肝癌的自然病程可分为四个阶段：
（1）早期亚临床期由癌发生到亚临床肝癌诊断成立，一般约10个月的时间。此期可无任何症状，影像学也难以发现。
亚临床期由亚临床肝癌到出现症状，一般需10个月，常由影像学发现。此时若能早期诊断，手术切除，“5年生存率”可达60％～70%。
（2）中期由出现症状到发生黄疸、腹水或远处转移，大约需要4个月的时间。
（3）晚期由出现黄疸、腹水或发生远处转移到死亡，大约2个月。肝癌总的病程约2年半的时间，其中有2年时间都可能没有症状，而一旦出现症状一般就只有半年的存活时间了。
（4）亚临床期肝癌完全无症状，也缺乏肿瘤特异性的体征，有些病例可能出现慢性肝病的临床表现。常常在慢性肝病的随访或普查中应用血清甲胎蛋白检测或影像学检查发现。中晚期肝癌除有原来慢性肝病的症状和体征外，可出现肝区疼痛、消瘦、黄疸、发热。查体可发现结节状肝肿大，有压痛、叩痛，伴恶病质等。