他多次为浙大的“教授治校”而自豪，认为浙大校风是万事公开，实事求是，师生合作。一九四五年九月十七日，他在演讲《战后国家与学校诸问题》时说：“今后大学应行教授治校制，以符合民主之潮流。”教授治校主要体现在全体教员每年一次选举教授代表，可以连选连任，参加校务会议，决定学校的大政方针。即使烽火连天的抗战岁月也未尝中断，一九四〇年十二月一日、一九四一年十一月二十七日、一九四二年十月十三日、一九四三年十月四日、一九四四年十月三十一日，竺可桢日记都详细记下了选举情况。一九四三年二月二十一日日记感慨：“抗战以前，浙大教授对于校务会议漠不关心，故开会时常不能足法定人数。近来因生计关系，各觉有切肤之痛，故渐渐认为有开会之必要；而同时对于学校，亦认为与己休戚相关。此则不得不认为一种进步也。”
一九四七年六月十八日，他从欧美考察归来，在学生欢迎会上演讲：浙大的精神体现在“求是”二字，向来以研究学术为重，校务则向由教授会主持，这是浙大的民主。本人笃信民主精义，所以一切校务，都按校务会议的决定执行。一九四八年，当学生自治会的章程与校务会议的决议有冲突时，六月十二日，他对学生说：“目前之困难乃在有两种权力存在于学校，即自治会与校务会议。但校中最高权威只能以校务会议为依归，故学生壁报以及一切自治章则与校规及校务会议议案[有]所冲突即须修改。至于每个学生在校之自由，学校必须予以保护，如读书自由不能由自治会组织纠察以剥夺之；身体自由不能同学随意听信谣言、任意搜查。”六月十五日，他写信给王季梁说：“弟十数年来素主张教授治校，大学应以校务会议为最高权威。”他为学生不理解这一精神而遗憾。为什么他将教授治校放在学生自治之上？十月二十九日，他对应届新生训话时说得很清楚：“大学宜民主，固甚彰明，惟民主有先后，当自教授始，如此可冀各安其位，爱校胜己，历十载五十载以至一生工作于斯。学生时间较短，故宜采取教授治校。”
特别要提的是他对浙大教师的爱护。一九四五年二月，浙大政治学教授费巩在重庆“失踪”，从知道消息的那天起，他就认定是“专门逮捕和囚禁政治犯的政府机构”干的，并为费巩的性命而深为担忧，为此不停地奔走于各个机构、部门，尽了一切能尽的力。那一时期他日记中有关费巩的记载至少有七十八处之多，可谓牵肠挂肚。
不仅费巩，他对其他教师也是如此，一九四二年十二月十日浙大外文系讲师冯斐被捕，十五日由竺可桢、梅光迪等三人保释。一九四七年七月二十五日，束星北来谈数学助理徐某事。“徐昔年曾为共产党员，但曾悔过。增禄且来函说明，保证其不为政党活动。但余知保证并无用处耳。但校中用人，素不管党派如何耳。”
一九四七年十二月一日，“于子三事件”未了，浙江省主席沈鸿烈告诉竺可桢，治安机关称“浙大某教授及学生若干人有共党嫌疑，某教授为组织指挥人，学生可暂不捕，教授非立即逮捕不可”。他从他李四光那里也听说浙大教授中有共产党活动，但他们都不肯说姓名。他想起三四年来多次接到教育部公文说张君川教授可疑，受到他保护的张君川后来追忆：
