李时珍看着父亲面色憔悴、神情沮丧的样子心里很不好受。为了转移父亲的情绪，他把一直藏在心里，已经思考多时的医学问题谈了出来。他对父亲说：“《孟子·告于篇》上讲：‘心之官则思，’《内经》上也说：‘心者，君主之官，神明出焉。’这两部书里都是说，心脏是主管人的思维活动的。儿仔细思考了这个问题，觉得不对。本来，《内经》上说过，‘脑为髓之海……髓海不足，则脑转耳鸣，胫疫眩冒，目无所见，懈怠安卧。’按这种讲法，是人脑主宰我们的视觉、听觉和运动器官的。再往深处想，我们思考问题时，是心在想，还是动脑子想呢？读书读久了，是头昏头痛，还是心昏心痛呢？显然这主要是前者。所以，儿以为，脑才是六神之府，思之官。”
李时珍这番独出心裁的言论使父亲颇为震动。《内经》是祖国最早的一部医学典籍，产生于战国和秦汉之间，它运用精气、阴阳、五行学说，总结和阐述了中医的基本理论，两千年来中医理论的发展，可以说都起源于《内经》。《内经》上提出的心是思之官，千百年来有学问的人都视为真理，医经、儒经都这么叙说。儿子却敢向传统挑战，提出怀疑，真不简单！李言闻并不保守，他仔细一琢磨，儿子所说何尝没有道理。李言闻不由得感叹：“真是有心栽花花不活，无心插柳柳成荫。我这几年来，天天督促儿子面壁苦学，尽了最大努力，发奋读书，几乎丢了命。但是，老天不遂人意，3次应试都名落孙山。万万没有想到，儿子仅凭着家族的影响，自己平时关于医药学有意无意随便说说，就记在心里，对‘心之官则思’竟动了脑筋，作了如此深刻的见解。自己行医数十年，也曾著书立说，但对于这么重大的医学问题，却从未产生疑虑，真是庸才！儿子果然聪明颖悟，才智过人，勇于探索。其实七十二行，行行出状元，既然儿子在医学上能够如此钻研，何不让他跟着我学医呢？别让他像我那样了，为了科举白白耗费了青春，到头来还是竹篮打水，一场空！”
李时珍见父亲沉默不语，便把自己想放弃科举考试，跟随父亲学医的想法说了出来。这个念头在他心里许多年前就有了，但是为了显耀门庭，不辜负父亲的期望，他藏在心里不忍心说出来。看来，科举仕途与李家这一代还是无缘，自己的志向也不在这里。于是，李时珍趁父亲思想已经转变，便把多年来深思熟虑的话说了出来。
李言闻看着为应试累得瘦弱不堪的儿子，心头不禁涌出无限爱怜，觉得儿子的选择不能说最佳，但也算是条好的出路了。于是，他默默地点头同意。
这样，从23岁开始，李时珍就弃文从医，继承父业，走上了医学的道路。
李时珍青年时代关于“脑为六神之府”的想法，经过尔后几十年的行医实践的检验，获得了充足论证证实。最后，写进了他的药学巨著《本草纲目》卷三十四·辛夷条。“脑为六神之府”说，在我国历史上第一次明确指出脑是思维的器官，从而改变了传统的“心之官则思”的错误认识。
时代为李时珍铺了一条不平坦的道路，那艰涩的八股文扼杀了多少热血青年。但李时珍并非凡人，他坚定不移地走上了医药之路，并最终实现了自己的价值。
苦心学医
李时珍在他伟大的一生中，在医药事业领域，能获得如此巨大成功，出于他有幸遇到了两位恩重如山的老师。
第一位恩师是他的启蒙老师，父亲李言闻。
他的父亲李言闻在当地玄妙观坐堂行医，医案旁设了一个座位，是他给收为徒弟的儿子专门设下的。李言闻每当自己看病诊脉后，都口授药方，让李时珍笔录药方，按方抓药，并同时向他传授不同方剂药物的匹配用量情况，药物间的协同作用，以及如何抑制药物的毒性等等。比如每个药方的用药都是按“君、臣、佐、使”的配合规则。“君”药是方剂中治疗主症，起主要作用的药物，根据需要可用一味或几味。“臣”药是协助主药以加强其功效起治疗作用的药物。“佐”药是协助主药治疗或抑制主药的毒性和剧烈的性味，或是反佐的药物。“使”药是引导各药直达疾病所在或有调和各药的作用。一般小病，开一个处方，抓几剂药即可治疗好。大病或重病则需有步骤地进行治疗，先怎么处方，用哪些主副药物，病情见好后再换处方，改换用药，到治疗痊愈。
