但这个新指示不是麦克阿瑟所喜欢的。他希望扩大在朝鲜的战争，从国内获取更多武器弹药的补充。与参谋长联席会议的指示针锋相对，他也发回4条所谓的新建议：
“一、封锁中国沿海海岸；二、通过海军炮火和空中轰炸摧毁中国的战争工业生产能力；三、假如我们决定在朝鲜半岛继续作战，那就动用台湾的国民党守卫部队，增援并加强我们在朝鲜的阵地；四、解放现有的对台湾守卫部队的限制，把它们用于牵制性的行动（可能成为反攻的行动），攻击中国大陆的要害地区。”麦克阿瑟：《麦克阿瑟回忆录》，台湾文国书局，1985年，第242～243页。
麦克阿瑟还大言不惭地宣称，他的计划不仅能够在朝鲜，而且能够在远东铲除共产主义。相反，他预言，如果不实行这项计划，大难就会临头，就将被迫撤离朝鲜。
在朝鲜战场上的溃败，使麦克阿瑟担心他的声誉会受到损害。他不从自己进行的战争非正义方面检讨，也不从自己的错误判断中总结经验教训，企图推卸自己在战场上失败的责任。他开始接受中意的记者采访，说参谋长联席会议和美国总统迫使自己沿鸭绿江设置了一条隔离线，给他造成了“巨大困难”。他暗示，他的行动受到了束缚。针对麦克阿瑟发表的与美国政府政策不相协调的讲话，马歇尔立即发出一道与艾奇逊联名签署的命令，严禁“军事指挥官和外交人员”直接通过新闻界议论军政大事。大家都清楚，这道命令是针对麦克阿瑟的，要他管住自己的嘴巴。
中国人民志愿军入朝作战以后，连续五战五捷，把美韩军队赶到了三八线以南。朝中军队转而采取积极防御的阵地战，形成了以坑道为骨干的防御体系，不仅使战线在三八线附近稳定下来，而且在多次反击中使美韩军队遭受到严重损失。
战场上的失败，与盟国之间矛盾的尖锐化以及对欧洲局势的担心，使美国政府逐渐认识到，只有与中、朝政府实行停战谈判，才能解决朝鲜问题。
麦克阿瑟在前线所发表的不负责任的声明和谈话，使杜鲁门总统越来越生气。马歇尔看到国务卿艾奇逊对麦克阿瑟也已感到厌恶，杜鲁门总统在认真考虑撤销麦克阿瑟的职务问题。马歇尔深刻理解美国政治的特点，并且知道麦克阿瑟的能量很大，在国会和舆论界，许多极其保守的势力正在为麦克阿瑟吹捧叫好，因此，他劝杜鲁门总统谨慎行事，建议杜鲁门亲自给麦克阿瑟写信。
杜鲁门出于对马歇尔意见的尊重，亲自给麦克阿瑟写了一封信，对其大大吹捧了一番，并且也暗示，麦克阿瑟不要在前线随便就国家的政策发表评论，不要发表与政府相违背的讲话。
但麦克阿瑟继续我行我素，老调重弹，说他的手脚被捆住了，应该让他放开手脚，继续向三八线以北进军，统一整个朝鲜半岛。1951年3月7日，他举行记者招待会，抱怨朝鲜前线已经稳定下来，危险的是已经陷入僵局。3月15日，他又接受合众社记者采访，大放厥词。3月24日，他又发表一篇声明，与美国政府谋求外交途径解决朝鲜问题的方针背道而驰。麦克阿瑟：《麦克阿瑟回忆录》，台湾文国书局，1985年，第246～248页。
杜鲁门暴跳如雷，大声喊道：“我应该撤他的职，这个家伙想干我这份差事，他想当总统。”
但马歇尔坚持不要解除麦克阿瑟的职务。1951年2月底，他曾打算亲自前往远东与麦克阿瑟进行会谈，劝一劝这位桀骜不驯的同事，要他循规蹈矩一点，否则，就要承担后果。但凯瑟琳患了流感，接着他自己染病在身，不得不卧床休息。3月24日麦克阿瑟发表的声明内容传到华盛顿，马歇尔已经上床休息，助理部长洛维特把麦克阿瑟的声明念给他听。没有等他的上司评论，洛维特就说：“这次他的确走得太远了，我们只好撤他的职。”
马歇尔回答说：“只有一个人可以撤他的职，那就是总司令。”
但是，由于马歇尔的顾虑，在第二天杜鲁门总统与其顾问们举行的会议上，还是没有决定对麦克阿瑟解除职务。只是在杜鲁门的指示下，参谋长联席会议给麦克阿瑟发了一封措词严厉的电报。
