（二十九日）辰正见于东暖阁，上拥坐榻上（枕一中官）。两宫太后亦坐，命诸臣一一上前，天颜甚粹，目光炯然，痂犹有一半未落。谕今日何日？并谕及腊月应办事，枢臣奏毋庸虑及。臣奏圣心宜静。上曰胸中觉热也。退至明间，太后立谕群臣。以现在流汁过多，精神委顿，问诸臣可有良法。圣虑焦劳，涕泗交下。臣因进曰，择医为上。臣荣禄曰有祁仲者，年八十九，治外证甚效，可传来诊视。太后颔之，语甚多，不悉记。退坐奏事处，有敕勿即散直。有顷传诸臣皆入，上侧卧，御医揭膏药挤脓，脓已半盅，色白（比昨稍稠）。而气腥，漫肿一片，腰以下皆平，色微紫，视之可骇。出至明间，太后又立谕数语，继以涕泪，群臣皆莫能仰视。午初祁仲到，命诸臣随入殿。良久，祁仲与李德立等入，半时许视毕，宣召至西暖阁问状，余等未与，恭、醇两王入。（恭邸五六刻始下，医者先出。）余等既退，则问荣君如何，曰祁仲言，此痘痈发处尚非肾俞穴，（在肾俞下。）冀可治，药用十全大补汤。俄而传闻令李德立仔细请脉。祁仲方未用，存案而已。
从这一记载不难看出，慈禧对同治帝的病是很关注的。但是，名医祁仲的药方却未被慈禧采纳，说明慈禧对同治帝得的是什么病心中是有数的。
以后同治帝病情愈益加重，但奏事处太监却说“大有起色”，这也许是同治帝的回光返照，也许是太监怕担责任而说些吉利话吧！
翁同龢还是冷静的，每日同王大臣看方，且记日记。他对用药有一定知识。十二月初二日他记道：“今日方匆匆一看，用酒连、葛根二钱也，不可解，不可解。” 用这种药是什么目的，他闹不明白。事实上，御医李德立、庄守和已经知道同治帝是治不好了，回天乏术，只是拖延时间而已。
同治帝终于死去了。《翁同龢日记》记道：“即入城小憩，未醒忽传急召，驰入内尚无一人也，时日方落。有顷，惇、恭邸，宝、沈，英桂、崇纶、文锡同入见于西暖阁，御医李德立方奏事急，余叱之曰何不用回阳汤。彼云不能，只得用麦参散。余曰即灌可也。太后哭不能词。仓猝间御医称牙关不能下矣。诸臣起立奔东暖阁，上扶坐瞑目，臣上前遽探视，弥留矣。天惊地坼，哭号良久，时内廷王大臣有续至者，入哭而退。惨读脉案，云六脉俱脱，酉刻崩逝。” 这是关于同治帝病逝的最准确的记载。同治帝于同治十三年十二月初五日（1875年1月12日）午后5时至7时死去，在位13年。死时19岁。
关于同治帝的死因历来众说纷纭，不得其解。大体有四种说法，一是梅毒说，二是天花说，三是疥疮说，四是梅毒加天花说。
梅毒说。《十叶野闻》记：“与贝勒载澄（即恭亲王之子——作者案。）尤善，二人皆著黑衣，倡寮、酒馆暨摊肆之有女子者，遍游之。后忽病发，实染梅毒，故死时头发尽落也。” 《清朝野史大观》记：“慈禧又强其爱所不爱之妃，帝遂于家庭无乐趣矣。乃出而纵淫，又不敢至外城著名之妓寮，恐为臣下所睹，遂专觅内城之私卖淫者取乐焉，从行者亦惟一二小内监而已。人初不知为帝，后亦知之，佯为不知耳。久之毒发，始犹不觉，继而见于面，盎于背，传太医院治之。太医院一见大惊，知为淫毒，而不敢言。反请命慈禧，是何病症。慈禧传旨曰：‘恐天花耳！’遂以治痘药治之。” 同治帝死于梅毒是野史记载的。
天花说。《翁同龢日记》认为是天花。《慈禧外纪》也认为得的是“痘症”，即天花。徐艺圃在其撰写的《同治帝之死》一文中，引用了清室档案《万岁爷进药用药底簿》。这里记载了自同治十三年十月三十日同治帝得病召御医李德立、庄守和入宫请脉时起，直至十二月初五日同治帝死时止，前后共37天的脉案、处方及106帖服药记录，认为同治帝肯定死于天花无疑。
疥疮说。《清朝野史大观》说同治帝死于梅毒，认为“言因发疥疮致命者误”。可见，有人认为是生疥疮致死的。
梅毒加天花说。台湾高阳先生在《慈禧全传·玉座珠帘》里即用此说。