李时珍跟随父亲从开方、抓药学起，不仅认识了许多药，还进一步了解到药的四气、五味升降浮沉等特征。所谓“四气”，就是指寒、热、温、凉4种药性，药性的寒凉和温热是与病症性质即热性病症、寒性病症相对而言的。李时珍了解到：能够治疗热性病症的药物，属于寒性或凉性，如黄连是寒药，治热病泻痢；因陈蒿微寒，即是凉药，治黄胆身热。能治寒性病症的药物，属于热性或温性。如附子是热药，能治因大汗而阳气衰竭、四肢寒冷等；草果是温药，能治因胸腹冷病而发冷较重的病疾。药物还有辛、甘、酸、苦、咸5种味道，辛味能散能行；甘味能补能缓；酸味能收能涩；苦味能泻能燥；咸味能软坚润下，还有淡味能渗湿利小便。药物作用的趋势又分升降浮沉。升是上升，降是下降，凉是发散上行，沉是泻痢下行。升药上行而向外，有升阳、发表、散寒等作用，沉降药下行而向内，有升阳、降逆、收敛、清热、渗湿、泻下等作用。
父亲还常常结合一桩桩鲜活的医案，将治病救人的道理讲给李时珍听。两人不多久便把李时珍因科场失利造成的烦恼忘得一干二净，父亲仔细热心传授医道，儿子认真踏实努力学习，父子俩情投意合，享受到无穷乐趣。
李言闻向李时珍讲解中国医学中辨证施治的道理：所谓“辨证”，就是综合病人所出现的各种症状，以及一切与疾病有关的因素加以分析，来探求病变的性质和转机，从而了解疾病的本质，作为施治的准则。李言闻说：东汉医学家张仲景在《内经》等古代医学典籍的理论基础上，运用辨证施治的医疗规律，进一步丰富和发展了治疗外感病及其他杂病的医学理论和方法。张仲景在多年临床诊断中，总是先检查病人的身体，观察病人的气色，倾听病人的声音，然后询问病人的症状，再检查病人的脉搏，最后综合检查结果分析病情(即望、闻、问、切)，从而得出一个阴、阳、表、里、寒、热、虚、实的“辨证施治”方法。
父亲告诫李时珍说：“医药学里的学问大得很，多得很，要成为一个受人欢迎医术高明的医生，除了从前人书籍中吸取营养外，还要重视积累临床实践和搜集民间流传的经验。”
也就从这时起，李时珍在父亲的指导下，涉猎了大量医书：《素问》、《灵枢》、《伤寒论》、《金匮要略》、《脉经》、《诸病源候论》、《千金方》等等。
为了帮助李时珍更好地研读医学著作，父亲又送他到顾家拜师，亲自领他去拜见第二位恩师。这位恩师姓顾，名问，字日岩。顾问18岁便中了进士，在福建当了多年大官，是全国为数不多的理学名家。顾问是蕲州人，归隐后回到家乡讲学，在阳明、崇正两座书院中开课授徒。由于顾问名气很大，全国各地都有人慕名到蕲州拜他为师，已有学生数百人。
顾家有一座藏书楼，楼内装满了经、史、百家的书籍成千上万卷。顾问告诉李时珍：“这个书库是我家最有意义、最有价值的财产。我教学生，第一个要求就是每个人必须涉猎群书，搜罗百氏，这样才能在前人积累的知识基础上，有所创造，做成一番事业。”
李时珍牢记老师教诲，在顾家的藏书楼里，他精读深研了医药学方面的经典著作，葛洪的《抱朴子》、王安石的《字说》、陆羽的《茶经》、贾思勰的《齐民要术》、陶弘景的《名医考源》、盖说的《食疗本草》等等。同时，还旁及其他各类丛书，举凡子、史、经、传、声韵、农圃、医卜星相、乐府诸家，无不广泛阅览。经过几年的广收博采，学问大有长进。
青胜于蓝
李时珍在顾问那里广收博采，同时又随父临床治病，共同研讨，这种理论与实践相结合的方法，使李时珍进步神速。
有一天，父亲出外巡诊，留李时珍守药铺。忽然，几个官差风风火火地来到玄妙观，说是荆穆王的宠妃胡氏得了急病。他们见李言闻不在，拉了李时珍就走。
李时珍来到荆王府，只见王妃躺在床上呻吟不止，痛苦得在被褥中翻滚挣扎。荆穆王在屋内束手无策，急得团团转。原来，王妃在饭后和家人发生口角，生气引发了心痛。随后，3日不通大便，腹痛难忍。王府请了不少医生，吃了不少药都不见效。有人说玄妙观的李言闻医术高明，便派了官差来请，谁知李言闻不在，便抓了李时珍来交差。荆穆王“病急乱投医”，顾不得许多，便叫李时珍治病。
李时珍照父亲教的办法，“望、闻、问、切”以后，心想：南北朝时期的药典《雷公炮炙论》中说：心痛欲死，速觅延胡。何不用“延胡索”这种中药试一试！于是，他开了一个“延胡索三钱”的药方，叫王府派人去抓药。
