7月17日，胡乔木即召集三人小组开会，对学部当前状况作了分析，对整顿学部的方针、当前的任务提出指导性意见。要点是：（1）学部各个研究所“无产阶级文化大革命”已经基本结束，已初步实现安定团结。（2）工宣队、军宣队已基本完成任务，现在就可以撤走。（3）学部下乡下厂的科研人员和工作人员7月底全都回来。（4）要逐步恢复科研。（5）科研不能再走老路，但对老路要有分析。（6）学部原来出版的二十多种刊物，要恢复，可首先考虑恢复和办好综合性刊物。胡乔木的这些意见，贯彻了邓小平的意图，同“文化大革命”中的一套完全是反其道而行之，具有拨乱反正的意义。
胡乔木最后对临时领导小组三人的分工提了意见，要他们立即开始工作。
7月21日，林修德、刘仰峤、宋一平三人就到学部任职。没过几天，在7月下旬，就把工宣队、军宣队送走，把下乡下厂的研究人员和工作人员全都撤了回来。学部各个研究所的业务工作逐步恢复。在学部初步恢复正常后，国务院政研室主要通过让学部领导参加重要活动和政研室负责人直接指导的方式，推动学部的整顿，发挥学部的作用。
8月22日，胡绳到学部讲话。他传达了邓小平“三项指示为纲”的精神，指出要以三项指示为总纲来看形势、看任务。强调要安定团结，完成斗、批、改的任务。明确指出，“改”，就是要从事业务工作，恢复科研。科研要面向现实，联系实际。可以不提开门办所的口号，因为对这个口号不同观点会有不同解释，会造成混乱。
经过一段时间工作之后，国务院于8月30日发出了由胡乔木拟稿的《国务院关于哲学社会科学部若干事项的通知》（国发[1975］142号）。通知规定：中国科学院哲学社会科学部直接受国务院指导，其地位同于中国科学院，相当于部委一级的单位；国务院指定国务院政治研究室指导学部的业务工作，并由国务院政工小组管理它的政治工作；学部所属各研究所和其他工作单位，应即在临时领导小组的领导下，进行正常的业务工作。
9月26日，邓小平主持国务院会议听取科学院汇报。哲学社会科学部派负责同志列席了会议。会后，向学部领导小组、办公室、政工组负责同志传达了邓小平的讲话。学部领导决定立即贯彻。邓小平讲要给科研人员解决房子、孩子入托、夫妻两地分居等困难，学部有关部门即开始采取措施逐步改善；邓小平讲应该关心支持专家学者，学部召开了专家座谈会听取意见；邓小平讲刊物太少，学部就积极行动起来，准备恢复刊物。这些举措，使学部广大知识分子恢复了对科研工作的热情。
对于邓小平要学部办刊物的指示，胡乔木积极贯彻。9月5日，学部临时领导小组就写了《出版哲学社会科学综合性杂志的请示报告》（哲发[75］字第47号），上报国务院政研室并报国务院，还附了第一期至第三期的选题计划。9月22日，学部临时领导小组对9月5日的报告作了修改，再次向政研室报送了《关于创办〈思想战线〉杂志的请示报告》，请转国务院。胡乔木接到这个报告后，即向邓小平汇报。邓小平指示抓紧筹备，还要求《思想战线》的重要文章要交政研室审定，有些文章还要交中央和国务院审查。胡乔木立即把创办《思想战线》的请示报告修改重写了一遍，说明“刊名定为《思想战线》。它是一个理论性、批判性、讨论性的哲学社会科学综合性月刊”，拟于年内出版试刊，1976年1月正式出版，由邮局向国内外公开发行。提出要认真贯彻“百花齐放、百家争鸣”的方针，贯彻“古为今用”、“洋为中用”、“厚今薄古”的原则；要面向全国，面向广大群众，注意同工农兵结合，实行开门办刊物；坚持理论联系实际的原则，提倡从理论和实际的结合、观点和材料的统一上说明问题以及提倡革命的文风等四条具体的办刊方针。并列举了刊物五个方面的内容。从办刊方针和内容可见，邓小平、胡乔木期望刊物承担起在思想理论战线上拨乱反正的任务。
胡乔木于10月4日把重新写过的《关于创办〈思想战线〉杂志的请示报告》报送邓小平。10月5日，邓小平即表示同意，报请毛泽东批示。当天，毛泽东就圈阅同意。经13位在京中央政治局委员圈阅，于10月9日退到胡乔木、胡绳的手里。前后不到一个星期。
