朱元璋为了达到富国强兵的目的，还加强了对江南根据地的税收征管力度。他对于本辖区丰富的盐、茶等资源派人进行了细致入微的取证调查工作，不仅彻底搞清了盐、茶等物资的具体数目，并且还为这些物资的交易量和交易金额规定了相应的税率。依据史书的记载，可知当时的官吏每年取得到的俸禄都是从这些盐税中抽出来的，可见当时的收入相当可观。由于采取了上述措施，明初农业生产发展很快。到洪武二十六年(1393年)，全国垦田面积达850多万顷，比洪武初年增加了接近4倍。黄淮流域大片荒芜了的土地，重新种上了庄稼，使元末残破的农村又重新呈现出一片繁荣的景象。开源要抓，节流也要抓。作为穷苦人出身的朱元璋，可以说此时已经算得上是一名优秀的政治家和军事家了。在物质上，他已不缺什么了，但他深知那些钱财和粮食的来之不易，因而在用度上特别注意节俭。我国古代有许多劝勤的格言和故事，传曰：人生在勤，勤则不匮。书曰：忧劳兴国，逸豫亡身。儒学理想中的圣帝明君流传着一个又一个勤政爱民、勤俭节约的佳话。而历代丧邦亡身之主，则有着更多的骄侈纵恣、荒淫无度的教训。孔子热烈讴歌大禹是个完美无缺的人，为什么呢？他吃的是“菲饮食”，穿的是“恶衣服”，住的是“卑宫室”，自奉如此菲薄，而却竭尽全身心力修河治水。公而忘私，国而忘家，八年在外，三过家门而不入，孔子贤之。连篇累牍的历史经验教训，尤其是近在眼前的元朝覆亡的悲惨下场，对朱元璋震动极大。除不断要求下属减少不必要的开支外，朱元璋自己也是以身作则，处处节省。据说，“四菜一汤”的就是由明太祖朱元璋发明的。一天，适逢马皇后的生日，朱元璋趁众大臣前来贺寿之机，有意摆出粗茶淡饭招待群臣。大臣列席后，只见从第一到第四道菜，分别是炒萝卜、炒韭菜、炒芹菜、炒青菜，最后上的是葱花豆腐汤。朱元璋面对大家诧异的表情，郑重其事地说：“列位爱卿，这萝卜是百味药也，可治百病，这韭菜生命力旺盛，象征国家长治久安；这芹菜、青菜寓意为官要清廉、勤于政务、体恤民情；这葱花豆腐汤是奉劝列位，切勿徇私枉法，要一清二白。”宴后，朱元璋宣布：今后众卿请客，最多只能“四菜一汤”，谁若违犯，严惩不贷。朱元璋称帝的前一年，在南京建宫室时，他把图纸上雕琢考究的部分都砍掉，完工后，叫人在壁上画了许多触目惊心的历史故事作为装饰，目的在于警戒自己。当时有个官儿想讨好他，说某处出产一种很好看的石头，可以用来铺设宫殿的地板，被他狠狠地训了一顿。此外，他自己用的车舆器具服饰等，按惯例应用金饰的，他都下令以铜代替。主管的管员说，这并不需费多少金子，朱元璋却说：“朕富有四海，岂吝惜这点黄金?但是，所谓节约，非身先之，何以带动别人？而且奢侈的开始，都是由小到大的。”朱元璋不但自己节俭，要求别人也是如此。有一天，一个宦官穿着新靴在雨中走路，被他骂了一顿。另一个散骑舍人穿着一件极华丽的新衣被他看到后，便问道：“这衣服费了多少钱?”舍人说：“五百贯。”朱元璋当即训斥说：“五百贯是数口之家农夫一年的费用，而你却用它来做衣裳，骄奢如此，实在是太糟糕了。”告诫他今后不能这样奢华。由于朱元璋的倡导，明初形成了节俭的社会风气，对于社会的稳定和经济的发展起了极大的推动作用。“得民心则昌，失民心则衰”。君王只有戒淫逸，勤政事，才能深得民心。小到治理一方水土，大到掌管一个国家，没有正确的理论方针和行之有效的办事方法是行不通的。朱元璋无疑是这方面的实干家，他在政治、军事和经济等诸多方面下的一番苦功夫，带来了巨大的收益。
