为害平菇的害虫主要有菌蛆（菇蚊、菌蚊）、菌螨、跳虫、老鼠、蚂蚁、蛞蝓、蜗牛等。防治平菇害虫要以预防为主，以治为辅，综合防治。一般不使用农药，即使使用，也不能将药剂直接喷到菇体上，以防危害人体健康。其中物理防治方法如下。
（1）黄板诱杀法。利用害虫的趋黄包原理，在菇房（棚）四周悬挂黄板，害虫撞击黄板时被黄板上的刷胶黏住而死。黄板对诱捕蝇类、蚜虫、螨类的成虫行特效，是发展无公害有机生产的一种高效环保的害虫无害化治理技术。
（2）用灯光诱杀成虫。菇房（棚）内装灯泡或灯管，下面放水盆，滴入废机油，蝇、蚊等害虫会趋光而来，沾黏而死；或在水盆中加入0.1％敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死。
（3）土法防治。土法防治平菇害虫，经济、安全、易行，不失去为一种良法。①防治蛞蝓、跳虫、蝼蛄等地下爬跳害虫，可用埋罐法，即在害虫活动集中的地方，埋入一圆罐，罐口的直径应比罐肚的直径小，且里边光滑以防害虫爬出，罐中盛1／3水，水中加入杀虫剂或放入诱饵，当害虫误入其中必死无疑。②防治蛞蝓、蜗牛等害虫可用1％的茶籽饼溶液喷杀。③发现蛞蝓后，可用5％的食盐水或碱水喷杀，也可用人工捕杀。
（4）药物诱杀法。用1％的蜂蜜溶液加0.5％的敌杀死或敌敌畏，可诱杀跳虫、蛞蝓、蜗牛、蝼蛄等害虫。
（5）驱赶法。利用蚊虫、跳虫躲避樟脑味这一习性，可在菇房（棚）中放、挂樟脑丸或喷洒樟脑溶液来驱赶害虫。