敦煌莫高窟的文物被帝国主义分子劫掠后，莫高窟的名声也随之传遍世界，国内外学者们从各种专门学科的角度，对以敦煌为研究对象的学术领域进行深入研究，形成了一种专门学问，叫“敦煌学”
(Tunhuanology)。
抗日战争时期，河西走廊变成了国防前线，莫高窟受到严重的威胁，同时一些人或考察、或游览使莫高窟艺术也不断地受到损坏，一些爱国学者十分痛心，便呼吁国民党政府予以保护。国民党政府在1943年建立了敦煌艺术研究所，作为莫高窟的保护和研究机构。广大学者虽然付出了艰苦努力，做了大量工作，但由于当时困难重重，无法对其进行妥善保护。
在政界、学术界于右任、向达、贺昌群等学者的积极努力下，国民党政府终于决定成立研究所，并于1942年秋开始了筹划事宜，延请常书鸿先生具体负责。
1943年3月24日，常书鸿率领他在兰州聘请到的一行人最终到达敦煌，教育部也于此时正式宣布成立敦煌艺术研究所筹备委员会，由甘宁青监察使高一涵任主任，常书鸿为副主任，并将莫高窟收归国有，以便“寓保护于研究”。
经过近一年的努力，1944年2月1日，国立敦煌艺术研究所正式成立。这是世界上第一个专门研究敦煌的学术机构，其所址就设在奠高窟的中寺——皇庆寺。首任所长常书鸿举家迁居敦煌，并从重庆等地征聘来了20余位画家、学者，在极其艰苦的条件下开展了大量临摹、测绘、摄影、内容调查、题记抄录和修缮加固等研究与保护工作，并于1944年8月在中寺后园土地庙残塑中发现清理出了几十件王道士私藏的敦煌文书及30多张文书残片。
一年多以后，1945年8月抗日战争胜利，在庆祝和复员声中，教育部却下令撤消敦煌艺术研究所，所里的专业人员纷纷离去。至1946年5月，经常书鸿、向达、傅斯年等专家学者的再次奔走呼吁，研究所才得以恢复，并改隶于中央研究院，常书鸿重任所长，又从重庆、成都、兰州等地招聘来一批画家重返敦煌。当时的敦煌艺术研究所下设两个组：其一为考古组，实际上主要进行壁画临摹、洞窟调查、题记抄录等工作；其二为总务组，具体负责行政管理和保护工作。中华人民共和国成立前，先后在研究所工作过的专业人员和事务人员达30人之多，他们是敦煌石窟研究和保护事业的开创者，堪为后人敬仰。至中华人民共和国成立仍在研究所坚持工作的尚有14人，其中专业人员7人，但此时他们的工作和生活条件都十分艰苦。
莫高窟真正获得新生是在1949年，这一年，敦煌获得解放，莫高窟回到人民手中，受到政府的保护。在1949年9月西北野战军总司令彭德怀将军发出的进军令中，有一条“解放敦煌，保护千佛洞”明文，充分显示了中国共产党对祖国文化遗产的尊重。1949年9月28日敦煌解放，29日清晨红旗飘扬在莫高窟上方，敦煌人民与敦煌文化从此获得了新生。
1950年，中央人民政府把敦煌艺术研究所改组为敦煌文物研究所，扩大了组织，增加了经费，改善了工作条件，广大学者们辛勤劳动，取得了巨大成果。1961年，莫高窟被国务院列为全国重点文物保护单位。此后，对莫高窟进行了大量的维修保护工作，到1966年，就加固了南北两段195个洞窟，修建了4000多米长的栈道长廊，使每个洞窟都有路可通。同时还修筑了防沙墙，安装了洞门和电力照明设备，对周围地区也进行了大量绿化。尤其是改革开放后，莫高窟越来越受到党和人民的重视，对其保护更加完善，对其研究更加深入，古老的莫高窟重新焕发了青春。