第一，平潭的经济规模必须发展上去。目前，平潭处于开发建设初期，各方面优惠政策初步形成，资金和资源正在投入，基础设施建设正在紧锣密鼓地推进，整体来看给人民一定的信心。但是厦门经济特区是经过几十年才发展到今天的成就的，平潭也无法违背经济发展的基本规律一蹴而就。可以说，目前平潭在经济上的快速启动为两岸共同规划、共同管理提供了初步的基础，但还需要进一步的经济积累才能使共同管理发挥出影响力。
第二，平潭的人口规模，特别是台湾籍人口规模必须达到一定的程度。以厦门市为参照系，目前在厦门常住的台湾籍人口大约8万人，加上非常住但经常往来的台籍人口大约3万人，一共不到12万人，只占厦门市区人口的10%。这是在厦门特区经过30多年发展以后才拥有的台籍人口规模。对平潭来说，希望在几年之内就能吸引10万以上的较高素质的台籍人口并不现实。只有从共同规划的初级阶段起，不断创造并提供新的就业岗位给台籍居民，不断释放出优惠的措施吸引台籍居民来平潭就业、投资、求学等，才有可能在10年内（“五个共同”的中级阶段）达到10万人以上台籍人口规模（预计可占届时平潭总人口的15%左右）。在此过程中，共同管理中的两岸共同社会管理才有其必要性。如果在2020年以后平潭的台籍人口达到总人口的20%，这样实施的共同管理，特别是社会管理将会有重要的影响力。
下面是分领域共同管理政策建议。
1.行政管理
（1）政府管理。平潭综合实验区管委会由省政府派出机构转变为地方政府，各功能区管委会作为其派出机构，逐步吸收原平潭县及各乡镇的行政职能（需特别立法规定）。全区管委会和功能区管委会作为政务系统，其管理层可以通过公推直选、个人竞选、两岸联合团队竞选等形式引进台湾优秀人才。一般岗位可以直接对台招聘，或者以企业合同招聘后再借调事业单位或公务员编制的形式对台招聘，吸引台湾民众就业，提供两岸同等待遇和平等权利。遇到涉台敏感问题时实行两岸成员联系协商制度。公共政策决策要公开、透明，必要时进行民意调研，注意进行公共政策反馈调查与调整。推行政务公开，做到预算公开可查询。
（2）府际协调。与海西区、福州市及周边市县的府际行政协调。成立国台办-福建省平潭综合实验区建设领导小组及办公室，由国台办主任和福建省长担任组长，主管对台经贸、项目投资、城市规划、工业发展、经贸合作的副省长和福州、厦门两市领导担任副组长，省直机关负责人担任小组成员，领导小组办公室设在省政府办公厅，实行机构单列。办公室的职责是协助领导小组协调平潭综合实验区的规划、项目报批以及细化国家各部委支持平潭综合实验区建设的指导意见，出台具有可操作性的政策措施，并帮助平潭管委会解决跨区域、跨行政部门的重要事务。
（3）中共（党）组织。党组织不变，在平潭人大和全区管委会可成立党组和纪检机构，根据党政分际原则，不直接参与管委会业务管理。削减党的经济管理职责，调整党务重点与范围。党务系统负责发展党员、组织优秀人才参与竞聘或竞选，通过从政党员对政务系统和公共政策有监督权、建议权等。
（4）人大。人大代表制度不变，增加赋予特别立法权，落实民意代表的职、权、责，探索设立专职给薪人大代表，为其配备固定办公室，完善人大代表的调查、质询等民意代表职能。
（5）政协。由省政协指导，转为政策咨询和民意调研机构。
2.经济管理
推行管委会政务系统授权平潭综合开发公司招商引资、投资融资、开发建设的模式。两岸企业可组成财团，联合投资组建平潭综合开发公司。
推行管委会和台资企业之间的契约式管理，具体形式包括B0T模式、各种服务外包形式等，合作领域包括重大项目建设、物业管理、企业生产运营管理服务等。
3.社会管理和社区管理
平潭综合实验区采取功能区和行政区叠加的模式，功能区管委会逐步吸收乡镇行政机构的经济管理职能，但社会管理职能统一由平潭全区管委会统一行使。
撤销街道办，成立社区居委会，推行社区服务和社区自治。平潭全区管委会成立社区服务中心对接各社区居委会。全区管委会一方面提供社会服务资源，开展治安、婚姻、人口登记、基础设施等方面的服务；另一方面直辖各社区居委会，指导居委会实行本社区的社会管理，包括行业管理、社团管理、网络管理、舆论管理等。各居委会负责人由两岸同胞竞选、竞聘。
