特别是1997年以后，由于农业发展进入了新阶段，农业产品供大于求，农产品销售不畅，价格低迷，农民的收入增幅，逐年下降。1996年9%，1997年4.6%，1998年4.3%，1999年3.8%，2000年2.1%，2001年4.2%，2002年4.6%。这几年所以还略增，主要是靠打工和非农经营收入增加来弥补的。事实上中国现在还有62%的农民单靠农业收入，这部分农民的收入这些年是减少的。已经连续7年了，大部分农民的收入是停滞和减少的。
相比而言，2002年与1995年相比城镇居民的可支配收入增加3415元，平均每年增加487元。同期农民人均纯收入从年的1577元增加到2002年476元，只增加899元。平均每年增加128元。于是差距扩大了。城乡差距1995年是2.72∶年扩大为2.92∶1。2002年又扩大为3.1∶1。
我们从20世纪90年代中期开始就说要千方百计增加农民收入，千方百计减轻农民负担，保持社会稳定。后来又说要“少取、多予、放开”，好几年过去了，政府也想了好多法子，采取了不少措施，但收入就是上不去，负担实际上也是下不来，城乡差别在继续扩大，社会稳定怎么能稳得住。
2001年，我在上海参加一个小的研讨会，会上一位中西部的县委领导说，总的说来，20世纪90年代的农村无论是改革和发展，都不如80年代，而1997年以后，中西部的农村是一年不如一年。上海的同志说，相比而言，90年代的上海大大好于80年代，而1995年以后，上海是一年比一年好。我是研究农村问题的，我在上海工作过，经常去上海，这两方面的情况我都熟悉可以证明，这两句话都是真的。问题就出在这里，一个一年比一年好，一个一年比一年差，而且这种差距扩大的趋势还在继续。
③农民分化了。农民的分化从80年代实行家庭联产承包责任制以后就开始了。首先是职业分化了，已经不是单一的农民了，1989年我以职业为标准把农民划分为8个阶层：农业劳动者、农民工、雇工、个体工商户、农村知识分子、乡企管理者、私营企业主和农村管理者。
这些年农民分化更加迅速了。
其次表现在收入上。前面讲的农民收入是平均数。在平均数下面掩盖了很多问题。以2001年为例，当年人均纯收入为元，其中在平均数以下的占58%。有13.22%收入在1000元以下，也就是说还有11950万人为贫困农民，其中2268万人年均收入在500元以下，是绝对贫困的农民。国家现在定的贫困标准是625元/年收入，按此计算则贫困农民为3000万人。另外还有约9000万农民徘徊在温饱线上。
这些年有一部分地区先富起来了，有一部分人先富起来了。
从全国来看2001年农民人均纯收入超过平均数的只有10个省，依次是上海(5871元)，北京(5026元)，浙江(4582元天津(3947元)，江苏(3784元)，广东(3770元)，福建(3381元)。
在平均线以下的有21个省市区，最低是西藏(1404元)，贵州(1412元)，陕西(1491元)，甘肃(1509元)，云南元)，青海(1557元)。最低的西藏和最高的上海相差4.18倍。
在一个县内，一个乡内，一个村内，农民与农民之间的收入差距就很大。在农村特别在东部地区的农村和在大中城市郊区有少数农民由于经营非农业，确实富起来了，有些则是暴富了。
而这些地方，还仍有贫困户，相差的悬殊就更严重。90年代就曾有过一个说法，说最富的人在农村，最穷的人也在农村，这是有根据的。
④农民太弱。当前农民正遇到一个极大的问题。有不少地区在“加快城镇化”、“经营城市”、“以地生财”等的口号下，空前规模地侵夺强占农民的承包地，只按计划经济时期规定的标准给极少的土地补偿费，并且对失地农民不做适当的安置。这种不平等不等价的交换，一方面使失地农民数以千万计(有人估计在4000万左右)。而另一方面有些地区的政府官员，不法房地产商则从中渔利，客观上形成了“土地征占越多，政府利益越大，部门福利越好”的现实。这就是为什么这些年中央三令五申要保护耕地这个基本国策得不到落实贯彻的根本原因。
据国土资源部主办的《中国土地》杂志，2001年第9期刘田一文说：“近20年内，国家向农民征用土地约1亿亩，国家利用垄断一级市场的制度和征地廉价剪刀差(土地市场价——征地补偿费之差)总共从农民手里拿走土地资产达2万亿元以上(这虽然是一个保守的估计数)。”这2万亿元以上的资金，成了这些年不少政府的第二财政，主要用于城市建设，城市扩张上，对农村、对农民则是莫大的损失。有人推算，这笔资金如果大部分能用到农村的公共产品和基础设施建设上，那么，农村的发展将大为改观，城乡差距就不会像现在这样悬殊。