我初到浙大，教过半年的俄语，遭到当局非难，幸赖竺校长保护，停课作罢。以后我因在外文系开设莎士比亚课程，为了戏剧演出实习，建立戏剧班，又在中文系下设现代文学课程，亦建立现代文学班，与戏剧班时常联合进行学术讨论。学生聚在一起，也找些进步书籍阅读，在进行讨论中，曾谈到官养活民还是民养活官的问题，从而产生为什么民养活官官压迫民等现象的学术讨论，也就产生初步的民主思想。浙大对学生运动都予支持，当局无情镇压，都受到竺校长暗中保护。费巩教授遭受迫害后，当局偕一美国人借故审问我们，指责我们不该开设戏剧班、现代文学班，在文庙街遥遥相对宣传异党主义，当时竺校长就在隔壁，非常担心。幸赖他的关怀，现代文学班遭到解散作罢；遭逮捕传讯的学生，由竺校长力保得以释放。……于子三事件发生后，也波及戏剧班，由沈鸿烈（浙江省主席）告诉竺校长要逮捕一些人，竺校长一方面嘱咐学生早日离校，一方面派秘书诸葛祺夤夜十一时来平湖秋月寓所告诉我藏匿，幸亏竺校长从中保护，才得幸免于难。
四、“余始终认大多数学生乃系善良的也。”
“大学教育的目标，决不仅仅是造就多少专家如工程师医生之类，而尤在乎养成公忠坚毅，能担当大任，主持风尚，转移国运的领导人才。”这是一九三八年十一月一日竺可桢对浙大学生演讲时说的。他希望大学生成为一个地方的楷模，成为一般人士的表率，不仅“谋食”，而且“谋道”。“凡是有真知灼见的人，无论社会如何腐化，政治如何不良，他必独行其是。”所以他把大学教育首先看作是道德教育，一个受过大学教育的人，一定要有高尚的道德，“乱世道德堕落，历史上均是如此。但大学犹之海上之灯塔，吾人不能于此时降落道德之标准也。”他要求学生切记，以后遇到作弊机会时能否拒绝，这是衡量大学教育成败的试金石。每周一次的纪念周活动，只要他在学校都要亲自主持，并发表简短演讲，以古今中外的进步思想勉励和教育学生。学生刘奎斗回忆，聆听他的训话，“他的家乡口音比较重，实在使我这北方人无法完全听懂，但是训话中诚恳、慈祥的态度，以及一再说到母校校训：‘求是’，令我永铭于心。”
竺可桢斩钉截铁地告诉学生，“一个民族内忧外患，贫穷落后，并不可怕，可怕是人民，特别是大学里培养出来的知识分子没有科学头脑，轻信，盲从，这样的民族有亡国的危险。”“一般人以为大学之目的，在于使学生能学得专门之智识与技能，以为将来个人到社会中，从事谋生立业之基础，而为国家着眼，则系造就领袖人才，领导群众以发展事业。但据个人观察，大学毕业生如欲为国家造福，则单求一点智识与技能，尚非最重要的目标；大学毕业生的人生观必须确定，方能使社会事业有格外的成功。”他希望大学生做社会的中坚，要不顾利害，只问是非，“而中国今后是最需要头脑清楚、善用思想的人物。”“科学如此，政治亦然，若不以是非之心，而以好恶之心来治国家，也是不行的。”他不厌其烦地告诫浙大学子，在是非与利害关头，“不可忽视是非而专重利害”。
竺可桢爱生如子，浙大上下有口皆碑。抗战期间学生患病不少，他经常去看望病中的学生，有急病需要送贵阳的，他都用全校仅有的一辆小车送去。遵义时期，他曾对当地警备司令高文白说：“决不准国民党军警借任何理由来浙大搜捕。”爱护学生，竭尽全力保护学生，始终信任每个学生都是善良的，这是竺可桢作为一个校长最伟大的地方。但他并不一味地溺爱学生，西迁途中，从泰和到宜山，由十七个学生组队从水路押送同学的行李，他们因传闻敌军来而弃舟先走，导致一船行李全失。一九三八年十一月十四日，陈训慈日记说，竺可桢在几天后的全体会上责备他们，可以说声色俱厉：“这种受公众委托，承担不了责任，而敌未来即弃舟而逃。轻信传来谣言是不智，不负责而损害友物是不仁，临危弃公众之物是不勇。……所以此非小事，是我们迁校之大辱。并且说教职员未善尽导致之职责，也是浙大之奇耻。今后必须以此事为教训，树立知勇负责之学风”。（竺可桢日记大致相同）
