进入1990年后，巴勒斯坦解放组织的处境越来越不利。由于巴解组织在海湾战争中支持伊拉克，“得罪”了许多阿拉伯国家，科威特当局还将40万在科威特打工的巴勒斯坦难民驱逐出境。海湾战争后，不少阿拉伯国家完全停止了对巴解组织的经济援助，使得靠援助过日子的巴解组织陷入极为严重的财政危机。失去了阿拉伯国家的后盾支持，巴解组织急剧弱体化，已无力与以色列进行军事对抗，不得不考虑与以色列和平谈判，放弃绝不与以色列讲和的巴解组织初衷。此后巴解组织的活动基本上纯粹为了谋求本组织的生存，失去了巴勒斯坦人的普遍支持，成为一个脱离群众的政治团体。
巴解组织求生存的另一个策略就是与美国改善关系。以前巴解组织拒不承认以色列，又积极从事恐怖主义活动，所以在很长一段时间内，美国一直不与巴解组织接触。当巴解组织暗地里透露出与美国改善关系的意愿时，美国提出三个条件：一、承认以色列的生存权；二、承认联合国分割巴勒斯坦的决议；三、放弃恐怖主义活动。巴解组织同意接受美国的三个条件后，巴解组织与美国急速接近，美国答应作为中介人调解巴解组织与以色列的和平。
在美国的推动下，1991年10月，在西班牙马德里召开了中东和平会议，会上确立了以联合国242号和338号决议为核心解决阿以问题的方针。以色列从1967年占领的阿拉伯国家领土撤军，阿拉伯国家承认以色列的生存权，即用“土地换和平”来解决历史性争端。1993年9月，在美国总统克林顿主持下，巴解组织主席阿拉法特和以色列总理拉宾，在华盛顿举行了历史性会谈，签署了关于巴勒斯坦临时自治的原则宣言。《华盛顿协议》签署后，西方媒体纷纷欢呼：中东问题的核心点巴勒斯坦问题，终于走上了政治解决的道路。
但事实并非新闻媒体报道的那么乐观。以色列和巴解组织本是势不两立的冤家，双方之所以能走到一起和平谈判，也是为形势所迫。巴解组织与以色列和谈的目的，主要是利用和谈谋求本组织的“生存”，而以色列与巴解组织和谈的目的，主要是利用巴解组织解决国内巴勒斯坦人的反抗问题。两者各有私心，缺乏对和平的真正诚意，因此双方达成的《华盛顿协议》，完全没有涉及巴勒斯坦问题的四个关键：
一、巴勒斯坦独立问题：巴解组织要求在1947年联合国分割巴勒斯坦的181号决议框架下，在巴勒斯坦建立一个独立国家。而《华盛顿协议》规定在巴勒斯坦的加沙地带和约旦河西岸地区实行巴勒斯坦人的有限自治。巴勒斯坦自治政府只有经济文化方面的自治权，没有军队，只有治安警察。
二、国境问题：巴解组织要求以联合国分割巴勒斯坦的181号决议为基础，划定巴勒斯坦与以色列的国界。按照181号决议，巴勒斯坦国占巴勒斯坦总面积的43%。但《华盛顿协议》规定巴勒斯坦自治政府的范围限于加沙地区和约旦河西岸，只占巴勒斯坦总面积的23%。
三、难民问题：巴解组织要求以联合国242号决议为基础，公正解决难民问题，让巴勒斯坦难民返回家园。以色列则拒绝让巴勒斯坦难民返回家园，提出阿拉伯各国自行吸收巴勒斯坦难民。最后《华盛顿协议》对难民问题没有做出决议。
四、耶路撒冷问题：按照联合国181号决议，耶路撒冷为国际共管都市。1949年第一次中东战争后，约旦占领了耶路撒冷东部，以色列占领西部。但1967年第三次中东战争时，以色列占领了整个耶路撒冷。
