明代手工业各部门都有进步，矿冶、纺织、陶瓷、造纸、印刷、造船等业的成就尤为突出。明代中后期江南手工业中出现资本主义萌芽的行业，主要是丝织业，其次是棉纺织品加工、陶瓷、造纸业。到清朝中期，资本主义萌芽得到发展。
资本主义萌芽是封建社会内部资本主义生产关系的最初形态，它的增长、成熟的过程，便是封建生产方式向资本主义生产方式转变的过程。资本主义萌芽的出现，从根本上说是社会生产力发展的结果。
资本主义萌芽的出现，是明清社会经济发展中的新现象。明朝中后期，资本主义萌芽首先在手工业生产部门出现。明代中后期在江南的一些手工业部门出现了资本主义性质的生产关系，即雇佣关系。具体表现在三个方面。
一是在丝织业中心的苏州和杭州，机户雇佣机工。一些大的作坊主机户利用积累的资金设立手工工场机房，雇佣机工生产（机工是指拥有自由劳动力的城市平民），即“机户出资，机工出力”，他们之间形成雇佣与被雇佣关系，机户就是早期资本家，机工就是雇佣工人，两者之间基本上是纯经济关系，即商品货币关系。机工出力，把自己劳动力变成商品，机户出资，付给机工的工资。
二是在棉纺织业中心的松江，包买商雇佣居民。明代棉纺织业中心松江的商人开设暑袜店，利用雄厚的资金，购进大量的尤墩布（以乌泥泾被为基础而进行改良的细密、柔软的三纱布）分给当地居民编制暑袜，计件付给工资，这样商人与居民之间便形成了雇佣关系。这些包买商直接支配生产，就实质而言，属于商业资本控制生产，只不过在这一过程中，商业资本转化为工业资本。
三是广东的冶铁和铁器制造业中，也出现雇佣关系。明代冶铁业中，雇工与雇主之间的依附关系并不十分严重。
到清朝中期，资本主义萌芽得到发展。这期间经历了曲折的道路，发展十分缓慢。资本主义萌芽在中国和西欧几乎是同时出现的。然而，它们的命运却截然不同。在西欧，得力于重商主义的推行，资本主义萌芽迅速发展、壮大，强有力地推动着自己的国家冲破封建牢笼，步入近代社会的门槛。在中国重农抑商政策之下资本主义萌芽不断遭受摧残，终究难以冲破自然经济的藩篱。
重农抑商政策在明清两代表现形式多种多样。如明清两代屡次颁布禁海令，严禁人民私自出海贸易。明政府还建立岁办和采办制度来盘剥商人。由于从事工商业必须承担风险，封建地租、高利贷就有更大吸引力。在明清两代，那些徽商、晋商发财以后，都广置田地，开办当铺，认为田地是最可靠的产业，放高利贷可以安坐获益。这就大大阻碍着社会财富向产业资本转化，因而限制了资本主义的成长。
延伸阅读
中国资本主义萌芽的夭折
中国的资本主义萌芽自破土之后即遭重重压抑，腐朽的封建制度严重阻碍资本主义萌芽的成长。从国内市场看：农民受到残酷剥削，极端贫困，因而无力从市场上购买手工业品。从国外市场看：自明朝中后期至1840年鸦片战争，明清政府实行闭关政策，清政府甚至几次下令禁止海外贸易。从手工业的扩大再生产看：由于地租剥削重，地主和商人剥削来的钱财往往用来买田置地，而不用来扩大手工业的生产规模。从政府的经济政策看：重农抑商，严格限制手工业的生产规模。从思想文化领域看：统治者厉行文化专制。当西欧资本主义的廉价商品在坚船利炮护送下来到中国的时候，中国的资本主义萌芽更是雪上加霜，中国古代的资本主义萌芽便在近代折了。