在请示报告上报以后，胡乔木在10月6日就同学部临时领导小组三位同志谈话，专门讲怎样办好《思想战线》的问题，具体阐述了同“四人帮”对立的办刊方针和方法。当天下午，胡乔木又同负责办《思想战线》的同志具体谈了刊物的选题。接着，学部在10月上中旬召开各所室负责人座谈会，讨论胡乔木的谈话。此后，《思想战线》的筹办工作加快了步伐。编辑部调集了六十多人，提出了明年第一季度三期的选题计划，并落实了大部分选题的作者。不久，试刊和第一期的稿子大多印出了清样。正当一个崭新的刊物即将降生的时候，所谓“批邓、反击右倾翻案风”开始了。邓小平在受到批评、攻击的情况下，还指示胡乔木要帮助学部把刊物办好，但终于无法抵挡这股逆流。《思想战线》未能出世，学部的整顿也被迫中断。
综上所述，在1975年整顿中，国务院政研室在邓小平直接领导下做了大量的卓有成效的工作，一方面有力地推动了整顿在文艺、社会科学、科学技术以至工业交通等部门的展开和深入，一方面揭露和打击了“四人帮”的反革命阴谋和极左理论，出色地担当了以邓小平为代表的党中央、国务院的助手和参谋，表现了中国共产党一代马克思主义理论家的历史主动性和创造精神。
十一、计划工作务虚会与《工业二十条》
经邓小平提议，从6月16日开始，国务院召开计划工作务虚会，通盘研究整个经济工作的整顿问题。会议由主管日常事务和经济工作的副总理李先念、谷牧、纪登奎、华国锋、王震等主持，先后开了18次，近两个月。7月起分10个专门小组进行研究。7月下旬到8月上旬，国务院接连开会6次，听取体制、钢铁、工业和企业管理、基本建设、机械工业、轻工农林商业等6个小组的汇报，并进行讨论。会议揭露了“文化大革命”中经济工作的问题，研究了今后经济工作的路线、方针、政策，为编制第五个五年计划和十年长远规划作了准备。务虚会认为，当前经济生活中的主要问题是散和乱，必须狠抓整顿，强调集中。务虚会对计划体制、企业管理体制、物资管理体制、财政体制的整顿以及整顿领导班子、加强职工训练、建立各项生产管理制度等提出了具体意见。如在计划体制上，要实行自下而上、上下结合，“块块”为主的管理办法，国家计划指标不能层层加码，也不能随意降低。在企业管理体制上，凡跨省市的铁路、邮电、电网、航运、民航、输油管和专业施工队伍、重要科研设计单位、重点建设项目以及大油田等少数关键企业，要以中央各部委为主管理，不能层层下放。会议还就如何发展钢铁工业、调整机械工业、缩短基本建设战线、安排好轻工市场、发展科学技术等问题，提出了一些设想。
务虚会上，按照邓小平的指导思想，决定搞一个关于工业整顿的文件，认真总结铁路、钢铁整顿的经验，概括计划务虚会讨论的成果，对加快发展工业中存在的重要问题提出一个切实的解决办法，作出一些必要的规定。这个文件通称工业条例，于7月底起由计委负责起草（房维中执笔）。后几经修改，成为《关于加快工业发展的若干问题》。计划工作务虚会期间形成的阐述经济体制改革问题的《体制问题汇报提纲（草稿）》、《1976—1985年发展国民经济十年规划纲要（草案）》，特别是《关于加快工业发展的若干问题》，是指导工业整顿和整个国民经济整顿的重要文件。
8月18日，邓小平主持国务院会议对《关于加快工业发展的若干问题》初稿进行讨论。邓小平在会上发表重要谈话，认为这个文件应是工业问题的章程，总的精神是加快速度。他强调企业要整顿，要考虑11月、12月集中两个月整顿企业管理秩序。针对当时存在的问题和流行的错误观点，邓小平就加快发展工业的几个关键问题发表了指导性意见，提出：要确立农业为基础、为农业服务的思想；要扩大进出口，引进新技术、新设备，加速工业技术改造，提高劳动生产率；要加强企业的科学研究工作；要抓好产品质量；要恢复和健全规章制度，建立岗位责任制；要坚持按劳分配原则。
