夫妇扩展到全家族
因为《特别警卫纲要》明确写出了“国家元首”警卫的字样，又完全是仿照美国总统的模式，蒋介石父子对之爱不释手。蒋经国决定孔令晟升为侍卫长，去全力贯彻这个“现代化”的国家元首警卫模式。
1970年2月，孔令晟由副侍卫长直接晋升为侍卫长，成为蒋介石侍卫历史上第一个不是外调而是由副侍卫长直升为侍卫长的“第一人”。这让孔令晟沾沾自喜。
一日，蒋经国把孔令晟叫去了自己的办公室。
孔令晟一进门，一眼就发现蒋经国办公桌上已摊开了自己呈上的那本《特别警卫纲要》印刷册子，心中明白了几分来由。蒋经国没有寒暄，却十分慎重地说：“‘总统’和我都看过了，很好！现在你要当侍卫长了，‘总统府’会立即明文公布实施你拟定的纲要。从现在开始，你要彻底把这本纲要变成行动，建立好元首警卫安全的制度。”
没过几日，“总统府”明令公布《特别警卫纲要》，通令执行。
孔令晟首先借用铭传商专学校的大礼堂召集侍卫组织以及宪兵、警察、警备、情报单位与新制度有关的主官和重要幕僚进行学习。因为文字深奥，方法抽象，他本人不得不去亲自主持，并进行讲习。
众人济济一堂，整整学习了两天，领会了精髓，孔令晟决定重点进行硬件配套。
这时侍卫室建制的侍卫组织，除了刘牧群时的那些机构外，陈诚出任“副总统”时又以自己的卫士连成立警官第二队，专门负责“副总统”和其他要员的安全问题，原警官队改称警官第一队，两队与其他机构统归侍卫长麾下。除此之外，侍卫长还掌握布置在士林官邸附近地区的特种部队第二总队和宪兵第201指挥部的四个宪兵营，兵权较以前大为加强。但孔令晟还是觉得人手太少，于是在原有基础上大量增加人员，并强化通信网，在侍卫室创建一个24小时工作的警情中心，为以后建立特别警卫直管通情系统做准备。
接着，侍卫室又成立了一个督导小组，派人去各部门监督执行联合计划。
第三步，特种部队第二总队对已明令实施新计划的地区和相关道路进行不定时“奇袭式测验”，发现问题，立即进行处置。
孔令晟的这些“革新”，获得“国防部”、“国家安全局”、警备总部、宪兵司令部和警务处的全力支持。
有了好的制度，还要有好的侍卫人员去实施。为此，孔令晟改革了蒋介石以前只讲溺爱不重视实战训练的做法，说：“没有实战本事，一旦出事就只能用身体去赌，这不符合美国总统勤务官法则！”又进行两项革新：（1）对侍卫人员进行手枪射击训练。孔令晟接受留美警官黄克东的建议，采用美国联邦调查局手枪实战训练的方法，在士林官邸附近建筑一个现代化的靶场，让侍卫们在那里专门进行“基础和实战训练”。侍卫人员就是去进行手枪射击练习，都有了高级基地。（2）进行拳术和“元首近身集体防卫”训练。孔令晟重金聘请武术高手刘云樵为教练，除进行基础拳术训练外，着重进行“元首近身集体防卫”方法训练。两项改革一改历任侍卫长的老规矩，很受蒋介石和蒋经国的赏识。
此时蒋经国又向“接班”迈进了一大步。在蒋介石的“培养”、提拔下，蒋经国一跃为“行政院”副院长。这“行政院”副院长相当“国务院副总理”，政治地位赫然。
1970年春，蒋经国以“行政院”副院长身份访美，企图阻止美国与大陆方面的往来。谁知此行却被台独联盟侦知，不仅在他下榻的旅店组织人马示威，还派人暗杀他。4月24日，蒋经国前往纽约市布拉萨饭店出席工商协进会的午餐演讲会。当他在饭店门口上台阶正要进入正门时，混在人群中、台湾来的杀手黄文雄突然持枪从旁边冲过警卫群，正欲举枪射击时，被跟随蒋经国身边的纽约市警察局便衣警探发现，当即与他扭成一团，蒋经国迅速闪入扇形旋转门，“啪——”黄文雄还是开枪了，子弹射入两扇转动的旋转门之间，随即，他被警察用警棍打伤，擒住，另一名杀手郑自才营救黄文雄时也被当场抓获。蒋经国幸免于难。