军纪严明
朱元璋非常重视军风军纪问题。他深深地记得陶安、冯国用等人对他的教诲：“拔而取之以为根本，成有势之强。然后命将出师，倡仁义，收人心，不贪子女玉帛，则为有德之昌，而后天下可定。”作为一个以建立专制政权为目的的政治家，朱元璋深深懂得对于一个封建专制政权来说，从它的建立到发展壮大是与一支纪律严明的军队密不可分的。可以说，如果不仰赖于一支纪律严明，保卫政权的军队，专制制度将会寸步难行。由此朱元璋认识到“兴国之本，在于强兵足食”，“起王兴伯，莫不由此”，时时处处注重对军队的建设。早在朱元璋投奔郭子兴之时，他就曾亲自回家招募青年农民入伍，而且注重收编归降的地方武装扩充自己的队伍；重视日常的军事训练，严明军纪，这是提高部队的战斗力的有利保证。当他的部队发展壮大之后，每天的事务颇多，便把亲自训练部队改为交由将帅去训练，但他仍然是常常亲自检查、检阅，当发现不足时，便亲自加以指导。至正二十五年(1365年)正月出征淮东之前，朱元璋还曾亲自阅视部队，命令镇抚居明率领军士分队进行模拟演练，胜者赏给银两，负伤而不退却者也赏给数量不等的银两，并赐给医药治疗，还亲自设酒馔，犒劳全体将士，鼓舞士气。朱元璋经常告诫他的部下们，一定要注意军纪的问题，军纪不严明，必然会骚扰百姓，军风不整就等于纵容部下，其结果不堪设想。没有严格纪律的军队就等于一群乌合之众，而一群乌合之众怎能打胜仗呢？因而军纪是强兵的重要环节，不可或缺。朱元璋把军纪建设当做一件大事来抓，规定非常严明的纪律也是可想而知的事了。朱元璋非常重视将自己的部队向正规化方向建设，始终常抓不懈，其中尤其重视军纪的整顿。朱元璋加入郭子兴的部队，受到初步的军事训练之后，看到左右诸将“统御无法”，他对此非常看不惯，“心常鄙之”。后来当了带兵官，就身体力行开始注重纪律的整顿。有一次，朱元璋带领一支归降的队伍出征，两名士卒违犯命令，他“即斩以徇”，使“众皆股栗”，不敢再违抗命令。在朱元璋进攻镇江之前，为了引起将士对纪律的重视，他和李善长、徐达一起搞了个苦肉计：临出师前两天，他召集将士，故意当众历数将官“纵士卒之过”，宣布将按军法论处，再由李善长出面求情。让他们保证今后一定严格约束士卒，并领兵攻打镇江，立功赎罪。战前强调军纪的制度也就由此形成。后来每次攻城略地，朱元璋都要亲自训话，反复告谕将士：“惠爱加于民，法度行于军，只有这样的部队才有战斗力，只有这样才能取得人民的支持，也只有这样才能取得战争最后的胜利。”为了严明军纪，朱元璋还十分注重奖罚制度的建立，一旦发现有严守法纪的典型，朱元璋便死抓不放，教育部队，通令嘉奖。在亲征婺州时，朱元璋有一次夜出私行，恰巧遇见到自己安置的夜间巡军。巡军办事认真，根据实行宵禁的命令，上前出面阻拦。随行先锋张焕告诉巡军的小头领，说这是位“军中高官”，要求放行。巡军毫不通融，坚定地拒绝说：“我不认识这是哪位高官，只知道他是一名犯夜者！”朱元璋不仅没有发怒，反而奖赏给巡军二石米，从此他也遵守规定不再夜出。所谓上梁不正下梁歪，当兵的军纪有问题，有毛病，责任一定是出在了当官的那里。