一九四四年十二月，浙大学生、三青团干事谢力中因为购盐等舞弊，被学生告发，将被开除，到他面前哭诉。他日记中两次提到，“余告以自作自受，乃大丈夫应有之态度，不要哭哭啼啼，作小儿女态。即使开除，亦非绝路也。岂有堂堂大学生，而尚不能谋生乎？”“余勖嗣后作事，务立定脚跟，不稍以私而害公，致遭人攻击，则此次之打击亦为良好之教训也。”
一九四八年六月七日，因为有学生在壁报上张贴文字骂青年军为职业学生，引起双方冲突，他一面要骂人的学生刘忠潮承认过失道歉，一面担心其安全，留他和自己的孩子同房间睡。
清华大学理学院院长叶企孙对人说，在竺可桢眼中，“浙大学生个个都是好人品和有学问的。”他并不赞同学生热衷政治活动，却主张思想、信仰和言论自由，“马克思主义也可以研究”，学生有读书的自由、探索真理的自由。“关于大学的精神和风气，主张培养自由研究学术的空气。所有党派退出学校，学生不准参加任何政党。”
一九四七年五月二十五日，他远在美国旧金山，从当地报纸得知浙大还在罢课之中，日记中写下“真使人焦急”五个字。后来他对一九四七年四月到一九四八年四月的罢课作过统计：“共罢课五十五天，其中例假一天，星期日六天。”一年中罢课的时间竟达八星期之多，占上课时间的四分之一。他虽然理解青年学生“多不满现状”“天下兴亡匹夫有责”，何况是大学生，“关心国是也是应该的”，但他始终认为动不动罢课，学业损失太大，“这种荒废学业，凡是关心教育的人，统引为极痛心的一桩事。”他更不赞成“以罢课作为要挟的一种工具”。
学潮汹汹，他仍在一九四八年一月五日日记中说：“余始终认大多数学生乃系善良的也。四月一日，他在浙大五十一周年纪念会上郑重地说：办大学教育者必得有基本信仰，就是大多数学生，可以由经验和教训使入于理智所承认为正轨的途径的。”一九四七年八月，浙江省主席沈鸿烈当面表示对浙大罢课学潮的印象极坏，甚至说“浙大乃共产党大本营”，认为浙大处理学潮过宽，开除的学生太少，竺可桢回答：
学校处理学潮，不能用武，始终认大部分学生系优良子弟。学校须以德服人。目前要点在于组织教授，扶植善良，潜心读书，不为政潮所左右。
一九四八年二月，国民党当局多次要他开除左派活动学生三四十人，以为这样学校就可以安静。但他认为这一办法只能收效于一时，“浙大向来事事公开，开除学生必须有理由。校中并不知谁是蓄意捣乱的共产党。省府所给名单未必可靠，且昔年被捉去之学生如滕维藻、潘家苏、王蕙诸人，迄今均在中央政府做事，亦不见有异。故吾人总须爱惜青年，不能以其喜批评政府而开除之。”六月十五日，当局又有人主张大批开除学生，他依然坚持“此种政策与浙大作风大不相似，不能施行。如欲施行，亦必须另派人前往也。”八月十九日，国民党当局要大捕学生，交来一个要逮捕浙大师生十九人的名单，其中有张君川、冯斐、曾明洲等教员四人。竺可桢表示，“学校只知学生在校是否守法或安分守己，更不知其暗中有何活动。如欲逮捕，必须有确切之证据。”每次当局要求开除学生，他的态度都是“不能任意开革，否则莫须有之事何以服人？”