“总统命令你注意他与1950年12月5日下达的命令（即不准战地指挥官和外交官随便评论政府政策）。鉴于1951年3月20日已把（联合国决定谋求在朝鲜停战）情况告诉你，你以后的任何声明均须符合12月5日的命令。”
“总统还命令，如果共产党军事领导人要求在战场上停火，你应该立即向参谋长联席会议报告，请求指示。”
美国政府与战地指挥官之间的危机，最终导致了麦克阿瑟被解职。4月5日，众议院共和党领袖约瑟夫·马丁公开了麦克阿瑟最近写给他的一封信。在信中，他继续鼓吹把国民党军队装备起来进攻中国大陆，批评联合国（实际上是美国）把重点放到欧洲而不是亚洲，并警告：“如果我们在亚洲这场战争中败给共产党，那么，欧洲的陷落就不可避免。”他说他同意了马丁的意见，美国必须在朝鲜打赢，“没有任何东西可以取代胜利”。麦克阿瑟：《麦克阿瑟回忆录》，台湾文国书局，1985年，第245页。
麦克阿瑟的言论，再一次激怒了杜鲁门。其他不少高级军官认为麦克阿瑟的话太越轨，应予解除职务。
马歇尔也认为麦克阿瑟过分了。他指出：“这封信使我们和盟国的关系处于一种非常严重的局面，这使他们更加捉摸不定我们要怎样行事。而就在总统提请他们注意某种事情，估量赞同自己的行动这一程序尚未完成之前，战地指挥官出来操纵局势了。我认为，这使盟国失去了对我国政府的信任。”
但直到这时，马歇尔仍不赞成撤麦克阿瑟的职。4月6日，杜鲁门直接问马歇尔，麦克阿瑟应如何处置。马歇尔说：“不要仓促行事。”杜鲁门便尖锐地提醒马歇尔和其他所有到会的人，他们是在讨论麦克阿瑟将军“违抗命令和与己无关的人进行接触的问题，作为一个军人，他似乎忘记了总统是武装部队总司令”。
马歇尔提议，把麦克阿瑟召回来交换意见。艾奇逊和杜鲁门几乎是同时惊呼：“上帝，不能这样！”他们担心麦克阿瑟回华盛顿会得到一个戏剧性的机会来向国会和全国呼吁。
杜鲁门对最信任的马歇尔将军火冒三丈，他要马歇尔回国防部去查档案，在那里，他会找到不只一次的证据，证明麦克阿瑟一贯违抗历届总统命令，而这次更是发展到了再也不能忍受的地步。
第二天，马歇尔告诉杜鲁门：他已查阅过麦克阿瑟同总统过去两三年的来往电报和信件，得出的结论是，两年前就该撤这位将军的职务了。
马歇尔的立场坚定了，解除麦克阿瑟职务的事情就好办了。
1951年4月11日，骄横傲慢的麦克阿瑟终于被解除职务。
英、法对美国政府解除麦克阿瑟职务持积极支持的态度，在美国国内，却又引起了一场轩然大波。麦克阿瑟立即从东京返回华盛顿，接受了几乎是歇斯底里的欢迎。虽然大多数人都知道根据美国宪法，总统解除战地指挥官的职务完全是合法的，并且，麦克阿瑟被解职，完全是咎由自取。但许多人与其说是欢迎麦克阿瑟，倒不如说是发泄一种对杜鲁门政府的不满和失望情绪，对杜鲁门及其顾问的愤怒之情是极其强烈的，长期以来遭受攻击的艾奇逊和马歇尔，受到严厉谴责。陆军中的许多老朋友转而反对马歇尔，一些曾在麦克阿瑟手下服役过的弗吉尼亚军校毕业生也反对和谴责他。
马歇尔与麦克阿瑟这两个美国老兵，一生戎马倥偬，同在陆军服役，从事相同职业，同样经历了一些大的战争。不过，在战场上指挥千军万马的是麦克阿瑟，而坐镇后方运筹帷幄的又总是马歇尔。从事业角度来讲，两人都是优秀军人。但从第一次世界大战起，麦克阿瑟就开始怀疑、讨嫌、怨恨马歇尔，把马歇尔视为他发展前途的障碍。在他担任陆军参谋长期间，有意不让马歇尔得到晋升。马歇尔担任陆军参谋长以后，他又冷嘲热讽。第二次世界大战期间，他时常埋怨马歇尔没有给太平洋战场以应有的增援。他骂马歇尔是罗斯福的狗腿子，是一位坐办公室空谈的军人。
然而，这种“对立情绪”似乎只是单方面的。不管是为人还是作战方面，马歇尔从来没有伤害过麦克阿瑟，相反，总是称赞和肯定麦克阿瑟作为一个职业军人所具有的优秀才能。在不少场合，还暗中维护过麦克阿瑟。麦克阿瑟被解除职务以后回到华盛顿，马歇尔率领文武官员在机场迎接，第一个上前握麦克阿瑟手的就是他。马歇尔肯定知道或是风闻了麦克阿瑟对自己的恶语中伤，但他没有以牙还牙，根本没有将其视作为一回事。惟有如此，才体现出马歇尔的本性和为人。