目前，平潭的社区建设还处在初级阶段，社会组织和公共舆论都不发达，因此短期内平潭的社区公共服务、社区民主建设以及公众参与都需要全区管委会推动。中期和长期而言，推行社团、媒体在平潭区域自由设立和备案制度，鼓励社会组织发展和舆论监督。
4.文教管理
推行管委会和台湾私立大学以及台湾社团之间的授权管理和契约管理。设立院校董事会，制定大学章程，按美国大学管理模式，由董事会聘任大陆和台湾高级人才建设和管理平潭大学、海峡学院等文教机构，引进台湾职业技术院校的师资和课程，培养实用型技术人才。
5.政治体制的衔接
平潭综合实验区管委会目前作为省政府派出机构，应该逐步转向地级市政府，享有相应权限和职能，并向重新选出的平潭综合实验区人大（而非原来的平潭县人大）负责，同时接受国台办-福建省平潭建设领导小组的领导。政治协商会议制度保留，但扮演民意咨询、政策调研与问政监督的角色。中国共产党的领导体现在人民代表大会制度之中，在平潭人大和管委会成立党组和纪检机构，通过对从政党员干部的动员和监督体现现代政党的合法参政功能，但不直接参与管委会业务工作。允许其他民主党派在人大成立党组，扮演参政和监督的角色。
附录1：“台湾地区与大陆地区人民关系条例”（节录）
（2003年10月29日修正公布全文96条；2006年7月19日修正公布第9条）
第五条之一：台湾地区各级地方政府机关（构），非经“行政院大陆委员会”授权，不得与大陆地区人民、法人、团体或其他机关（构），以任何形式协商签署协议。台湾地区之公务人员、各级公职人员或各级地方民意代表机关，亦同。
台湾地区人民、法人、团体或其他机构，除依本条例规定，经“行政院大陆委员会”或各该主管机构授权，不得与大陆地区人民、法人、团体或其他机关（构）签署涉及台湾地区公权力或政治议题之协议。
第九条之一：台湾地区人民不得在大陆地区设有户籍或领用大陆地区“护照”。（违者丧失台湾地区人民之身份、权利并注销户籍）
第三十三条之一：台湾地区人民、法人、团体或其他机构，非经各该主管机关许可，不得为下列行为：
与大陆地区党务、军事、行政、具政治性机关（构）、团体或涉及对台政治工作、影响国家安全或利益之机关（构）、团体为任何形式之合作行为。
与大陆地区人民、法人、团体或其他机构，为涉及政治性内容之合作行为。
与大陆地区人民、法人、团体或其他机构联合设立政治性法人、团体或其他机构。
台湾地区非营利法人、团体或其他机构，与大陆地区人民、法人、团体或其他机构之合作行为，不得违反法令规定或涉有政治性内容；如依其他法令规定，应将预算、决算报告报主管机关者，并应同时将其合作行为向主管机关申报。
第三十三条之二：台湾地区各级地方政府机关（构）或各级地方立法机关，非经“内政部”会商“行政院陆委会”报请“行政院”同意，不得与大陆地区地方机关缔结联盟。
第三十三条之三：台湾地区各级学校与大陆地区学校缔结联盟或为书面约定之合作行为，应先向“教育部”申报，“教育部”未于三十日内决定者，视为同意。
附录2：2004年3月1日“行政院陆委会”公告（陆法字0930003531-1号）
依据“两岸人民关系条例”第三十三条第二项规定，台湾地区人民、法人、团体或其他机构，不得担任大陆地区党务、军事、行政或具政治性机关（构）、团体之职务。
台湾地区人民、法人、团体或其他机构，不得为大陆地区党务、军事、行政或具政治性机关（构）、团体之成员。
有关“大陆地区党务、军事、行政或具政治性机关（构）、团体”说明：
1.党务系统（含直属机构、派出机构、事业机构、办事机构、工作部门或议事领导机构及所属团体）；
2.军事系统（含直属机构、事业单位、团体）；
3.政务系统：国务院及其所属各部委（含直属特设机构、直属机构、直属事业单位、直属办事机构、部委管理国家局等）；各级人民政府（省、直辖市、自治区、县区市旗、乡镇行政组织）、各级人民法院、各级人民检察院及该等行政机关所属机构、事业单位、团体。
4.其他具政治性之机关（构）、团体：各级人民代表大会制度组织、各级政治协商会议制度组织、村级行政组织、党派群众组织团体、大众传播体系组织、具有准官方性质之社会团体；大陆地区法人、团体或其他机构之性质涉及对台工作、对台研究，有妨害“国家”安全或利益之虞。