每次当局要他开除学生，他总是从爱护学生的立场出发，从不考虑政治立场。他始终主张，“学生对于政党信仰完全自由，但不应做政党活动。”他曾对陈布雷说：“年青人欲批评亦未可厚非，若批评政府者皆目为共产，则不啻为丛驱雀也。”求学浙大时就是中共地下党员的吕东明回忆，“他也并不因为学生的政治倾向而在爱护上有所偏颇。他历来主张学生政治信仰自由，在学校里各种思潮、主义都可以研究，但不能从事政党活动。他对违反校纪的学生也不问政治态度，一律按校纪处理。尽管校内外国民党一再责难他包庇纵容左派和共产党，他很不以为然，坚持只问是非不计利害地爱护学生的态度。”学生吴耕民也回忆：“每次国民党军警要来捉学生时，竺先生得知后，立刻通知我们叫有关学生暂时避开，作好必要的准备，以免牺牲。”竺可桢提到的滕维藻、潘家苏、王蕙、邵全声等都曾遭国民党拘捕，在他的奔走营救下，才得以重获自由并完成学业。
一九四二年一月十六日，遵义浙大学生发起“倒孔”游行，他虽不赞成学生上街，在劝说无效之后，为保护学生安全，他不仅亲自步行到步兵学校，要求军警不要与学生发生冲突，而且走在学生队伍最前头。学生杨竹亭回忆，他当时对学生说：“你们父母把你们交给我们学校进行培养教育，我对你们的生命安全是负有责任的。如果你们一定要出去游行，我带你们去，但是一定要有纪律。”
一九四二年一月二十二日深夜，浙大毕业已留校的助教潘家苏和农经系四年级学生滕维藻住处受到国民党湄潭党部叶道明等搜查，栽赃陷害，随后被拘押在遵义。事发之初，竺可桢专程赶到湄潭，之后几次亲去探望，一日三餐派人送饭菜，并四处收集有力证据，千方百计设法营救。即使自己脚上冻疮破烂，依然忍痛跛脚前往交涉。最后他终于找到他俩被诬陷的确证，于四月二十七日出面保释。“潘家苏是个好学生”这句话让潘一家感念一生。
教育部调查浙大“倒孔”运动，要求开除一批学生，贵阳、遵义的特务机构还要捕拿被认为是策动“倒孔”运动的学生陈天保、张由椿等。他们怕布告出来行动发生困难，要求学校的处分布告缓三天，竺可桢答应了，等他们悄悄地安全离校，才布告开除。二月十九日夜，浙大史地系四年级女生、“黑白文艺社”社员王蕙只不过在“倒孔”大会上讲了几句真心话，即遭秘密逮捕。第二天，国文系学生、“黑白文艺社”第二任社长何友谅被捕。二月二十一日，“质与能自然科学社”社员、电机系学生陈海鸣被传讯（经竺可桢等努力保释，最先获释）。
何友谅与王蕙先被押往贵阳，再被送往四川重庆青木关附近的五云山集中营，所谓的“战时青年训练团”。竺可桢一直挂念这两个学生的安危，对他们的处境、一点一滴的信息都关怀备至，记录在日记中。一九四三年一月二十二日，他为王蕙、何友谅的事曾专程去青年团见康泽。尤其感人的是这年五月二十九日，他到重庆公出时专门去看望他们，步行七八华里上五云山探望，可惜何友谅因逃狱被抓回受到严密监督，不能见客，只见到王蕙，“颇失望”。归途他坐车到青木关，在车站“见一穿制服者押一学生模样人物加手铐者来”，不禁“为之泪下”。王蕙为年过半百的校长顶着烈日，爬山来看望她而无比感动。多年后，当她读到校长当年的这段日记更是感慨：“他不说自己在烈日与敌机威胁下为两个学生受惊受累，却记下他为青年学生受难而同情落泪。如此校长，岂不胜过父母！”她说：“我们都是普通的学生，但竺校长却费尽心机，多方营救。”王蕙最终由竺可桢保释，何友谅却惨遭杀害。竺可桢对此心痛不已，一直引以为憾。