此事传到台湾，当晚，蒋介石大为震怒，平时很少动肝火的他，拍着桌子骂人、训斥随行的侍卫防范不严、失职！
谁知随后情治机关又报告说：“依据情报研判，在蒋副院长返国途中，台独联盟将有一系列的狙击阴谋，尤其在到达台湾松山机场时最为关键。”
“咋办呀！”蒋介石非常焦急，连连跺脚。
情急之下，他下令侍卫长孔令晟：“你去协调情治系统，必须严密保护副院长的安全，不能损伤一根毫毛。”
孔令晟紧急调集所有自己能调动的部队进行搜捕、戒备。
5月1日，蒋经国返回台湾时，蒋介石派党政军要员去台北机场迎接，连极少在台北露面的蒋方良，也出现在迎接人群中，并在侍卫森严的戒备下，当场与夫君拥抱。
这是孔令晟上任侍卫长后一次重大的警卫活动。事后，蒋家再下一代新秀——蒋经国的儿子蒋孝武找到孔令晟进行商讨，决定由孔令晟向蒋介石报告，请他以“元首重要家属”名义接受特别警卫系统的保护。
当孔令晟向老总统报告时，他十分同意，欣然接受了这个“十分中肯”的建议。
事隔几天后一个下午，蒋经国上山晋见老子后，突然来到孔令晟办公室，劈头就问：“你找我有事吗？”
孔令晟立即反应过来，把自己布设的特别警卫系统保护“元首重要家属”之事的前因后果详细进行了说明，并且还特别解释说：“这是合法的，我们同时也将严‘副总统兼院长’的安全纳入同一系统。”
孔令晟为何如此又是“说明”又是“解释”的？原来他担心一贯在人前“公私分明”的蒋经国绝不会同意“总统”侍卫室来保护他这个“总统儿子”，谁知蒋介石当即回答说：“好吧！照你刚才所说的去做。”
随后，孔令晟立即成立七海（蒋经国官邸）警情中心，由徐耀庭负责；又成立七海侍卫组，由吕宝福负责；所有侍卫人员由侍卫室、政工干校、陆军官校和警官学校选用，经过孔令晟亲自审定后才确定。对“副总统”严家淦的保护，以警官第二队为基础，由李连庚负责。
这样蒋介石侍卫室从侍从蒋介石夫妇又扩展到了侍从蒋氏全家族。严家淦只不过是跟着蒋经国沾了点光而已。
这个侍卫系统运转后，还真的救了蒋经国一命。
一天黄昏，蒋经国突然要独自爬七星山，并且还不让任何随扈跟从。谁知他此去后，直到天黑了，还不见他下山。吕宝福赶紧报告孔令晟。
“他为什么独自上山呢？”
吕宝福先不敢说。
孔令晟再次喝问。吕宝福悄声地说：“我也不知道。有侍卫怀疑经国先生与哪位相好幽会，有侍卫说他是去独自散步。我也弄不清他到底去做什么。”
孔令晟“哦”了，转身马上下令侍卫室说：“立刻启动紧急预案，动员警察、宪兵做地毯式的搜寻。”
警察和宪兵上山了，正在打着手电搜寻时，“总统”侍从医官陈耀翰十分紧张地跑了过来，对孔令晟说：“不好不好！”
“说！”孔令晟一惊，“什么不好了？”
“经国先生患有糖尿病，没带任何药物或糖果，如果半夜12点以前还不找到他，让他服药，很可能会导致脑部受损。”
这可急煞了所有参与搜寻工作的人。
在午夜时分，宪警人员终于找到了蒋经国。原来他失足，跌下了一个小陡坡。经众人合力营救，才把他救起。
以后，孔令晟做了一条严格规定：“经国先生的座车侍卫必须经常随身携带巧克力糖一盒（防止他的糖尿病发作），违者必定重罚。”
蒋介石闻讯，当面称赞孔令晟说：“孔侍卫长办事认真，作风过硬！”