线虫属于无脊椎的线形动物门，线虫纲。线虫种类繁多，已定名的约有10000种，其中有粒线虫、滑刃线虫等几种危害较大。
（1）侵入途径及危害。线虫主要由培养料和水源带入菇房。通常在阴雨天、闷湿和通风不良情况下发生。
受线虫侵害，料层及土层菌丝消失，培养料变黑，有臭味，子实体停止生长，出现枯萎。死菇菇盖呈褐色，有一股难闻的鱼腥臭味，挤出病菇汁液，镜检可看出线虫。线虫在菇组织中穿梭活动，使细菌进入造成烂菇。同时，线虫能分泌一种毒素，毒害和抑制菌丝生长。
（2）形态特征。线虫体形酷似蛔虫，体型极小，直径约0.09毫米，体长0.9毫米，肉眼不易看见。虫体通常呈长圆形，两端稍尖，不分节，是一种线状蠕虫。线虫繁殖很快，幼虫经3～5天就能发育成熟，并可再生幼虫。线虫喜湿喜中温，耐干旱本领特强，遇到干旱呈假死状态。线虫很难根除，常潜伏在床架材料内，培养料废料内，可从这一季菇传到另一季菇。
（3）防治方法。
一是卫生防治。培养料要新鲜、干燥，不带虫源。采收时，要及时清除烂菇和杂物，废料应远离菇房。拌料及子实体生长时用水要干净，以免带入虫源。
二是加强出菇管理。出菇期间喷水保湿时，不要太湿，要加强通风换气管理。
三是药剂防治。用磷化铝熏蒸菇房可有效地杀灭线虫。采用1∶50倍液杀虫双乳剂或1∶500倍液马拉松乳剂喷洒，接触到药液的线虫死亡率达100％。在出菇期，可用0.5％的石灰水喷洒几次，将线虫杀死。