以色列在1980年通过立法，把耶路撒冷规定为以色列不可分割的领土，但世界上绝大多数国家并不承认以色列对耶路撒冷的主权。巴解组织要求以色列归还东耶路撒冷，以色列拒绝，最后《华盛顿协议》对耶路撒冷问题没有做出决议。
从以上几点可以看出，《华盛顿协议》中，以色列的兴趣只在境内巴勒斯坦人的自治方面，而巴解组织做出了极大让步，在巴勒斯坦问题的四个关键点上全面妥协。由于巴解组织已是一个脱离群众的政治团体，并不能代表巴勒斯坦人的民意，所以《华盛顿协议》上巴解组织做出的承诺，并没有被巴勒斯坦人广泛接受。相反不少巴勒斯坦人反对巴解组织的“卖国协议”，指责巴解组织跪着接受以色列和美国的和平，因此他们千方百计搞爆炸等“破坏活动”，试图阻止巴解组织和以色列达成的“卖国协议”。
还有一个重要的问题：巴解组织原是在以色列境外巴勒斯坦难民营中诞生的政治组织，和以色列境内的以色列国籍巴勒斯坦人并没有什么直接联系。而《华盛顿协议》规定的巴勒斯坦人有限自治，并不是以色列境外巴勒斯坦难民的自治，而是以色列境内以色列籍巴勒斯坦人的自治。按照民主的原则，本应该让以色列境内的巴勒斯坦人自己选举出自己的政府，可是美国却硬要让境外的巴解组织，作为领导巴勒斯坦自治区的唯一合法政府。对此以色列也多有不满，认为境外出身的巴解组织没有领导境内巴勒斯坦人的足够威信，应该以境内的巴勒斯坦人为中心成立自治政府。但美国一意孤行，强压以色列接受巴解组织建立自治政府。
1995年以色列军队撤出加沙和约旦河西岸，巴解组织宣布成立巴勒斯坦自治政府。但巴勒斯坦自治政府成立后，结果正如以色列所预料，作为外来户的巴解组织根本控制不了以色列境内的巴勒斯坦人。以色列本指望巴勒斯坦自治区成立后，加沙地带和约旦河西岸的治安会有所好转，境内巴勒斯坦人反抗会有所减弱。而事实上巴勒斯坦自治政府成立后，加沙地带和约旦河西岸的治安不但没有好转，反而日益恶化。巴勒斯坦的反以情绪不但没有减弱，反而进一步高涨。自治政府主席阿拉法特的政令形同虚设，恐怖主义事件层出不穷。以色列不得不违背自治协议，多次出兵巴勒斯坦自治区，解决恐怖主义问题。
美国支持巴解组织掌权，不过是因为巴解组织听美国的话。但美国也应该意识到顽固支持一个没有民意的傀儡政府，对中东和平只会带来负面影响。另一方面，以色列国内对和平解决巴勒斯坦的问题也争论不休。鸽派认为巴勒斯坦问题还有按照“人民内部矛盾”处理的可能，只要以色列放弃一部分占领土地，允许巴勒斯坦人自治和成立自己的国家，以色列就能与巴勒斯坦人以及周边阿拉伯国家和平共处；而鹰派则认为巴勒斯坦人对犹太人的仇恨已根深蒂固，只能按照“敌我矛盾”处理，靠武力最终解决巴勒斯坦问题。因此鹰派反对“土地换和平”，认为以色列即使让出土地，也不会换来和平。1995年11月，主张“土地换和平”的以色列首相拉宾被国内的右翼分子暗杀，以色列的鹰派势力渐占上风。
