鄱阳湖生态经济区的体制机制创新，首要的是生态管理体制创新，高效的生态管理是保持良好生态环境的前提，更是生态经济发展的基础；其次是生态经济调控体制创新，引入生态指标、生态手段调控经济行为；再次是经济社会发展成果考核和领导干部政绩考核制度创新，要分类考核承担不同生态责任的地方发展和政府工作的绩效；最后是积极发挥社会机制的作用，调动全社会建设鄱阳湖生态经济区的积极性。
1.生态管理体制创新
鄱阳湖生态经济区要从注重末端治理的污染防治走向综合治理的生态管理，主要包括流域管理体制、湿地管理体制和环境应急制度。
（1）流域管理体制
目前，鄱阳湖流域管理呈现出多部门、多层次、多元化管理的格局，是一种条条为主、条块分割的管理体制。在这种管理体制下，由于存在经济的竞争压力，地方有极强的发展冲动，而由于流域的跨区域性，地方政府对本行政区划内的河流治污缺乏动力和约束性，由此造成了公地的悲剧，河流湖泊面临污染的威胁。要改变这种局面，应打破地区分割、多头管理的体制，将“环境同治”作为生态管理体制创新的政策目标。所谓“环境同治”，就是将整个生态经济区作为一个环境单元，在环境治理上实施统一但有区别的产业政策，统一的环境功能区划，统一的环境治理规划，统一的环境执法，统一的环境技术经济政策，统一的环境信息网络，构建空间布局合理、功能分区清晰、人居环境优美的现代化生态城市群。建议建立垂直管理的综合流域管理体制：
一是赋予流域管理机构完整的管理职能，形成以流域为主体的综合管理体制。
二是建立一套有效的资源开发利用与环境保护和治理的运行机制。
三是充分利用流域限批、环境容量管理、排污权交易等管理措施提高政府的资源环境管理水平。
（2）湿地管理体制
鄱阳湖的湿地资源丰富，但“不友好”的发展模式对已有湿地资源造成了很大的损害。湿地立法是目前国家立法的重点关注领域之一，必须打破“条块结合”的湿地行政管理格局。建议设立鄱阳湖管理委员会，作为垂直管理机构或协调机构，管理或协调整个鄱阳湖的湿地管理，在整个生态经济区建立起生态和经济的对接、互补关系，在更大的地域范围内带动经济、社会、生态的协调发展、和谐发展与全面发展。
（3）环境应急制度
现代社会是风险社会，环境突发事故频发，因此环境应急制度便成为环境友好型社会建设的重要制度保障。应通过立法明确定义环境应急中的关键术语；在实施中强化预防、准备、应急和恢复这4个环境应急的基本环节，并通过切实的制度建设贯彻预防原则；明确政府间的责任分配，特别是要清楚界定中央与地方的责任；建立有效的公众参与环境应急保障机制。内外部应急预案的制定应当依照民主程序，让专家、公众或员工参与其中。为保证应急预案的有效性，应当进行定期检查并定期演练。
2.生态经济调控体制创新
鄱阳湖生态经济区的制度建设，实质是要通过对经济活动的有效组织，以及对经济行为的激励与约束，来实现生态经济的目标——促进社会经济发展和保护发展所必需的资源和环境基础，实现环境保护与经济目标的统一。一个有效的发展生态经济的政策体系涉及产业组织、区域发展、投资体制等重要方面，与此对应，鄱阳湖生态经济区的生态经济政策体系主要应包括产业政策、区域政策以及投资与金融政策。
（1）产业政策
产业政策是指一个国家或地区为实现其一定时期的经济发展目标而制定的发展或限制产业的目标以及保障实现这些目标的各项政策，主要包括产业结构政策与产业组织政策。产业政策的产生基于人们对价格机制缺陷的认识，即价格在一些经济领域是“失灵”的。单纯的价格机制并不能保证对一些意义重大的非市场资源（如环境、公用设施）的配置。这就决定了政府需要通过制定和执行相应的产业政策对市场失灵的领域加以干预。
具体来说，实现生态经济的产业结构政策包括确定和有意识地调节不同产业的消长来达到节约资源、减少对环境的损害，核心是将各个产业的资源消耗和环境影响作为确定产业发展优先顺序的重要参考，鼓励资源节约型和对环境无害或有益的产业的发展，同时限制能耗高、污染严重产业的发展，取消对资源密集型产业的扶持和保护，将环保产业列入优先发展的产业领域等。产业组织政策则是要鼓励企业通过有效组织和规模限制实现规模经营，以节约的方式利用资源，限制一些达不到规模要求、资源利用效率低的企业的发展。
（2）区域政策