会后，由国务院政研室胡乔木主持，按邓小平谈话精神对文件进行修改。修改过程中征求过20个企业负责人和在京开会的12个省委负责人的意见。稿子从最初的14条增加为20条，简称《工业二十条》。这20条是：（1）全面地贯彻毛主席的办工业路线；（2）深入进行党的基本路线教育；（3）加强党的领导；（4）依靠工人阶级；（5）整顿企业管理；（6）工业学大庆；（7）统一计划；（8）发挥两个积极性；（9）以农业为基础；（10）以钢为纲；（11）立足于挖潜、革新、改造；（12）把质量、品种、规格放在第一位；（13）增加积累，厉行节约；（14）基本建设要打歼灭战；（15）加强社会主义协作；（16）尽量采用先进技术；（17）又红又专；（18）各尽所能，按劳分配；（19）关心职工生活；（20）工作方法。
《工业二十条》是在当时历史条件下对1961年制定的《工业七十条》的继续和发展，集中了1975年邓小平等中央领导人一系列讲话的精神，概括了国务院计划工作务虚会讨论的成果和工交战线初步整顿的经验，它简明有力地论证了加快工业发展是全党和全国人民的迫切任务，突出了同资产阶级派性作斗争这个整顿的重点，对企业整顿作出了比较系统的规定，把采用先进技术、赶超世界先进水平放到重要位置，在要求更好地发挥中央和地方两个积极性的前提下强调集中统一，对整顿企业、加快发展工业的政策、措施作出了一系列具体的规定。它反映了现代化工业生产必须遵循的普遍规律，确实是一个能够指导工业整顿、解决“文化大革命”在经济战线上造成的混乱和灾难，收到拨乱反正、加快发展功效的文件。这个条例虽然因为“四人帮”干扰破坏未能形成正式文件下发，但它的主要精神开始得到贯彻，对工业的整顿与发展产生了积极的影响。
十二、军队整顿
1975年1月，邓小平被任命为中央军委副主席兼中国人民解放军总参谋长。1月中旬即分三次召集三总部、各大军区和空军、海军的负责干部进行座谈，讨论压缩军队定额和解放老干部、落实干部政策等问题。在1月19日各大军区负责人座谈会上，邓小平根据毛泽东“军队要整顿”的指示提出：军委只准备两项工作，第一是召开军委扩大会议，其中一个大题目就是军队要整顿。第二是战备，要准备打仗，解决战备方针、装备等问题。又指出：搞派性的军队非调走不行。所有闹派性的人一律调走，一个兵都不留，一个干部都不留。凡是有两派的地方，派性没有解决的地方，民兵一律不建立，枪也不要发。还指出：军队也有安定团结问题。不管几项工作任务，今年内每个党委第一条是要安定，要团结。
1月25日，邓小平在总参谋部机关团以上干部会议上和大家见面，发表《军队要整顿》的重要讲话，传达毛泽东“军队要整顿”的指示，分析军队的现状，批判林彪主管军队造成的混乱，提出军队整顿的两项最主要的任务：一是消肿；二是恢复优良传统和作风，坚持党指挥枪。并提出三项具体要求：提高党性，消除派性；加强纪律性；落实政策。邓小平的这篇讲话，是1975年军队整顿的动员令和号召书。在年初对军队整顿作出部署之后，军委在叶剑英主持下，为军委扩大会议的召开和军队的整顿进行各项准备工作。
6月24日至7月15日，军委扩大会议在北京举行，讨论、部署军队整顿，军队领导干部七十多人参加。会议分析了国际国内形势，认为战争虽不可避免但可能推迟，军队可以从处于临战状态转变为备战状态，争取时间，集中精力进行自身建设，准备打仗。会议集中讨论精简整编，研究解决压缩军队定额、调整编制、安排超编干部和调整领导班子问题。同时也讨论了加强部队思想建设，增强党性，反对派性，纠正不正之风，恢复发扬优良传统和作风，加强军事训练等问题。
邓小平在7月14日发表重要讲话，提出“军队要整顿”、“要准备打仗”，这是“军队工作的纲”。军队整顿，就是要克服“肿、散、骄、惰”的问题。这次会议研究精简整编，就是解决肿的问题，搞好军队的编制整顿、体制整顿。整编要配备、健全各级领导班子，就要解决“软、懒、散”的问题。在解决编制和班子问题以后，接着要抓装备，军队装备要有规划，科研要走在前面；还要抓战略，研究战场、作战、训练等问题；还要提高干部的指挥水平、管理水平。