中央政府赋予鄱阳湖生态经济区在体制机制创新方面先行先试的权力。体制机制创新的先行先试中有一定的风险，但更多的还是机遇。新中国成立初期深刻的制度再造极大地释放了生产力，使新中国在短期内即发生了翻天覆地的变化。20世纪60～70年代，我国巨大的制度变迁却误入歧途，使经济建设和社会发展停滞甚至倒退。我国改革开放赋予沿海地区特别是4个经济特区先行先试的权力，造就了我国的发达地区，其经济发展水平遥遥领先于我国的中西部地区。但这种发展在一定程度上依赖于难以负荷的资源损耗、环境破坏，而诸如海南房地产泡沫的破裂、特别是太湖等局部区域生态环境严重退化，更让我们付出了沉重的代价！所以，在建设鄱阳湖生态经济区全过程的各个方面，都必须坚持以科学发展观为指导，真正实现发展方式的转变。
链接：江苏采取多种措施预防太湖水危机
江苏省对太湖污染治理高度重视，通过制定新的污染排放标准，实施重点治污工程，狠抓截污控污，发挥经济杠杆作用等措施，治污工作取得积极进展，蓝藻水质应急处理水平和饮用水安全保障能力有所提高。但专家研究表明，当前太湖蓝藻密度较高，水质仍处“藻型生境条件”状况，太湖蓝藻大规模暴发的条件短期内难以消除。
无锡市市长毛小平说，江苏在2009年“铁腕治污、科学治太”的基础上，组织编制并开始实施《太湖流域水环境综合治理总体方案》，明确了太湖水污染防治工作的总体思路和重点工程，无锡市正全力以赴打好太湖水污染防治攻坚战，完善多层次监测预警体系，落实应急预案，加快推进治太工程，防止蓝藻暴发演化成水危机，确保饮用水安全。
目前，江苏已启动省、市、县三级应急预警机制，加强监测预警，加大调水引流、控源截污、打捞蓝藻的力度，控制入湖水质；加快产业结构调整，减少工业污染排放；加快建设污水处理设施，提高污染处理能力；明确有关部门、地方政府在治理太湖水污染工作中的职责，并要求环保、水利等部门进一步完善监测体系建设，为治污决策提供准确依据。
链接：江苏无锡自来水遭污染市民疯狂抢购纯净水
从2007年5月29日开始，江苏省无锡市城区的大批市民家中自来水水质突然发生变化，并伴有难闻的气味，无法正常饮用，市民纷纷抢购纯净水和面包。
各方监测数据显示：2007年入夏以来，无锡市区域内的太湖水位出现50年以来最低水位，加上天气连续高温少雨，太湖水富营养化较重，诸多因素导致蓝藻提前暴发，影响了自来水水源地水质。
与科学发展观相一致，生态经济强调维持不变或增加的自然环境与资源存量是发展的重要维度，要通过环境与经济协调发展而不是对大自然无休止的索取，来满足人们日益增长的各种需求。这些需求既包括目前人们对各种物质生活和精神生活享受的需要，又包括人们对劳动环境和生活环境质量的生态需要；既包括当代人的需求满足，又要顾及后代人持续生存与发展的能力；既包括一个区域、一群人的需求满足，又要包括其他区域、其他群体的需要和发展。生态经济强调经济效益与生态效益的共存，经济需求与生态供给的协调以及经济发展的生态制约。生态经济强调要通过环境与经济协调发展来满足人们日益增长的各种需求。所以，建设鄱阳湖生态经济区，要按照生态规律进行体制机制创新。