生态经济与区域政策密切相连，不平衡的区域发展模式造成了大量的贫困人口和日益恶化的生态环境。因此，将生产力布局与区域人口、资源以及生态环境联系在一起，促进区域经济协调发展的区域发展政策在生态经济政策中占据着重要的地位。
鄱阳湖生态经济区的区域发展政策包括以下内容：一是区域差别化发展政策。确定合理的区域资源开发与区域产业政策，在对各区域自然资源和社会经济条件正确分析与评价的基础上，合理确定该区域资源开发与利用方向，划分生态功能区；二是区域协作发展政策。按照优势互补、共同发展的原则，加强经济相对发达和相对落后地区的经济技术合作，扶持相对落后地区的经济发展，对相对落后地区的水土流失、土地沙漠化、草场退化、及工业污染等进行综合治理，促进区域共同发展；三是区域一体化政策。从整体考虑，发挥各个区域的优势，打破行政束缚，各区域之间要真正从“对话性合作”转向“制度性合作”，推进“交通、流通、融通”三位一体，实现区域经济规模化、集团化。
（3）投资与金融政策
生态经济需要政府制定适当的投资与金融政策，优化投资结构，保证生态环境投资与经济建设投资协调发展。那些关系到人民生活和环境资源保护的重大领域或项目，应首先得到资金的支持。对于有着大量的公共效益，市场机制调节失灵的公益性项目，如资源节约、环境污染防治与生态治理工程，应成为政府支持的重点领域，但并不是全部由政府投资、政府建设、政府营运，而是可以灵活采用多种方式如财政补贴、财政贴息、招标建设、委托营运、政府采购等等。而随着市场经济中政府投资范围的日趋缩小，利率政策和信贷的优先发放序列对资源配置的作用也变得更为突出。由于商业银行对经济效益的重视降低了其对环境效益的关注，适当的环境金融政策就变得更为重要。环境金融政策一方面可以通过利率杠杆的使用和信贷的优先发放使资金倾斜到有益于资源持续、环境保护的项目上来，另一方面可以通过政策性银行和建立国家环保基金等来集聚更多的资金，支持污染防治和生态保护方面的建设。
3.经济社会发展成果考核和领导干部政绩考核制度创新
为充分发挥各级政府在建设鄱阳湖生态经济区中的主导作用，需要改进经济社会发展成果考核和领导干部政绩考核制度。
传统的经济社会发展成果考核和领导干部政绩考核制度，与建设鄱阳湖生态经济区这一战略是格格不入的。目前的考核是相对粗糙的，主要看GDP增长幅度的大小，再具体点，就是上了多少个项目或者农民人均纯收入增加了多少等，在很多情况下，GDP指标甚至演变为考核的唯一依据。这种考核直接导致政府公共管理、社会服务等职能的缺失，调整经济结构，转变发展方式的目标也难以实现。
要改变现有的GDP核算体系，变GDP为“绿色GDP”，将生产消费行为对环境的影响引进到GDP的核算中，如果环境污染，则予以扣除，从而纠正GDP对经济主体行为的误导，使之不再局限于追求一般意义上的GDP增长率。把GDP考核与3R（减量化、再利用、再循环）目标有机结合起来，开展环境污染、生态破坏成本以及水、湿地、森林等资源价值等方面的核算，探索将发展过程中的资源消耗、环境损失和生态效益纳入经济发展水平的评价体系，为环境税费、生态补偿、自然资源管理、产业结构调整、产业污染控制政策制定以及公众环境权益维护等提供科学依据，要求以尽可能少的资源消耗和环境代价实现最大的发展效益。对于那些GDP看起来发展很快，但违背了生态经济理念的政府人员，不仅不能用传统的考核思想给予肯定，还要依据党政领导干部环保政绩考核制、环保一票否决制、环保问责制等进行严肃处理。要把以人为本，保护环境，提升经济发展质量作为考核重要内容，引导政府人员树立正确的政绩观，在继续搞好经济调节和市场监管的同时，要更加注重履行社会管理和公共职能，以推动环境保护工作，促进环境质量的改善，实现生态与经济协调发展。
对于在鄱阳湖生态经济区中承担不同生态保护功能和经济发展的地区，经济、社会、生态等考核指标的权重应该有明显的区别，以引导各地政府因地制宜、实实在在地为建设鄱阳湖生态经济区努力。
4.积极发挥社会机制的作用
