三周后，肯尼又一次回到巴布亚。一天晚上，麦克阿瑟把他叫到他的公寓。肯尼告诉麦克阿瑟，莫尔兹比港口有失守的危险。由于他的机场岌岌可危，肯尼提议用飞机将美军的一个团送往巴布亚来保卫那里。他还和麦克阿瑟说，他已经和萨瑟兰以及总司令部的参谋讨论过，但他们毫无兴趣。“这该死的作战方法，”萨瑟兰说道，完全反对空运士兵的主意。利文沃斯军校曾教导军官在如何展开攻击的时候有个方法就是，首先要确保有一条安全的撤退路线，以备不测。那么部队空运到达目的地后，安全的撤退路线在哪呢？要是机场不够用怎么办？
然而，麦克阿瑟立即抓住了这些可能的机会。在这次危机中，最要紧的就是速度。唯一困扰他的问题就是“用空运手段把人运去会遭受多大损失？”
肯尼回答道，“目前我们空运货物尚未遭受任何损失，对于飞机来说，货物和步兵没什么区别。”
麦克阿瑟让他先运一个步兵连过去看看情况再说。9月15日，肯尼回报，第32师126步兵团的整整一个连已经安全到达莫尔兹比港口。该团剩下的士兵也已经前往码头准备乘船过去。但是“把第128步兵团给我吧，”肯尼强烈要求道，“我会让他们在乘船部队达到前抵达莫尔兹比港口。”麦克阿瑟的参谋竭力反对，但麦克阿瑟毫不理会他们的反对意见。
9月19日，麦克阿瑟亲自飞往莫尔兹比港口，视察空运步兵的情况。当他的B-17轰炸机在科科达小道敌人阵地的上空转弯到达目的地时，他感到有点紧张。空运工作进展得很顺利，没有一个人员伤亡。肯尼的确让乘飞机的部队比乘船的部队提前到达。然而，日军似乎要在莫尔兹比港口做最后一搏。
9月25日，在这个关键时刻，麦克阿瑟接见了一位重要的访客，那就是哈普·阿诺德。他亲自飞到瓜达尔卡纳尔岛视察战况。尽管他一开始就反对瓜达尔卡纳尔岛作战，但他还是看到这里的情况后感到很不满意，他认为这完全浪费了如此好的飞机。阿诺德从所罗门群岛出发继续前往布里斯班。
麦克阿瑟让他坐在办公室靠墙的皮沙发上，他来回走了两个小时，边走边和他讲述了他这个战区的总体战况，并发泄了他对于同盟国战略的不满。他说，作为军人，日军比德军更强大，日军中筛选出的士兵又被部署到了西南太平洋战区。如果他们集中兵力攻占新几内亚，他就无法阻止他们。而他所有的就只有两个训练不足的美军师，澳大利亚军队虽然人数众多，但大部分甚至连好民兵都算不上。海军太怕军舰遭受损失，不愿意支援他攻占新几内亚。而“如果新几内亚沦陷，那么日军就能在未来100年控制太平洋地区。”
麦克阿瑟嘲讽地预言“德国优先”的战略是毫无希望的。他向阿诺德确信，英国太小，不能提供足够的轰炸机和战斗机基地，而这是赢得法国北部海岸的空中优势所必须的。西欧的第二战场也不可能存在。而且派美军前往北非更是荒谬。正确的方针就是给红军一切支持，帮助苏维埃从东边进攻德国。另一件事就是在澳大利亚集军，向日本展开进攻。
这是战争期间麦克阿瑟第一次有机会面对面地和参谋长联席会议的成员对话。他极力说明太平洋地区目前的现状很荒谬。这里指挥不统一，陆军有一个战区，海军有三个战区。上述战区没有统一的指挥官而这个巨大的空缺需要有人填补，毫无疑问，他所指的这个人就是他自己。而问题就在于金海军上将，他坚决反对太平洋战区实行统一指挥，完全不顾在这一状况对作战造成的种种不利。
