在同资产阶级派性斗争中，邓小平一方面强调抓紧落实党的政策，纠正清理阶级队伍中的冤假错案，消除两派对立，发动群众；另一方面，强调对资产阶级派性要广泛发动群众坚决斗争。要把思想教育、政治攻势和行政措施、法律手段结合起来。对闹资产阶级派性的人，该调的调，该批的批，该斗的斗，限期改正，过时不改，不发工资，有的下放劳动；对个别坚持搞资产阶级派性的坏头头，予以逮捕，集中打击。还要同惩治违法犯罪活动结合起来。在铁路整顿中，对违法犯罪分子批斗了一批（1.17万名）、逮捕了一批（3000多名），还处决了少数罪大恶极者（130名）。治乱用重典。没有这样的强硬措施，铁路运输秩序混乱的局面也是难于迅速改变的。
与此同时，着力解决领导班子问题。邓小平指出：“整党主要放在整顿各级领导班子上。”“一个县、一个工厂不把班子弄好，谁执行政策。你落实，他就落虚了。归根到底是领导班子问题。”对“老大难”单位领导班子的问题，分别情况，采取果断措施。南昌铁路局的问题，根子在江西省军区司令员。邓小平听取万里汇报后，当场决定把这位司令员调离南昌，到武汉军区任职。邓小平指出：“领导班子就是作战指挥部。搞生产也好，搞科研也好，反派性也好，都是作战。指挥部不强，作战就没有力量。”“领导班子问题，是关系到党的路线能不能贯彻执行的问题。如果这个问题解决得不好，不要说带领群众前进，就是开步走都困难。因此，我们首先强调要把领导班子的问题解决好。”他要求建立起敢字当头的、坚强的领导班子。他强调：“要找那些敢于坚持党的原则、有不怕个人被打倒的精神、敢于负责、敢于斗争的人进领导班子。”邓小平要求“要在整党的基础上挑选干部”，指出：“解决领导班子问题，主要是配备好一、二把手，一、二把手敢字当头，就可以把队伍带起来。”邓小平又指明：解决党的领导削弱的问题，“关键是建立省委一级的领导”。“省委坚强了，敢于领导，就能帮助地委、县委。这样，我们党就能够实现自己的领导了。”邓小平还指出：“特别要抓好县委一级，建立一个强有力的县委可是重要啊！”邓小平强调要发挥老干部、中年干部的作用，提拔青年干部讲“台阶”论，要一个台阶一个台阶上。按照邓小平的要求，工交系统所属冶金、煤炭、石油、化肥、电力、一机、森工、水产、建材、纺织、交通、铁道、邮电等13个部门，对1439个重点企业进行了考察，确定领导班子需要调整的单位有379个，占26.3%。到1975年7月底，已经调整了133个，其中58个调整后已经有了显著变化。
二是突出重点。采用重点突破、以点带面的工作方法。在工交系统中选择铁路作为整顿的突破口，在铁路整顿中又确定以徐州为重点。重点突破取得经验后，立即在面上推广。运用徐州铁路整顿的经验不仅指导铁路系统整顿，而且指导整个工交系统的整顿。又运用徐海地区整顿的经验指导全国各地方的整顿。钢铁整顿首先抓八大钢的整顿，在八大钢整顿的过程中，及时发现太钢的经验，在整个钢铁系统推广。集中力量解决老大难问题，又用解决老大难问题的经验来指导全局，使整顿很快在面上推开，取得成效。
三是掌握矛盾的特殊性，具体问题具体分析，采取不同的方法解决不同的问题。对地方和各部门、各行业，提出解决软、懒、散的问题；对军队，则提出要解决五个字：肿、散、骄、奢、惰。铁路整顿，强调铁路与地方要脱钩；钢铁整顿，则强调企业和地方要结合。
第四，建立各种章程。不仅有总的路线、任务、方针，还有具体的目标、任务和方针、政策、措施。目标明确，方针正确，措施得力。
邓小平强调：党的基本路线一定要有一套具体路线和具体政策，不然路线就是空的。他要求用符合实际的中央文件来发动群众，领导整顿。同时又十分注意制定具体的目标、任务和方针、政策、措施。
邓小平指导制定三个层次的章程。
（1）指导全局的文件。邓小平支持起草《论全党全国各项工作的总纲》，用来统一思想，指导即将开展的全面整顿。指导起草《加快发展工业的若干问题》和《科学院工作汇报提纲》，用以分别指导经济部门和意识形态部门的整顿。“四人帮”也不能不佩服邓小平的英明决策和领导艺术，在后来的一篇批判文章中说，《工业二十条》和《汇报提纲》就像围棋上的两只“眼”，邓小平做了这两只“眼”，全局都活起来了。
（2）制定某一方面整顿的中央文件。这类中央文件，通过走群众路线的办法制定。采取召开专门会议，中央与地方、部门相结合的方法形成。所提目标、任务和方针、政策、措施，既体现了总体要求、吸收了既有经验，又从部门、地方以至企业的实际情况出发，切合各自的实际情况和特点。以中央决定或中央批示转发的方式，集中统一号令，具有至高无上的权威性。在当时无政府主义猖獗、资产阶级派性横行的情况下是十分必要也是极为有效的。如著名的指导铁路整顿的9号文件，指导钢铁整顿的13号文件，指导地方整顿的12号文件和16号文件，指导军队整顿的18号文件等。
