细胞凋亡与坏死是两种完全不同的细胞凋亡形式，根据死亡细胞在形态学、生物化学和分子生物学上的差别，可以将二者区别开来。细胞凋亡的检测方法有很多，下面介绍几种常用的测定方法。
一、形态学观察方法
1．HE染色、光镜观察
凋亡细胞呈圆形，胞核深染，胞质浓缩，染色质成团块状，细胞表面有“出芽”现象。
2．丫啶橙（AO）染色，荧光显微镜观察
活细胞核呈黄绿色荧光．胞质呈红色荧光。凋亡细胞核染色质呈黄绿色浓聚在核膜内侧，可见细胞膜呈泡状膨出及凋亡小体。
3．台盼蓝染色
如果细胞膜不完整、破裂，台盼蓝染料进人细胞，细胞变蓝，即为坏死。如果细胞膜完整，细胞不为台盼蓝染色，则为正常细胞或凋亡细胞。此方法对反映细胞膜的完整性，区别坏死细胞有一定的帮助。
4．透射电镜观察
可见凋亡细胞表面微绒毛消失，核染色质固缩、边集，常呈新月形，核膜皱褶，胞质紧实，细胞器集中，胞膜起袍或出“芽”及凋亡小体和凋亡小体被临近巨噬细胞吞噬现象。
二、DNA凝胶电泳
1．基本原理
细胞发生凋亡或坏死，其细胞DNA均发生断裂，细胞内小分子量DNA片断增加，高分子DNA减少，胞质内出现DNA片断。但凋亡细胞DNA断裂点均有规律的发生在核小体之间，出现180～200bp，DNA片断，而坏死细胞的DNA断裂点为无特征的杂乱片断，利用此特征可以确定群体细胞的死亡，并可与坏死细胞区别。
2．结果判断
正常活细胞DNA电泳出现阶梯状条带；坏死细胞DNA电泳类似血抹片时的连续性条带。
三、酶联免疫吸附法（ELlSA）核小体测定
凋亡细胞的DNA断裂使细胞质内出现核小体。核小体由组蛋白及其伴随的DNA片断组成，可由ELISA法检测。
1．操作步骤
（1）将凋亡细胞裂解后高速离心，其上清液中含有核小体。
（2）在微定量板上吸附组蛋白体。
（3）加上清液使抗组蛋白抗体与核小体上的组蛋白结合。
（4）加辣根过氧化物酶标记的抗DNA抗体使之与核小体上的DNA结合。
（5）加酶的底物，测光吸收值。
2．用途
该法敏感性高，可检测5×100／ml个凋亡细胞。可用于人、大鼠、小鼠的凋亡检测。该法不需要特殊仪器，适合基层工作，但是不能精确测定凋亡细胞发生的绝对量。
四、流式细胞仪定量分析
1．基本原理
细胞发生凋亡时，其细胞膜的通透性也增加，但是其程度介于正常细胞与坏死细胞之间。利用这一特点，被检测细胞悬液用荧光素染色，利用流式细胞仪测量细胞悬液中细胞荧光强度来区分正常细胞、坏死细胞核凋亡细胞。
流式细胞仪检测具有以下特点：①检测的细胞数量大，因此其反映群体细胞的凋亡状态比较准确；②可以做许多相关性分析；③结合被检铡细胞的DNA含量的分析，可确定凋亡的细胞所处的细胞周期。
2．方法
（1）检测形态学及细胞膜完整性的Hoechs—PI双染色法细胞发生凋亡时，其细胞膜的通透性液增加，但其程度介于正常细胞和坏死细胞之间，利用这一特点，被检测细胞悬液用荧光素染色，利用流式细胞仪检测细胞悬液中细胞荧光强度来区分正常细胞、坏死细胞和凋亡细胞。
利用Hoechs—PI染色法，正常细胞对染料有抗拒性，荧光染色很浅，凋亡细胞主要摄取Hoecha染料，呈现强蓝色荧光，而坏死细胞主要摄取碘化丙啶（PI）而呈强的红色荧光。
（2）DNA片断原位标记法凋亡细胞DNA片断原位末端检测技术是指在细胞（或组织）结构保持不变的情况下，用荧光素、地高辛或生物素标记的脱氧尿三磷酸（DUTP）和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）相反应与凋亡细胞裂解后3"的羟基（—OH）端结合，经显色反应后检测DNA裂解点的技术。
DNA片段原位标记法有二种：
①原位缺口转移（in situ nick—translation，ISNT）技术，它是利用DNA多聚酶I将标记的核苷酸连接到断裂DNA的3"—OH端；
②原位缺口末端标记技术（in situ end labelling technique，ISEL），即TUNEL法，它是利用TdT将标记的DUPT接到3"—OH端。研究证明，TUNEL法的敏感性远高于ISNT，尤其对早期凋亡的检测，TUNEL更为合适。
（3）检测细胞膜成分变化的Annexin V联合PI法
①原理：在细胞凋亡早期位于细胞膜内侧的磷脂酰丝氨酸（PS）迁移至细胞膜外测。磷脂结合蛋白V（Annexin V）是一种钙依赖性的磷脂结合蛋白，它与PS具有高度的结合力。因此，Annexin V可以作为探针检测暴露在细胞外测的磷脂酰丝氨酸。故利用对PS有高度亲和力的Annexin V，将Annexin V标记上荧光紊（如异硫氰酸荧光素FITC），同时结合使用PI拒染法（因坏死细胞PS亦暴露干细胞膜外测，且对PI高染）进行凋亡细胞双染法后用流式细胞仪即可检测凋亡细胞。
②结果判断：正常活细胞Annexin V、PI均低染；凋亡细胞Annexin V高染、PI低染；坏死细胞Annexin V／PJ均高染。
③用途：细胞发生凋亡时，膜上的Ps外露早于DNA断裂发生，因此Annexin V联合PI染色法检测早期细胞凋亡较TUNEL法更为灵敏。又Annexin V联合PI染色不需固定细胞，可避免PI染色时因固定造成的细胞碎片过多及TUNEL法因固定出现的DNA片段丢失。因此，Annexin V联合PI法更加省时，结果更为可靠，是日前最为理想的检测细胞凋亡的方法。