停顿的两国关系。中方明确指出：解铃还需系铃人”，日方在历史问题上改正错误的作法是中日关系走出低谷的基础。以此为前提，经过两国政府的磋商和安排，小泉首相于2001年10月8日对中国匆匆进行了为期一天的工作访问。
2001年10月8日，小泉首相飞抵中国后，立即前往日军发动全面侵华战争的地点卢沟桥参观；随后，来到中国人民抗日战争纪念馆，在“血肉长城”大型浮雕前鞠躬、献花圈、默哀和参观。这是第二位日本首相和第一位自民党首相来此参观。小泉在现场发表了“反省谈话在工作访问期间，江主席和朱总理分别与小泉首相举行了会谈。中国领导人肯定了小泉访华对改善中日关系的积极意义，同时也指出：如何对待历史是中日关系的政治基础，也是面向未来的出发点。”10月下旬，小泉首相再次来华出席了在上海举行的APEC领导人非正式会议，中日首脑再次举行会晤。通过小泉的两次访华，中日政治关系开始走上恢复的轨道。
4.经贸摩擦的元年
2001年，日本政府对从中国进口的部分农产品采取了临时限制进口措施，中国政府对此采取了反措施，于是这一年也成为中日贸易战拉开序幕的“元年”。这预示着，贸易摩擦可能成为21世纪中日关系中的一种新型摩擦形态。
早在2000年12月22日，日本宣布对主要从中国进口的大葱、鲜香菇、蔺草席等三种进口农产品进行设限一年的调查。2001年4月17日，日方不顾中国政府的强烈反对和一再交涉，决定从4月23日起至11月8日的200天期间，对主要从中国进口的这三种农产品实行“临时紧急限制”。如果从中国进口的三种农产品数量超出1997-1999年三年期间平均对日出口量，对超出部分将分别课以256%、266%、106%的关税。对于此举，日方称依据的是WTO的《保障措施协定》。
中方认为，日方的做法是违反WTO规则的贸易保护主义手法：（1)日方选择的三种农产品90%来自中国，而对主要从其他国家进口激增的番茄(307%)、洋葱(65%)等农产品却不予调查，违反了WTO的非歧视性原则；（2)日本三种农产品的不景气是由日本产业结构不合理、农业缺乏竞争力造成，具有全局性和普遍性，不属短期进口增加导致的个别情况；（3)日本政府的保障措施调查结果存在一系列的不合理性；（4)日方从未提及要就保障措施对中方造成的损失协商补偿方案；（5)日方有关中方自主数量限制出口的要求属于WTO规则严格限制的“灰色区域”措施，也不符合市场化发展趋势。
中方呼吁日方通过谈判解决贸易争端。在日方对此置若罔闻的情况下，中方被迫采取了对应措施。2001年6月22日，中国开始对原产于日本的小汽车、手提或车载无线电话、空调等三类产品进口加征100%的关税，同时也加强了对从日本进口产品的木箱包装的检查。
日本舆论指出：日本政府的进口限制措施，无非是执政的自民党为在2001年7月举行的参议院选举中争取农民选票而采取的姿态。日本的贸易保护主义作法也遭到包括美国在内的世界各国普遍关注和批评。在内外批判的压力下，日方不得不摆出和解姿态。2001年7月3日，中日举行了司局长级磋商。日方提出先解决中方报复的问题，然后再谈日方限制进口问题；中方则认为，日方是这场贸易战的挑起者，理应先解决日方进口限制的问题。因双方分歧太大，此次谈判无果而终，以后的非正式接触也均未达成协议。
自民党在2001年7月末的参议院选举中取胜后，其靠进口限制来拉农民选票的迫切性暂时退居次要位置。2001年10月12日，日本汽车工业会发表呼吁书说，由于日本的临时进口限制招致中国的关税报复，日本汽车出口损失严重，希望政府尽快采取措施收拾事态。同一天，日本经济产业省也向自民党汽车产业委员会提出报告指出，自中国实行报复性关税以来，向中国出口的订购汽车90%已被取消，目前日本面向中国的汽车生产已停止。