1995年加沙和约旦河西岸的巴勒斯坦自治政府成立后，哈马斯等巴勒斯坦强硬派势力有了公开活动的场所，而巴解组织主席阿拉法特又控制不了这些组织，所以在自治区内巴勒斯坦强硬派的势力急速发展。1996年开始，巴勒斯坦强硬派发起了一种新型攻势，即自爆型恐怖活动。自爆型恐怖活动不需高精度定时炸弹等先进武器，只要有不怕死的人，背上简易的炸药包到公共汽车等公共场所拉响炸弹，就可造成重大的伤亡事件。1996年2月，以色列境内首次发生自爆型恐怖行动，造成数十名以色列平民死亡。此后自爆型恐怖行动成为巴勒斯坦抵抗组织的主要战斗方式，巴以冲突又进入一个新的阶段。由于搞自爆的恐怖主义分子都是以色列国籍的巴勒斯坦人，以色列无法像对付境外巴勒斯坦难民那样简单地将他们驱逐出境。从1997年到2002年，以色列境内发生了数十起针对以色列平民的自爆事件，造成数百名以色列人死亡。仅以2002年为例，以色列境内已发生5起自爆恐怖事件：5月18日，以色列一个商业中心的自爆事件造成5人死亡；6月1日，以色列一个夜间俱乐部的自爆事件造成21人死亡；8月9日，耶路撒冷中部的自爆事件造成15人死亡；12月1日，西耶路撒冷的繁华街又发生了两起自爆恐怖事件，造成25人死亡。
在美国打出反恐怖大旗后，以色列放手出动飞机导弹袭击巴勒斯坦自治区进行报复。按照美国总统布什的理论：“支持和支援恐怖主义活动的国家和组织，与恐怖主义分子同罪”。根据这个理论，以色列总理沙龙同年12月3日宣布：阿拉法特的自治政府为恐怖主义支援组织，扬言要解散巴勒斯坦自治政府，驱逐阿拉法特。阿拉法特和他的巴勒斯坦自治政府放任激进恐怖主义组织的活动，因此在事实上间接支援了恐怖主义活动。12月4日，记者向美国政府发言人提问：“塔利班的奥马尔和阿拉法特有什么不同？”美国人感到尴尬。
针对以色列的报复，美国发言人说：“以色列有自卫的权利。”但12月4日的联合国大会，谴责了以色列对巴勒斯坦的政策，并对关于巴勒斯坦问题的6项决议进行了表决，每项决议都获得了100多票的压倒性支持，反对的只有以色列和美国等极少数国家。联合国为什么要谴责以色列？为什么绝大多数国家不同情以色列的反恐怖主义自卫？这是因为以色列是侵略者。加沙地带和约旦河西岸等地区，是以色列侵占巴勒斯坦的土地，联合国从没有承认过以色列对这些占领地区的主权，连美国也没有承认过以色列对占领地区拥有主权。武力侵占别人的土地，必然要得到武力反抗的回报。在侵占别人的土地上搞“反恐怖主义”，怎么会得到国际社会的同情？
纵观几十年来的中东局势，中东和平的最大障碍还是以色列的侵略行为。二战以后，以色列是世界上最为露骨的侵略国家，对联合国的决议拒不执行，却没有得到过任何制裁。1967年第三次中东战争中，以色列侵占了大片阿拉伯国家领土，联合国决议要求以色列从占领地撤军。以色列不但置之不理，反而在占领区设立移民点，试图使占领成为既成事实。1997年2月，以色列政府决定在东耶路撒冷的占领区建造3万人的居民点，明显违反联合国决议和《国际法》。不仅联合国谴责以色列，连美国的同盟欧洲联盟也批评以色列的行为“对中东和平造成巨大障碍”。但是没有美国的支持，谁也无法制裁以色列的侵略行为。只要看看这些年来联合国关于巴勒斯坦问题的表决，就会明白阿拉伯人为什么仇恨美国。几十年来，联合国进行过多次关于巴勒斯坦问题的表决，每次表决都得到绝大多数国家的支持，而反对的只有美国和以色列等少数国家。美国总是违背世界上大多数国家的意志，顽固地支持以色列，这样的行为能让阿拉伯人不恨美国吗？按照美国“支持和支援恐怖主义分子就与恐怖主义分子同罪”的理论，美国支持和支援以色列，难道不与以色列的侵略同罪吗？
