病虫害会降低鲜花保鲜的时间及降低鲜花的品质。在切花及叶上常带有病虫卵是限制其国际贸易的主要原因。因为切花中有病虫是引起其较快速衰败的主要原因，因而在出口时切花常用甲基溴化物熏蒸消毒以延长其采后寿命，但它对许多切花也相当有害，甚至在不引起可见的物理损伤时，减少其货架寿命。
作为替代法，新西兰的鲜花生产商用采后将鲜切花放在一个箱内熏蒸消毒的方法来控制病虫害。具体方法是：将青霉素溶解于二氧化碳（在一个压力罐中），并将此“溶液”用管子输入箱中，随二氧化碳的挥发，青霉素在叶或花的表面覆以一层，杀死很大范围内的对其敏感的昆虫。
所使用的熏蒸剂为甲基溴化物或青霉素。由于花通常不食用，因而采后受有毒化学品的影响，从理论上讲，应比用于食用的水果、蔬菜小。对花卉来说，影响的主要是环境。因而在有害化学品登记时，相当困难。另外，一些消费者担心有毒化学品的使用。由于这些原因，许多国家花卉生产者正努力尝试用非化学法来杀死昆虫，如用某种虫害的天敌来杀死昆虫，但这给切花生产者带来了检疫问题，发展上受到了限制。
常用的切花采后防侵染处理是电离射线法。射线被广泛用于消毒医用物质及设备，也用于食品消毒，用射线杀死切花中的昆虫的效果不好，甚至杀死昆虫所需的剂量较低时，射线处理也会引起切花货架寿命的显著降低。但日本近年来的研究显示，对菊花来说，将花放入含蔗糖溶液的瓶中，则电离射线的副作用可完全克服。