虽然，在听取岛内航空界人士对直航的取向时，六家航空公司众口一词，明言一旦直航成行，即使赔钱也要飞，以抢占祖国大陆航线的先机，而且岛内知名学者也纷纷给予赞同，对直航乐观其成。但是，台湾当局就两岸直航作出的应对，却让章孝严明显感到这些人对“三通”有太多的顾虑，他们不会给直航任何松动。
章孝严势必要调整策略，另做打算。
章孝严与朱凤芝、许荣淑等多位有识之士围绕包机直航所蕴含的中华民族有欢度春节的传统文化，出门在外的人有过年家人团圆的乡情，在祖国大陆的台商有春节回乡过年的民意，反复作出商议，而后，章孝严写下了《试点包机直航方案》，周全严密地就台湾的客机，搭载台湾的民众，从祖国大陆返乡，提出了从人道上解决台商返台过年一票难求的问题，解决他们转机劳顿与返家无门之苦。
对《试点包机直航方案》议定之后，詹清池把方案送至台湾当局主管部门。随即章孝严、詹清池则多次约见有关人士，力陈包机直航的必要。
2002年10月24日上午，童孝严向台湾当局的“立法院”递交了《台商春节包机》提案，获得了一百四十位“立委”联署，其中有二十六名民进党“立委”也在提案上签名联署，以大大超过“立法院”半数“立委”的阵势，将包机直航作出了大步推进。
三天后，詹清池飞往北京，依然经冯卓志安排接待，面见国务院台办经济局何世忠局长，详告章孝严等运作包机直航的进展，得到了又一次认同和赞许。随后，按照上海市台湾同胞投资企业协会理事长叶惠德、秘书长谢力军告知的将有三万多台商和眷属春节回乡的实情，章孝严作出了台湾六家航空公司各飞二十班包机，共一百二十班包机接连直航上海的计划，显示出了实现两岸包机直航的气势和信心。
接手两岸包机直航提案，台湾当局主管部门起初持完全反对立场，请来“立委”、“交通部次长”、“国防部”要员召开公听会，与会的两位少将重谈“安全”陈调，提出了二十八个反对的理由，并拿出了二十八个应变措施。面临重压，章孝严机敏地锐言反问：“你们已经有了二十八个应变措施，那就说明包机直航没什么问题了。”问哑了发自“国防部”的反对包机直航的杂音。
而台湾当局主管部门虽在11月12日用0052编号新闻稿的形式，发布了《就春节期间两岸包机直航决策之说明》，在提出了极大的限制后，允诺台湾包机经停港澳地区飞往祖国大陆。但是依然听从某些谗言，认为前往祖国大陆的台湾客机的国籍登记执照、适航执照、无线电使用执照和机长证、机员证的“三照两证”查验会太复杂，没有两岸协商不可能解决，想以此来将一百四十位“立委”的提案搁置。章孝严又一次站起提出：“你们说必须协商，又无法协商，那么我来协商。”
11月18日上午11时，他给国务院台办经济局何世忠局长发去专函，告知就包机种种技术与实务问题，以“中国台商发展协会”理事长名义，邀请数位人士、航空业界及台商协会代表，将于本月21日赴北京与相关主管单位作先期协调与沟通，以加速具体作业之推动。
在得到了何世忠局长欢迎前来的复函后，11月21日上午，章孝严和朱凤芝、邱镜淳、江绮文、张昌财等人士，以及詹清池等飞往北京，由海峡旅行社总经理冯卓志接机，于傍晚时分住进香格里拉酒店。随后，中国民航总局台港澳办公室主任浦照洲以中国航空协会的名义，在东四十条的沪江香满楼宴请章孝严一行，并围绕两岸包机直航作了初步商洽和沟通。
当夜，回到香格里拉酒店，詹清池即向上海市台湾同胞投资企业协会和上海周边十三个城市的台协发出将于后天下午在上海召开包机直航座谈会的通知。
第二天上午9时，章孝严一行和台湾六家航空公司的代表来到中国民航总局，在计算机中心会议室与民航总局高宏伟副局长、台港澳办主任浦照洲、中国航空公司、东方航空公司、上海航空公司、南方航空公司、厦门航空公司的代表，就包机直航的两岸对飞、三照两证查验等展开会谈。
下午2时，章孝严一行同国务院台办主任陈云林、常务副主任李炳才、经济局何局长、联络局魏局长、海协会李秘书长展开会谈，对包机的证照查验、文件适用等，采用建设性模糊方式和灵活变通的做法来解决。当夜8时，在香格里拉酒店会议室里，上午会谈的双方又坐到一张会议桌两侧，沟通商洽，形成了包机直航的四点结论，使得章孝严心中对包机直航的成功有了八成把握，余下的两成则落在台湾当局的反应上了。
各家航空公司争抢包机直航先机
2002年11月23日上午，赶往上海的章孝严一行人，飞抵虹桥机场，前往黄浦江边的上海大厦，出席中共上海市委副秘书长、上海市台湾事务办公室主任张志群的宴请。席间，张志群对章孝严等台湾来宾力推两岸包机直航给予了充分的认同和赞赏，表示将给予飞来上海的台湾包机全力支持，并提出：“我们上海有上航、东航的总部和基地也在上海，这两家航空公司都有国际和地区的航线，都具备了飞台湾的条件，两岸完全可以对飞，我们非常希望可以这样做。”