阿诺德对于麦克阿瑟所说的一切内容没有提出任何争论。他并不是个战略思想家，而且总会受到那些战略思想家的影响。他静静地坐在沙发上，回味着麦克阿瑟的一举一动，并注意到他似乎非常激动。他和麦克阿瑟认识已经30年了。“他比我之前认识的时候，显得更神经紧张了，”阿诺德在他的日记中这样写道。“他的双手在抽搐和颤抖，他的身体也有些震颤。”
在阿诺德离开后两天，日军向莫尔兹比港口推进明显地停下来了。一方面，在科科达小道上的日军纵队已经没有供给。另一方面，帝国总部已经决定全力以赴进攻瓜达尔卡纳尔岛，并在新几内亚构筑二道防御工事。正当在科科达小道上的澳大利亚部队准备为保卫莫尔兹比港口决一死战时，日军开始撤退，退回到欧文·斯坦利山岭，以巩固他们在布纳和戈纳的防线。澳大利亚部队追击其后。就在几天时间里，新几内亚战场的主动权就突然易手。
麦克阿瑟准备让第32师参战之际，空中情况明显好转。肯尼本以为要赢得巴布亚的制空权必然会有一场艰苦的、代价很高的战役。事实上，日本空军都转移到了瓜达尔卡纳尔岛，所以他几乎可以直接飞往欧文·斯坦利山岭。但飞越过程仍存在危险，可能会有日军战斗机在附近盘旋，等待缓行低飞的C-47运输机通过。但除此之外，巴布亚的领空几乎是属于肯尼的飞行员的。
空中和地面形势的逆转令人目瞪口呆，麦克阿瑟命令肯尼继续向瓦尼杰拉空运更多的士兵和设备，并在巴布亚北部沿海地区建造机场。第32师的一个团将徒步穿过欧文·斯坦利山岭，其他人将乘飞机过去。肯尼也很自信，认为他能够用飞机保障部队的供给，直到米尔恩海湾到布纳的海上供给线建立起来。
总司令部的参谋们再次全体坚决反对，认为在瓦尼杰拉执行任务是不可行的。空中物资供给是艰巨的，复杂的，完全不能想象的。麦克阿瑟派人把他那位很有能力的总工程师休·凯西叫来，并对他说道，“帕特，我希望你能以最快的速度建造一条从莫尔兹比到布纳的公路。”
凯西直截了当地告诉他犯了一个错误。他是麦克阿瑟的参谋中为数不多有信心有见识并敢当面顶撞麦克阿瑟的人之一。麦克阿瑟很尊重凯西，认为他是真正的职业工兵军官，对他的意见格外重视。凯西解释道，欧文·斯坦利山岭是莫尔兹比港口能拥有的最好的防御堡垒。一条从北向南的路同时也可以从南向北。另外，要修建去布纳的道路会动用西南太平洋战区所用的工兵部队。麦克阿瑟立即放弃了这个想法。“帕特，你的逻辑完全正确的，”他对凯西说，“那我们就不修路了。”
凯西的特等助理是位百万富翁，名叫“杰克”利夫·斯维尔德鲁普的土木工程师，他后来成了修建切萨皮克湾桥梁隧道的主要策划人，他对这件事有着不同的想法。为什么不能雇佣巴布亚的人来割新几内亚草？这样就可以建造简易机场，以便C-47运输机能把补给空运进去。不管斯维尔德鲁普知道与否，这正是肯尼所提议的。“我们就这么做，由你来负责，”麦克阿瑟说道。然后，他一手搂住萨瑟兰，一手搂住斯维尔德鲁普，并告诉他们，“记住，伙计，粮食和弹药。时间就是生命，时间是最重要、最重要的。”
第32师师长埃德温·哈丁强烈反对麦克阿瑟派他的部队在没有火炮的情况下就去作战，但肯尼回答了哈丁的疑问。“在这个战区，”他轻快地说道，“炮在天上飞呢。”地面部队要所要做的就是让他们知道什么时候要轰炸哪里，然后，他的飞行员们就会照办。