因此朱元璋来个擒贼先擒王，对于那些违反纪律的将领或者士兵，处罚往往非常严厉。而对于那些能够严格遵守军纪的将领，他则要通令嘉奖。对于那些颁布了禁止扰民的命令之后，继续违犯命令的官兵，他毫不留情无一例外地一一处死，这极大地震慑了那些不守纪律的官兵。这里有几例朱元璋治军，赏罚严明的实例：击败陈友谅后，常遇春“克签不杀”，纪律严明，朱元璋派人嘉奖；至正十六年(1356年)的徐达由于辖下“诸将不戢士卒，虐取陈保二赀，致怨而叛”，加上常州久攻不下，朱元璋“命自元帅(徐达)以下皆降一官”。
对于跟随在自己身边的大将，朱元璋也不姑息迁就。当忠诚守纪的胡大海在绍兴前线打仗时，胡大海的儿子胡三舍和王勇等三人在集庆城粮荒时用粮酿酒，公然犯禁。朱元璋下令依法斩首，都事王恺见状出面求情说：“胡大海此时正在率兵进攻绍兴，可因此饶他。”朱元璋不为所动，大怒道：“宁可胡大海反我，也不可坏我号令！”于是当下下令，将胡三舍等三人斩首。胡大海是朱元璋军中攻城略地屡建功勋的重臣，也是开国文臣宋濂、文武全才的刘基和叶深、章溢等众多多智多才者的举荐人，在军事上是朱元璋所倚重的人物，朱元璋能说出“宁可胡大海反我，也不可破坏军纪”的话，可见朱元璋军纪至上的态度。除了建设正规的作战主力部队之外，朱元璋还特别重视和重用民兵队伍的建设。至正十八年(1358年)十一月。他正式下令建立管领兵民的万户府，这是一种兵民的专门管理机构，又是朱元璋全民皆兵思路的发端。为了使人理解他之所以这样做的必要性，他特地告谕中书省臣，说：“古者寓兵于农，有事则战，无事则耕，暇则讲武。今兵争之际，当因时制宜。所定郡县，民间岂无武勇之材，宜精加简拔……立民兵万户府领之，农时则耕，闲则练习，有事则用之。事平，有功者一体升招，无功令还为民。如此，则民无坐食之弊，国无不练之兵，以战则胜，以守则因，庶几寓兵于农之意也。”这一思想在日后的运用更加成熟和完善，于是在所辖区域内普遍推行了民兵制度。民兵的出现可以说与军垦思想是一脉相承的，这些民兵有警则出，无事则农，战时进而攻敌，无战之时则维持地方治安，这样就从根本上解决了正规部队的兵源补充问题。由于大业初创，处于各派政治力量和元朝挤压时期，而且朱元璋的实力在相当长一段时期并不够强大，所以，朱元璋为了加强对将官的控制，防止他们不服指挥调遣甚至出现叛变投敌的行为，把出征将官的妻子家室统统留在集庆。朱元璋这么做表面上说是为了家人的安全，要加以保护，实质上却是留做人质，控制将士。早在渡江时，朱元璋便实行过这种做法。攻占集庆后，朱元璋又专门规定：“与我取城子的总兵官，妻子俱要在京住坐，不许搬取出外。”为此他允许年轻将官在身边无妻、情感需要的情况下在外纳妾，“将官妻子留于京城居住，听于外处娶亲”。以稳定军心，但妻子则不可随军。为了防止生变，朱元璋还派出自己先后收养的20多个义子作为监军，每攻占一个重要城镇，就派一个或两个义子去和带兵的将官一起镇守，以便发挥监督作用。这些义子对义父朱元璋个个是忠心无贰，派他们去与将官一同镇守，即可以把握政治方向，又可起到纪检军纪的作用。作为一名封建时代的军事家、政治家能认识到以上这些实属不易。朱元璋不仅能够接受名儒贤士的告劝，而且把它化作自己的自觉意识，看来这确实是明君与昏君或庸君的根本区别所在。