吴起的军事思想最突出的一点，就是强调富国强兵。要整军治武，必得以国家富强为基础。国家要富强，必须“先教百姓而亲万民”。国家的富强，不仅表现在财力的增加，更表现于政治的修明。
“修德则兴，废德则衰”，国家安危，“在德不在险”。富国是强兵的基础，强兵是富国的保证。“安国之道，先戒为宝”，积极备战，可避远祸。
吴起的战争观内容比较丰富。吴起重视军队的建设。他认为兵不在多，贵在于治。治的标准是：平时一切行动中规合矩，战时威严勇猛富有生气，进攻时势不可挡，退却时敌不可追，前进后退有节度，左右移动合指挥，虽然大军被切断仍能各自为阵，虽然大部队分散，各小部队仍行列不乱。这样的军队上下同安共危，天下莫当。要达到这样的标准，一要提高将领的素质。一军之将，要文武刚柔兼备，办事有条理、有防备、有决断、有警惕、有要领。要培养善于把握战机的能力，树立令行禁止的威信。统帅还要具备识别下级将领德才的能力。二要提高士卒的素质。要以“教戒为先”，使士卒先具备荣辱羞耻之心。要采取互教互学的练兵方式，“一人学战，教成十人；十人学战，教成百人……万人学战，教成三军”。训练包括利用地形、理解战法、熟悉战阵、娴于兵器等内容，并注重量材使用。三要赏罚明信，将帅与士卒同甘苦，共安危。
四要简募良材，建设先锋突击队。吴起首创考选士卒之法，选拔力大胆勇、速度快捷者组成“武卒”，使之成为名闻天下的精锐之旅。
吴起强调根据敌情制定战略战术。他针对当时邦无定交、士无定主的时代特点，强调在制定战略时要以齐、秦等六国为假想之敌，分析各国民情、经济、政治及军队情况，分别确立对付他们的战略，敌情条件不同，应对方法应该各异。要在不同的军事形势和自然气候条件下，决定利弊和取舍。他指出，两军对阵，要仔细观察敌方族旗人马状态，由外察内，把握其兵情军心。当发现敌人兵力尚未聚齐、军心尚未稳定、进退尚未定夺时，就要迅速打击敌人，“以半击倍，百战不殆”。他认为，有4种战机切不可错过：一是“气机”，即曹刿所说的“彼竭我盈”、一鼓作气之机；二是“地机”，即处于有利于我的地理环境之机；三是“事机”，即敌人内部不和之机；四是“力机”，即我方武器装备、士兵素质优于敌方之机。抓住战机，要“急击勿疑”。
吴起继承了孙武的军事思想，并有一定发展，对以后尉缭等有较深刻的影响。