整个10月，肯尼的飞机将人员和供给都从澳大利亚送往新几内亚，并穿过欧文·斯坦利山岭。在备战过程中，麦克阿瑟从马歇尔那里收到一封紧急电报，通知他说肯尼的大部分轰炸机部队要派往瓜达尔卡纳尔岛支援那里的美军作战。
麦克阿瑟告诉马歇尔，他很乐意跟他分享他所有的一切，但除非海军能设法赢得海上航路的控制权，否则瓜达尔卡纳尔岛还是会失守。这场战役的胜负不是由空军决定的。之后，他做出了一个惊人的论断：“根据从敌军方面获得的情报，敌人已经周密考虑到11月中旬进攻米尔恩海湾和新几内亚其他可能的地方。我强烈要求美国所有资源都应该临时转移以适应这一重大形势的需要，要从各方面提供船只，立即派一个军，所有可用的重型轰炸机都运送到这里。”马歇尔在思考这些虚张声势的威胁和脱离现实的要求时，他那张相貌平平的长脸似乎看起来更长了。麦克阿瑟描述的威胁不是基于可靠的情报上，而是基于他自己的恐惧和幻想。这是神经紧张、心情沮丧的指挥官到了忍耐极限的一种结果。麦克阿瑟在极度的压力之下，总是会感情用事，表现得情绪化和戏剧性，同时还能运用他的聪明才智，冷静地思考问题。
他把11月15日定为攻占布纳和戈纳的进攻日。11月3日，他和肯尼登上一架B-17轰炸机，前往莫尔兹比港口。他一直飞到新几内亚，这样离即将交战的地方越来越近。然而，飞机还没离开布里斯班上空时，其中一个引擎的油压突然下降。飞行员立即让螺旋桨顺流交距。肯尼知道麦克阿瑟害怕坐飞机，便想去后面安慰他一切正常。出乎意料的是，他发现将军睡着了。肯尼碰了碰他的膝盖。麦克阿瑟眨了下眼睛。“B-17轰炸机果然是不错的飞机，”肯尼说道。
麦克阿瑟还处于半醒状态，疑惑地问道，“那又怎样呢？”
“很好，”肯尼说道，就像是天生的推销商一样编着自己的说辞，“三个引擎飞行几乎和四个引擎飞行效果一样好，事实上，你根本不会发现有二者什么区别。”
麦克阿瑟宽厚地笑了，答非所问地说：“我很欣赏你的热情，乔治，”他说道，“但这样的话有点过于乐观了，不是吗？”
“不。我们用三个引擎已经飞了十多分钟了，而你根本都没有感觉到。看看窗外，你可以看见左侧螺旋桨内侧的引擎已经停止飞行了。”
麦克阿瑟盯着那个引擎看了一会，然后转身对着肯尼咧嘴笑了，“感觉很舒服，不是吗？”尽管如此，B-17轰炸机还是飞回了布里斯班。
3天后，麦克阿瑟来到莫尔兹比港口，并搬进了政府大厦。这座大房子坐落早山丘上，四周都是棕榈树和灌木林，还能欣赏到珊瑚海上的怡人的全景。屋顶似乎被热带风暴刮过，看起来就像是再来一阵微风就会把它吹倒，但这是巴布亚最为壮观的建筑了，算上新几内亚也是。这楼座建筑的的每一侧都有四间卧室，在中间有个放满了书的起居室。
肯尼打算对房子进行一些改进。他把一面C-47运输机的旗帜放在屏风上，用来把政府大厦四周宽阔的走廊隔开。他还安装了新几内亚从未有过的抽水马桶，仅供麦克阿瑟使用。这可算是个伟大的成功。然而他提供的防空洞却不然。他带麦克阿瑟去看防空洞，并建议他们试试大小。“不，不，”麦克阿瑟说道，“这东西太潮湿了。会让人得肺炎的。”
麦克阿瑟把他的总指挥部也搬到了那里，政府大厦也就有了战争的气氛。每当起床号和休息号响起的时候，美国和澳大利亚的国旗会在美国人从没听过的陌生曲调中升起或降落。护旗队是由一队令人印象深刻的巴布亚军队组成，他们袒着胸、赤着脚，头发卷曲而蓬松，穿着白衬衫，腰系红色丝绸腰带，肩上还搭着塞得满满的子弹带的带。没什么比他们看上去更壮观的了。
