一天深夜，李时珍被一阵急促的敲门声惊醒。他开门一看，只见一个中年佣人提着灯笼站在门外，乞求说：“请先生快去救救我家少夫人。”
李时珍跟着来人来到一个村庄，一户人家敞开大门，几个人正在门前焦急地等候。丫环将李时珍引进内室，只见一个少妇躺在床上，奄奄一息，一家人围着她急得团团转。李时珍用手探了探鼻息，已无一丝气息。他又切了切脉，觉察到了一点极微弱的脉息，便说：“拿些葱黄和酒来。”
丫环从厨房取来一把葱和一瓶酒。李时珍选了一根又长又粗的葱，剥去外层，将葱缓缓插入少妇的鼻中，然后又将酒灌入少妇的口中，突然，那少妇打了一个喷嚏，居然活了过来。满屋发出一片惊喜之声。
李时珍叫人取来文房四宝，开了一张药方，众人一看大吃一惊，一位老者问：“巴豆乃下泻之药，我家少夫人有溏痢之症，泻肚子已3月之久，再用泻药……”
李时珍笑了笑，解释道：“巴豆性热，味辛，生药猛，熟药缓，能吐能下，能行能止，是可升可降之药。巴豆多用则有勘乱劫病之功，微用亦有抗缓调中之妙。巴豆为泻药，这种认识并不全面。只要配合得当，药病相对，巴豆何尝不能止腹泻？夫人之病，其脉沉而滑，此乃脾胃损伤，冷积凝滞所致，以热下肢，则去寒止痢。”
果然，病人服药后，溏泻便立止了。
李时珍不仅能辨证地异病同治，也善于同病异治。
有一个有钱人，夏天饮酒达旦，以致腹泻数日不起，同样是腹泻，李时珍根据病因、病机之不同，采取同病异治的方法。他看了以前医生的处方，多是用利消导升提药，反而使病情加重。李时珍认为，病是由饮食不节，损伤脾胃，阳气阻遏，水湿内停而导致腹泻，所以用小续命汤之大祛风药，鼓荡被遏之阳气上升，于是收到了奇效。(《本草纲目》卷十五·麻黄条)
李时珍在临床实践中，灵活地运用并发展了祖国医学中辨证施治的理论，很快成了一个远近闻名的良医。
楚王府行医
一次，李时珍接待了一个病人亲属，看了前次一位铃医的处方有一味药错了。但是那人却是按《本草》来的，从中，李时珍知道《本草》有错误地方。
《本草》是我国古代专门讲药物的书，所谓本草就是中药材的代名词。中药材的种类极为繁多，鸟、兽、虫、鱼、金、石、草、木，很多都可以入药，其中以草本类植物占多数，所以称中药材为本草，将介绍中药材的书称为《本草》。我国流传最早的药书是汉代的《神农草本经》，它总结了秦汉以前我国古人研究药物的成果，记载了365种药物。从那以后到明代的一千多年里，本草学有了很大的发展，人们掌握的可以治病的药物逐渐增多，分类也日趋严密。
例如，南朝时期的医学家陶弘景写了本《名医别录》，在《本草》原有基础上，补充了魏晋时期治病常用的药物365种，唐朝的李勋、苏恭等人，奉皇帝旨意，参照前人的《本草》，又增添新药114种。宋朝的刘翰、马志编著的《开宝本草》，掌禹锡、林忆编著的《嘉佑本草》，均增加了许多外国药物，其他如《图经本草》、《证类本草》、《救荒本草》、《食物本草》、《海药本草》等，都从不同方面有所增益，特别是名医唐慎微编著的《证类本草》，采古今单方，收入经、史、百家中有关药物多达1558种，是李时珍的《本草纲目》问世以前最完备的药书。
但是，即使是唐慎微的《证类本草》，这本在当时医药界公认的“全书”，仍然瑕疵不少。书上将葳蕤说成是女萎，其实，这是两种形态、药性都不同的植物。葳蕤的叶子像竹叶，治虚热燥咳及一切不足之症。女萎的叶是对生的，开白花，可以治霍乱、痢疾。《证类本草》上还将虚掌、南星这两个同种异名的药草，当作两种不同的药物记载，陶弘景的《名医别录》中，将旋复花当作山姜。冠中爽的《本草衍义》中，把卷丹和百合混为一谈。有一次，一个医生给癫狂病人开了一服药，其中用了一味药叫防葵，没料到病人吃了很快就死了。又有一次，有个医生给一个身体虚弱的病人开了味叫黄精的补药，病人吃了也死了。李时珍对这两件事作了深入研究，发现有本药书上把防葵和狼毒、黄精和勾吻搞混了。狼毒和勾吻都是毒性很大的药，把它当成补药，还能不死人。又如，泽泻这种药，不能久用，但有的药书上都说：“久服面生光，能行水上”；“泽泻久服身轻，日行五百里”。这种方士骗人鬼话竟被收进医书里，不知有多少人深受其害！
