九一三事件后，毛泽东、周恩来领导全党尽可能稳妥地处理事件遗留的一些紧迫的重大问题。
林彪事件后最初的一段时间里，干部群众不明原委，议论纷纷，社会上小道消息沸沸扬扬。根据毛泽东的指示，中央陆续将揭发林彪集团反革命政变阴谋活动的一系列重要文件逐级传达至基层。随着传达范围的逐步扩大，群众对事件本身的猜测逐渐平息，但对“文化大革命”的怀疑和议论却明显增多。
1971年9月18日，中共中央向党内高级干部发出《关于林彪叛国出逃的通知》。《通知》宣布：林彪于9月13日仓皇出逃，狼狈投敌，叛党叛国，自取灭亡。9月29日，中央宣布，鉴于黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作参加林彪、陈伯达反党集团的宗派活动，陷得很深，实难继续现任工作，已令他们离职反省，彻底交代。9月下旬至10月初，中央相继决定成立由叶剑英主持的中央军委办公会议，在中央军委领导下负责军委日常工作；为彻底审查林、陈反党集团的问题，成立以周恩来为首的中央专案组，集中处理有关问题。10月6日，中共中央发出通知，扩大传达林彪叛党叛国事件。通知要求各级党委将传达、讨论和揭发批判林陈反党集团的罪行，当作当前头一位的大事来抓，并准备在10月下旬扩大传达到全体共产党员、解放军指战员和广大工人、贫下中农。
9月26日至10月15日，在李富春主持下，党中央召集部分老同志举行9次座谈会。陈毅、聂荣臻、徐向前、蔡畅、邓颖超、邓子恢、张云逸、张鼎丞、曾山、王震等老同志在会上发言。他们愤怒谴责林彪集团炮制《“571”工程纪要》、策动反革命武装政变等罪行，揭发、批判林彪在历史上的错误和他篡改历史的行径，批判林彪反革命集团散播的种种谬论。在这段时间里，包括邓小平在内的许多老同志给党中央、毛泽东写信，表示坚决拥护中央处理林彪反革命集团的正确决策。
中央还采取措施，慎重、妥善地对那些在林彪反革命集团活动中卷入很深的人或单位进行审理、清查，组织专人对一些重要事件进行调查，并对空军、海军、总参谋部、总后勤部等单位的领导班子进行了适当调整。
在揭发、清查林彪反革命集团的过程中，一些原造反派组织的少数人趁机浑水摸鱼，积极串联，准备拉山头，算旧账；一些领导干部又受到批判和冲击；一些单位领导班子中军队干部与地方干部以及新老干部之间的矛盾加剧；一些工厂停工停产；一些地区一度又出现混乱局面。为解决这些问题，1971年11月至1973年上半年间，党中央在北京分别召集武汉、成都、陕西、新疆、浙江、四川、贵州、江西、湖南、河南、山东、甘肃、宁夏、青海等省、市、自治区负责人，以及兰州军区、广州军区、海军等大军区、军兵种负责人举行座谈会、汇报会，或在各地区召开当地的工作会议，统一干部认识，调整领导班子，逐步稳定了这些地方的局势。