按每立方米空间高锰酸钾5克、甲醛10毫升混合后对接种室进行熏蒸杀菌，或用最近新研制出的无刺激气味的熏蒸剂进行杀菌，40分钟后方可进行接菌。接菌量按每箱250克菌种500毫升罐头瓶装量的标准使用。初次栽培没有经验的，菌种量可适当大一些。接种人员要换上消过毒的衣帽再进接种室，手和使用的工具刀、镊子、接种钩、瓷盘等也要用70％的酒精或0BF.BFQ2％的新洁尔灭溶液擦洗消毒。接种时，先将菌种瓶打开，挖去表面的一层菌膜，把菌块挖出，放在消过毒的瓷盘中，掰成玉米粒大小，然后再把装培养料的箱子上的塑料薄膜掀开，迅速将菌种撒在接种眼和培养料的表面。撒完后立即将塑料盖上，轻轻按压，排出里面的空气，使菌种与培养料紧密结合，最后将塑料薄膜的接缝口卷紧，把培养料包严，以防杂菌侵入，置10℃～15℃培养室内发菌。JP
箱栽滑菇由于培养基经过高压灭菌达到完全熟化，因此接种操作要十分严格，必须在严格消毒的接种室内按无菌操作要求进行，避免接种污染造成损失。由于甲醛对人的皮肤和黏膜组织有刺激损害作用，利用其消毒时要注意防护。