为什么美国会惨遭恐怖主义袭击？“9·11事件”发生后，美国解释说：“伊斯兰恐怖主义分子反对民主和自由”。但是保卫民主和自由的美国，在巴勒斯坦问题上，却总是无视世界上大多数国家的民意，顽固支持以色列的侵略。对于阿拉伯人来说，这样的民主和自由他们能不反吗？在阿以冲突中，美国总是违反世界上大多数国家反对以色列侵略的民意，不讲正义、无原则地站在以色列一方，引起阿拉伯人对美国强烈的反感和仇恨，这才是导致美国惨遭恐怖主义袭击的根本原因。美国如果不从这次恐怖主义袭击中吸取教训，尊重世界上大多数国家的民意，修改偏袒以色列的中东政策，针对美国的恐怖主义活动就难有结束的一天。
要公平解决中东问题，最大的难题就是巴勒斯坦难民问题。据联合国难民署统计，现居住在以色列周边国家难民营中的巴勒斯坦难民，约有370万人。尽管联合国多次通过决议要求以色列公平解决难民问题，以色列不但拒绝巴勒斯坦难民返回家园，反而提出周边的阿拉伯国家自行吸收处理巴勒斯坦难民，这当然不能被阿拉伯国家接受。不解决几百万无家可归的巴勒斯坦难民的生存权问题，中东问题就谈不上解决。然而巴解组织和以色列近来达成的一系列巴以和平协议中，都没有涉及到巴勒斯坦难民这个最为棘手的问题。现在美国的中东政策是围绕巴解组织为中心的和平谈判，但阿拉法特为首的巴解组织早已代表不了巴勒斯坦人的民意。以巴解组织为中心的和谈根本没有多少现实意义，这是美国中东和平政策的最大失误所在。
经过几十年的战争，阿以双方已形成世仇，中东问题和平解决的可能性变得越来越渺茫。有人预测中东将成为下一次世界大战的起爆点，而“9·11事件”拉登的凯达组织对美国的恐怖主义袭击，就来自中东问题的延长线。随着科学技术的发展，原子弹等大规模杀伤性武器也越来越容易被制造。现在美国和以色列一方掌握原子弹等大规模杀伤性武器，阿拉伯一方没有，所以中东还能维持一定的和平局面。如果将来阿拉伯国家，特别是阿拉伯恐怖主义组织掌握了原子弹这样的大规模杀伤性武器，他们的报复将给世界带来毁灭性的灾难。
中东问题不解决，不仅美国和以色列，全世界都会面临战争的危险。现在多数阿拉伯国家已经承认以色列的生存权，和平解决中东问题的关键在于以色列足够的让步，让阿拉伯人得到一个“站着的和平”，而不是像现在这样压阿拉伯人接受一个“跪着的和平”。要以色列做出大幅的让步，离开美国的压力又是不现实的。所以美国的中东政策，将是决定今后中东“战争与和平”的关键。
美与伊斯兰世界修复关系尚需时日
虽然美国总统奥巴马上任后频频向伊斯兰世界递出“橄榄枝”，但由于美国与伊斯兰世界存在根深蒂固的成见、敌视与隔膜，要修复双方的关系还有较长的路要走。
奥巴马2009年6月4日在埃及开罗大学发表的关于重建美国与伊斯兰国家关系的演讲试图向伊斯兰世界传递一个积极的信号：美国希望在相互尊重的基础上，通过对话的方式改善并修补与整个伊斯兰世界的关系。
美国与伊斯兰国家长期对立，奥巴马是在一个很低的起点上进行这项努力的，因此奥巴马也意识到，要建立彼此间的尊重与信任，首先要进行有效的对话。这也是奥巴马在开罗大学演讲的主要目的。