每一次浙大学生被捕，竺可桢几乎都竭尽全力援救，绝不袖手。一九四三年七月十三日，当他得知浙大女生卞妽以“共党嫌疑”常被国民党遵义县党部审问，他即表示：“嗣后如有传问，可以不往。”一九四五年四月一日，他得知参加青年军的浙大学生王香耕、易钟熙、李家镐、程士伟、徐铭等被二〇二师军法处拘捕，当天就去找康泽，康的意见是写信给青年远征军训练总监罗卓英。他却于四月十八日亲自赶到綦江，向二〇二师长罗泽闿询问学生被拘情形，要为他们担保恢复自由。
一九四五年，因费巩“失踪”案含冤入狱的浙大毕业生邵全声在《虎口脱险记》中回忆“从九死一生的虎口中逃生出来”的经历，泪眼模糊，特别是当他看到竺可桢日记，得知校长在日本投降的大喜日子中还惦念着他，感动之情难以言表。（一九四五年八月十四日的竺可桢日记说，当日本投降的消息传来，“十日重庆狂欢”，“又知邵全声迄未释放”。）竺可桢自始就相信邵全声是清白的，费巩是否已被害不能断言，“殆非邵之所为，则可断言”。他一再写信给重庆卫戍司令王瓒绪，“均不得复”，深知“营救亦非易事耳”，却从未放弃营救。邵全声在浙大读书时和校长很少个人往来，只是一个很普通的学生，当他在重庆被捕囚禁时，已离开浙大三年多，并非在校学生。他永远忘不了在押期间竺可桢几次亲来探视——“我凝望着他穿着棕灰色夹大衣，拿着手杖的背影，渐走渐远，转过围墙，终于看不见他了。”直到获释后回到浙江临海家中，他才知竺可桢每次营救之后都把经过情形扼要写信给他父亲，前后有十来封之多。信虽简短，但其中营救之艰难、曲折尽见，可见其一而再、再而三，锲而不舍，对学生完全出于至诚。《竺可桢全集》中保存了多封写给其父亲邵西镐的信。
一九四七年十月二十九日，于子三狱中遇害之后，他的表现更是赢得了学生由衷的信赖。（详见本书《“于子三运动”与浙江大学》文）十一月二十日，浙江省高等法院判处与于子三同时被捕的浙大毕业生陈建新、黄世民、郦伯瑾三人有期徒刑七年，他认为法院屈从党政压力，判决过重，“此案政治性重于法律性也”。他亲自到南京向有关方面诉说不公，并以法律途径向高等法院上诉。期间他不断地与律师约商，尽心尽力，尽管一切努力都石沉大海。
每次被捕学生家长去狱中探视，他也都尽力帮助、写信介绍。一九四八年八九月，浙大学生吴大信、李雅卿先后被捕，他虽无力挽回他们被判刑的结局，但他每次都为保释学生、为争取尽可能公正的法律审判尽了最大努力。由于他始终站在爱护学生的立场，当年十二月十二日，教育部转来的情报指控说，“自八月二十二日由此间会同特刑庭拘捕吴大信后，竺校长之态度即形转变，甚至包容奸伪匪谍学生之一切非法活动于不问不闻，而对于特刑庭之传讯则加以拒绝。”在列举六项事实后指出：“无怪社会人士认浙大为‘共匪之租界’。总上各情，浙大当局包容匪谍学生之非法活动，实责不容辞”。竺可桢在日记中抄录了这份情报，认为所有指控都是子虚乌有，“余素来主张政党不要入学校也。”
苏步青回忆，“有个学生是地下党员，叫陈业荣，生着肺病，国民党要捉他。竺校长让他在学校里修养，将他保护起来，结果没有捉他。一九四九年二月，浙大的四个学生和一个助教还被关着。那时竺校长说：‘只要训导长去保一保，就可放出’。这时由张其昀先生陪着我一同去，由我打了手印，把他们保释出来。”竺可桢日记都留下了或详或略的记载。
五、“应当在自治会里练习服务人类、大公无私、为大众谋福利的精神”