杜鲁门行政当局的政治对手，充分利用了麦克阿瑟被解职所引起的反杜鲁门政府的喧嚣，在国会举行了所谓“关于远东军事局势及与撤销道格拉斯·麦克阿瑟在这一地区职务有关事实的调查”的听证会。
麦克阿瑟是首要的证人。他对自己被解职，似乎并不怎么怨恨杜鲁门总统，因为他从来就瞧不起他。他认定，这其中起主要作用的是马歇尔。他告诉国会议员们，他对“行刑队里都有谁不感兴趣”，他只需要把命令念一遍，就知道谁是刽子手。
“乔治·马歇尔扣动了板机。”他这样在国会宣称。
他继续兜售他在朝鲜战争问题上的观点。指出：“美国的利益在朝鲜是压倒一切的。”如果其他国家不愿意追随美国，那美国也应该单独在朝鲜打下去。中间有人直截了当地问他，如果他对朝鲜的形势估计错了，从而引起一场全面的战争，那他该如何部署美国本土的防务呢？他对这一问题的回答，显然是说漏了嘴。他说：“那就不是我的职责了，议员先生。”全场对他的回答为之一惊。
有参议员故意将问话牵扯到1946年马歇尔的赴华调停使命。麦克阿瑟指出，正是马歇尔的失职，才使共产党得到了中国大陆的政权，美国的老朋友蒋介石失去了地位，其他问题也由此接踵而至。
接着，是马歇尔出庭作证。
他语调平缓，从容不迫。首先赞扬了麦克阿瑟将军的军事才能。然后，他指出，麦克阿瑟的主张，是要铤而走险，冒打一场全面战争的风险，与政府的政策公然对抗。马歇尔的证词很有说服力，因而，当他走出议会时，就有议员大声说：“我知道应该相信哪位将军的话了。”
后来，以实施政治迫害而臭名昭著的威斯康星州共和党参议员约瑟夫·麦卡锡，是美国国会中的极右翼分子。他利用美军在朝鲜战场上的失败和麦克阿瑟的被解职，把长久以来对马歇尔的敌意都翻腾了出来。他准备了近6万字的讲稿，事先发布了他讲话的时间，所以旁听席上坐得满满的。但几乎没有别的参议员出席，包括他本党的议员，也不愿意为他的无中生有来捧场。他演说的题目很吸引人：“美国从胜利退却：乔治·凯特利特·马歇尔的故事”，但在他演讲的过程中，旁听席上多数的人都走了。《时代》杂志为此发表了一篇较为客观一点的评论：“众所周知，麦卡锡断章取义，从正确的事实中引出毫无根据的结论，指控马歇尔1943年起就同斯大林共穿一条裤子。”
马歇尔自己对麦卡锡的指责，置之不理，认为根本就不值一驳。
正当国会的听证会处于高潮之际，马歇尔携夫人于1947年5月15日回到阔别了50年的母校——弗吉尼亚军校，这一天是学校传统的“纽马特节”。校长在赞词中称马歇尔为学校“最杰出的学生”。马歇尔的老朋友伯纳德·巴鲁克也发表了热情洋溢的讲话，他称赞马歇尔是“历史上的第一个全球战略家”。杜鲁门总统也给马歇尔写来了贺信，称马歇尔是“真正伟大的美国人”。
最令马歇尔感动和不能忘怀的是，作为当初学校的“耗子”，现在新校区出人口的拱门却以他的名字命名，称为“马歇尔拱门”。在此之前，只有两个人享有此誉，一个是乔治·华盛顿，另一个是斯通沃斯·杰克逊。
在接受国防部部长职务时，马歇尔答应只搞一年半载。现在，朝鲜战争的艰难时刻已经过去，那“目中无人”、高傲自大的麦克阿瑟已被解职，新的战地指挥官不会再像麦克阿瑟那样，与政府政策公然对抗，停战谈判已在进行，马歇尔觉得，他可以辞去他的公职了。
1951年9月12日，马歇尔召集五角大楼的新闻记者来到自己的办公室，向他们郑重宣布：“今天上午东部标准时间11点钟，我就不再是国防部部长了。”他表扬了驻五角大楼的记者，表扬了他身边工作人员对他的忠诚。最后，他仍然平静地说：“所有工作的成绩，是大家共同努力工作的结果，不要把一切功劳记在我一个人的身上，我只是做了一点推动性质的工作。”
他向杜鲁门推荐洛维特为新国防部部长。