同一天，邦联所派驻英、法代表詹姆斯·梅森与约翰·斯利德尔两人在哈瓦那乘英国邮船“特伦特”号赴英。第二天，该邮船在巴哈马海峡与联邦军舰“圣贾辛托”号狭路相逢，两使节被带走关进波士顿的联邦监狱。
这一事件使北部一片欢腾，舰长查尔斯·威尔克斯被捧为英雄，甚至在众议院中其行动也受到一致嘉许。
然而英国则舆论大哗，首相帕麦斯顿感到是可忍，孰不可忍，因此而积极备战，并同外交大臣罗素写了一份措辞激烈的照会，它在递交给美国联邦政府时因艾伯特亲王的干预而缓和了语气。
林肯沉着冷静处理了此事，他说：“英国的态度咄咄逼人，这是极损我们尊严的，但我们的手被沉重的战争束缚着，我们不能同时进行两场战争。”
因此，林肯作出了让步，下令释放梅森和斯利德尔，英国也失去了宣战的借口，一场一触即发的战争消于无形。
11月，林肯任命了麦克莱伦是希望他大权在握能更方便地行动，然而这些似乎只是膨胀了他的自信心，使他自傲自狂以至目中无人。他老早就看不起总统，认为他是个傻瓜，并常常背地称之为“大猩猩”，他还称内阁成员们为“几只我生平所见最笨的鹅”。
波托马克河静悄悄，东线无战事。林肯忍受不了这种寂静，他迫切需要胜利来鼓舞士气，激励民心。因此，在一个寂静的夜晚他找到西沃德，带着秘书约翰·海，前往麦克莱伦家，碰巧总司令去参加一个婚礼。
等他夜晚11点半回来的时候，发现了等候约一个钟头的总统一行，他走过他们所在的房门口，爱理不理径直上了楼，一会儿仆人传下话来，说他太累了，已上床就寝。这个年轻的总司令如此无礼，使西沃德气得发抖，林肯则平静地离开了，第二天还说：“只要麦克莱伦能打胜仗，我情愿为他牵马。”
林肯从来没有像现在这样感到自己知识不足，因而这个冬天他开始对军事书籍发生兴趣，他需要知道麦克莱伦为什么会按兵不动，那些搪塞托辞是否有道理。
反正国会图书馆有的是书，它成立于1800年，而在1815年购买了托马斯·杰弗逊图书馆的全部馆藏后，所藏书籍便极为丰富。他对计谋、行军、供应等作了一番系统研究后发现原来打仗也像其他许多事情一样，都须依理行事，最平常的道理是最珍贵的道理。缘情体物，从实际出发便不会有错。
3. 又有人擅自处理黑奴问题
当然，也不一定，他目前对待奴隶制问题的态度便引来批评，废奴主义者用一系列尖锐对立的语言讽刺林肯的矛盾态度：“他认为奴隶制是错误的，但又反对立即废除它；他认为应该把奴隶制拒于新领地之外，但在联邦的新州内又允许奴隶制存在；他确认国会有权在哥伦比亚特区废除奴隶制，但在行使这种权力时又要去征询奴隶主的同意；他认为追捕逃奴是件令人讨厌的事情，但又主张通过国会制定一些条例来实施这项法律，而不管有没有宪法根据；他既憎恶奴隶贸易，但又不准备禁止各州之间的奴隶贸易；他既断言白人和黑人在自然权利方面是平等的，但又不赞成黑人有公民权。”
林肯集诸多矛盾于一身，然而，正是这些矛盾使他行步稳当。
12月召开国会，林肯于3日提交国会一份年度国情咨文。他很高兴地提到了由于他的矛盾所取得的成果，因为肯塔基、马里兰、密苏里三州坚定地站到了联邦一边，这几个州开始没有人愿意为联邦打仗，现在则至少有4万人提枪上了战场，而他们的枪口则是对准邦联。
林肯感到，叛乱本身似乎不太可怕，叛乱之对人民政府的首要原则即人民权利的袭击才是令人担忧的，林肯说：“我处于目前的地位，如果不对专制制度卷土重来提出警告，就怎么也说不过去。”
