对于一般的行政机关管辖权竞合时的解决方法，“行政程序法”进行了原则性规定。台湾地区“行政程序法”第十三条第一项规定；“同一事件，数行政机关依前二条之规定均有管辖权者，由受理在先之机关管辖。”原则上，行政机关的管辖权应当由法律规定，但社会发展变化万千，如果有新兴事物产生而不能由现有法规所规制的情形，则会造成管辖权的真空。对于这种情况，台湾地区“行政程序法”第十二条规定了若干确定管辖权的原则：“不能依前条第一项定土地管辖权者，依下列各款顺序定之：一、关于不动产之事件，依不动产之所在地。二、关于企业之经营或其他继续性事业之事件，依经营企业或从事事业之处所，或应经营或应从事之处所。三、其他事件，关于自然人者，依其住所地，无住所或住所不明者，依其居所地，无居所或居所不明者，依其最后所在地。关于法人或团体者，依其主事务所或会址所在地。四、不能依前三款之规定定其管辖权或有急迫情形者，依事件发生之原因定之。”
三、两岸有关行政机构事务管辖争议的协商性解决机制
治理是现代公共行政的重要特征。而治理的一个重要表现就是协商与合作。当行政机构间发生事务管辖争议时，首先应进行行政机构间的协商，通过协商性的机制来解决争议。
对此，大陆的《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》第十条第二款规定“行政机构之间对职责划分有异议的，应当主动协商解决。协商一致的，报本级人民政府机构编制管理机关备案”。《湖南省行政程序规定》、《山东省行政程序规定》、《汕头市行政程序规定》均主张“行政机关之间发生职权和管辖权争议的，由争议各方协商解决”。由此可见，协商的主体是发生管辖争议的行政机构，协商的结果应报本级人民政府机构编制管理机关备案。对于协商的程序，《湖南省行政程序规定》和《山东省行政程序规定》未进行具体规定，《汕头市行政程序规定》要求“行政管理事务涉及多个行政机关的，可以建立由主要承办的行政机关牵头、其他相关行政机关参加的协调会议制度。协调会议制度应当确定牵头行政机关、参加行政机关、工作职责、工作规则等事项”。
台湾地区有关制度亦规定了协商性的解决机制。台湾地区“行政程序法”第十三条规定：“不能分别受理之先后者，由各该机关协议定之，不能协议或有统一管辖之必要时，由其共同上级机关指定管辖。无共同上级机关时，由各该上级机关协议定之。”协商的主体是发生争议的行政机构或者是各自的上级机关，协商的结论应以协议确定。在协商的程序方面，台湾地区“行政程序法”未作进一步规定，地方层面的规范性文件“台北市政府所属各机关管辖权归属及争议处理要点”对于台北市有关行政机构管辖权归属争议的协商过程进行了规定，其流程参见本文附录一：《权责区分协调作业流程图》。
根据这一规范性文件规定，行政机构管辖权争议的协商程序每一阶段的主管机关、参与人员、协商议题、时效等要素非常明确，协商的效能也得以提升。
四、两岸有关行政机构事务管辖争议的裁决性解决机制
效率是行政活动的重要指标。在协商性解决机制不能得到结论，或者事务急迫等情形下，行政机构间的事务管辖争议就需要裁决性的解决机制来给出结论。
大陆的《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》第十条第二款规定：“协商不一致的，应当提请本级人民政府机构编制管理机关提出协调意见，由机构编制管理机关报本级人民政府决定。”《山东省行政程序规定》规定，行政机关之间协商不成的，发生管辖争议的，由共同上一级行政机关指定管辖。情况紧急、不及时采取措施将对公共利益或者公民、法人和其他组织合法权益造成重大损害的，行政管理事项发生地的行政机关应当进行必要处理，并立即通知有管辖权的行政机关。《山东省行政程序规定》、《湖南省行政程序规定》、《汕头市行政程序规定》均规定，在协商不成时，由本级编制管理部门或政府法制部门主导进行协调，然后由本级人民政府决定。如果属于职权划分或者是重大事项，往往由编制管理部门或政府法制部门提出意见，本级人民政府决定。如果是涉及执行法律、法规、规章的问题，由有管辖权的政府法制部门依法协调处理。
台湾地区“行政程序法”第十四条规定：“数行政机关于管辖权有争议时，由其共同上级机关决定之。”对于这一裁决程序的启动，行政相对人有启动的权利，台湾地区“行政程序法”第十四条第二项规定：“前项情形，人民就其依法规申请之事件，得向共同上级机关申请指定管辖，无共同上级机关者，得向各该上级机关之一为之。”对于裁决程序的时效，“行政程序法”要求受理申请的机关应自请求到达之日起十日内决定。对于紧急情形，“行政程序法”也规定了特别程序：“如有导致国家或人民难以回复之重大损害之虞时，该管辖权争议之一方，应依当事人申请或依职权为紧急之临时处置，并应层报共同上级机关及通知他方。”行政机关对管辖所作出的裁决，当事人不得声明不服。
五、两岸行政机构事务管辖争议解决机制差异之评析与展望
比较两岸的行政机构事务管辖争议解决机制，可以发现如下差异：大陆的行政机构事务管辖权划分和争议解决机制是以组织法为主导，辅以若干地方性法规，而台湾地区的行政机构事务管辖权划分和争议解决机制是以统一的“行政程序法”为主导，以地方规范性文件为补充的；大陆的行政机构事务管辖权划分附属于行政机构人员编制管理，而台湾地区的行政机构事务管辖权划分是有关制度的主旨；大陆的有关制度仅对行政机构事务管辖争议解决机制作出了原则规定，缺乏对时效、程序、法律后果等的明确规定，台湾地区的行政机构事务管辖争议解决机制无论是协商流程还是裁决程序都规定得较为细致。尽管有若干差异，两岸的行政机构事务管辖争议解决机制仍然具有很多共性：两岸的行政机构事务管辖争议解决机制均定位为一种行政部门的内部程序；两岸的行政机构事务管辖争议解决机制均包括了协商性程序和裁决性程序，在协商不成的情况下，可以启动终局性的裁决程序。
在未来，两岸的行政机构事务管辖争议解决机制仍然有着较大的改进和完善的空间：
首先，行政机构事务管辖争议虽然是一个行政权运行的内部问题，但其外部性不言而喻。如果仅仅将这一争议解决机制局限为内部程序，作为内部程序，行政相对人则无权参与该程序，因而纯粹将行政争议解决机制视为内部程序，将会影响到行政相对人的权益。因此，应当增加行政机构事务管辖争议解决机制的透明度与参与度。一方面，法律可以就争议解决机制的各步骤的时间要求进一步明确，各流程的参与主体及其职责应当清晰；另一方面，行政相对人应当参与到行政机构事务管辖争议解决机制中，特别是在行政机构消极管辖争议的情形下，行政相对人应当有权启动行政机构事务管辖争议解决机制。
其次，应当保证协商性程序处理程序的合法性。行政管辖争议的协调性机制的最终产物是行政机关的合意。而这种合意的作出程序并无规可循，因而争议机关能否充分参与，最终决定是否符合法律规定或是否具备合理性，这些都难以保证。
最后，在统一的行政程序法典尚不能尽快立法的情况下，大陆的行政机构事务管辖争议解决机制应充分发掘现有的制度资源，统一的编制管理的目标应在防止政府冗员的同时，解决好行政权限争议，使我们的政府真正成为高效的法治政府。