在武周王朝逐渐稳定以后，武则天就在考虑酷吏的问题。酷吏对于武则天来说代表什么？代表一群恶狗。武则天知道在改朝换代的非常时期，必须要有这群恶狗。只有他们才能为自己干些伤天害理的事情，只有这么一群恶狗在，旧势力才不能翻身，自己才能安全。酷吏往往使用残忍的手段来对付他们认为不利于武则天的人，甚至常常制造冤假错案，武则天也很清楚这一点。不过为了巩固自己的统治，武则天只能睁一只眼闭一只眼，她的目的就是在剪灭反对势力的同时树立自己的权威，让人惧怕自己。像周兴、来俊臣等为代表的酷吏们，在武则天的支持下，变着法儿地对各种势力展开打击，甚至于栽赃陷害，目的只有一个——让武则天满意，主人高兴了狗自然有好吃的。在这双层因素的作用下，酷吏的毒手伸向了各个方面。
前面也提到了酷吏滥用职权的案例，而武则天豢养这些酷吏，首先要对李氏宗族采取高压态势。天授元年（690）周兴诬陷高宗的两名庶子泽王李上金、许王李素节谋反，导致两人自杀。后又将南安王李颖宗族十二人诛杀，连已故太子李贤的儿子也被鞭杀。几年中，十几门李氏宗族因此遭到了酷吏的清洗，株连数百人，基本上将对武周政权有点威胁的人全部干掉了，只剩下了和武则天有血脉联系的李显、李旦等，算是肃清了最有可能反对自己的势力。而酷吏也就摸到了向武则天邀功的砝码，经常是抓住一点儿小事就上纲上线，非要把事情扩大化，这样才能表现自己有能力、忠于武则天。一些官员也难免祸，如宰相魏玄同等人就死于酷吏的极端手段下；战功赫赫的名将黑齿常之也被周兴陷害在狱中自缢；其他刺史以下被枉杀的官员就不计其数了。在这种背景下，连武则天自己培养的“北门学士”也几乎都被斩尽杀绝，由此能看出来武则天当政期间的铁腕政策。“宁可错杀一千、不能放走一个”，这句话放在这里一点也不过分。
虽然武则天对待酷吏采用放纵的态度，但是一些大臣终于无法再看酷吏残暴下去，积极向武则天献策除掉酷吏。当时拥立武则天登基有功的诗人陈子昂就曾向武则天写过建议书，其中就提到要“措刑”（限制刑法的使用）。他指出，严刑峻法是用来平乱的，而平乱后要措刑，和平年代不能依靠酷刑来维持统治。武则天虽然表面上表示陈子昂的意见很对，但认为自己的统治还不够牢固，所以依旧对酷吏采取放纵的态度。
酷吏这边依旧飞扬跋扈。在“革命”之前，酷吏制狱（监狱）没有固定地点。后来案件越办越多，需要关押的人也越来越多，武则天就在皇城之南的丽景门设置了“别置推事院”，作为羁押人犯的地方。而之所以在这里建立监狱，也是为了趁上朝的机会方便抓人。再后来，抓的人实在是太多了，别置推事院也不够了，就在司刑狱设立了“三品院”，专门关押三品以上的大官，可见当时的高官们也处于白色恐怖之中。而被抓的人，基本上都无法通过酷刑的考验。而酷吏们又以酷刑相威胁，逼迫案犯供述出更多的人，所以株连越来越广。
而大臣们与酷吏的斗争一直持续着，两股势力之间明争暗斗，这就是武则天需要的状态——相对的平衡，哪一方强了都不行。双方争斗比较经典的案例就是“魏元忠七人谋反案”。如意元年（692），肃政台中丞魏元忠等七人被诬陷谋反，一名叫侯思止的酷吏负责查案。他威胁魏元忠赶快自己承认谋反的事情，不然让他受苦头。而魏元忠不是个轻易屈服的人，死活不承认自己参与谋反。侯思止大怒，立即让人把魏元忠倒拖着在地上肆意折磨。可是魏元忠就是不认罪，还说自己骑恶驴不慎才被倒挂在地上，骂侯思止是恶驴，真有点儿威武不能屈的架势。
而狄仁杰也被牵连进来，负责审问他的是当时有名的酷吏来俊臣。为了能减少审查的难度，来俊臣事先告诉狄仁杰只要能认罪，就可以获得赦免。狄仁杰这时候采取了和魏元忠不同的方式，他深知这些酷吏如果抓不到口供就不会轻易放过他，一定会使用酷刑，自己说不定都没有了辩解的机会。于是他很快就承认了自己曾参与了谋反，因此也没受什么刑罚，只是关押在监狱中。而另一名酷吏王德寿为了能表功，不满足于狄仁杰一个人认罪，非要诱供让狄仁杰把冬官尚书杨执柔也牵扯到此案中。狄仁杰也很明白，这是为了把打击的面再扩大，坚决不干。为此，狄仁杰甚至以头撞柱，血流满面。王德寿一看狄仁杰这个架势，生怕节外生枝，所以就不再逼问。
