1.“集中支付”前的国库支付制度及其存在的问题。长期以来，我国的国库支付制度是一种分散支付制度，也就是将预算确定的各部门和各单位年度支出总额按期拨付到各部门和各单位在商业银行开设的账户，由各部门各单位分散支付使用。这种支付制度的缺陷是：（1）缺乏严格的预算约束和预算监督机制，容易滋生腐败和寻租等违法和违纪行为；（2）财政资金周转过程中的沉淀资金分散于各部门和各单位，不利于充分发挥财政资金的使用效益；（3）财政资金运行的信息反映滞后。
2.国库集中支付制度的含义。国库集中支付制度，就是对预算资金分配、资金使用、银行清算及资金到达商品和劳务供应者账户全过程集中进行全面的监控制度。它的要点是：（1）财政部门在国库或国库指定的代理银行开设统一的账户（各单位在统一账户下设立分类账户，实行集中管理，预算资金不再拨付给各单位分设账户保存）。
（2）各单位根据自身履行职能的需要，可以在经批准的预算项目和额度内自行决定所要购买的商品和劳务，但要由财政部门直接向供应商支付货款，不再分散支付。（3）除某些特殊用途外，购买商品和劳务的资金都要通过国库直接拨付给商品和劳务供应商。
集中支付制度并不改变各部门各单位对预算资金的支配权和使用权，但由财政部门集中掌握预算资金的支付权。财政部门可以考核资金的使用是否符合规定而决定是否给予支付，防止滥收滥支的违纪现象，提高资金使用效益。将采购资金直接由国库拨付给商品和劳务供应商，不再通过任何中间环节，财政部门则可以掌握资金的最终流向，杜绝在预算执行中克扣、截留、挪用等现象，有利于防腐倡廉。
3.我国国库集中支付制度的实施与完善。我国国库制度改革始于1998年，正式启动于2001年2月，其标志是国务院通过的《财政预算国库管理制度改革方案》，在这个方案中，明确了我国要建立以国库单一账户体系为基础、资金拨缴以国库集中支付为主要形式的财政国库管理体系。这项改革的核心内容主要有两个方面：一是建立国库单一账户体系；二是财政收支全面实行国库集中收付，收入方面，取消原来层层代缴、收入过渡的模式，采用直接缴款模式。
2005年国库集中支付制度改革扩大到所有中央部门，将3300多个基层预算单位、3700多亿元财政资金全部纳入改革实施范围，有非税收入的中央部门也全部纳入了收入收缴管理改革实施范围；36个省（自治区、直辖市）和计划单列市本级，以及200多个地级市和500多个县实行了国库集中收付制度改革。
我国国库集中支付制度实施以来，在有效避免资金的截留、挪用等现象，加强财政资金的管理等方面起到了积极作用。但是也存在诸多问题，需要进一步的完善。进一步深化国库制度改革的指导思想是：逐步实现所有政府收支纳入预算，统一由国库集中收付，在完善单一账户体系的基础上，依靠现代信息科学技术，以国库收付为核心，建立规范、高效的政府财政收入运行机制、支出运行机制和管理运行机制，以适应我国建立公共财政框架、发展社会主义市场经济的需要。
深化财政国库管理制度改革的基本模式选择，较为现实的是实行财政主导型的中央银行代理国库制度，同时适应市场经济发展，进一步拓展国库功能，理顺各方关系。即在财政部门内部实行预算编制和执行分离，建立独立的财政国库执行机构，在我国国库出纳、预算执行、管理政府账户等现有职能的基础上，进一步拓展国库的现金管理、国债管理、财务规划和预测、政府金融资产管理等职能，并根据财政改革、金融改革以及市场经济发展的实际情况，重新调整中国人民银行国库部门和财政部门国库管理的职责分工，对国库资金实行存款制，逐步建立现代国库制度。
（四）规范、完善财政管理体制