另外，从《证类本草》问世到李时珍时代已经过了400多年。在这400多年中，药物知识有了很大发展，医生和民间都发现了许多新药；由于矿业生产的发展，还出现了许多矿物新药；同时，由于明代对外贸易和航海事业的发展，从国外传来许多新药，叫做“番药”，这些新药在一些杂书上有零星记载，但错误百出，需要审定。
李时珍想，由于《本草》的混乱造成药物的混乱，即使我们的药方开得再好，药抓错了，也会弄巧成拙，甚至成为杀人帮凶。看来，重修《本草》已经成了刻不容缓的事，他把自己的想法告诉了父亲。
李言闻听了儿子的话，思考良久，方说：修《本草》这个建议很好，但是工程太浩大了。要重新编一部新《本草》，不仅要把历代《本草》和诸子百家的书籍研究透彻，还要把全国出产的药物一一重新考察清楚，需要花很大的力气。历代《本草》的修订，大多是朝廷出面修的。黄帝命令歧柏调查百草药效，定《本草经》、著《神农本草经》，编著《名医别录》的陶弘景，原来就做过官，后来退隐深山，但仍和梁武帝交往密切。唐高宗命令大臣李勋，组织苏恭等人，在《名医别录》等药书的基础上，将《本草》从三卷增加到七卷方成《唐本草》。宋太祖命令医官刘翰重新详校《本草》，宋仁宗再下诏令补注《本草》，这才有了《开宝本草》、《嘉祜本草》。所以，父亲告诉李时珍：“只有朝廷出面，才有重修《本草》必需的人力、财力、权力。有的人虽是以个人名义修《本草》，那也是因为这些人有钱有势，得到朝廷扶持。像我们这样的人家，历史上还从来没有人修成《本草》的。”
李时珍听了父亲的话，更清楚了修《本草》的艰辛。他想：前人可以请求朝廷帮助修《本草》，我们也可以找机会上奏朝廷。即使朝廷不支持，我也仍然要重修《本草》，事在人为，谁也动摇不了我的决心。
明代嘉靖二十九年，即公元1550年，这一年李时珍33岁，他立下了雄心壮志，不怕任何艰难险阻，一定要重修《本草》。
李时珍深深懂得，要实现重修《本草》的宏伟志愿，依靠现有学识、经验是远远不够的，于是一个庞大的计划在他心中逐渐成熟了：
一、苦读十年书。从“子、史、经、传、声韵、农圃、医卜星相、乐府诸家”的现有典籍中积累知识。
二、广采四方，漫游天下，增长见闻。他从猎户那里学习有关野兽的知识，从樵夫那里学习有关山野植物的知识，从农民那里学习有关农业生产的知识，从游方铃医那里学习有关防病治病的单方验方……
李时珍为自己所规定的博览群书的范围很广，父亲的藏书，顾家及郝家的藏书显然已不能满足他的需要，他正在为之苦恼的时候，想不到的机会却来了。
原来，湖广首府武昌，住着一个皇帝的宗室叫朱烩，受封为楚王。楚王的儿子患了抽风病，经常犯病昏倒，找遍武昌名医都未能治好。由于李时珍的医术高超，名气越来越大，传到了武昌，楚王知道后，便派人到蕲州把李时珍请去，为儿子治病。
李时珍被请到楚王府立即为世子诊病。世子是个10岁左右的孩子，长得瘦骨嶙峋。经过望、闻、问、切诊断后，李时珍开了一个药方交给王妃。王妃看后不肯收下，叫他去面见楚王。
楚王看了李时珍的药单子，不解地问：“以前医生开的药方多用沙参，你为何用人参？”
李时珍对楚王解释说：“世子患的是癫痫病，治起来很麻烦。这种病可分为两类，一类是因热引起的，一种是因虚引起的。世子的病属于后者。沙参用于驱火邪，除肺热，是首选主药，但世子是风虚引起的，需补肺虚，人参则是对症的主药。我查了以前医生为世子开的药方，他们都是将世子的病当作因热起，把药用反了。本来，肺虚当补，反而当成肺热开泻药驱火邪，怎么治得好世子的病呢？”
李时珍继续说：“现在我以人参为君，做主药，以辰砂、吟粉为臣，做辅药，以猪心血九为佐药。人参甘温，能补肺中之气。肺气旺则四脏之气皆旺，精气自生而形自盛。辰砂能够养精神、安魂魄、润心肺、止抽风，帮助人参治癫痫症。再发挥吟粉、猪血的作用，世子的病自然会痊愈的。”
