四川地区动物考古研究近年来取得了系列重要成果，多处史前及商周战国时期遗址的发掘工作中对动物遗存进行了较为全面的收集，经过分类鉴定后获取了非常丰富的信息。如在马尔康县哈休遗址的发掘过程中，考古人员对出土的动物骨骼做了很细致地收集，也对部分灰坑进行了浮选，获得了一批非常重要的古动植物标本，为探讨大渡河上游史前时期(5500~5000 a B.P.)的野生动植物资源、史前生态环境、家畜的驯养和农作物的栽培等方面提供了重要资料，对探讨大渡河上游史前先民的生业方式大有裨益。哈休遗址发掘面积虽小，但共收集到动物骨骼2769件(含采集)，其中哺乳纲2755件，鸟纲14件。由于在埋藏过程中各种因素的影响，骨骼非常破碎，有68件标本有烧痕，哺乳动物中可鉴定标本仅407件，代表最小个体数59个，属种包括藏酋猴、狗、黑熊、猪獾、豹、野猪、小麂、水鹿、斑鹿、狍属、黄牛、斑羚、豪猪等。哈休遗址出土的动物骨骼主要出自灰坑，这些骨骼应该为先民肉食消耗所剩的，从出土的动物骨骼可以管窥哈休先民在食物结构和生业方式等方面的一些特点。在考察生业方式前，首先要弄清楚各种动物所占的比重，以及哪些动物是已经驯养的，哪些是野生的，这样才能较准确地探讨到先民的经济形态。从可鉴定标本数(NISP)来看，鹿科动物无疑是居主导的，鹿科四种动物骨骼即占可鉴定标本数的90.42%，目前能确定为家畜的只有狗一种，仅占1.72%；再从最小个体数(MNI)来看，鹿科四种动物一样是最多的，占78.22%，狗占1.72%。从狩猎获得的野生动物属种构成来看，鹿科四种动物占绝大多数，体现出鹿科动物是先民狩猎的优先选择范围。这一方面说明遗址周围鹿科动物分布密集，资源丰富，另一方面也可能因为鹿性情温顺，虽然警觉但防御性差，先民狩猎捕杀的危险性小。在遗址中也发现了像豹、黑熊、野猪这样凶猛的野生动物，但数量很少，而且都是幼年的，这也说明先民狩猎的选择性。同时，哈休遗址发现的灰坑以圆形为主，也有个别袋状灰坑，有些坑内有意放置石块或是经过焚烧的硬面，这些灰坑应为贮存粮食及其他物品的窖穴。遗址除发现大量的陶器外，还有少量细石器和骨梗刀，这些是常用的与狩猎有关的工具。另外哈休遗址试掘同时对灰坑填土进行了浮选，收集的植物标本经过初步鉴定，可以确认发现了粟等作物品种。可见，哈休先民平时农耕，农闲基本不饲养家畜，而是以狩猎获取肉食为主，唯一的家畜狗可能是作为先民狩猎的伴侣。遗址周围除有丰富的动物资源外，植被浓郁，采集业也应该是经济生活中不可或缺的补充形式。在哈休先民的经济结构中，狩猎经济所占的比例很高，经济结构单一性也突出，这可能与其丰富的动物资源有很大的关系，加上地处川西高原，人口密度相对较小，食物资源压力也相对要小，平时狩猎就可以满足日常肉食需要。
茂县营盘山遗址出土的动物遗存标本共3551件，其中哺乳纲动物骨骼3489件、鸟纲43件、鱼纲3件、爬行纲6件、腹足纲1件和半鳃纲9件。哺乳动物骨骼中可鉴定标本(NISP)1128件，包括鉴定到了属种的头骨、上颌骨、下颌骨、肢骨、肋骨和脊椎骨等，碎骨2361件，代表动物最小个体数(MNI)108个。哺乳动物的种类有兔子、竹鼠、斑羚、羊、黄牛、水鹿、斑鹿、麂、家猪、黑熊、狗、狗獾和藏酋猴等13种。营盘山遗址出土的动物种类比较丰富，家畜有猪和狗、黄牛和山羊，野生动物有水鹿、斑鹿、麂、牛、羚羊、羊、熊、兔子、野猪、竹鼠、龟、大型鳖类、蚌类、鱼类和鸟类等。猪是人们饲养的稳定的肉食来源，年龄都比较小，反映当时人们食用猪肉的状况；狗数量少，应该不是以食肉为畜养目的的，而很可能是作为狩猎的伴侣。羊、牛数量都很少，参照甘肃武山傅家门遗址的情况暂时将其定为家畜，而斑鹿的情况也不好下结论，倾向认为其是野生的。野生动物中哺乳动物是主要的，而哺乳动物中偶蹄目占绝大多数，它们是当时聚落遗址先民的主要肉食来源，另外少量爬行动物和淡水鱼类也是食物结构的重要组成部分。另外，从骨角质工具来看，主要是以骨锥为主，另有箭镞、骨梗刀、骨匕、骨针等生产和狩猎工具；骨簪、骨镯等装饰品制作精细，表现出较高的审美情趣，总体看来骨角器工艺比较发达。总之，从动物考古的资料反映出营盘山遗址无疑是定居农业社会，以农业为主但并不是十分发达，平时畜养猪作为稳定的肉食来源，采集、狩猎和捕鱼也是食物的重要来源。近年发掘的汶川姜维城遗址虽然在动物考古方面未作系统的整理(报道中有猪、羊、兔类)，但从其地理位置和地貌环境来看，当与茂县营盘山遗址的状况相似。