发展生态经济包含微观的生态技术层面和宏观的经济政策层面。微观的生态技术层面是指在企业的经济活动中节约资源，避免或减少环境污染，包括资源的生态维护、产品的生态创新和工艺的生态创新，其核心思想就是如何将排放到环境中的污染物减少到最小，如何最有效地节约资源。实现微观层面的生态经济目标，有赖于企业的技术创新，这种创新主要由资源稀缺性、资源比较优势和环境承载力的变化诱发出来。通过市场为企业及时提供信号是至关重要的，做到了这一点，才能通过市场的调节机制将企业的利润目标与生态经济的创新目标有机地结合起来。信号的质量取决于市场的完善程度，所以发挥市场信号的作用，完善市场经济体制是诱导生态经济创新的重要基础。宏观的经济政策层面就是建立一种生态与经济相协调的政策体系，促使企业生产经营活动与生态环境相协调，其实质是生态学思想向经济政策全面整体意义上的渗透。在市场经济条件下，经济政策层面的组织过程主要取决于政府的行为——经济政策。生态经济战略的确立与实施，将主要依赖于相应的经济政策体系（包括法律约束机制和资源评价机制）的建立。所以，建设鄱阳湖生态经济区，要按照现代市场经济规律进行体制机制创新，以规范引导经济运行。
1.坚持以科学发展观为指导
依据以人为本，全面、协调、可持续的科学发展观，建设鄱阳湖生态经济区要树立新的生产观：坚持清洁生产、环保生产，既要节约资源，又要提高自然资源的利用效率，从生产的源头和全过程充分利用资源，使每个企业在生产过程中少投入、少排放、高利用，达到废物最小化、资源化、无害化；建设鄱阳湖生态经济区要树立新的消费观：提倡绿色消费，确立与自然生态相平衡的、节约型的低消耗物质资料、产品、劳务和注重保健、环保的消费模式，努力实现废弃物的资源化；建设鄱阳湖生态经济区要树立新的经济观：就是用生态学和生态经济学规律来指导经济活动，把经济循环控制在资源可承载、生态可承受的范围内；建设鄱阳湖生态经济区要树立新的价值观：在开发利用自然资源时，不仅要提高自然资源的利用效率，而且需要维持资源良性循环的生态系统；建设鄱阳湖生态经济区要树立新的系统观：生态经济要求人类在考虑生产和消费时要将自己作为这个大系统的一部分来研究符合客观规律的经济原则，要从自然—经济大系统出发，对物质转化的全过程采取战略性、综合性、预防性措施，实现区域物质流、能量流、资金流的系统优化配置。
（1）始终把发展放在第一位
科学发展观的核心是发展。建设鄱阳湖生态经济区，正是为了更好的发展。要正确地认识GDP，重视GDP，发展GDP，使其更能正确反映环境资源成本和福利，把GDP指标与其他发展指标特别是同生态建设指标有机结合起来，构建更加完善的绿色GDP指标体系，引导经济社会和生态环境健康发展。
建设鄱阳湖生态经济区，必须遵循经济规律和生态规律，要杜绝违反客观规律的蛮干行为，杜绝劳民伤财、破坏生态、损害未来发展环境的政绩工程和面子工程。在寻求经济社会发展时，既要立足眼前，更要着眼长远，当代的经济增长不能破坏后人生存与发展的环境，一个国家（或一个地区、一群人）的发展不能损害其他国家（或其他地区、其他人）的利益。要坚持经济效益、生态环境和社会效益协调统一的原则，在创造更多社会财富的同时，强化生态建设，构建经济社会与生态协调发展、人与自然和谐相处的良好环境。
（2）加速发展方式转变
转变发展方式是产业结构调整和产业竞争力提高的结合，建设鄱阳湖生态经济区的关键在于转变发展方式，即要按照生态经济理论和科学发展观的要求，从传统的依靠过量消耗资源、粗放经营的经济发展方式转变到经济、社会与生态协调发展的模式上来，以人为本，走绿色化、特色化、多元化、现代化、可持续化的发展道路，以“协调”“减量”和“循环”为主要手段，落实到经济系统运行的各个方面各个环节，从而达到节约资源和保护环境的目的。
（3）加快经济结构调整
