元朝人最初也是想要把东南亚热带雨林地区，纳入到他们的统治版图之内。但元朝人对东南亚地区的扩张遇到了困难。
1257年，忽必烈征服云南各部后，蒙将兀良合台便遣使至安南“谕降”。使者被安南国扣留。1258年初，兀良合台率军侵入安南，这一次蒙古人取得了胜利，达到了预想的战略目的。兀良合台占领了安南京城升龙（今河内），9天后撤回。忽必烈即位后，封安南国主为“安南国王”，允其三年一贡，并派驻达鲁花赤。1267年和1277年，忽必烈两次遣使安南，以国君亲朝、质子、上户籍、出军役、纳赋税、置达鲁花赤六事责成。
但由于忽必烈不断地对外扩张，繁重的赋税与军役激起了安南人的反抗。1284年，忽必烈遣军借道安南侵略占城，并要求安南提供军饷，被安南拒绝，于是元军对安南再次用兵。结果因不适应当地气候环境，死伤众多，狼狈败回。1287年，忽必烈再发大军征讨安南。依旧陷入安南的游击战和雨季的泥沼中，仍以失败告终。无论是从军事实力，还是从物质资源上看，安南都不具备与元朝抗衡的能力。安南能在两次战争中取得胜利，主要是因为东南亚的气候与地理条件对元人不利，以及元军将领在战争中指挥失当。安南王陈日炬很清楚地认识到了这些，所以不想再起战端。他第二次击败元军后，立即派使者前往元朝，归还了所有俘虏，并进金人代替自己赎罪。可忽必烈不甘心失败，打算在1293年再次出兵安南。1294年忽必烈逝世，成宗铁穆耳即位后采取“守成”政策，停止了征讨安南，战争才算告一段落。
占城国在安南的南边，1280年占城国国主就派遣使者到元廷称臣纳贡了。1281年，忽必烈封占城国国主为“占城国王”，同时在占城设占城行省，以作为对外扩张的据点。而在1283年底，忽必烈以占城扣留元朝出使海外的使者、“既降复叛”为理由，派兵对占城进行讨伐。但由于安南拒绝借道的原因，1284年征占城的元军奉命北攻安南，讨伐占城的战役就此结束。元成宗后，安南王遣使与元朝通好，占城也多次进贡方物，所以，东南亚局势基本稳定。
元代时，安南受中国文化影响较深。安南国内儒学兴起，儒士在政治上的地位提高。在这一时期，安南也开始崇信佛教，元代杂剧也传入安南，对安南歌剧艺术的形成产生了很大影响。