与他的7月咨文不一样的是，这一次他提到了奴隶制问题，不过，他小心翼翼，力避突然涉及该问题，而是引入劳动与资本问题，经过一番转折，从理论上进行论证。林肯的高明之处在于，他将这些置于提倡人民权利与反对专制这样一个大题目之下。“我想提请大家注意”，他说：“有人企图使资本在政府机构里的地位即使不高于劳动，至少也和劳动相等。”
林肯认为：“劳动先于资本，并独立于资本。资本只是劳动的成果，假使不先有劳动，就不可能有资本。劳动是资本的前辈，应该受更大得多的尊重。资本有它的权利，这种权利理当和其他权利一样受到保护。同样也不否认劳动和资本之间存在着、而且恐怕将永远存在着一种互利的关系”，但是：“错误是在于认定社会的全部劳动都存在于那种关系之内，少数人拥有资本，这些人自己不劳动，却用他们的资本雇佣或收买另外少数人来为他们劳动。大多数人不属于这两个等级”，因为很多人“既不为别人劳动，也没有别人为他们劳动。”
在林肯看来，“在大多数南部各州，各色人种中大多数人既不是奴隶，也不是奴隶主；而在北部各州，大多数人既不是雇主，也不是雇工”，“当然也有相当数量的人把他们自己的劳动同资本混合起来，也就是说，他们用自己的双手劳动，同时也购买或雇用别人为他们劳动。”
因为自由或者奴役是与劳动及资本紧密相连的，所以林肯对劳动及资本状况作了一番具体的分析，由此而导向他的结论。他认为，在北部各州，一个人做自由雇工并不会永远如此，“在这些州里，普遍都有一些独立创业的人，他们本身不多几年前还是雇工”，林肯自己本身就是一个绝好的例证，他常常津津于自己由一个受雇劈栅栏木条的人、船工、店员等而做到今日美国的总统，这没有什么可以避讳的，因为美国并非欧洲要讲究出身，在这里，当然主要是北部，只要你奋斗并干出了成就，人们就不会不尊重你，这也证明了自由劳动制度的优越。
林肯认为，那些出身穷苦，靠劳动起家的人最值得信赖，这些人对不是自己诚实劳动挣来的东西一概不要，因此：“要叫这些人小心，不要把他们已经享有的政治权利交出去，这种权利如果交了出去，肯定会被用来对他们这样的人关闭进步之门，并把种种新的限制和负担加在他们头上，直到全部自由都失去为止。”
对于南部的劳动制度，林肯没有深谈，但很显然从他对北部的肯定和告诫人们小心表明了林肯对购买并强迫人们工作这种制度颇为不满，那也就是奴隶制。
无论林肯怎样小心谨慎，他都不得不面对国会于8月6日通过的没收法带来的影响。这项法律规定，任何财产，凡经主人同意并在其知情的情况下被用来援助或支持反对美利坚合众国的暴乱者，一经发现即为合法的战利品。假如该财产是奴隶，他们就获得永远的自由。因此，那些不忠诚于联邦的奴隶主所拥有的黑人奴隶一经发现就成为自由人，这样，“一些人享有另一些人的劳役和服务的合法权利被剥夺了。”
事实上，当联邦军队向南推进的时候，他们发现黑人以不可阻挡之势蜂拥而来。林肯在这个时候开始考虑一项安置他们的长久性的政策。
我们不难发现，林肯每走一步都是异常艰难的。早在9月初，他要求弗里芒特修改文告时，没收法便已经生效，弗里芒特的文告关于没收叛乱奴隶主财产和解放奴隶实际上与没收法差别不大。