建设鄱阳湖生态经济区要加快经济结构调整，把经济系统引向一条维护生态系统永不退化的发展道路上。就是合理利用自然资源和环境容量，将清洁生产和废物利用融为一体，实行废物减量化、资源化和无害化，使经济系统和谐地融入自然生态系统的物质循环过程中，实现经济活动的生态化。
江西省政府综合经济部门要制定产业政策，鼓励发展资源消耗低、附加值高的高新技术产业、服务业和用高新技术改造传统产业。当前，江西要充分利用资源优势、产业基础优势、人才科技优势和政策扶持优势，把抢占新兴战略性产业尤其是新能源产业发展的先机，作为产业结构调整、升级的主攻方向，形成新的经济增长极，抢占在中部地区崛起的先机，抢占实现科学发展绿色崛起的先机。
（4）构建鄱阳湖生态城市群
城市群是区域竞争力的集中体现，鄱阳湖生态经济区的发展成效就靠鄱阳湖生态城市群来体现。环境是城市最基本的公共产品，是各种经济主体生存和发展的载体，它所产生的环境效益、品牌效益和经济效益，已成为城市及城市群竞争力的重要组成部分。以科学发展观为指导，构建鄱阳湖生态城市群，不但需要更新观念，加快科技与人才建设，加强城市规划管理，更要树立生态经济新观念，强化环境意识。
同城化是一个重要的方向选择。同城化的动力机制是相邻城市追求空间聚集经济效益，以降低一定区域范围内经济发展的成本，特别是能够最大限度减少恶性竞争和一些项目的重复建设。以某一个（或两个）大城市为依托推进的同城化，通过合理的城市空间结构布局产生聚集经济效益，往往会形成一个全新的区域经济中心。鄱阳湖生态城市群的同城化，可以以南昌与九江为试点进行推进，因为南昌与九江的基础设施正向一体化不断推进。着力加快经济和人员交流将为同城化提供坚实的基础。
2.构建符合生态经济规律的生态经济体制
按照生态经济学理论，人类社会只是生态系统的一个子系统，一切经济活动和所有生物都对地球生态系统有着依赖关系，人类社会子系统的存在依赖于生态大系统的平衡和自我调节机制。发展生态经济，就是要注重生态平衡与经济平衡的关系、生态效益与经济效益的关系、生态供给与经济需求的矛盾等，以此来探索经济系统和生态系统持续稳定的发展方式。具体而言，一是满足人类对生存、享受、发展的不同层次需要；二是要科学合理地组织经济再生产、人口再生产和生态环境再生产；三是经济社会发展要与环境承载力相协调，实现生态经济平衡；四是实现高效的生产结构、流通结构、分配结构和消费结构，建立资源节约和综合利用型的产业结构与消费结构；五是实现生态经济社会总资源的优化配置，利用市场机制和政府宏观调控相结合的手段，使资源配置过程中经济、社会和生态3个方面目标协调发展。
从近期来看，发展生态经济需要相当的额外成本和大规模采用生态技术，因此，只有出台相关配套政策才能使生态经济步入正轨，实现良性循环。生态补偿是发展生态产业和实现环境正义最重要的配套机制。从补偿的运作模式来划分，生态补偿分为政府补偿和市场补偿。政府补偿的主要形式包括财政转移支付、专项基金、优惠政策、对资源综合利用和优化环境予以奖励等，其中最主要的形式是财政转移支付制度和专项基金。市场补偿是由市场交易主体在法律法规的范围内，利用经济手段，通过市场行为改善生态环境的活动的总称，包括生态环境税费补偿、环境产权市场交易补偿、环境责任保险等形式。
对于鄱阳湖生态经济区来说，生态补偿的核心是水价构成，其中应该包括生态补偿的费用，既要建立省内生态补偿制度，更要向中央寻求生态补偿的政策支持。
其他相关配套政策还包括：
建立碳减排交易制度——让一些低碳排放量者向碳排放量配额不足者出售自己的配额，以降低高碳排放量者的减排成本，从而实现资源优化配置。
