蒋介石回到南京后，就开始了对西安事变的人事进行清算。
12月26日，他还在洛阳时，电嘱在南京的陈布雷草拟《对张杨的训话》声明，呵斥张杨“劫持领袖”。在起飞去南京时，蒋介石对张学良说：“汉卿，你不要同我一起回京去。”
“委员长，这是为什么？”张学良疑惑地问。
“我回南京，一定会受到热烈欢迎，你同机在旁不是很尴尬吗？你同宋子文乘另一架飞机回南京。”
蒋介石到达南京两个小时后，张学良、宋子文和端纳同机飞抵南京，机场上冷冷清清。随后，张学良住进了宋子文鸡鸣寺北极阁的家里。
当天，他换穿便服，驱车到蒋介石官邸，求见蒋介石，谁知在客厅坐了很久，蒋介石却避而不见，叫居亦侨传话，推说身体不佳。
张学良向居亦侨要了纸墨笔砚，写了如下几句话：
委座：
适来未蒙接见为怅，今后苟有利于国者，虽万死不辞。
张学良
1936.12.27
张学良从此见不着蒋介石了。
12月29日，蒋介石不顾西安的诺言，命令军事委员会组织军事特别法庭，审判张学良。
蒋介石除了组织人马军法审判张学良外，马上追查特务股为什么没去西安。这下让黎铁汉紧张不已，跑去面禀未去西安的原因，并呈上要求去西安的密电底稿。问题出在死鬼蒋孝先身上。蒋介石阅后默然不语，自此以后不再重问这件事。并且下令由警卫股长陈善周代理侍三组组长。
在西安事变中，作为侍卫长的钱大钧罪不可恕。蒋介石在西安问起“钱慕尹”就是想知道他到底是如何保卫的，竟然酿成如此大难！甚至怀疑他与张学良进行“勾结”。蒋介石的专车到达临潼不久，张学良对钱大钧说：“火车头发生过故障，可要司机将车开去西安修理？”
钱大钧平时就与张副司令混得捻熟，没有请示蒋介石就让火车头开走了。事后一查，是张学良有计划的行动。钱大钧则是稀里糊涂赞同的。由于这事钱大钧也被怀疑，因为本人也吃了枪子，怀疑才消除。蒋介石仍令他担任侍卫长。钱大钧对侍从秘书汪日章说：“幸亏当时挨了一枪，否则有口难辩、性命难保！”
但老侍一处主任晏道刚却没他“这么好”的运气。
他在张学良手下当“剿总”参谋长，12月30日，刚刚回到南京，才住进中央饭店，军委会一副官就来找他，出示一份军委会办公厅抄录蒋介石的手条，上面写着：“晏道刚、曾扩情不尽职责，不知廉耻，着即撤职查办。”
晏道刚问副官道：“你把这手条给我，是什么意思？我哪里不知廉耻啦？”
他答道：“这是办公厅主任朱培德叫我拿来给你看的，他说请你到羊皮巷军法处去。”
“我是什么罪名？何以将我与曾扩情并列？”
副官说：“这是委员长亲笔写的。朱主任曾亲自问过委员长，委员长说，晏道刚是不尽职责，曾扩情是不知廉耻。大概是因为西安事变吧！办公厅也不好确定罪名，只好抄录原条给你看。请你即刻到军法处去，汽车也预备好了。”
“好！我就同你一道去。”
结果，晏道刚一去就坐牢了。
他怎么没尽职责呢？原来蒋介石认为他在张学良那里当参谋长，却对张学良的“谋反”一无所知，因此没尽职责。其实，晏道刚是尽职的，曾多次当面奉劝过蒋介石对张学良不要逼人太甚，只是他不听而已。
事后，南京有些人不赞同蒋介石逮捕晏道刚的决定，有人打电话给军法处长王震南说：“晏道刚无罪，要他去军法处，不过是委座在西安受了伤，回来气不过，发泄他的脾气而已。你处要优待他。”军法处也知道晏道刚是有背景的人，于是指定他住在单间房内，可以看书、写字。结果，他在军法处住了两个多月，借故有病住进了南京的广东医院，军法处派两人随身监视。
晏道刚屡次催他们定案，迄未得审判。直到两个多月后，日军侵占上海，南京告警，蒋介石才写手条恢复他的自由。
有人受处分，就有人受到奖赏。蒋介行惩办“肇事”、“失职”人员，同时褒奖护驾有功之臣。
在西安事变中，蒋介石的堂外甥竺培基“尽心护驾”，还挨了枪子儿，自然属重奖之列。蒋介石论功行赏，觉得提一级不尽心意，提两级又无先例，想来想去，智慧来了，采取一条妙计，故意装糊涂，提笔写道：“中校侍卫官竺培基晋升一级。”
批文送到国防部，办事的以为他弄错了：“竺培基明明是少校，怎么突然变了中校？”想去询问。
部长们老谋深算，已猜出其中奥妙，说：“去问准要碰壁，照办算了。”
结果，竺培基连升两级。而其他诸如施文彪等人同样救驾，同样受伤，却没竺培基的幸运。