分税制财政体制实行以来，暴露出很多弊端，主要表现在三个方面。（1）政府事权模糊，财权与事权不统一，既有乡里的问题找省上、县里的问题找中央的现象，也有“上面出政策，下面拿票子”的现象，而上级政府下拨的专项款项也存在使用效益低下、监督不力的问题。（2）省以下分税制体制不规范，区域财政运行面临很大困难。为了确保体制平稳过渡，各省基本没有打破辖区内的既得利益格局，规范程度很低，在税种划分上，地方各级政府专享税种少、分享及共享的多，而且划分基准不一，不稳定。（3）转移支付制度不完善。总起来看，转移支付的种类繁多，补助对象涉及各行业，既有体制补助、结算补助和专项拨款，又有税收返还和过渡期转移支付，1999年又增加了政策性调资转移支付，而掌握和分配这些款项分配权力的是财政部的各专业司局，缺乏统一、严密的制度，在操作中人为因素很大。
针对以上问题，2005年，财政部着力推进几项工作：一是增加一般性转移支付规模，规范财政转移支付制度，加强转移支付的客观性、公正性；二是扩大推行“省管县”财政体制试点范围，省级财政在体制补助、一般性转移支付、财经结算、资金调度等方面尽可能直接核算到县，减少财政管理层次，提高行政效率和资金使用效益（浙江省自分税制以来就一直实行的是省管县财政体制，运行看好）；三是实行乡镇财政管理体制改革试点，对经济欠发达、财政收入规模小的乡镇，试行由县财政统一管理乡镇财政收支的办法，对一般乡镇实行“乡财县管”方式，在保持乡镇资金所有权、使用权和财务审批权不变的前提下，采取“预算共编、账户统设、集中收付、采购统办、票据统管”的管理模式。然而，这些做法能不能在全国得到推广很难定论因为没有行政管理体制的配套改革，单纯的经济体制改革恐怕很难奏效。
二、当前我国政府预算管理中存在的主要问题及完善思路
（一）存在的主要问题
1.预算管理整体效率比较低下。马克思主义国家学说指出，政府是社会分工的产物，而指导这一分工的是效率。公共选择学派在对私人物品和公共物品的提供方式进行研究后得出这样的结论：公共物品由政府提供更有效率。可见，效率是政府预算管理评价的基本准则。我国政府预算管理效率低下主要表现在两个方面。（1）现行预算模式属于“基数法预算”，这一模式的根本性缺陷是预算与效率脱节，主要表现为：一是编制预算的依据不是产出而是收入；二是决策者、资金供给者和使用者都不必对预算资金使用效果负明确责任；三是部门预算的依据基本是“基数十统一增长比率”，单位的预算与资金使用效果关系不大。（2）政府存在着“效率异化”的倾向，主要表现为：一是重叠的行政机构和庞大的行政人员队伍，客观上降低了行政效率；二是政府行为中的形式主义、官僚主义比较突出。英国学者尼斯坎宁曾证明，假如没有合理的制度约束，官员会把公共支出规模扩大到实际需求的一倍以上。“效率异化”的突出问题是官僚主义，它不仅阻碍了政府效率的提高，也阻碍了经济发展。
2.预算编制不完善。
（1）预算年度不合理。我国一直实行历年制预算年度，（每年1月1日至同年12月31日）而中央和地方预算草案要待3月份以后举行的各级人代会审批，这种日历年度与财政年度合一的做法导致的结果为：预算的实际编制时间较短，从每年11月前后布置预算编制工作到次年3月人代会讨论预算草案，通常只有两个月的编制时间；人代会审议政府预算的时间很短；预算执行中出现法律空当，预算年度的起始日先于人代会审批日，造成政府预算获得批准并开始执行的时间远远滞后于预算的编制，这意味着一年中有1/4的时间实际上没有预算，或者说执行的是未经法定程序审批的预算，不仅冲击了预算的正常进行，而且使政府预算的严肃性大打折扣。
（2）预算编制缺乏前瞻性。长期以来，我国的预算编制只是在既定的收支之间安排资金，缺乏科学的分析预测，没有很好地将预算编制与经济预测结合起来。并以经济预测为基础，通过对经济周期、产业结构的发展变化来确定预算收支总体水平的发展变化及收支结构的调整。我国尽管也编制财政发展的中长期计划，但实际执行中与年度预算基本上还是“两张皮”，致使年度预算对财政经济的约束相当有限，不能瞻前顾后。