除了坚持教授治校，竺可桢也主张学生自治。一九四〇年十二月二日他对学生说：“全体同学本着服务的自治的精神，爱护自治会。须知自治会是全体同学的事，并非几个代表、几个干事的。应当在自治会里练习服务人类、大公无私、为大众谋福利的精神。”之前，他在《求是精神与牺牲精神》演说中说：“你们要做将来的领袖，不仅求得了一点专门的知识就足够，必须具有清醒而富有理智的头脑，明辨是非而不徇利害的气概，深思远虑，不肯盲从的习惯，而同时还要有健全的体格，肯吃苦耐劳，牺牲自己努力为公的精神。”
学生自治正是对他们各种品质、特别是牺牲为公的服从精神的自我训练。当然，他对学生自治会的做法也不是一味认同、纵容。一九四五年十二月五日，遵义的浙大学生自治会要以全体浙大学生名义发表呼吁停战宣言。他认为用“全体”名称不妥，这样做必须通过代表大会。他日记里对“于子三运动”中选出“左派占十分之七八”的自治会不满。然而，当一九四七年十一月二十二日教育部长朱家骅密电浙大解散学生自治会，他在第二天召开的行政会议上，只是决定劝学生复课，只字不提解散自治会一事。
对浙大“民主墙”——学生自治会办的“生活壁报”（后改名“费巩壁报”），他的态度也是如此。他不同意政治气味过浓，但他认为只要学生真实姓名发表批评意见，这是言论自由，没有理由取消。遵义时期，他亲自书写“民主堡垒”四个大字贴在生活壁报上，允许学生用笔名发表意见、提出建议。一九四一年考入浙大土木系的林昭回忆，学生在壁报上时常要发牢骚，甚至冷嘲热讽近乎谩骂，“竺校长对学生个人从不非难，但从爱护全校同学出发，不给当局有可乘之机，造成当地军警来校搜捕学生的借口，所以要求言论应有所节制，大学自应以学习为主，政治活动宜退出学校，庶几使主持校政者可以据理力争，不致造成不可挽回的损失。而对于学术性的壁报或论文，则从各方面加以支持。”
从一九四五年一月九日起，不断有人向他反映学生在壁报上匿名攻击政府、个人，校方受到很大压力。五月十四日，他对学生说，“民主国家固有言论的自由，但言论应负责任，不可出以谩骂，更不应冒用他人的名义。今后‘生活壁报’必须用真姓名[如用笔名亦需以真姓名通知编者]。”五月二十五日，教育部密函指控浙大的“自由堡垒”“今天”“虹”“生活”“石榴花”等壁报“内容均极反动”，五月二十七日，他只是重申壁报发表文章要用真姓名：“但无论如何，壁报上写真姓名是言论负责，此乃无可否认，决不能让步者也。”二十九日，他对学生说：“以目前校中以言论自由而造成之危机，因外间均责难浙大包容反动分子，甚至有捕人之可能。特务所注目者为郑文炎、刘茂森等等。余不愿见有捕人之举，因此更不能不用审查制度，庶几言论自由校中可以酌定尺度，同时亦可以向外负责。”他对自治会代表说：“目前学校因言论自由溢出范围已到危险时，故校中不能不将审查之权收回”。六月九日，他对壁报审查委员会说，“议决凡壁报文字具真姓名而有登记者，经学生自治会出版股即可招贴”。这个想法和胡适等知识分子一贯倡导的“用真实姓名发表负责任的言论”相一致。
即便到了一九四九年，浙大学生自治会出的《每日新闻》“全载共产党广播，为保安司令部所不满，且对外销售”，他也只是要求自治会“将《每日新闻》出版负责人或机关印出（《每日新闻》只有出版地址）。若欲向外发售，必须向市府登记”，并没有强行加以干预。