以上四说，究竟孰是孰非？笔者认为，同治帝应是死于梅毒。野史记载同治帝出宫冶游是完全可能的，同时他还搞同性恋。他同翰林侍读王庆祺关系暧昧，有人说：“帝竟与王同卧起。” 《李鸿藻先生年谱》评道：“因之宵小乘机诱惑引导，遂至日惟嬉戏游宴，耽溺男宠，日渐羸瘠，未及再祺，即以不起。” “与王同卧起”、“耽溺男宠”，即是同性恋之意。王庆祺曾和同治帝同看秘戏图即春宫画，“两人阅之，津津有味，旁有人亦不觉。”王庆祺，“顺天人，生长京师，世家子，美丰仪，工度曲，擅谄媚之术。初直南书房，帝爱之。至以五品官加二品衔，毓庆宫行走。宠冠同侪，无与伦比” 。同治帝死时有人写了一副对联，上联是“弘德殿广德楼德行何居惯唱曲儿钞曲本”，下联是“献春方进春册春光能几可怜天子出天花” 。这副对联嘲讽的正是同治帝平时的行止。
正由于此，所以在十二月十四日，即同治帝死后9天，御史陈彝上一奏章，称“查侍讲王庆祺，素非立品自爱之人，行止之间，颇多物议”。又说“去年王庆祺为河南考官，风闻撤棘之后，公然微服冶游，汴省多有知之者。举此二端可见大概。至于街谈巷议无据之词，未敢渎陈，要亦其素行不孚之明验也” 。这一奏折说得非常清楚，“行止之间，颇多物议”了，“公然微服冶游”了，“街谈巷议”了，这是指斥王庆祺行为不端，也是在追究王庆祺导引同治帝走下坡路的责任。当天慈禧便发下上谕：“王庆祺著行革职，永不叙用，以肃官方。” 对王庆祺的处分反证了民间传闻是事出有因的，也说明了王庆祺确与同治帝有染。
还有一个证据是十二月二十五日总管太监张得喜等发往黑龙江为奴。十二月二十六日，革内务府大臣文锡、贵宝职。而张得喜正是引导同治帝冶游的太监。文锡、贵宝亦如是。
李德立的曾孙李镇在《文史哲》撰文《同治究竟死于何病》，谓同治帝死于梅毒，他说他问过李德立的长子，就是他的祖父。他的祖父回答说：“同治确是死于梅毒。”这是御医李德立传下的口碑资料，是可信的。
同治帝病逝后1个多小时，两宫太后便驾临养心殿西暖阁。急召惇亲王奕、恭亲王奕、醇亲王奕、孚郡王奕、惠郡王奕详、贝勒载治、载澄，公奕谟，御前大臣伯彦讷谟祜、奕劻、景寿，军机大臣宝鋆、沈桂芬、李鸿藻，总管内务府大臣英桂、崇纶、魁龄、荣禄、明善、贵宝、文锡，弘德殿行走徐桐、翁同龢、王庆祺，南书房行走黄钰、潘祖荫、孙诒经、徐郙、张家骧入。经过一番商议。两宫太后宣布懿旨：“醇亲王奕之子著承继文宗显皇帝为子，入承大统，为嗣皇帝。”同时又宣布了大行皇帝同治帝的遗诏。 接着又颁布了两宫太后的懿旨：“皇帝龙驭上宾，未有储贰。不得已以醇亲王奕之子载湉承继文宗显皇帝为子，入承大统为嗣皇帝。俟嗣皇帝生有皇子，即承继大行皇帝为嗣。特谕。” 这就是说，因为同治帝没有皇子，只好把载湉过继给咸丰帝为子，作为嗣皇帝继承咸丰帝的皇位。等到将来载湉有了皇子，再继承已死的同治帝的皇位。言外之意，慈禧皇太后仍然是皇太后，因为载湉是咸丰帝的嗣皇帝，而不是同治帝的嗣皇帝。这样，最高的皇权就仍然牢牢掌握在慈禧的手中。同治帝死后，紧紧盯住皇权的慈禧终于毫不费力地达到了死死控制皇权的目的。
关于同治帝的皇位继承人问题，历来有种种说法。
一是奕说。《异辞录》记道：“两宫召见内廷行走、御前大臣、内务府王公大臣、弘德殿行走、南书房行走，诸臣与焉。慈禧皇太后问曰：‘皇帝宾天，天下不可无君，孰为宜？’皆伏泣不知所对。慈禧皇太后目视恭邸而言曰：‘奕其为之？’恭邸悲痛绝于地。” 这是说，慈禧试探着让恭亲王奕当皇帝，奕吓昏了。这个记载是不可信的。因为同治帝是奕的侄子。叔叔继承侄子的皇位，是不可能的。慈禧也不会做这种悖于常理的试探。
二是溥伦说。《清朝野史大观》记道：“孝钦后泣语诸王曰：‘帝疾不可为，继统未定，谁可者？’或言溥伦长当立。惇亲王言溥伦疏属不可。后曰：‘溥字辈无当立者。奕长子今四岁矣，且至亲，予欲使之继统。” 这个记载较为可信。本来同治帝死后，应从比同治帝小一辈的“溥”字辈中选一继承人的。溥伦是道光帝之皇长子隐志郡王奕纬的孙子。但是溥伦的父亲载治不是奕纬的亲生子，而是从旁支过继来的继承子，血统较疏，不能视为近支亲室，所以惇亲王奕认为“疏属不可”。这正和了两宫太后的本意，尤其是符合了慈禧的本意。因为慈禧不想在“溥”字辈中选继承人。她不想当太皇太后，因为当太皇太后慈禧就失去了皇权。