1.1.1 小农户与大市场的矛盾
随着市场经济体制的建立与完善，市场竞争日趋激烈，加之我国加入 W TO，把小规模分散的农户迅速推向了瞬息万变的市场。由于其组织缺陷，使得分散的农户与社会化的大市场之间的矛盾越来越突出，具体表现在以下几个方面：
（1）农业生产主体分散，信息不灵，不能及时掌握市场动态，市场预测能力较差，不具备对市场需求做出迅速、正确反应的能力，难以适应激烈的市场竞争和需求变化。
（2）农户经营规模狭小，地块零散，我国农户的经营规模平均只有0.5公顷，无法形成规模经济，不能取得规模效益。
（3）农户经济实力薄弱，融资困难，扩大再生产受到很大限制，发展农副产品深加工的能力较弱，制约了农户参与加工环节利润的分享。
（4）农户分散地进入流通领域，交易方式陈旧，缺乏市场开拓的能力，流通费用高，造成农产品销售困难。
（5）农民在生产经营中不仅要承担自然风险、技术风险和政策风险，还要面对更大的市场风险。特别是加入 W TO 之后我国农业面临更激烈的市场竞争和冲击，在国内外市场的共同作用下，小农经济与大市场的矛盾将更加剧烈和激化。如何把分散的农户组织起来，提高农民进入市场的组织化程度，是当今迫切需要解决的问题。国际农业发展的实践证明，解决小农户与大市场矛盾的有效方法就是提高农民的组织化程度。
1.1.2 农民增收的严峻形势
作为中国改革的先驱领域，31年前中国农业以市场化为取向的改革，曾经突破传统体制的束缚，推动了农村经济的快速发展，带动和促进了中国经济体制改革的全面展开，有力地支持了中国经济的高速增长。但自20世纪90年代后期以来，随着农产品供求关系发生根本性变化，中国农业发展不仅受到资源短缺的约束，而且越来越受到市场的影响，农产品销售难、价格下跌问题日益突出。从农民增收情况看，20 世纪 80 年代，我国农民人均纯收入由315元增加到686元，每年增加37元，每年实际递增8%。1991年到1994年，每年实际增加31元，年均递增4%。1992—1996年因国家大幅提高了农产品的收购价格，收入增长率有所提高，年均增长5.8%，1996年增长9%。自1997年以来，农产品总量基本稳定，而市场价格却下降了 30%以上，农民收入增速明显下滑，1997年增长4.6%，比1996年低4.4%，此后一直下滑，1998年为4.3%，1999年为3.8%，到2000年，增长率仅为2.1%，2001年后，增长率有所回升，但也一直徘徊在4%左右，不到城镇居民可支配收入增长率的50%。2001—2002年虽然实现了农民收入的恢复性增长，但据有关研究表明，只是因为其中 30%的农民增加了收入而带动的结果，实际上70%的农民收入是绝对下降了。2004年全国农民人均纯收入 2936 元，比上年增加 314 元，实际增长6.8%，是 1997 年以来收入增长最快的一年。2005 年全国农民人均纯收入3255元，比上年增加319元，实际增长6.2%，是1997年以来收入增加最多的一年，但实际增长率比城镇居民人均可支配收入实际增长率低3.4%（2004年低0.9%）。这表明，制约农民增收的深层次矛盾还没有得到有效化解，促进和保障农民收入增长的长效机制尚未形成。
面对新的形势，如何形成促进农民增收的长效机制，既是一个重大的政策问题，同时也是一个重要的理论问题。单从农业的角度说，实践表明，发展市场农业的一个有效途径就是提高农民组织化程度，把农民组织起来参与竞争，使农民拥有分享农产品生产、加工和销售等环节利润的权利。美国、日本、德国等发达国家的实践也充分证明了这一点。
1.1.3 城乡差距进一步扩大，二元结构问题突出