值得严重注意的是，如今新一轮圈地运动正在各地特别是东部和中部比较发达地区疯狂地展开。据24个省(区、市)不完全统计，目前已经圈地的各种开发区有3500多个，占地3.6万平方公里(5400万亩)。大家都看好土地价格未来会飙升，大利所在，一些没有责任心的官员和不法商人(包括外商)内外勾结，以各种名目侵占农民的耕地。所到之处，毁人庄稼，拆人老屋，挖人祖坟，强迫农民迁移，美其名曰：“成片开发”、“国家建设”、“城市化需要”。现在的农民是弱势群体，无权无势，无组织，只好任人驱赶。在地方求告无门，只好到省到中央告状近几年农民上访中，土地问题已居首位。
农民承包的土地，具有生产资料，家庭财产，生活保障三种功能。侵占农民的土地，也就剥夺了农民生产生活的来源，又不作合理的安置，这几千万人怎么生存？怎么发展？据调查，这次圈占的5400万亩土地，主要集中在长江三角洲、珠江三角洲等东南沿海和大中城市城郊等经济发达地区，这些地是上好的刮金板田。这里人多地少，涉及到5000万人以上，这里的农民原来因为靠近城市，一般都比较富裕。一旦失去土地，有相当一部分农民将会由富裕农民变为贫民，成为无地、无业、无收入的三无游民，这么大的一个群体，会产生诸多的社会问题，国家能安宁吗？近几年，还多少有些原来的积蓄和少量的土地补偿金，一旦这些钱用完了，他们惟一的出路，就是涌向政府。这几千万人的冲击，社会忍受得了吗？近代以来，一个国家或地区要实现现代化、工业化、城市化，城市规模必然要扩大，都要占用农民的农田。但是，占用的方式，政府或者企业都是通过等价交换的方式，让地方以市场价格买得土地，农民一方卖出土地，得到相应的资金。农民用得到的资金或投资于第二、三产业，或到另外的农村购置土地，有安身立命之所，双方平等自愿，一般都没有以后的纠纷。
我们现在已经实行社会主义市场经济体制，但是占用农民的土地问题上仍在沿用计划经济体制那一套办法(有些变化实质未变)，用不平等、不等价和行政命令的办法侵占农民的土地。从近期看，这种办法既省事(不用平等协商)，省钱(低偿)，又快捷(一纸命令就可以了)，就可从农民那里得到土地。但是，失地的农民将来怎么办？他没有职业要找你，生活困难要找你，生老病死要找你，子孙后代有了问题也会找你。因为土地是农民的命根子，你把他的生产生活之源无偿少偿地拿去了，他当然要找你(50年代建大水库，无偿少偿占了农民的土地，直到现在水利部还在接待上访的农民)。房地产商人，外国老板赚了钱走了，不管了。我们是人民政府，能脱得了干系，不管吗？这种计划经济体制模式的征地办法，现在看似乎是多快好省的，实际上是后患无穷。对农民不利，对农村发展不利，对国家对城市发展也是不利的。因为这是不符合经济规律的。是违背大多数农民利益的。另一方面，一些地方干部已经总结出了“以地生财，以财建市，以市引商，以商发财，以财升官”的道路，因为这已成为一种风潮，财富数以千亿、万亿计，会有多少干部堕落，是可以想见的。看一看成克杰、胡长清、慕绥新、马向东、于飞(广东)、李嘉廷，哪一个不是以地生财的。而这两方面的问题最后都会冲到我们的党和政府面前来，我们能坐视不管吗今年以来，温家宝总理已经多次就当前严重的土地问题作过批示。仅6、7两个月长篇批示就作过四次。暴利所在，仅靠说话是不够了，看来，不采取更严厉的断然措施是刹不住了。
3.农村问题清代以前，中央政府只管到县，向县派出行政长官。乡镇以下不派官吏，靠乡绅和类似今天的自治组织管理。民国以后，还是提倡乡村自治，但在一部分省，在县以下设区公所、乡公所。
由县政府任命区长或乡长。新中国成立之后，开始也是继承旧制，在县以下设区、设乡，1954年宪法实施后，乡镇是一级政权组织，建立乡人民委员会。1958年公社化之后，实行政社合一，行政也由公社委员会施行。人民公社实行“三级所有，队为基础”。在公社下设生产大队，大队下设生产队，也是政社合一的，既是集体经济组织，也是行政组织。
1983年撤销人民公社，政社分开，公社改为乡镇人民政府生产大队改为村民委员会，生产小队改为村民小组。20年来乡镇和村都有合并或变动的，2001年全国有乡镇40161个，村民委员会709257个，村民小组有500多万个，自然村365万多个。农户24432.2万个，有农民(农业户籍)94175万人。行政机构的基本框架还是人民公社时期留下来的。