后来狄仁杰趁着对他的看管松懈的时机，将被单撕下写了冤状，偷偷塞进了棉衣里。他又声称天气转热，托王德寿将棉衣交与家人，让家人掏空棉絮再继续穿。王德寿也没怀疑，立即照狄仁杰的话去做了。狄仁杰的家人拿到棉衣后，意识到狄仁杰一定是有特殊的安排，立即将棉衣拆开，发现了冤状。狄仁杰的儿子狄光远拿着状子到武则天那里申诉。武则天接见了狄光远，看了冤状，十分吃惊，立即把来俊臣召来问话，质问来俊臣为何对狄仁杰逼供。虽然此事来得突然，来俊臣有点儿措手不及，不过他还是狡辩说狄仁杰在监狱里很好，衣食起居都有安排。武则天不相信，派人去监狱查看。而派去的通事舍人周琳因为害怕来俊臣，根本没见到狄仁杰的面就回来了，禀告武则天说，狄仁杰很好，毫发未损。来俊臣也赶紧以狄仁杰的名义写了一封认罪书，并伪造了狄仁杰的签名送到武则天那里。
此时正好有人告来俊臣冤杀正直大臣，武则天就对狄仁杰的认罪书产生了怀疑，于是马上召见狄仁杰。狄仁杰见到武则天后，武则天质问他为什么要承认谋反。狄仁杰回答说，如果不承认的话，可能早就死于酷刑之下了。武则天又拿出狄仁杰的认罪书，经过笔迹鉴定，确认是有人伪造的。武则天知道这些都是来俊臣一手造成的，于是赦免了狄仁杰。其实武则天早就对酷吏们有所感觉，只是碍于还要他们为自己卖命的份儿上，假装不知。就此武则天起了诛杀酷吏的想法。周兴、丘神等人成了第一批被清理的酷吏（这个我们在上面交代过，就不赘述），但是来俊臣依旧没有受到惩罚，武则天也不可能一下子把自己的狗全杀掉，因为他们还有可用之处。
到了长寿元年（692），大周已经建立了两年，武则天认为天下已平，而这时候告密的事情还是层出不穷。武则天已经失去了对告密的耐心，从她个人来讲，告密已经成为了一件不光彩的事情，没有必要再依靠告密维持统治了。期间发生了一件事情可以看出武则天的心思。一名道士向武则天进言说，为了尊重佛教，应该下令禁止屠宰动物和捕杀鱼虾。这点正好切中了武则天疯狂迷恋佛教的心结，武则天于是下令全国禁止屠宰。这个命令意味着，不管是官员还是老百姓都不能吃肉了，全国上下都要吃素了。
但是这种不合乎情理的行政强制性命令，在施行过程中就颇有难度，很快就有人违禁了。左拾遗张德为了庆贺喜得贵子，偷偷地杀了一只羊，并请亲朋好友前来开开荤。张德的同事——补阙杜肃也被邀请去打打牙祭。这本是件好事，虽然违反了禁令，但是喜事总归是喜事。不料这个没良心的杜肃，不但吃了人家的羊肉，还顺便偷走了一块肉饼。这也不算什么，更让人不齿的是，他回家后竟然写了一封密报，连同肉饼一起呈报给了武则天，给张德打了一个小报告。到了第二天早朝，武则天问张德：“听说你生了儿子，恭喜恭喜啊。”张德连忙拜谢。武则天又问：“那你请客的肉从哪里来的啊？”这一下可把张德吓得没了魂儿，连忙磕头谢罪。武则天笑着说：“朕禁止屠宰，不是什么时候都禁止的，红白喜事宴请是可以的，只是爱卿以后要慎重选择宴请的客人。”武则天把杜肃的告密书给张德看，这下杜肃真是恨不得找个地缝钻下去，大臣们也一致鄙视这个无情无义的家伙。
从上面的两件事来看，武则天已经改变了对告密者偏听偏信的态度，更加注重从多方面获取信息，了解事情的真相，这也为以后彻底消灭酷吏打下了良好的基础。
长寿二年（693），又发生了一件大事，直接导致武则天对酷吏采取了强硬的手段。因为那年有人告发“岭南流人谋逆”，武则天立即派出以万国俊等六名酷吏为“六道使”，赶赴剑南、黔中、岭南等地处理谋乱之事。而且为了方便审案，武则天还授予“六道使”可以处斩的权力。万国俊到广州后，不辨是非，将处斩人数的多少作为向武则天邀功的砝码，杀死三百多人，并伪造谋反状上报武则天。武则天不明真相，竟然将万国俊升官。其他的“六道使”看到万国俊杀人升了官，也就效仿着纷纷大开杀戒，一时间被害之人数以千计。后来“六道使”的暴行被人揭发出来，武则天得知后，立即明白了酷吏们杀人就是为了自己的仕途，心生悔意，派人安抚侥幸逃生的流民，公开承认六道使的暴行，并将万国俊等人在当地处斩，以告慰亡灵。其他官员也纷纷上书弹劾酷吏的所作所为，武则天清楚了这些人的险恶用心，对酷吏顿时失去了信任。