汉源县狮子山遗址地处大渡河中游，位于汉源县大树乡西南200米处，最高点海拔952米，狮子山遗址位于山岗中上部高程约900米的山坡上，面积约3000平方米。1990年5~6月，四川大学历史系考古专业对该遗址进行了发掘，发掘面积321平方米。遗址堆积较厚，发现有灰坑、房址等遗迹，出土文化遗物丰富，为新石器时代晚期的聚落遗址，年代约距今5000年左右。共出土142件动物骨骼，其中鱼纲1件、哺乳纲141件。哺乳纲中可鉴定标本41件，其中家猪9件，占可鉴定标本总数的21.95%，代表最小个体数2个，占20%；鹿科3种动物共32件，占可鉴定标本的78.05%，代表最小个体数8个，占80%。这说明遗址周围鹿科动物分布密集，资源丰富，是先民狩猎的首选目标；家猪也是肉食资源的重要组成部分，说明先民并不完全依赖狩猎。另外，鱼类等淡水资源动物也是食物结构的有机组成部分。
重庆忠县中坝遗址近年来的发掘为研究三峡地区新石器时代晚期到青铜时代末期的历史和环境变迁提供了丰富的资料。1997~2002年，发掘出涉及历史和环境变迁及与专门的盐业生产有关的文化遗存,出土了大量动物骨骼等。对这些动物骨骼的研究表明，随着时间的变化，鱼类、哺乳动物的种类增多,这与当时盐业生产组织和周边环境的变化有关，同时还与公元前3000纪末至公元前1000纪末之间周边环境的变化有关。这些动物骨骼是在盐业生产区的日常生活中被废弃的，有可能是盐业生产者食物消费所致，也有可能是加工腌肉过程的遗留。出土动物骨骼包括鱼、两栖动物、爬行动物、鸟和哺乳动物。经鉴定识别出的鱼类有鲤鱼、青鱼、草鱼、赤眼鳟、鲂鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲿科、鳜鱼、鲟、云南光唇鱼、红鲌属、棘六须鲶、鱼旨科、鲈形目等15种。两栖动物有鲵和另一种不确定种属。爬行动物有两种龟，均不能确定种属。哺乳动物有猕猴、叶猴、金丝猴、兔、松鼠、中华竹鼠、黑家鼠、豪猪、狗、狐、貉、熊、貂、狗獾、獭、猫科动物、犀牛、猪、白唇鹿、马鹿、麋鹿、毛冠鹿、獐、黄鹿、黄牛、水牛等26种。在中坝遗址鱼类的数量远远超过了哺乳动物，占据明显的优势，而且这一优势呈不断增加的趋势。鱼骨的数量优势可能与一条鱼的骨骼较一只哺乳动物的骨骼数量多有关。如每只哺乳动物的骨骼一般为200多块，而一条鱼的骨骼则多达300块以上。特别是鱼骨相对细小脆弱;更容易破碎。加之有些鱼骨太小，不易于收集，即便使用过筛子的方法也难以获取。因此，尽管鱼骨的数量几乎是哺乳动物的三倍，但这可能并不意味着当时从鱼类中获取的肉量要比哺乳动物更多。不过中坝遗址出土丰富的鱼骨证明，当时鱼的捕获量是很大的。
十二桥文化是继三星堆文化之后的商周时期古蜀文化，目前可以划分为成都平原类型和渝东类型。各典型遗址所出动物骨骼的可鉴定标本、最小个体数和肉量估算的统计来考察其生业方式，结果显示前者的肉食资源以家畜为主，而后者则以狩猎为主。十二桥遗址位于成都市区十二桥西侧，是成都平原较早发现的一个商周时期的大型聚落遗址。十二桥遗址出土了大量的哺乳动物骨骼和少量鸟类、鱼类、龟鳖类的骨骼，而且层位清楚，为探讨先民的肉食结构和经济生活提供了宝贵材料。十二桥遗址动物骨骼主要出自第12层，第13、11、10层三个早期文化层仅有少量出土。关于遗址的年代，一般认为第13层的年代范围相当于殷墟三期，第12层年代相当于殷墟四期到周初，第11、10层年代相当于西周前期。江章华：《成都十二桥遗址的文化性质及分期研究》，《四川大学考古专业创建三十五周年纪念文集》，四川大学出版社1998年版。四川省文物管理委员会、四川省文物考古研究所、成都市博物馆：《成都十二桥商代建筑遗址第一期发掘简报》，《文物》1987年第12期。