他曾对学生自治会代表说过，“自治会尽向余致敬、献旗，而从不听余之劝告，其矛盾极为显著。余素来以君子待人，故凡事均主张从宽办理，但如内部秩序不能维持，则外力自必侵入，我即不能为同人、同学作任何之保障。故校务会议之决议案必须执行，不得抗衡；自治会章则但保障骂人，迭次发生纠葛，故必须加以更正。”
我们可以看到，在竺可桢主持的十三年中，浙大学生的思想、言论自由是有保障的。在相当程度上，学生自治和教授治校一起构成老浙大的重要传统之一。
我们不能不提及，当年的浙大学子无不知道他们的校长竺可桢一丝不苟，入学考试录取分数哪怕差一分，至亲好友甚至上司也绝不通融。一九四六年十月一日，浙江省主席沈鸿烈的女儿沈致平考浙大中文系时，“国文六十五分，但数学只二分，平均二十八点六分”；浙江参议会议长张毅夫之子张国维，“考文学院一年级，国文五十九（分），而英文十二分，数学零分”，都不能录取。十月四日，省建设厅厅长皮作琼、省政府秘书长张协承等先后来说情，他坚决不同意，“因敷衍无限制，而一年级入学考试不能不严格执行”。
一九四九年二月七日，对浙大颇为关照的浙江省主席陈仪亲自出面说情，有两个学生要到浙大借读，其中一个是暨南大学外文系三年级的郁飞，即被日本人杀害于印尼的著名作家郁达夫之子，当时住在陈家。竺可桢直率地表示：“余颇以为难，因欲来借读者人数甚多，且此二校均在上海南京继续开学，何必借读于浙大？”二月十日，陈仪再次问及郁达夫儿子来浙大借读的事，他又一次拒绝了。哪怕有留美老同学、北大校长胡适的亲笔信，他也不能通融。三月二十五日上午，北大法律系二年级学生华力带着胡适的信前来，竺可桢表示“浙大开学已六星期，此时不能再收借读生”，只有等暑假再参加入学考试。浙大教师子女，包括他的子女也决不能徇私。吴耕民回忆，他女儿竺梅投考浙大成绩不够理想，就没有被从宽录取；他的大儿子竺津抗战开始不久就投考军校，学习半年就上前线抗日，从没听说到浙大来开后门；有教师以不应聘相要挟，而且说客盈门，他也不为所动。他认为不能放宽尺度。他一再在日记中说，“降低程度收容乃是困难之事，因教职子女可收容，则弟妹亲戚均可收容，将来校中将无法拒绝一切外人之说情矣。”“若欲学校通融，则此门一开，以后效尤者不可胜数，从此浙大学生均可将考试不及格之学生入校矣。”
向权贵说“不”、向私情说“不”的校长，在那个年头不是孤立的。正是有了这样的大学校长，从北大、清华、南开到燕京、浙大，无论是国立、私立还是教会办的，都曾达到与世界接轨的高度，留下了许多可贵的传统。
在内外交困的夹缝中，心力憔悴的竺可桢一次次产生辞职的念头，但面对师生的挽留，特别是他对这所大学的责任感，又使他一次次留了下来。一九四四年十二月十一日贵州告急，得教育部电，浙大合并于中大，学生全体从军，教职员之年岁合格者亦从军。看到这个不亚于“晴天霹雳”的电报，“自余个人着想，自此得脱离苦海，确是佳事，但为浙大着想，如此下场则大不愿也。”幸好浙大解散没有成为事实。
一九四七年十一月五日，他对朱家骅说浙大的事不能再干了，朱深恐他的辞职引起学生误传，故竭力劝说。“此类顾忌实防不胜防，但值此困难关头，余若辞职，亦必受人责备，故不能不再硬头皮干下去。”十一月六日，他再次向朱提出，至明年春天决计辞职，“问题因在内外特务、政客交迫之下，余实无以应付，且为校长十二载，实亦可以对得起浙大，对得起国家矣。”十一月七日，他又对陈布雷提出辞职事，“告以目前特务与反动内外夹攻，余实无术应付。