谁占据了科技创新的制高点，谁就占据了经济社会发展的制高点。鄱阳湖生态经济区建设要进一步营造尊重劳动、尊重知识、尊重人才、尊重创造和鼓励创新的浓厚氛围，不断提升承载科技的水平和能力，为科技人才、科研单位创造成果提供广阔平台。要按照构建“市场需求为导向，企业为主体，产学研相结合”的科技创新体系的要求，鼓励支持企业以提高自主创新能力为核心，推进自主创新和科技进步，开发拥有自主知识产权的专利技术产品，变“中国制造”为“中国创造”，使科技创新成为鄱阳湖生态经济区建设的强劲动力。
1.成长着的巨人
企业在科技创新体系建设中应该取代政府职能部门或中介组织，成为科技创新的主角。
一是鼓励企业成为技术开发投入的主体。科技企业用于技术开发的费用占企业当年销售收入的比例原则上不得少于2%。企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产的150%摊销。对企业研发机构进口研究开发仪器设备和研究开发仪器设备折旧，享受国家有关优惠政策。
二是支持企业建立研发机构。江西省企业科技创新的机构不健全，影响了企业科技创新能力。因此，应支持大中型企业独立组建或与高校、科研机构联合组建研发机构；支持中小企业联合组建研发机构或与高校和科研机构合作开展研发活动；鼓励企业“走出去”，在省外、国外设立研发机构，提升企业研发水平；对新认定为国家级的企业研发机构，在现有相关专项资金中给予50万～100万元的补助，用于企业研发机构改善研发条件，提高研发水平。
三是支持企业引进先进技术进行消化、吸收和再创新。自主创新包括原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新。引进消化吸收和再创新是提高自主创新能力的重要途径。目前，相当多的企业用于技术引进的经费支出远大于用于消化吸收的费用支出，全国平均比例达到6.5：1，而“二战”后日本的这一比例是1：7.因此，企业在引进先进技术时应按不低于1：1的比例配套资金进行消化、吸收和再创新。对企业引进国内外先进科技成果并实现产业化的项目，经有关部门认定，江西省发展高新技术产业专项资金给予无偿资助、贷款贴息等支持。
四是大力推进创新型企业试点工作。开展创新型企业的评价和认定工作，引导企业争创省级和国家级创新型企业。促进社会资源要素向创新型企业转移，江西省各类科技计划对创新型企业予以优先立项和支持。到2012年“创新型企业”应达到100家。
2.科技“大联姻”
要深化科技体制改革，促进产学研的大融合。
一是要优化整合科研机构资源。江西省属科研院所是科教兴省的一支重要力量，改革开放三十多年来，为江西省乃至国家经济建设、社会发展和科技进步作出了重要贡献。同时，科研院所自身也不断发展壮大，管理体制和运行机制都有所创新。但是，省属科研院所在改革发展中也面临一些困难和问题，如机构数量多、规模小、条块分割、实力不强、经费不足、人才缺失、产学研合作不够、职工收入增长不快等，这对今后的发展构成了严重的制约和挑战。因此，迫切需要对省属科研机构进行优化整合。要根据江西省支柱产业和新兴产业的需要，打破部门条块分割，加快科研机构合并重组，支持科研机构挂靠企业集团，允许科研机构并入高校。对于不适应江西经济社会发展需要、任务严重不足、长期不出成果、经济社会效益较低的科研机构，经评估后予以兼并。
二是要支持科研机构发展和改革。要按照“职责明确，评价科学，开放有序，管理规范”的原则，建立现代科研院所制度。不断加大对科研机构的支持力度，逐步增加科研机构的运行经费、科研业务费和科研条件建设经费，每年重点改善一部分科研机构的条件，配备关键试制设备，提升中间试制水平。对于科研机构进行科技成果产业化和为社会提供科技服务的收益，同级财政全额返还科研院所用于发展。
三是要强化农业科研成果应用推广作用。江西是农业大省，应围绕粮食增产工程，大力提高农业综合生产和加工能力，依托科研机构、高校构建农业科技创新体系和现代农业产业技术体系。推进农业科技示范园区的建设，加快高新技术在农业上的应用和推广。继续推进农科教结合，组织农业科研单位、高校和农技推广部门与各县（市、区）广泛开展农业科技合作共建活动，建立农业科技合作的长效机制。
四是要加快建立产学研合作机制。积极推动“政府、企业、学校、科研机构、金融机构、中介组织”的有机结合，围绕江西优势产业和新兴产业建立产学研战略联盟，负责谋划和推荐对产业发展具有牵动作用的科技项目。充分发挥各类重点实验室和各级研发、工程和技术中心作用，打造科技创新研发平台。注重军工和民用技术的有效对接，实现在重大关键共性技术上的突破。对产学研战略联盟推荐并依托科技创新研发平台开展的科技项目，省科技管理部门通过优先立项给予资金支持。对自主研发的首台（套）重大装备，在实施产业化中给予贷款贴息、无偿资助等支持。江西省科技厅应与江西省工信委、教育厅和各高校、企业、科研院所共同推进成立光伏、钢铁、铜加工、稀土材料、能源和装备制造等校研企合作专业委员会，每个专业委员会由一所大学牵头，多家大学、科研院所和几十家企业组成，并组织开展产学研合作的实质活动。
五是要加快科技企业孵化器建设。支持各地市建立科技企业孵化器，实现科技企业孵化器市地覆盖率100%。各级政府对国家级科技企业孵化器要给予重点支持，使其不断改善科技创新服务环境，尤其要建立和完善面向中小企业的金融服务、科技咨询和公共技术平台。江西发展高新技术产业专项资金将以省市共商方式给予支持。
3.高科技，高回报
要加强科技市场体系建设，促进科技成果产业化。
一是要构筑省科技成果交易市场。可以说，目前江西不缺乏科技成果。但江西科技成果转化、产业化存在着供需之间信息不对称等问题，很多好的科技成果没有较好地转化为现实生产力。因此，构筑一个科技成果交易的平台，大力发展科技中介机构，建设科技成果交易体系是十分必要的。要通过政府引导、市场化运作、信息资源整合，构建以省级市场为核心、全方位、多层次的科技成果交易体系。大力发展民营科技中介机构，鼓励省外有信誉的科技中介机构来江西开展科技成果交易服务，吸引和培养专业人才进入科技中介服务机构工作。科技中介机构从事技术咨询和技术服务，按照规定享受国家有关的税收优惠政策。
二是要打造科技资源共享平台。本着“资源共享、优势互补、互惠多赢”的原则，重点建设大型科学仪器设备、自然科技资源、科学数据、科技文献共享平台、成果转化公共服务平台、网络科技环境平台和标准化战略平台，为全社会科技创新活动提供有效服务。鼓励和支持企业按照市场化运作参与服务平台建设，对企业搭建的服务平台，当地政府可从相关科技专项资金中给予补助。