四川省文物考古研究院、成都文物考古研究所：《成都十二桥》，文物出版社2009年版。出土的哺乳动物骨骼属种有家猪、水鹿、斑鹿、小麂、黄牛、狗、黑熊、猪獾、藏酋猴、马等。可鉴定标本(NISP)826件，代表最小个体数(MNI)92个个体，其中第12层NISP 802件，代表MNI 82个，有部分大型偶蹄类动物的四肢骨骼和各种鹿角被用作了加工骨角器的原料，骨器的原料在数量上以水鹿的炮骨居多；少量的龟腹甲可见占卜留下的灼痕。在十二桥遗址第12层中出土的动物骨骼中，可以确定为家畜的哺乳动物有家猪、狗、黄牛和马四种。其中四种家畜的NISP共560件，占总NISP的69.83%，是肉食的主要来源，其中又以家猪为主；鹿类三种动物228件，占28.43%，是先民们主要的狩猎对象，而其他野生哺乳动物比例仅占1.75%。通过对NISP、MNI和肉量的估算，我们对十二桥遗址的生业方式有所了解，家畜特别是猪是居民日常生活最重要的肉食资源，野生动物仅是日常生活所需要肉量的补充。另外，从家猪的年龄结构来看，十二桥遗址第12层的猪以M3未萌出的为主，占76.19%，这符合家猪的死亡年龄结构；而10~16月龄的最多，占总数的50%，这说明当时的猪主要饲养10~16个月才屠宰。十二桥遗址家猪的年龄结构说明当时家畜的食物来源充足稳定，饲养技术比较成熟，农业发达。通过对该遗址早期文化层特别是第12层出土的动物骨骼的分析，认为成都平原在商代晚期至西周早期气候温暖湿润,植被茂盛,分布着数量众多的鹿科动物、黑熊、藏酋猴、淡水鱼、龟,甚至还有亚洲象和犀牛。中国传说中的“六畜”在这一时期已基本驯化成功,成为人类主要肉食来源。
今重庆东部地区处于四川盆地东部，区域内地理结构复杂，以山地丘陵为主，海拔多在500~1500米，长江及其支流纵横其间，水利资源丰富，气候温暖湿润。为配合三峡工程，近年开展了大量的考古工作，也发现了大量含十二桥文化的遗址，如哨棚嘴遗址、李家坝遗址和清源遗址等，属于十二桥文化渝东类型。该类型的多个商周遗址在发掘中对动物骨骼进行了全面或抽样采集，其中以清源遗址的动物骨骼收集得最为丰富，清源遗址位于重庆市酉阳县，是乌江下游地区首次发现的新石器时代晚期到东周早期的中心聚落遗址，是乌江流域古代人类活动的重大考古突破。遗址表层为耕地，遗址以商周文化层为主，另有明清层、汉至六朝层、战国层和新石器时代的地层堆积，地层堆积跨度五千年，出土了大量的陶器、石器、骨器，此次考古发现，对建立渝东南地区的文化序列、早期巴文化重要问题的研究和湘鄂渝黔相关地区史前文化等方面都具有重要意义。清源遗址商末周初的文化层出土哺乳动物骨骼中可鉴定标本(NISP)1689件，代表最小个体数(MNI)183个。哺乳动物的种类有豪猪、竹鼠、苏门羚、牛、水鹿、斑鹿、小麂、家猪、野猪、黑熊、大熊猫、虎、豹、狗、猪獾、猕猴、犀牛、亚洲象等，充分体现了该遗址周围当时动物种群的多样性。鱼主要为青鱼和鲤鱼，爬行类有乌龟、鳖，鸟的种类有鸭和雉等。从NISP来看，在商末周初时期，猪(含野猪和家猪)的比例占19.24%，狗和黄牛分别占4.09%和2.61%，家畜比例最多，为25.94%，鹿类三种动物占57.90%，野生哺乳动物共占74.12%。在发现的猪的标本中推测有相当一部分为野猪，这说明在商末周初清源的先民肉食资源以狩猎为主，主要对象为野猪和鹿类各种动物，也有少量虎、豹、黑熊等凶猛的食肉动物和竹鼠、猪獾等小型动物。从MNI来看，鹿类3种动物比例占41.53%，猪占15.30%，狗和牛的比例分别为7.65%和3.28%，野生动物所占比例依然在80%左右，家畜仅占 20%左右，与NISP统计的结果基本一致。从各种动物提供的肉量方面来看，三种家畜提供的肉量最多为5042公斤，占总肉量的40.41%~31.53%，其统计的结果NISP和MNI两方面的结果是基本一致的，野生哺乳动物动物是主要的肉食来源。由此可以对清源遗址先民在商末周初的生业方式有较清晰的认识。清源遗址的居民以狩猎作为获取肉食的主要手段，家畜饲养在肉食结构中发挥的作用较小。