林肯之所以让他修改，是因为他对没收法本身亦不以为然，因为将在前方道路上的一座桥梁搬到平坦的行军道路上只会造成障碍。林肯希望逢山开路，遇水搭桥，一步一步逐渐通向最后的胜利。
但无疑有很多人过于激进，他们难于容忍林肯像一只蚂蚁那样遇到猎物只是不断小心翼翼地伸出触角试探，他们觉得这过于胆小，因而感到不满，他们需要狮子般猛烈地扑向敌人，将其撕碎。
然而，林肯似乎与他们颇为不同，他考虑的是整个联邦，而不只是北部，联邦宪法保证各州的权利，包括保证蓄奴州的蓄奴制，林肯一贯认为，联邦是一个完整统一的整体，虽然目前形势下有一部分州宣布脱离联邦，但联邦并没允许其脱离，因此，叛乱各州依然是联邦的合法组成部分，受联邦宪法的保护。
林肯的律师身份使他总是从法律角度来看待问题，因而他并没有意识到这是一场推翻奴役保护自由的革命战争，或者一开始他并没有朝这个方向行动，一开始他只想尽力挽留住几个边界蓄奴州。
随着战争的进展，一帮人终于忍耐不住了。在查尔斯·萨姆纳和撒迪厄斯·史蒂文斯竭力活动下，国会12月20日任命了一个战争指导委员会，这个委员会的成员主要是激进的共和党人。他们看到林肯做事总是缚手缚脚，便力图使他挣脱束缚。他们首先感到麦克莱伦没有尽职，因而力主撤其职。林肯手下没有更合适的人选，他不能撤掉麦克莱伦。正像所有流血的伤口容易招惹苍蝇一样，联邦现在已是苍蝇成群。
林肯和战争指导委员会都看到了腐败，林肯认为卡梅伦过于昏庸，尸位素餐，因而上上下下许多人都想发战争财，从联邦中捞一把。贪污腐化、营私舞弊，如此等等已影响到前线士兵的士气，因为送往前线的物品质量低劣，而食品也多变质。
种种原因要求一个强有力的陆军部长来处理非常时期的非常问题。正在这个时候，卡梅伦居然莫名其妙伸出头来，让林肯有了顺打一枪的靶子。
卡梅伦很少关心黑人问题，或者说他一向较为保守，最多也只能算是温和派，然而他像弗里芒特一样，大概感到了一种潜在的威胁，亟欲力挽狂澜，因而他在其年度报告里自作主张，宣布没收那些叛乱分子所拥有的黑人奴隶，这是与没收法相一致的，他出格的地方在于，他将财产这一概念使用得极为变通，他认为“必要时政府有权武装黑人奴隶，如同使用从敌人手中夺来的弹药一样”。
林肯极感恼火，因为在处理弗里芒特文告时他就认为这种事应属于自己的职责范围，别人无权代理。因此，他开始考虑卡梅伦的调离问题。
在战争指导委员会的努力下，埃德温·M.斯坦顿被推出作为接替卡梅伦的首要人选。
林肯早就同这个高傲而有怪癖的人打过交道，那还是在他当巡回律师的时候，他受邀与哈定、斯坦顿等三人一道为一个专利权侵权案的被告辩护，原定该案在芝加哥开庭，故他们迫切需要伊利诺伊州著名律师的帮助。这样，林肯就成为最佳人选。
林肯为这个案子作了充分准备，而不幸的是后来审判改在辛辛那提，斯坦顿觉得这个像长臂猿一样的乡下佬的使命已经完成，拒不同意林肯开庭说话，他威胁说，“如果那个长颈鹿出庭办理此案，我就放弃。”一副有他无我的做法。
斯坦顿比林肯还小五岁，那时刚过不惑之年，光彩照人并且盛气凌人，而且他还被认为才华过人，是处理该案必不可少的人物，因而林肯只好带上屈辱走人。
