芹菜为伞形花科芹属中一、二年生草本植物。
（1）根。根系分布浅，范围小，密集根群分布在地下7～10厘米耕作层中。主根肥大，可贮藏养分。再生力强，有利于移植。侧根可大量发生，横向分布在30厘米左右。芹菜的根系吸收面积小，耐旱、涝力较弱。
（2）茎。营养生长阶段，茎短缩为短缩茎，叶片着生于短缩茎上。生殖生长阶段，短缩茎伸长成为花茎。花茎上有分枝，抽生花枝。花茎横切面近圆形、半圆形或扇形。
（3）叶。营养生长期叶着生在短缩茎上。叶序为展开，为二回奇数羽状复叶。直立叶的叶柄较长，叶片较小。因品种不同，叶柄有实心、中空两种。叶柄有黄绿、绿、深绿等颜色。叶柄中有纵向维管束构成条纹，维管束间充满着贮藏营养物质的薄壁细胞。薄壁细胞中分布着油腺，可分泌挥发油，使芹菜有特殊的香味。生殖生长期叶着生在花茎上，叶柄短小。
（4）花、果实。花为复伞形花序。花小、白色。通常为异花传粉，虫媒花。果实为双悬果。果实成熟时沿中缝破开形成2个扁球形果粒，内各含一粒种子。果实外皮革质，透水性差，故发芽慢。生产上以果实为种子。发芽力可保持7～8年，千粒重0.4克。