李时珍这番话，说得楚王连连点头。世子服药后，果然身体日渐好转。楚王大喜，于是又请李时珍为自己治病。原来，楚王患有便秘症。每逢解便，疼痛难忍，苦不堪言。30多年来，请了不知多少名医诊治，都没有显著效果。李时珍观察楚王，只见他身体肥胖，平时脾气又大，肝火极旺。李时珍明白，这是三焦阻塞之症。于是，他用牵牛末、皂荚膏丸给楚王治病。牵牛能顺气，通三焦。果然，对症下药，药到病除。楚王服药后，立竿见影，当天就顺顺当当地解了大便，心里说不出地痛快。
楚王和王妃在王府花园设宴酬谢李时珍。楚王在宴席上端起酒杯向李时珍敬酒，发话说：“郎中，你救了我的儿子，又医好了我多年的顽疾，我不知如何答谢你，你有什么要求，就请尽管说，只要我能办到的，一定尽力！”
李时珍沉吟片刻，忽然想起父亲说过的话，要修《本草》必须依靠皇帝支持，这楚王是当今皇上兄弟，正好求他帮忙，机不可失，时不再来。于是，李时珍起身向楚王深深一揖，不卑不亢地说：“谢王爷盛情。我正有一事要求王爷相助。王爷，我立志要写一部药书，由于得不到朝廷帮助，困难重重。如果王爷能奏请朝廷，助我重修《本草》，时珍将终生感谢王爷。”
楚王也是个读书人，听了李时珍的要求，不由微微一愣。他见到的郎中差不多都是贪图钱财、官爵，而眼前这个郎中却与众不同，想干一番利国利民、惊天动地的事业。他想了想，叹了一口气说：“郎中，我佩服你有这么宏伟的志愿，我一定把你的要求向皇上转奏。不过，据我所知，皇上近来迷于炼丹求长生之术，对于重修《本草》这样的大事，未必有兴趣过问。我希望你在我这里住下来，我的祠奉所正有个缺，你就当个祠奉工兼管良医所。王府藏书楼中药书颇多，闲来无事，你尽可以随便出入，为你修《本草》寻些资料，待有机会，我再保举你进京供职，找机会向皇上提出重修《本草》这个心愿。”
李时珍接受了楚王的意见，在王府里住了下来。果然如楚王所料，楚王转奏李时珍心愿的奏折送到皇上手中后，皇帝批了个“留中”，便如石沉大海，杳无音信了。
太医院辞职
明代嘉靖三十七年(公元1558年)，朝廷命令地方举荐名医，入太医院补缺。楚王记起了自己的诺言，虽然全家看病都离不开李时珍，十分割舍不下，但为了李时珍的事业，仍然将李时珍推荐到京师太医院供职。
李时珍在王府呆了近3年，在这三年中，他有机会进入楚王府藏书极为丰富的书库，阅读了不少民间难见到的医药经史百家书籍，为重修《本草》积累了大量资料。闲暇时，他常去蛇山观音阁，与一高僧谈天，并为烧香拜佛的居士看病开药，向他们讨教各地的方药，增长了不少见识。要他离开楚王府，真的还有些舍不得。但他想到去京师进入太医院以后，可以有机会出入御药库、寿药房，能见到许多皇家才拥有的珍贵稀有的药物，对重修《本草》大为有利。再加上他对皇帝还存在幻想，盼望进太医院后有机会直接向皇上递奏折，请皇帝下令重修《本草》，于是李时珍愉快地接受了楚王的举荐。
太医院是朝廷掌管全国医药大政的机构，也是朝廷最高的医院。皇族有病，都请太医院医生看病。李时珍进太医院不久，便被富顺王请去为富顺王的孙子看病。
患者是个小孩，面黄肌瘦，看着摆了一桌子的美味佳肴没有胃口，却指着席上的红蜡烛又哭又闹。大人只好迁就他，用剪刀将红蜡烛上烧结的灯花绞下来，吹冷了放进小孩口中，小孩子才破涕为笑，津津有味地将灯花嚼碎，吞进腹中。李时珍在诊病中遇到过多起这样的病例，他作过细心研究，发现这种喜吃灯花怪病的事，是由于肚子里有寄生虫引起的。于是，他给富顺王孙子开了一剂以使君子、百部等杀虫药为主药的处方，病人服药后，打下了许多虫子，再也不吃灯花了。李时珍治好王孙的怪病在京城传开后，皇族中有人生病，许多人都指名请李时珍出诊。
李时珍的名气在京城越来越大，朝廷封了个正六品太医院院判给他当。官不算小，也有了权。李时珍利用这点职权，可以出入太医院的药王庙、寿药房和御药库了。