以前给王妃看病的医生开的药方都很复杂，少则几味，多则十几味、几十味，一抓就是一大包，可是李时珍的药方上只有一味药，药量又少。王府的差人拿着药方甚为犹豫，便去请示荆穆王。荆穆王也没有办法，只好死马当作活马医，命令差人照方抓药。药抓来后，李时珍叫人温好一壶酒，用温酒调好延胡索末，请王妃服下。奇迹出现了，王妃服下药后不一会儿，便解了大便，心腹痛全部止住了。荆穆王大喜，留李时珍在王府住下，直至王妃的病全好后，才重重酬谢了他，送他回家。
李时珍将治疗王妃心痛病的经过向父亲述说之后，父亲大为赞许。于是父亲在玄妙观内为李时珍单独设了一个医案，让他独立行医。但为了病人的安全，李时珍遇到大病或疑难病症，都把开的处方交给父亲过目以后，方才给病人抓药。
明朝嘉靖二十一年(公元1542年)，24岁的李时珍，正式开始独立行医。嘉靖二十四年，蕲州一带发生大水灾，河水倒灌，江河横流，淹没了方圆几百里的房屋树木，山洪暴发吞噬了无数的村庄田园。
蕲河两岸一片汪洋，无边无际的水面上漂浮着茅草、枯枝、桌椅板凳、死猪、死牛、饿殍(饿死的人)被水泡得胀鼓鼓的，在水中一沉一浮地漂荡着，令人生畏。
好不容易等到大水消退，外出逃荒、讨饭的人陆续返回家园。由于抛尸荒野的饿殍无人收敛，加上腐烂的残枝败叶，淹死的牲畜在烈日的曝晒下蒸起腥风恶臭，迅速地酿成了传染病，并四处流行开了。
父亲的诊所被病人包围，他从早到晚忙于诊治，弄得精疲力竭。谁知病人非但不见减少，反而越来越多。
一天晚上，父亲看完最后一个病人，回到家中，已是半夜时分，李时珍刚好从外地诊治回来看望父亲。李时珍兴奋地说：“我在瓦硝坝试行了一套驱逐瘟疫的新方法，很奏效。现在瘟疫在蕲州城南的15个村庄已经制止住了。明早我陪你去看一看！”
父亲心想：要是真能创造出一套办法控制住瘟疫，百姓们就有救了。现在瘟疫流行，当官的都不顾人民死活，不闻不问，一个良医应如良相一样，应该负起济世救人的职责。
第二天清晨，父子俩各饮了一杯能避瘟疫的松叶酒，便出门察访去了。他们离开镇子，来到城南的村子，只见村里被洪水冲坏的房屋，已经有人着手修葺，村子中来往行人也多起来，这是大瘟疫流行以来少见的复苏景象。
父子俩随意走进一座四合院，只见院内弥漫着一缕淡淡的烟雾，飘散着一阵阵烟薰的香味。李时珍告诉父亲，村内家家户户每天都要用苍术熏烟。
父亲点头说：“苍术可以除山岚障气，去鬼邪。”
四合院的主人见熟悉的郎中父子进院，忙迎了出来。这是一对老年夫妇，老汉身体强健，鹤发童颜，老婆婆正在往一口大灶添柴火，灶上的大铁锅中放着一副蒸笼，冒着腾腾热气。老汉见李言闻诧异，忙笑着说：“蒸笼里蒸的不是馍，是按着贵公子的吩咐，将病人的衣服用蒸笼蒸过，这样，一家人都不会传染疾病了。”
李时珍接着告诉父亲：“这是我琢磨出来的，古书上没有记载过这种方法，我想为什么一人染病，全家都会传染上呢，不外乎病能够传播。通过什么途径传播呢？我以为，一是衣物，二是食物，三是身体。于是我就用蒸笼蒸病人衣服，用苍术熏烟避瘟，用兰草(泽兰)烧汤沐浴，将麻子仁、赤小豆置于井水中驱邪，饮松叶酒、淑目酒除瘟病。采用这套办法后，瘟病的传播就逐渐缓慢下来了。
李言闻回去后，把儿子在村子里采取的防治办法在疫区推广，果然瘟疫迅速得到了扑灭，百姓重新安居乐业下来。
李时珍认为，医生给人治病固然重要，但预防疾病更为重要。他在《本草纲目》中，仅“瘟疫”一项，就收集有预防传染病流行的中草药达130种之多，并制定既有煮沸消毒，亦有烟熏避疫，汤浴除瘟，又有内服防病等多种多样的预防措施。在16世纪中叶，李时珍能够提出蒸气煮沸消毒的方法，这是一个历史的创举。
当官府在瘟疫面前都束手无策时，李时珍作为一个民间医生却领着百姓扑灭了瘟疫，而且取得了决定性的胜利。李时珍的名声开始在蕲州一带传播开了。
李时珍对中医基础理论《内经》和中医辨证论治的经典著作《伤寒论》(张仲景著)尤为精通，并在此基础上博览群书，去粗取精，去伪存真，形成了自己系统的中医理论体系，既继承发展了诸家学说，又在自己的行医生涯中，灵活地运用于临床实践。