推动EMC（能源合同管理）模式——政府有关部门应充分了解其运作机制，制定和实施能源合同管理的制度体系和培训计划，使EMC产业尽快成长起来。能源合同管理的市场机制，对节能产业的形成有巨大的推动作用，应以此为契机，建立节能法规体系、政策支持体系、技术服务体系、监督管理体系和节能信息发布制度，加快城市圈节能产业的形成和发展。
构建绿色信贷（GC）体系——绿色信贷是环保部门和金融业联手抵御企业环境违法行为以及促进环境保护、减少污染的重要经济手段。它通过金融部门依据国家的环境经济政策和产业政策，对研发、生产治污设施，从事生态保护与建设，开发、利用新能源，从事循环经济生产、绿色制造和生态农业的企业或机构，提供贷款扶持并实施优惠性的低利率；而对污染生产和污染企业的新建项目投资贷款和流动资金，进行贷款额度限制并实施惩罚性高利率的政策手段，最终实现节能减排和环境保护。
加强生态科技的研发——生态产业关键技术包括资源节约和替代技术、能量梯级利用技术、有毒有害原材料替代技术、各类废弃物回收处理技术、废弃物“零排放”技术、可回收利用材料和回收处理技术、中水回用技术、新材料和新能源开发利用技术、水污染综合治理技术等。要通过科研专项基金、风险投资等制度支持鼓励企业创建生态经济技术重点实验室、研发中心，开展生态经济技术攻关。
3.构建符合市场经济规律的现代经济体制
经济学的根基就是资源的稀缺性，这是一切问题的出发点。从市场机制的作用上看，并不存在所谓的资源浪费现象，只存在不合理的被扭曲的资源价格。环境也是一种资源，污染环境的根源在于长期以来人类认识上的局限性所导致的对环境定价过低，污染环境的代价过低。因此，建设鄱阳湖生态经济区，要发挥市场机制的基础性作用，让市场根据资源的稀缺程度合理地配置资源和保护环境。市场机制的发挥，需要合适的社会制度作保证，其中最为关键的是产权制度的保证，使市场主体经济行为的“负外部性”内部化。政府对资源价格的合理调节，也是保证资源得到有效利用的条件，但政府必须尽量通过市场机制来发挥作用，减少对市场主体经济行为的直接干预。
价格机制和政策调节可以解决资源的利用效率问题，但在竞争性的全球经济中，价格机制和政策调节却无法解决发展中国家和地区的发展问题。在传统的市场机制作用下和西方发达国家主导的全球化竞争中，为了发展的需要，发展中国家和地区通常都是以破坏性利用资源，牺牲环境和侵占劳动者的利益来获得竞争能力的，而这种竞争力又被西方发达国家所设置的“环境壁垒”严重削弱了。另外，环保本身也必须提高效率，生态经济也要以效率为前提，以市场竞争力为前提。在经济上没有效率、在市场上没有竞争力的任何经济形态都不能持久，也谈不上可持续发展。
鄱阳湖生态经济区的先行先试，就是要找到既能有效节约资源、保护环境又能保证竞争力、跨越发展的方法和路径，这是对江西各级干部乃至全省人民的一种智慧考验。
一是建设鄱阳湖生态经济区，要制定切实可行的结构调整与经济转型规划。要统一部署、综合调控区域发展战略，全面协调经济区各方的利益，不断改善生态环境和发展环境。
二是奉行科学的结构调整和经济转型原则。要在经济结构调整中坚持自力更生、依靠市场机制为主的原则，坚持改造传统产业和发展高新技术产业并举的原则，坚持多种所有制经济并举的原则，坚持创业就业优先的原则，坚持政策扶持为主、财政支持为辅的原则。
三是在国家经济转型宏观政策框架内，统筹经济、社会、生态、环境可持续发展，加快生态经济区产业结构转换进程，协调完善生产力布局和城市功能布局。