林肯从来没有经受过如此屈辱，但他还是忍受了，即使在他有机会扬眉吐气的时候，他也不意气用事。他忍辱负重，从不功高自傲，他以国家利益为重，忍气吞声，指派斯坦顿做了陆军部长，而这个人甚至在林肯当了总统的时候仍不时表露其蔑视，他一有机会便拿林肯取乐。他常说，有些人喜欢舍近求远，跑到非洲去寻找大猩猩，我们白宫里不正有一个在那里抓耳挠腮么？
斯坦顿果然敢作敢当，他于1862年1月15日上任，很快便使得陆军部气象严整，他不停地发号施令，令那些奸诈的承包商人大为惊恐；他要求麦克莱伦必须出击，而且逮捕了造成包尔斯布拉夫高地一战惨败的查尔斯·斯通将军。
斯通将军被认为有通敌行径，尤其令激进派不满的是他赞成蓄奴制。林肯不相信斯通会叛变通敌，因为他是华盛顿最危险时期的指挥官，那时是林肯上任前后，危机四伏。斯通在没有任何缘由的情况下被关押了6个月后恢复了工作。
斯坦顿在这里行使铁腕无疑是为了打草惊蛇、杀鸡儆猴。
4. 喜忧相伴
与此同时，林肯也举起了他的鞭子。
经过一段时间的苦读，他自信已对军事有了很大程度的了解，面对那些沙场战将也不再感到怯然无言，他认为目前必须行动，否则战局就不可收拾，因而敦促麦克莱伦出击，他开玩笑地说，如果麦克莱伦将军不想动用这支军队，“我倒想借用”。
林肯给足了麦克莱伦面子，但小麦克似乎无动于衷。1月27日，林肯不再婆婆妈妈，他直接签署了第一号总作战令，要求陆海军在2月22日向叛乱者展开全面攻势，那一天是华盛顿的诞辰，邦联戴维斯总统打算在这一天就任为期6年的南部邦联正式总统。
人们总喜欢自以为是，就像小孩子喜欢乱涂乱抹，以为只有自己才画得最好，实则不过玷污纸张。华盛顿的诞辰便是这样一张纸，它在1862年被一些自以为是的主张州权和奴役的家伙们玷污了。
实际上，林肯的第一号总作战令是一种急躁情绪的产物，它将部队放在从弗吉尼亚至密西西比河至新奥尔良的辽远阵线上，像一条长蛇般展开，这是极容易为敌人重点突破，各个歼灭的。然而意想不到的是，除蛇头外居然战果辉煌。
总统的第一号总作战令一下达，西线的尤利西斯·辛普森·格兰特准将便积极响应。
2月6日，在海军准将安德鲁·富特炮舰配合下，格兰特率17000大军沿田纳西河而上，目标是位于肯塔基州与田纳西州州界南侧田纳西河畔和坎伯兰河畔的亨利要塞和唐纳尔逊要塞，因为这两处要塞防守较弱而且战略意义重大。
在两个小时左右猛烈炮火轰击下，亨利要塞于下午3时被攻占，联邦军成功地控制了田纳西河直至亚拉巴马州境。
格兰特随后挥师东进抵离亨利要塞不远的唐纳尔逊要塞，该要塞因亨利要塞大多数逃亡士兵的到来而兵力雄厚。而格兰特不久得到了富特的支援，他的舰队从坎伯兰河溯流而至。双方在13、14两日展开猛烈炮击，富特因在这次交火中受伤而离开战场。格兰特率27000人大军团团围住唐纳尔逊，邦联军陷入困境。
16日，邦联唐纳尔逊部队指挥权移交给西蒙·巴克纳，他曾给过格兰特帮助，然而面对巴克纳询问投降条件，格兰特的回答是：“除立即无条件投降外，不接受任何条件。我准备马上进攻你们的要塞。”格兰特由此而声名大噪，并被冠以“限令无条件投降的格兰特”之绰号。
林肯敏感地意识到格兰特将是一个很好的堵漏塞子，因而力排众议提升格兰特为少将。
就在西部捷报频传、整个北部人心大快之际，总统12岁的小儿子威利病逝了，从伤风、高烧到死，只几天的时间。林肯极钟爱他，他和泰德曾给在白宫孤独的总统带来了怎样的快乐啊！无忧无虑、调皮捣蛋，林肯闲下来就与他的两个儿子游戏一番。