“我们要感谢祖国大陆方面对台胞台商的真诚关心，上海这里对包机直航所给予的支持和做出的让步，我们会按照两岸民众的呼声来推进包机直航来予以回报。”章孝严代表台商表达出了满怀的敬意和谢意。
下午2时30分，章孝严一行走进上海台协副会长江胜吉投资的上海联宾塑胶工业有限公司会议室，就包机的需求和安排，听取上海市台协会长、副会长、常务理事和周边地区的十三家台协会长、副会长对包机直航的意见。
他们再一次体会到在祖国大陆的台商对包机直航的期盼，以及对包机必须经停港澳的不解和不满。第二天上午，在对浦东机场作出实地考察后，即登机飞往香港，转机返回台湾。11月25日上午，回到台湾章孝严，一夜过后即与台湾当局主管部门官员蔡英文会面，把从北京和上海带回的事关包机直航的重大答案和看法，与她讨论，以期消解她的疑虑，把两岸包机直航的好事做得圆满。
但是，台湾当局虽然于12月4日通过专案，发出《间接包机作业程序》，同意包机可以飞往上海，但依然紧紧把住两岸不能对飞，台湾包机不能直接飞往上海，必须在港澳地区降落，飞机发动机必须停机，叶片完全停转后，然后再启动起飞，并且规定只有台商和眷属能乘坐包机，要将登机台商的姓名、台湾住址、电话号码造册，由上海台协送海基会备查等等，对包机直航施加了种种限制，大大背离了提案人章孝严推进直航的“省时、省钱、便利”的原意，令人大失所望，更引起了即将返乡的台商的极大不满。显然，在这种状况下操持包机直航，早先同华航、长荣、复兴、远东、立荣、华信等六家航空公司所初议的一百二十班包机，已经大大背离了台商的需求，丧失了操办的条件，势必要作出大幅度削减的调整。
可是，两岸隔绝了五十三年，台湾地区的客机第一次能够在两岸共同认可下飞来飞去，还是让六家航空公司各有所动。远东航空公司最先向中国民航总局提出了春节前后各飞四班包机的申请，致使尚未递交包机申请的航空公司也紧紧跟进，增加包机班次。
而在各家包机起飞的日期上，六家航空公司开始时都觉得1月26日第一班首航包机离春节为时尚早，祖国大陆的台商企业还未放假，不会有多少人买机票坐这趟包机，故都不愿早飞。推辞之余，老道的华航作出了分析，认为虽然台商还未放假，但眷属们可以先回乡，到家里买买年货，还是有一些客源的。至于岛内外各界对包机首航的关注，那将会形成一个记者云集的场面，对展示华航的企业形象极其有利。所以，总经理魏幸雄提出来了：“那我们华航先飞吧，头班包机给我们，春节后最晚的一班包机也给我们。”
两岸直航包机的头尾都让华航占据了，此举让其他航空公司悟到了其中的价值。复兴航空随即提出申请，要求包机在浦东机场接上台商，起飞的时间比已经占先的华航晚十分钟。但是，如果在浦东机场两架包机的起飞时间只相差十分钟的话，那么同样飞台湾到上海的航程，复兴包机经停起降架次显得空闲的澳门机场，来往便捷，而华航包机则要在航班进出繁忙的香港机场降落、起飞，极易延误。
另外，复兴包机是空中客车A320，一百七十个舱位的小飞机，起降时在跑道上滑行的距离短，升空时间快，华航包机则是波音747—400，能坐上三百九十八人的大飞机，如此一进一出，很可能是复兴的包机虽比华航的包机在台湾和上海要各晚起飞十分钟，但却能够比华航包机早降落在上海浦东机场和飞回台湾，让复兴两地赶早、占尽先机。
这时候，长荣航空也品出味来了，他们递交的申请，将包机在浦东机场起飞的时间定在了1月26日10时30分，比华航包机还早了半小时。
台湾这三家航空公司都想让包机抢先在祖国大陆露面，并尽早飞回台湾，结果都申请挤在一天里飞抵上海，加上在浦东机场降落、起飞的时间又靠得这么紧，在包机飞行管制、台商边检登机，甚至当地领导迎送上都会造成急促，并不恰当，所以中国民航总局视情提请这几家公司重新协商，调整包机的航期。
很快，在台北航空运输同业公会的协调下，长荣航空将包机改到了29日，复兴航空则将包机在浦东机场起飞的时间后移到了26日下午2时，远东航空也把班次降为往返六个班次。接着，海峡旅行社总经理冯卓志与华航、立荣、长荣、华信四家台湾航空公司分别签下了包机协议，远东、复兴则另同上海航空国际旅游有限公司签订了包机协议。
2003年1月3日、5日和7日，中国民航总局先后批准了台湾远东、华航、华信、长荣、立荣、复兴的包机申请。上海台湾同胞投资企业协会在秘书长谢力军的组织下，在科技京城十一楼的协会大会议室里设立了包机售票处，承担起了协助各家航空公司向返乡台商销售包机机票的繁忙事务，仅复印纸就用去了整整八箱。华东民航和上海浦东机场排出了APEC会议时迎候各国元首专机的原班人马，来操办台湾包机的塔台指挥和地面服务。
2003年1月26日上午9时，在浦东机场贵宾厅里，继中共中央委员、中共上海市委副书记、上海市常务副市长韩正向台湾包机致欢迎词后，专程前来上海迎候包机首航的章孝严和夫人黄美伦及许荣淑、詹清池、冯卓志等回到了专机停机坪。