（3）地区、企业或单位做出整顿的具体计划。在钢铁整顿中，大中型钢铁企业都由企业、企业所在省市、冶金部三方联合签署了完成生产任务的“保证书”。
邓小平亲自在立章程上下功夫。为部署铁路整顿、写好9号文件，邓小平在1975年1月28日、2月6日两次召见铁道部长万里后，又于2月11日（农历年初一）第三次召见万里，口授了《关于加强铁路工作的决定》这个文件的主要内容。文件起草出来后，邓小平又亲自审改。其中“对于少数资产阶级派性严重、经过批评和教育仍不改正的领导干部和头头，应该及时调离，不宜拖延不决，妨害大局。对严重违法乱纪的要给予处分”这段话，就是他审改时增写的。对《科学院工作汇报提纲》，邓小平看过初稿后提出修改意见：稿子涉及问题太多，不必要地太锋利，站不稳。要加强思想性，多说道理，但不要太尖锐。道理要站得住，攻不倒。他要胡乔木亲自动手修改，指出全文要缩短，原则都保留，棱角磨掉一些，写得平稳一些。稿子修改后，邓小平又主持召开国务院会议讨论。会前布置胡乔木准备毛主席和马、恩、列的有关论述，会上发表许多重要意见，并要求会后再作修改。邓小平不仅要用这个文件发动科技战线的群众，把我国科学技术水平搞上去，还要用它来推动整个文化教育战线的整顿。
第五，大刀阔斧，雷厉风行，坚决果断，敢于碰硬。邓小平的这种工作作风和战斗风格，是1975年整顿迅速见效的重要原因。
关于铁路整顿，万里原准备3月份召开以解决铁路问题为重点的全国工业书记会议，邓小平说，不行！要在2月25日开。也就是不等过完年，在农历正月半开。3月5日会议结束那天，邓小平接见与会人员，一反常规，不同大家握手，说：不拉手了，现在工业情况还不好，等你们工业上去了，再拉手。邓小平讲话强调：“要从大局出发，解决问题不能拖。”对闹派性坚持不改的，“只等他一个月，等到3月底。如果再不转变，顽固地同无产阶级对立，那样性质就变了。”主管交通的副总理王震当场立下“军令状”：保证一个月内见效。徐州铁路整顿只12天，面貌焕然一新。邓小平即于3月25日主持国务院全体会议听取万里汇报，推广徐州经验。邓小平不断插话，指出：平反工作要一批一批搞，不要一个一个搞。弄错了就要立即平反。对支持搞派性的干部，属于军队的，军委下命令调走；属于铁路系统的，铁道部赶快调走。中央、国务院下决心，从4月1日开始行动。邓小平充分肯定“限期改正”这条好经验。对国防科技系统派性的整顿，邓小平也提出一个月的期限。他说：过去我们对铁道部说，只等一个月。结果很快扭转过来。现在我们对七机部也提出只等一个月，到6月30日为止。从7月1日起，要搞成一个七一派。七机部的派性问题及时得到解决，两派团结起来，创造了“三星高照”的优异业绩。
邓小平提倡敢字当头，横下一条心，不怕再次被打倒；提倡老虎屁股偏要摸。这种义无反顾、敢于碰硬的大无畏精神，是整顿制胜的法宝。
邓小平访问法国回到北京的第二天，就听取张爱萍、钱学森等汇报国防科委工作和七机部整顿情况。邓小平说：你们要勇敢地干工作，不要怕说错话。只要你们大胆工作，错了我们负责！对那些继续搞派性的人不能等了。我们决不能拿党和国家的利益去等那么几个人。不管你是“915”、“916”，不管你是四五十年的老资格，还是年轻的新干部，凡是继续搞派性的，老虎屁股都得摸！在整顿过程中，邓小平自己也正是这样身体力行的。在1975年5月21日国务院会议上，邓小平讲到反对派性时提出：如果闹派性严重而又不改正的就坚决调开。张春桥当场非难：再出来怎么办？邓小平立即反驳：凡是严重闹派性的，有一个调开一个，再出一个再调一个，一天调一个，一年调三百六十五个。5月29日晚，邓小平在接见出席钢铁会议全体人员时讲话，当着主持人王洪文的面说：上一次，我讲了话，就有人说是“复辟纲领”。这种人是有的，你不要怕。他搞资产阶级派性活动，你就搞群众运动。在1975年4月27日的政治局会议上，邓小平和叶剑英严词批评了江青、张春桥等大反经验主义的错误，并对江青在1973年12月中央政治局扩大会议上提出所谓“第十一次路线斗争”、在批林批孔运动中以个人名义送材料和进行“四人帮”宗派活动的问题，提出尖锐质问。迫使江青不得不在会上作了检讨。1975年9月15日，邓小平在全国农业学大寨会议开幕式上作报告，在全体代表面前，针锋相对地驳斥了江青。10月4日，邓小平在农村工作座谈会上，运用国务院政研室提供的“四人帮”掌握的报刊上砍掉“百花齐放”的材料揭露“四人帮”割裂毛泽东思想的严重问题。指出：“割裂毛泽东思想这个问题，现在实际上并没有解决。比如文艺方针，毛泽东同志说，要古为今用，洋为中用，百花齐放，推陈出新。这是很完整的。可是，现在百花齐放不提了，没有了，这就是割裂。”没有邓小平这种与“四人帮”无私无畏地针锋相对作斗争的精神，1975年整顿的顺利发展是不可能的。