麦克阿瑟和他的参谋在政府大厦的生活虽然很忙碌，但也很惬意，可能还有点太舒适了。在布纳的战役中，不管是麦克阿瑟还是他的高级参谋都没有去前线。麦克阿瑟每天早上六点起床。除了午睡一个小时，他一直工作到半夜。他起床后，他的参谋也就起床了，并工作同样的时间，不过他们没有午睡时间。他们唯一的放松就是每天晚上和麦克阿瑟共进晚餐的两个小时。然而，晚餐后，他会召开会议讨论未来的作战计划。然后，他会在书桌前坐一个小时左右撰写第二天的公报。
战役前夕，麦克阿瑟前去拜访哈丁，并说了好多鼓励性的话，就好像是橄榄球教练在赛季的首场比赛前一样。“哈丁,”他告诉他，“你几小时后就要去战场了。你将创造历史。你将领导对抗日本的第一战。此时此刻，我要开始打这场运动战，在这场战斗中，速度、战术上的攻敌不备，以及高超的战略再次证明高超的指挥能够运用闪电般的战略战胜具有优势的敌人……我们将用不足一个师的兵力和少数几架飞机，开始向东京进军。我们将洗刷珍珠港事件带来的耻辱。我们将迫使日本投降，我们将运用一流的战略做到这一点。”
11月6日进攻开始。澳大利亚第7师进攻戈纳，美军第32师进攻布纳。然而，第32师仅仅动用了他们兵力的60%和10%的火力，尽管他们的威信100%危在旦夕。
麦克阿瑟的情报处长，查尔斯·威洛比准将估计，大约有几千日本人正挨着饿在巴布亚北部海岸仓猝防御着。但有4000多名得到了充分休息、吃得饱饱的日军却死死坚守在戈纳的壕沟里，大约2500人坚守在布纳。他们也在太平洋战争一些最艰难的防线上顽强坚守。巴布亚北部伪装起来的掩体和战壕体系在美国陆军战役史中被描绘成“杰作”。这是麦克阿瑟的部队进入直射距离时不得不研究的东西。
相比戈纳糟糕的情况，布纳的情况显得更加糟糕。只有经过四条小路才能到达日军在那里的阵地，而且小路两旁都是长满海榄雌（一种马鞭草属植物——译者注）的沼泽，沼泽周围是8英尺高的新几内亚草。在这几块坚实的地上还埋有很多机关枪，以毁灭性的火力封锁住这四条小路。在往后靠近水边的地方，日军有很多暗堡，铺着一些椰树做掩护。能打开这些暗堡的武器只有105毫米的榴弹炮，或是稍好一点的155毫米口径的榴弹炮。基于三个步兵团的设计思想是由该师强大的炮兵旅支持装备轻、机动能力强的步兵部队。这就是现代步兵的构建、装备和训练的方式。哈丁曾担任步兵学校的教官，隶属于乔治·马歇尔，他设计了这种三团制师，与麦克阿瑟和其它大多数参谋人员不同的是，马歇尔知道如何运作三团制师。然而，第32师即将没有本师的炮兵支援的情况下投入战斗，该师有48门榴弹炮，因为萨瑟兰认为用船运送火炮弹去新几内亚过于困难，所以没有运来。
肯尼曾夸口说他的飞机能替代他们还没有的105和155毫米的榴弹炮，但所有飞机投掷的炸弹加起来也不如一个师的火炮所发射的一天的弹药基数时的爆炸当量。事实上，第32师能获得近距离空中支援的机会很少。第5航空队没有足够数量的飞机、技术和经验来提供直接有效的支援。在这种情况下，肯尼的轻型轰炸机和中型轰炸机确实出动的时候，他的飞行员震惊地发现哈丁的部队离日军已经太近了，就算美军实施空袭，胜算也只有一半，双方的伤亡人数会大致相当。