事后，侍从室里有人笑谈：竺培基“肩胛管用，一次提了两级”，此次连升两级也开了侍从室前所未有的先例。
蒋孝先的家属将尸骨运回家乡，埋葬于溪口镇西北飞凤山的脚下。事后，也被蒋介石晋升为“中将”。
蒋介石不顾先前承诺，12月31日，对张学良进行“军法审判”。这一日，内部人员、军委会和侍从室的人员都聚集在外边听审。特别法庭判处张学良徒刑十年。判决之后次日，张学良被戴笠的特务处送去溪口。
最能忍辱负重的戴笠获得了蒋介石的信任，回到南京后，召集手下们说：“当我见到委座时，蒙委座关爱慰勉，感慨地说：‘总理蒙难时，在极危险的情况下，我单独前去侍奉左右，今日我有难了，又有谁呢？’很明显的，委座是说，在众多学生中，只有我冒险赴难。我听了悲喜交加，激动得泣不成声……”
真实的情况，他都对手下们隐瞒起来了。不过经历这次历险还确实成为了蒋介石最信得过的宠臣了。
与戴笠相反，蒋介石的盟兄戴季陶在西安事变时力主武力进攻西安。事后，为了将功赎罪，他马上建议在蒋介石躲藏逃命的乱草丛中建一“民族复兴亭”，随后，他亲自赶去西安为此事进行策划，费尽周折，才把亭子建来。
西安事变表明，侍从室的警卫工作是缺位和不足的。经过一段时间，侍从室再次进行组织与人事变动。钱大钧不再担任侍卫长，王世和再次被蒋介石召回来，接任侍卫长一职。王世和不禁沾沾自喜地说：“我在的时刻从来不出事，一旦离开，就小事连着大事。侍卫工作十分复杂，十分重要，没有能人，就是管不好！”
作为老侍卫，王世和的经验胜过智慧。他敏锐地看到西安事变一个关键的原因就是外围的侦察工作没有做好，一回侍卫长办公室，就宣布将侍卫、警卫两股的组织与制度恢复如前的模式，一如旧制，连原来的“股”名称也改为“组”了。
接事后，他一改前例，召集特务和警卫人员开会，一开口就说：“你们的这项工作十分重要！”
这口气哪里是一直对戴笠手下成见重重的王侍卫长的口气？先改革，再开会，还表扬，比历史上任何侍卫长时期都重视了。黎铁汉、陈善周等人先是很奇怪，私下交换意见说：“是不是又有什么诡计？”
可不久，他们发现王世和并没恶意，于是又聚集在一起猜测说：“他一定知道先生追查特务组未去西安一事，并了解到特务工作的重要性，因而对我们另眼相看。”
随后，特务组也上下一改以前的怨气，逢人就纷纷说：“王侍卫长举止粗犷，个性爽朗，其实是最容易接近和相处的好长官。”
黎铁汉说：“侍卫长和我一样，不怀心机，不钩心斗角，也没有政治野心，只知道忠于先生！”
他们说王世和好，王世和对他们更好。
因为这次侍卫人员在西安死伤惨重，需要补充，为此，王世和特别下令调特务组的冯载光和张毓中两人代理侍卫官，警卫组的田兰庭、何修贵分别代理侍卫官和特务员。结果，他这样调动，第一次打破了侍卫、特务与警卫人员之间的藩篱，为戴笠手下的人员进入侍卫官行列开了先例。黎铁汉和陈善周立即跑去报告戴笠，喜滋滋地说：“侍卫长高瞻远瞩，肯定了我们特务组的地位，促成了内围、外围警卫职责的灵活呼应，这样以后干什么都可以密切配合了，一改旧弊。”
“对啊！对啊！”陈善周说，“王侍卫长这样做，对日后护卫先生贡献至巨。”
于是，戴笠也支持了这一“影响极为深远”的改革。
西安事变后，因为蒋介石特别重视特务组，戴笠加紧开始了渗透，又遴选白世维和戚南谱（黄埔军校六期）、郭文年（黄埔军校六期）、靳汝民（中央军校八期）、卓飞（黄埔军校五期）、胡宿嘉（黄埔军校五期）、范树鹏（黄埔军校三期）、张开运（中央军校八期）等人，报请蒋介石核准，进入特务组。
这些人都是军统局资深的老特务。其中最值得一提的是白世维。他是黄埔军校七期生，性情刚烈，好拼命好立功。1933年初，日本特务机关为实施“华北自治”勾结北洋政府时的湖南督军、大军阀张敬尧，准备利用他的残存影响在华北扯旗“自治”。戴笠派郑介民前去暗杀张敬尧。当时白世维在复兴社天津站当特务，主动要求去充当杀手。结果，他与站长王天木在六国饭店无意之中发现张敬尧，当即对准他连开三枪，将他击毙后，大摇大摆逃离现场，被人称为“北国除奸”的英雄。
在戴笠的精心布置下，蒋介石的卫队中挑选了这样一批杀人不眨眼的杀手，侍卫实力大大增强了。