我国国民经济均衡性矛盾突出，占GDP不到 15%的农业经济却承载着全社会 50%的劳动力和 60%的人口，城乡收入差距为3.2∶1（1980年为2.5∶1），城乡消费差距为3.5∶1.如果考虑到城镇居民还享有农民无法享受到的多种福利，如福利住房、公费医疗、单位发放的实物收入等，那么，差距将会更大。世界银行（1998）在一份报告中认为这部分福利应达到城市居民可支配收入的 3/4 左右。如果按照世界银行的估计进行调整，真实的差距接近 6∶1.这一差距，按照国际标准衡量是巨大的和少见的。在同一份报告中世界银行还指出，“36 个国家的数据表明，城乡之间收入比率超过2 的极为罕见；在绝大多数国家，农村收入为城市收入的 2/3 或更多一些。”我国的差距已经远远超出这一标准。造成这一差距的主要原因就是城乡分割的二元结构问题。政策安排整体性地不利于农民。在二元结构中，我国农民实际的政治、经济和社会地位不平等，城乡居民对政策安排的约束权数相差悬殊，市民的利益表达渠道和强度都远胜于农民，他们凭着政治压力上的优势而获得更多的资源和利益，而农民作为弱势集团则无力阻止那些对他们不利的政策出台，无法改变国民收入分配上的城市倾斜政策，这就使失衡的二元结构不仅难以打破，反而更加倾斜，城乡关系的变化越来越不利于农民。
2003年1月，中共中央召开农村工作会议，胡锦涛总书记就强调了“三农”问题是全党工作的重中之重，并确定了农村教育、文化、卫生方面的专项投资。但是，半年后据调查（温铁军，2004），教育部 90%以上投资在城市、在大学，农村基础教育投入只有百分之七点几。2004年以来，中共中央连续发布“1 号文件”着力解决“三农”问题，目标之一是“尽快扭转城乡居民收入差距不断扩大的趋势”，但到2005年城乡居民收入差距依然为3.2∶1，是历史上城乡居民收入差距最大的年份。为什么政策已经制定出来，却难以取得预期效果？道理其实很简单，从认识到行动，需要有一种内在的力量来推动，如果没有这种力量，遇到的反而是阻力，那么，认识就很难转化为有效的行动。总之，在解决“三农”问题上，从政策观念转变到政策调整再到政策实施都需要这种内在的农民组织的出现和农民组织的支撑。
1.1.4 来自国际竞争的压力
经济全球化是世界发展的大势所趋，中国加入 W TO 是这一趋势发展的一个里程碑式的事件，它给中国的经济发展和社会生活带来了深远的影响，对农业和农村的发展也不例外。
目前，中国农业经营主体不具备参与农业国际竞争的能力。中国千家万户小农的分散经营，在农业进入国际化阶段后，无论是在规模、效率，还是在竞争能力上，都不能适应国际竞争日趋激烈的挑战。特别是，一方面，中国农业产业化经营水平不高，没有大粮商、畜牧商、园艺商和食品加工商参与国际市场分配和竞争；另一方面，农民组织化程度低，服务于农户与市场之间的中介组织发育不良，缺乏参与市场竞争的合格主体，使中国农业在组织上不具备与那些在生产组织上已经产业化、集约化、规模化和商业化程度极高的国家的农业进行竞争的能力。而“入世”对中国农业及农产品的影响，集中在市场准入问题上。诚如专家们所言，关税配额仅是给外方提供理论上的市场准入机会，并不是一定要履行的实际采购义务，但如何在关税配额的实现问题上占据主动，在很大程度上取决于我国农业的竞争力及我国农民的组织化程度。固然，农产品贸易自由化是大势所趋，国际社会对贸易保护，尤其是非关税手段的使用日趋敏感，但农民通过经济上的联合形成自己的组织，有利于在经济全球化、贸易自由化的进程中更好地捍卫自身的权益，这是一个不争的事实。欧美、日本等发达国家的农业实践都证明了这一点。
我国经过近几年的实践探索和理论研究已经认识到，我国农业要从根本上提升其竞争力，解决小农户与大市场的矛盾，有效增加农民收入，实现城乡统筹发展，适应国际市场竞争的需要，必须提高农民组织化程度。