现在应该研究的问题是，这个农村基层政权的架构，适合不适合已经改变成了一家一户小农生产的格局，也就是说这个上层建筑同经济基础是否适应，以及同将来农业现代化生产是否适应。
农村实行家庭承包责任制之后，曾有过一段平静的阶段，干部和群众互相相安无事，“土地到了户，何必要干部”。
1984年大丰收以后，农村出现了卖粮难。1985年粮食由统购统销改为合同定购。当年粮食减产，市场粮价涨了，比合同定购的定价高出不少，于是就有要基层干部催农民交粮的任务。乡村两级干部的任务量又加重了，权力也就大了。
80年代中期以后，随着城乡经济建设的发展，农村的各项建设各项事业发展起来，例如修路，水利建设，义务教育，扫除文盲，绿化村镇建设等等，各种任务一项项布置下来，干部们又忙碌起来。
在东部沿海和大中城市郊区，乡镇企业兴起了，那时多半是乡办、村办的集体经济。随着乡镇企业的发展，乡、村两级有可观的经济收入，乡镇领导干部有了经济做后盾，可以自主增加乡镇政府的办事人员，于是经济委员会，工交办公室，交通管理站，电管站等等，自设的机构陆续增加，由原来的乡镇助理，如计生、民政、文教、林业、土地管理等助理升格为七所八站，乡镇不脱产干部大大增加，致使有的乡镇由30多个干部膨胀到上百人，一百多人，几百人。80年代后期，在有些发达地区的乡镇建的办公大楼有八层的，也有十几层的。
这些乡镇机构，在发达的乡镇设立了，就逐渐传播到中西部地区，这些地区经济并没有发达起来，但七所八站也建起来了乡镇干部成倍、几倍地增加，这些地方的乡镇并没有经济来源上级对编制外的人员，没有财政拨款。于是就只好向农民摊派农民的负担就一年一年加重。
到1992年，各地关于农民负担沉重，干群矛盾紧张，冲突不断的状况反映到中央。1992年冬，党的“十四大”刚开完江泽民同志就亲自到湖北召开干部会议研究解决农民负担重，农村社会不稳定的问题。随后有一批关于减轻农民负担和农村增收减负的政策出台。解决了一部分这方面的问题。
1993年，国家实行宏观经济调整，实行财政、税收、外汇外贸等方面的重大改革。以提高财税收入在GDP中的比重，提高中央级财政在中央和地方财政总收入中的比重。实践证明，这项改革是必要和正确的。从此使国家财政收入大量增加，中央级财政收入大量增加，这对加强中央的宏观调控能力，保证经济健康发展，抵御后来的亚洲金融风暴起到了积极作用。
这项改革的问题是，虽然解决了中央和省级财政的划分问题，但并没有完全解决好省级同地级，地级同县(市)级，县同乡镇的财政和事权的划分问题。总的情况是，凡是好的稳定的财源、税源都向上收了，而困难和包袱都放到下面去了。
乡镇是最基层的政权，国税所、地税所设立了，财政所也设立了，但中西部地区的乡镇多数没有什么第二、三产业的税源几百人的工资要发的，哪里来？一是向农民摊派，二是借债，农民负担又加重了。这个问题已经7年了，仍有相当多的乡镇不能按时足额发工资，多数乡镇背着沉重的债务。
现在农村的问题主要有以下几个①机构庞大。有大量的半脱产、不脱产人员，中央1998年开始的机构改革，这两年贯彻到乡里了，一再申明要精减这些人(一个乡镇正式编制平均只有30人左右，实际平均在100人以上(不包括乡村教师)，超编在300万人以上。要裁减这些人很困难一是现在各级布置下去的如此多的工作，客观上没有完全减掉。
要减，首先要减事，减任务，而这些人在乡镇工作，也是种谋生的手段，是就业，减掉这些人，这几百万人的就业也是问题。
②乡镇债务沉重。据1998年农业部等6部委调查，中西部的乡镇平均负债是400万元，村级负债是20万元。财政部财政所的统计乡村两级2000年的债务是3200亿元，有学者估算，现在实际已超过5000亿元以上。
现在的财政体制不改，不仅老债还不掉，实际无财政无法保证乡镇的正常运转。因为乡镇干部要自己去收钱给自己发工资。
现在许多乡镇长、书记在借债、还债、躲债中过日子，他们是风箱中的老鼠，两头受气。有一部分乡镇，收不到钱，无力运转只好放假自谋生路，实际是瘫痪了。国务院发展中心有几个干部到宁夏一个偏僻乡镇去调查，去了三次，乡政府大门锁着，第四次去还是锁着。门外不远有个老汉在放羊，上前询问，乡干部到哪去了。老汉说好久不见他们了。后来又补了一句：“看样子共产党好像要撤了。”