若掬诚相对，则两方均不以诚相见也。”一九四八年一月三十一日，他面对浙大教授会代表的挽留，“余告以在校十二载，已属忧患余生。抗战时期日在流离颠沛之中；抗战胜利以后物质条件更坏，同事所得不敷衣食住；再加学生政治兴趣浓厚，如此之环境，实非书傻子如余者所可胜任，故拟早避贤路。”二月四日，学生自治会代表送来有一千一百三十九名学生签名的“上校长书”，“余告以目前精力日衰而事务繁杂，已非余力所能任。且余如辞去，必须有接替之人，不致挂冠不顾而去。”三月二十日，廿九级毕业生四十人签名挽留，他再度表态“决不随便撒手而去。”直至一九四九年四月二十九日离开浙大之际，他关心的仍是学生的安全。在留给严仁赓、苏步青的信中说，之所以于狂风骤雨中仓促出走，是因为浙江当局保证“负责期内决不入浙大捕人，弟心为之释然”。以后他在上海，浙大师生多次来函电，促他回校。六月二日，他致信王国松、蔡邦华等：
十四年来，弟在浙大虽竭尽绵力而仍不免左支右绌，烂额焦头。幸赖同仁维护，同学之协助，学校得以撑持。近则弟已年达耳顺，精力日衰，不能更应付繁剧，自当退让贤路，使年富力强者出而主持，则浙大前途庶可无限量。
竺可桢的大学校长生涯在连天炮火和欢天喜地的锣鼓声中结束，他在动荡乱世中创造的奇迹，他对大学理想的坚持，无疑都融入了可供后人借鉴、反思的大学传统。从根本上说，他所实践的大学传统，即是哈佛的传统。一九三六年九月十七日，他在美国哈佛大学三百周年纪念感言中引述康诺德校长的话，“第一，主张学校思想之自由，……反对政党和教会的干涉学校行政与教授个人的主张。第二，学校所研究的课目，不能全注重于实用，理论科学应给予以充分发展之机会。”他进一步概括：“有一点哈佛大学亦可以昭示我们的，即为哈佛大学的校训[Veritas]，拉丁字Veritas就是真理。我们对于教育应该采取自由主义或不干涉主义，对于科学注重纯粹抑注重应用，尚有争论的余地，而我们大家应该一致研究真理，拥护真理，则是无疑义的。”他将“求是”确立为浙大校训不仅有求真知、而且有求真理并不惜牺牲的意思在内。他说，近代科学的目标就是探求真理，科学方法可以随时随地改换，追求真理的科学目标，也就是科学的精神则是永远不改变的。科学家首先应该“不盲从，不附和，一以理智为依归。如遇横逆之境遇，则不屈不挠，不畏强御，只问是非，不计利害”。他本人就身体力行、最大限度地实现了这些理想。
到一九四九年，竺可桢还在强调作为科学工作者，“应抱坚定之立场，追求真理。不论在何种社会环境之下，一切以真理为依归，决不指鹿为马，抹杀真理。”毫无疑问，他把大学也放置在追求真理的基础上，他所坚持的学术自由、教授治校、学生自治因此而有了牢固的根基，有了不竭的源泉，获得了生生不息的动力，他这个“书傻子”大学校长也因此成就了伟大。
主要参考书目：
《竺可桢日记》，人民出版社1984年版。
《竺可桢全集》第1至4卷，上海教育科技出版社2004年版。
《一代宗师竺可桢》，浙江文史资料选辑第40辑，浙江人民出版社1990年版。
樊洪业等编《竺可桢文录》，浙江文艺出版社1999年版。
毛正棠执笔，浙江大学校史编辑室编著《竺可桢传》上册，1982年版。
浙江大学校史编写组《浙江大学简史》第一、二卷，浙江大学出版社1996年版。
浙江大学校友总会、电教新闻中心编《竺可桢诞辰百周年纪念文集》，浙江大学出版社1990年版。