接种就是把菌种移植到新的培养基或培养料上。接种是菌种生产常用的方法。母种的接种主要是做好操作场所的消毒和接种时的无菌操作，以保障菌种不被污染。
接种箱的消毒母种的接种一般在接种箱内进行，接种箱的严格消毒非常重要。首先把接种箱所在的场所进行地面清洁，以防地面灰尘飞扬，并用0.25％新洁而灭溶液或其他消毒药物将接种箱擦拭干净。将接种用的斜面培养基和其他工具放入接种箱内，用甲醛和高锰酸钾或气雾消毒盒熏蒸消毒。接种前再用30瓦的紫外灯照射30分钟。接种时把紫外灯关闭，接种人员剪好指甲，换上工作服，用酒精擦拭双手后方可进行接种。