朱元璋不但对于谋臣武将采取既信且疑的态度，在对待降卒的态度上，朱元璋也是一样的。攻打采石时，蛮子海牙见朱元璋一时无法攻下集庆，便从江北峪溪口出动，攻占了采石。朱元璋及全军的家眷都留在和州。和州与太平的交通只有水路，而且必经采石。蛮子海牙攻占采石，切断了朱元璋的后路，使之军心不稳，并对朱元璋形成两面夹击之势。为打破这种局面，至正十六年(1356年)二月，朱元璋命常遇春反攻采石，用襄阳大石炮猛轰元军水寨和船队，俘敌1万多人，蛮子海牙率残部逃往集庆。这一战，打通了前线部队与后方的联系，安定了军心。
三月初一，朱元璋在太平会集水陆大军第三次进攻集庆。在集庆城下，朱元璋在江宁镇大破了元军陈兆先的阵营，将领陈兆先被俘，其部下36万元军都投降了朱元璋。在怎样对待这些俘虏的问题上，朱元璋与众多部将产生了分歧。大多数的将领认为这些人只是形势所迫，并不是真心地为主公效力，久居日后必定会起兵造反，应当把这些人全部杀死或者遣散，以绝后患。而朱元璋认为这些人久经沙场，经验老到，而且这又是首败，一定担心自己会受到迫害，如果操之过急，事情处理不当，就会引起这些人的哗变，到那时可就不好收拾了。与其放虎归山，还不如收为己用。主意一定，朱元璋就着手策划，终于想出了一个赢得信任又能保全自己的妙计。朱元璋首先从这投降的3万多人中挑选出500名精壮的战士，当做自己的警卫队，但这500人觉得朱元璋这样做一定有什么不可告人的目的，所以一开始便非常害怕。为了打消这些人的恐惧思想，消除他们的疑虑，朱元璋就吩咐他们晚上为自己站岗放哨。到了晚上，朱元璋把原先的侍卫和亲信全部撤走，身边只留下冯国用一人，并让这500人担任守卫，自己则脱下战甲，倒头就睡，不久即鼾声大作，丝毫不理这500人对自己构成的危险，但他为什么有这么大的信心呢？原来朱元璋一开始也并非对陈兆先的部队完全放心，他之所以以挑选精兵作亲兵的方式从对方各部中抽出500人，而不整用某只部队来为自己站岗，原因就在于对方哗变的可能也并非没有。而被抽选出来的500士卒彼此之间并不相识，难以在一夜之间形成必须的协调，所以朱元璋是完全可以睡个安稳觉的。这些人看朱元璋如此信任他们，提到嗓子眼的心放了下来，感动之余，纷纷表示愿意以死效力。第二天，这个消息不胫而走，3万多名降卒的疑惧情绪一扫而尽。这种宿卫方式是元朝怯薛制的翻版。当初，成吉思汗从万户、千户、百户子弟中，抽调万人，组成怯薛军，轮番宿卫宫禁。元朝建立以后，怯薛是高级官员的主要来源，官员都以怯薛出身为显贵。朱元璋利用元军的这种心理，以500名降卒充当宿卫，打消了他们的思想顾虑，表明了对投降元军的态度，并向他们指明了通向日后富贵的道路，显示了他的气度、谋略和眼光。三月初十，朱元璋向集庆发起总攻。冯国用率领500名侍卫充任前锋。他们异常英勇，在蒋山大败元兵，攻入城内。元行台御史大夫福寿、平章阿鲁灰等战死，蛮子海牙弃城投奔张士诚，水寨元帅康茂才率众投降。朱元璋治军有自己独特的策略，他一方面严明军纪，让将士受到纪律的约束；另一方面，他又通过留下家属、派义子一同镇守等方法，把全体将士牢牢地控制在自己的掌握之中。通过收揽人才、重农重民、严明军纪等方面的整治，朱元璋的红巾军从各方面都得到了加强和提高。朱元璋的队伍战斗力加强，后方民心稳定，为他攻打天下奠定了坚实的基础。