为害平菇的杂菌很多，常见的杂菌有木霉、青霉、曲霉、链孢霉、根霉、枝孢霉、黏菌、鬼伞类以及酵母等。杂菌发生的主要原因有：
（1）环境污染。栽培场所不经过清扫消毒，或消毒不彻底，或禽畜禽舍、垃圾堆、粪堆等污染源较近，空气中杂菌基数高直接造成污染。大部分污染都是由此引起的，而多年连续栽培，污染会越来严重。
（2）原料变质。无计划大量采购原材料，而不得不长期堆积，甚至露天存放任其日晒雨淋，从而引起原材料发热、发霉、变质，引起严重污染。
（3）配料不科学。培养料营养搭配不合理，有的菇农为了增加营养，添加过量麸皮、米糠、玉米粉等含氮物质，然而这些物质却是杂菌最好的培养基，所以加多了极易招致杂菌感染的机会，而且还可能导致菌丝徒长，造成减产。此外，配料时水分过多或过少、拌料不均匀pH值不合适，均会使菌丝生长不良，抵抗力下降，从而为杂菌侵入带来可乘之机。
（4）用药不当。生料或发酵料栽培平菇，料内需要加入适的杀虫杀菌剂，但选用的药品及其浓度要恰当。加0.1％的多菌拌料，效果较好，但其用量不能超过0.15％，否则对菌丝有毒害作用。此外，长期使用同一种杀菌剂进行拌料或消毒，容易使木霉、青霉、链孢霉等杂菌产生抗药性，这样，常规的用药量就起不到应有的杀菌作用，也容易造成污染。
（5）灭菌不彻底。熟料栽培一般采用常压蒸汽灭菌。灭菌时常常因蒸汽灶结构不合理，如灶内有“死角”，装锅排袋过紧或过满，升到100℃所用时间过长，或保持100℃时间过短，或中途掉温等都会导致灭菌不彻底，从而造成污染。
（6）微孔染菌。有些低质的塑料袋韧性差，本身不同程度地存在一些肉眼看不到的微孔，或者在装袋、出锅、转运中操作粗放造成微孔。这样，栽培环境中大量杂菌就很容易通过微孔侵入造成污染。
（7）菌种低劣。不讲究菌种质量，使用长期存放的老化菌种，或者为了省钱方便，买来一支母种就无限制地转管扩繁，致使菌种生活力逐渐衰退。而这种老化和衰退的菌种生活力极差，抗杂菌的能力也随之降低，间接造成了污染。更有甚者使用已经感染的菌种，直接造成了污染。
（8）接种操作不严。虽然平菇的抗杂菌能力较强，但如果不严格按操作规程进行接种也会造成污染。
（9）通气不良。装袋时料压得过紧过实，或培养料水分过多，易造成袋内氧气不足，菌丝生长缓慢，抗杂菌能力降低。同时，酵母菌和厌气性细菌大量发生从而引起污染。
（10）对杂菌污染处理不当。若被污染的菌袋没有及时处理，或处理不彻底，易造成杂菌传播蔓延，使栽培环境杂菌基数增高，造成更大程度的污染，引起更大的经济损失。