建设鄱阳湖生态经济区，政府的作用不可或缺，市场的调节也必不可少，此外，还必须发挥第三种调节机制即社会机制的作用。这是因为政府和市场有时候都会失灵，在这种情况下，社会调整机制，即利益相关人的协商、社会舆论、社会道德和公众参与等非行政、非市场方式等，也可发挥调整作用。发挥社会调节机制是政府、企业和公众共同承担防治环境资源问题、保护环境资源责任的一种趋势，目前大多数国家已经广泛采用这种手段。
建设鄱阳湖生态经济区，节约型社会是重要内容，消费文化要实现由污染性消费向环保型消费、由铺张型消费向适度型消费、由物质型消费向精神型消费的转型，这种转型既需要法律、政策机制的激励，更需要社会舆论的引导和大众教育等社会激励机制的作用。特别是在生态文明教育的长效机制方面，参与机制、合作机制、奖惩机制和评价机制等社会机制具有独特的不可或缺的优势。
要借助于各级人大、政协的参政议政机制，在生态经济区建立一个让更广大民众参与相关活动的组织网络，定期发布环境信息以维护公众的环境知情权，并搭建公众参与生态经济区建设的意见、建议、监督、批评、诉求的表达平台，通过社会监督对环境污染和生态破坏的制造者施加压力。
在建设鄱阳湖生态经济区中，非盈利型的社会组织可以发挥独特的作用，要鼓励NGO（非政府组织）的建立和开展活动。在发达国家，民间组织已经发展成为环境保护的中坚力量。我国企业家组织的环保民间组织“阿拉善”所倡导的社会责任理念为社会环保提供了新的价值取向，其社会参与行动模式为环保的推进提供了可持续性动力，其高组织化、高效率的管理模式为我国环保组织发展提供了借鉴范式。
链接：阿拉善SEE生态协会
善缘起于善因。2001年，中国企业家宋军先生在内蒙古阿拉善盟斥资5000万元建成月亮湖生态旅游景区。之后3年多，这座沙漠生态景区吸引了北京首创集团总经理刘晓光、清华同方环境有限公司董事长林荣强、南洋教育集团董事长任靖玺、盘龙云海药业集团董事长焦家良、联合运通投资顾问有限公司董事长张树新、中民集团总裁刘京、巨人投资公司董事长史玉柱、新浪首席执行长CEO兼总裁汪延等百位中国企业家陆续到访。茫茫沙漠中的亲身体验，使企业家们深深感到中国西北的严重沙化，尤其是阿拉善作为近年威胁北京的沙尘暴发源地，每年以沙漠面积1000平方千米（相当于一个中等县城面积）的速度逼近华北，辐射影响东南沿海地区及日本、韩国的局部。正是沙尘暴的严峻挑战，唤起了百位中国企业家共同的社会责任感，并将其汇集为一个事业——改善和恢复内蒙古阿拉善地区的生态环境，减缓或遏制沙尘暴的发生，并推动中国企业家承担更多的社会责任。
2004年6月5日，百位中国企业家在广袤的腾格里沙漠里排成一道历史性的风景——中国首家以社会责任为己任，以企业家为主体，以保护地球生态为实践目标的NGO公益机构，阿拉善SEE生态协会正式诞生。
作为发起人的80位企业家们承诺：连续10年，每年投资10万元，以减缓阿拉善的沙尘暴为起点，致力于保护中国的生态环境，促进人与自然的和谐，促进人与社会的和谐，促进人与人的和谐。
正如协会会长刘晓光所说，这是一个很大的公益事业，一个艰难而有意义的事业，目前的投入只是一个种子基金，它今后会吸引越来越多的善款投入到21世纪人类的环保事业中。
一个好的企业家，不仅应具有强大的经济价值，而且应具有强大的社会价值，体现人类新的理想，新的精神，新的信念。阿拉善应该是中国企业家集体自觉承担社会责任的一个崭新的开始！
公众参与环保的社会机制可以从纵向与横向两个维度进行划分。从纵向看，根据参与的不同阶段可分为预案参与机制、过程参与机制、末端参与机制和行为参与机制。从横向看，分为信息传达机制、宣传教育机制、行动协调机制、监督制约机制和激励机制。从活动与管理的视角来看，公众参与环保的社会机制分为两种，一是需要进一步明确公民的环保权利和义务，实行全民环保教育，加大奖励和处罚力度，建立舆论褒扬和谴责甚至环境维权诉讼的机制与制度；二是需要建立和完善环保决策听证制度、环保议案制度、环保信访制度、公众参与环保检查监督机制和制度。
建设鄱阳湖生态经济区是一项长期的任务，其生态经济体制必须得到社会公众的认可，才能够持续，而不会由于某些主要领导的离任而中断。提高生态经济的公民参与度和环境保护的社会自治度，是形成社会公众对鄱阳湖生态经济区的制度依赖、路径依赖的有效途径，也只有将环境保护与经济主体的利益紧密联系起来，使环境保护成为人们的一种自觉行为，才能够达到生产、消费与环境保护的和谐一致。